genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19707425--19707635	102	2.1	102	91	0	341	25	27	14	32	1.94
19707527--19707684	44	3.6	44	90	2	255	24	27	14	33	1.94
19707381--19707745	146	2.5	146	90	0	561	26	26	13	32	1.94
19707659--19707693	14	2.5	14	100	0	70	14	28	14	42	1.84
19707618--19707734	58	2.0	58	89	0	180	25	25	13	35	1.93
19722198--19722391	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
19722227--19722298	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
19722272--19722347	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
19722361--19722543	48	3.8	48	93	2	323	35	7	26	30	1.83
19724027--19724413	40	9.8	40	94	2	676	24	22	28	25	1.99
19724027--19724413	159	2.5	159	96	2	701	24	22	28	25	1.99
19728443--19728639	47	4.1	47	88	4	270	32	10	29	26	1.90
19728472--19728543	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
19728853--19728959	36	2.9	37	92	2	180	23	19	30	26	1.98
19730500--19730535	15	2.4	15	100	0	72	27	5	11	55	1.57
19733320--19733345	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
19740433--19740528	29	3.3	29	83	1	122	29	32	12	26	1.93
19746001--19746178	52	3.5	51	86	6	238	29	14	29	27	1.95
19748671--19748888	40	5.5	40	93	2	325	26	27	22	23	1.99
19758299--19758523	79	2.8	80	79	11	228	27	22	25	24	2.00
19758299--19758523	40	5.7	40	86	5	253	27	22	25	24	2.00
19758299--19758529	119	1.9	120	80	9	267	27	22	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19758355--19758556	79	2.6	79	80	9	182	29	20	25	24	1.99
19762769--19762988	51	4.4	51	85	5	263	28	12	30	28	1.93
19762764--19762988	101	2.2	101	80	9	264	28	12	29	28	1.93
19769677--19769721	20	2.2	20	84	7	56	46	4	6	42	1.50
19771299--19771329	14	2.3	14	94	5	55	16	3	0	80	0.83
19772834--19773034	50	4.0	49	80	5	206	29	26	17	25	1.98
19772853--19773036	101	1.8	99	88	2	278	29	27	17	26	1.97
19774771--19774812	18	2.2	20	87	8	61	54	9	7	28	1.59
19775350--19775392	20	2.2	20	84	16	54	69	13	16	0	1.19
19776524--19776603	23	3.5	22	83	8	88	31	2	5	61	1.31
19778739--19778778	19	2.1	19	95	0	71	32	5	22	40	1.76
19783476--19783952	226	2.1	226	94	0	837	31	19	22	27	1.98
19784105--19784198	44	2.1	45	84	5	120	29	15	24	29	1.96
19784827--19784867	17	2.5	16	80	4	55	46	39	0	14	1.45
19786720--19786786	10	6.6	10	72	8	55	31	5	2	59	1.36
19786715--19786783	20	3.6	19	77	12	63	33	7	2	56	1.42
19789183--19789233	22	2.2	25	82	10	63	29	1	3	64	1.22
19791256--19791923	333	2.0	334	98	0	1302	49	19	14	17	1.80
19802768--19803341	69	8.3	69	75	4	309	20	20	24	33	1.97
19805170--19805288	39	3.1	39	97	0	220	22	31	26	20	1.98
19806941--19807308	69	5.3	69	78	6	336	18	21	25	34	1.96
19807078--19807421	138	2.5	138	80	7	337	19	21	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817711--19817743	14	2.4	14	90	5	50	54	0	42	3	1.15
19822524--19822566	20	2.2	20	83	8	52	4	25	18	51	1.66
19826905--19827033	27	4.8	28	82	9	117	34	20	24	20	1.96
19826898--19827033	54	2.5	54	86	4	177	35	21	23	19	1.96
19828631--19828792	26	6.2	26	94	0	261	37	24	5	32	1.79
19828631--19828792	78	2.1	78	96	0	297	37	24	5	32	1.79
19832742--19832881	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
19834497--19834632	26	5.2	26	96	0	236	36	25	5	33	1.80
19840731--19840769	15	2.6	15	95	0	69	43	12	2	41	1.56
19843905--19843986	43	1.9	43	97	0	155	43	4	19	31	1.72
19851251--19851290	17	2.3	18	86	4	55	20	42	25	12	1.86
19851362--19851438	17	4.5	17	93	0	127	15	46	25	11	1.80
19861742--19861795	27	2.0	27	88	0	81	37	31	18	12	1.89
19867824--19867856	16	2.1	16	94	0	57	57	3	6	33	1.38
19868587--19868631	21	2.1	21	100	0	90	42	13	13	31	1.82
19869783--19869830	11	4.4	11	79	10	53	81	2	8	8	0.96
19869781--19869836	28	2.0	27	86	10	78	80	1	8	8	0.98
19880826--19880900	27	2.9	27	86	7	75	18	8	17	56	1.65
19880844--19880899	27	2.1	27	100	0	112	17	3	17	60	1.50
19889673--19889812	27	5.2	28	89	5	175	35	22	24	18	1.96
19889917--19889989	28	2.8	26	83	6	76	32	10	21	34	1.89
19891357--19891492	26	5.2	26	92	0	227	37	24	5	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19894208--19894249	22	1.9	22	90	0	66	45	9	7	38	1.64
19896768--19896824	15	3.7	16	76	6	55	71	5	0	22	1.05
19897173--19897212	10	3.8	10	83	9	53	60	0	2	37	1.11
19897144--19897210	25	2.8	25	82	11	86	56	0	5	37	1.24
19902499--19902607	26	4.2	26	90	2	148	34	5	23	35	1.78
19902499--19902607	51	2.1	52	86	1	148	34	5	23	35	1.78
19904393--19904679	137	2.1	137	96	0	520	25	18	24	31	1.97
19907474--19907595	60	2.0	60	96	0	226	35	18	14	31	1.91
19910637--19910681	19	2.3	20	78	17	51	33	2	2	62	1.20
19911252--19911290	20	2.0	20	84	0	51	43	7	20	28	1.79
19915185--19915296	43	2.6	43	80	4	129	21	15	29	33	1.94
19921983--19922011	14	2.1	14	100	0	58	13	13	0	72	1.13
19930347--19930414	27	2.5	27	74	9	66	35	7	0	57	1.27
19930452--19930493	17	2.5	17	80	3	50	35	4	0	59	1.19
19930468--19930515	22	2.1	22	84	7	60	31	4	0	64	1.12
19930478--19930512	12	2.9	12	91	0	61	25	2	0	71	1.00
19930816--19930868	22	2.4	22	83	0	70	24	1	1	71	1.06
19933971--19934034	31	2.1	31	96	0	119	54	3	23	18	1.58
19938154--19938338	40	4.7	40	81	6	198	25	28	22	24	1.99
19946228--19946410	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
19946207--19946410	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
19954223--19955123	207	4.4	207	92	0	1466	31	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19956652--19956707	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
19956784--19956819	13	2.8	13	88	12	56	27	2	0	69	1.02
19956778--19956822	13	3.4	14	78	15	51	31	4	0	64	1.13
19957114--19957156	22	2.0	22	90	0	68	20	2	2	74	1.04
19964799--19964865	33	2.0	33	100	0	134	40	2	26	29	1.71
19970697--19970734	14	2.7	14	87	0	58	57	2	5	34	1.35
19970894--19970998	7	15.0	7	69	15	58	61	0	3	34	1.14
19970838--19971012	15	10.9	16	65	25	61	60	1	5	32	1.29
19970901--19970998	41	2.4	41	76	19	98	62	0	4	33	1.14
19981304--19981333	15	1.9	16	93	6	53	13	6	6	73	1.24
19982537--19982565	14	2.0	15	93	6	51	79	0	0	20	0.74
19984318--19984354	18	2.1	18	94	0	65	13	21	13	51	1.75
19988990--19989038	16	2.8	18	84	15	75	73	0	0	26	0.83
19988970--19989034	25	2.6	25	80	11	71	75	1	1	21	0.97
19988970--19989123	20	7.4	20	67	16	73	69	1	2	25	1.12
19991041--19991098	18	3.2	18	70	0	62	32	10	10	46	1.72
19991041--19991112	36	2.0	36	100	0	144	36	11	11	41	1.76
19991047--19991105	18	3.3	18	70	0	64	38	11	11	37	1.79
19991948--19991994	18	2.6	18	96	0	85	14	36	31	17	1.90
19996574--19996607	16	2.1	16	100	0	68	11	32	23	32	1.91
20002739--20002768	15	2.0	15	93	0	51	20	43	13	23	1.86
20002851--20002887	16	2.3	16	100	0	74	56	5	10	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20009168--20009246	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20009365--20009955	47	12.4	47	93	2	894	28	29	9	32	1.88
20022609--20022633	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
20023410--20023663	127	2.0	127	99	0	499	30	13	25	30	1.94
20035039--20035179	76	1.9	76	87	3	212	31	18	19	29	1.96
20049652--20049681	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
20052497--20052539	22	1.9	23	85	4	61	60	2	2	34	1.22
20059853--20060122	49	5.5	48	73	12	176	28	20	29	21	1.98
20059850--20060078	98	2.3	98	82	5	259	28	21	29	20	1.98
20061544--20061604	26	2.3	26	80	5	79	42	8	13	36	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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