genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21157790--21157912	28	4.4	28	86	2	158	26	13	27	32	1.93
21157792--21157912	55	2.2	57	84	3	156	27	12	28	32	1.93
21157815--21157927	28	4.0	27	86	3	82	30	12	24	32	1.92
21157792--21157927	56	2.4	56	81	6	141	29	11	25	33	1.91
21162997--21163190	55	3.6	54	83	4	230	36	17	23	22	1.95
21168042--21168149	26	4.2	26	93	0	189	30	7	25	36	1.84
21168908--21169045	43	3.2	43	92	0	222	26	30	17	25	1.97
21171670--21171783	48	2.4	48	89	2	185	38	3	23	34	1.72
21171762--21171807	24	1.9	24	95	0	83	34	0	23	41	1.55
21171714--21171855	72	2.0	72	95	0	257	38	4	23	34	1.74
21171670--21171903	120	2.0	120	89	1	362	38	4	23	34	1.75
21171786--21171937	48	3.2	48	88	0	223	36	5	25	32	1.80
21172078--21172180	37	2.8	37	92	0	170	24	19	31	25	1.98
21173469--21173810	40	8.9	40	85	9	451	23	19	28	27	1.98
21173672--21173728	28	2.0	28	96	0	105	21	24	31	22	1.98
21173632--21173768	68	2.0	68	94	0	238	24	20	28	27	1.99
21173592--21173788	108	1.8	108	93	2	342	24	19	28	27	1.98
21177245--21177406	48	3.4	48	94	0	270	37	5	24	32	1.78
21177385--21177430	24	1.9	24	95	0	83	34	0	23	41	1.55
21177337--21177478	72	2.0	72	95	0	257	37	4	23	34	1.76
21177245--21177560	168	1.9	168	92	0	533	37	6	24	32	1.80
21177409--21177560	48	3.2	48	91	0	241	36	6	25	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177289--21177526	120	2.0	120	91	0	386	36	5	23	34	1.78
21177701--21177803	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
21179906--21179936	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
21182850--21182874	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21182882--21182950	7	9.9	7	93	0	111	17	0	0	82	0.67
21182873--21182950	21	3.7	21	91	1	111	19	0	1	79	0.80
21184176--21184362	41	4.5	42	89	4	283	23	23	21	31	1.98
21184176--21184362	83	2.3	82	90	1	295	23	23	21	31	1.98
21185316--21185391	26	2.8	26	86	4	98	35	21	11	31	1.89
21185496--21185599	27	3.9	27	81	9	106	21	21	22	35	1.96
21191689--21191796	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
21193419--21193532	27	4.2	27	84	10	153	17	24	22	35	1.95
21193416--21193524	54	2.0	54	92	1	184	17	25	22	34	1.95
21193419--21193550	27	4.9	26	83	10	124	18	25	21	34	1.96
21198403--21198452	9	5.2	10	75	18	52	40	0	0	60	0.97
21198403--21198442	20	2.0	20	85	9	55	42	0	0	57	0.98
21205061--21205231	86	2.0	86	95	0	306	38	22	6	32	1.79
21209301--21209411	27	4.1	26	85	7	141	37	23	22	16	1.93
21209301--21209411	54	2.1	54	87	3	161	37	23	22	16	1.93
21210819--21210865	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
21217121--21217214	27	3.5	26	83	8	116	40	23	22	13	1.90
21217121--21217232	27	4.1	27	79	7	102	39	23	22	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21218649--21218695	24	2.0	24	95	0	85	25	38	0	36	1.56
21221304--21221548	40	6.2	40	88	2	300	24	22	27	26	1.99
21226409--21226618	115	1.8	114	82	7	273	24	20	28	25	1.99
21226383--21226593	40	5.5	40	81	10	226	24	20	28	26	1.99
21227322--21227415	27	3.5	26	83	8	116	40	23	22	13	1.90
21227322--21227433	27	4.1	27	79	7	102	39	23	22	15	1.91
21228844--21228890	24	2.0	24	95	0	85	25	38	0	36	1.56
21231495--21231737	40	6.2	40	92	3	336	24	21	27	26	2.00
21239799--21240001	40	5.1	40	90	3	261	24	21	28	26	1.99
21242372--21242439	32	2.1	32	97	0	127	33	29	4	32	1.77
21242501--21242588	28	3.1	28	73	9	81	26	32	14	26	1.95
21242501--21242644	57	2.5	55	82	5	171	26	30	17	25	1.97
21248146--21248333	49	3.8	49	78	5	225	27	17	26	29	1.97
21248145--21248328	100	1.8	100	91	0	305	26	17	26	29	1.97
21254047--21254241	49	3.9	49	78	2	210	29	16	25	29	1.97
21254049--21254236	100	1.9	100	88	0	286	28	17	24	29	1.97
21273706--21273754	22	2.2	23	85	10	66	22	2	2	73	1.04
21277107--21277164	30	1.9	32	86	10	86	1	39	0	58	1.08
21282493--21282541	14	3.5	14	88	5	64	14	6	40	38	1.71
21282566--21282597	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
21282572--21282654	39	2.2	39	91	4	134	57	0	1	40	1.06
21284583--21284665	39	2.2	39	93	2	141	24	12	15	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21286137--21286262	60	2.1	60	98	0	243	34	7	13	45	1.71
21286589--21287126	106	5.2	105	89	4	786	34	7	4	53	1.49
21287211--21287494	9	30.7	9	66	20	72	46	15	3	35	1.63
21287214--21287477	74	3.5	74	85	5	359	45	14	3	35	1.63
21293248--21293330	31	2.6	31	82	3	85	15	7	19	57	1.61
21297071--21297161	34	2.7	34	78	11	98	29	26	19	24	1.98
21298575--21298642	5	13.0	5	76	14	66	76	0	22	1	0.87
21298576--21298643	8	8.5	8	69	11	50	77	0	20	1	0.84
21303286--21303326	5	8.2	5	84	10	57	75	0	24	0	0.80
21303286--21303326	14	2.7	15	81	11	57	75	0	24	0	0.80
21304216--21304259	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
21309276--21309633	93	3.9	94	89	2	535	30	27	18	23	1.98
21309267--21309629	46	7.8	46	70	10	265	30	27	18	23	1.98
21309638--21309747	55	2.0	55	96	0	202	21	27	12	38	1.90
21315116--21315478	46	7.8	45	71	16	269	29	28	18	23	1.98
21315124--21315482	93	3.9	93	90	0	558	28	28	18	23	1.98
21323327--21323370	22	2.0	22	100	0	88	22	9	54	13	1.67
21325317--21325483	46	3.6	45	75	13	142	29	27	20	22	1.99
21325316--21325488	93	1.9	93	87	0	256	28	28	20	21	1.98
21341654--21341694	13	3.2	13	93	6	66	24	29	29	17	1.97
21342816--21342932	41	2.8	42	84	3	148	22	24	14	38	1.92
21343813--21343875	23	2.6	24	73	12	58	60	6	0	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21344856--21344915	25	2.4	25	83	10	70	38	26	13	21	1.90
21344883--21344984	42	2.5	42	87	3	154	36	25	16	21	1.94
21348540--21348569	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
21349556--21349595	21	1.9	21	84	0	53	22	2	27	47	1.64
21356365--21356397	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
21376030--21376092	23	2.8	23	78	9	67	34	19	20	25	1.96
21376053--21376152	23	4.2	24	75	10	82	36	19	22	23	1.95
21384128--21384311	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
21384208--21384358	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
21391112--21391314	27	7.6	27	85	3	221	29	13	28	29	1.94
21399816--21399968	43	3.6	43	79	5	168	27	15	22	33	1.95
21412656--21412758	42	2.4	43	80	6	120	32	27	16	24	1.96
21417999--21418202	38	5.3	38	80	2	201	32	25	20	21	1.97
21421315--21421453	43	3.2	43	83	9	167	28	15	23	31	1.96
21425065--21425124	21	2.9	21	77	5	68	13	16	16	53	1.73
21425044--21425124	42	1.9	42	85	5	110	16	16	14	53	1.74
21427515--21427564	18	2.8	18	84	3	57	12	30	42	16	1.84
21434716--21434811	23	4.2	23	76	4	97	25	25	18	31	1.98
21434726--21434846	46	2.6	46	82	7	131	27	23	17	31	1.97
21434758--21434846	24	3.8	24	76	16	89	28	24	16	30	1.97
21436255--21436432	40	4.5	40	91	3	263	24	26	24	24	2.00
21444075--21444251	40	4.4	40	91	3	261	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21452198--21452332	23	5.9	23	75	9	98	27	20	17	35	1.94
21452219--21452345	23	5.4	23	75	12	100	27	19	15	37	1.92
21452777--21452840	32	2.0	32	90	0	101	39	18	14	28	1.90
21455308--21455347	19	2.1	19	85	0	53	50	2	10	37	1.50
21464019--21464194	45	4.0	45	91	1	275	22	22	28	26	1.99
21464668--21464700	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
21467727--21467769	21	2.0	21	82	8	52	53	0	16	30	1.43
21470316--21470395	38	2.1	39	81	6	92	35	28	17	18	1.94
21472318--21472357	20	2.1	19	85	4	53	42	10	10	37	1.72
21472599--21472648	22	2.3	22	86	3	66	24	36	26	14	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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