genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--13307	7	1897.7	7	98	1	25625	42	42	0	14	1.46
13316--13456	22	6.5	21	86	4	158	39	29	14	15	1.88
13318--13456	44	3.2	43	85	9	176	40	30	15	14	1.86
13316--13456	66	2.2	63	83	6	174	39	29	14	15	1.88
31244--31271	14	2.0	14	100	0	56	50	21	14	14	1.78
44199--44345	47	3.1	47	95	2	253	31	26	8	34	1.86
51631--51687	24	2.3	24	79	8	62	56	7	0	36	1.27
51678--51729	26	2.0	26	85	7	70	59	7	3	28	1.43
55167--55260	47	2.0	47	89	4	145	32	26	6	34	1.82
57221--57293	33	2.3	33	86	9	98	64	2	2	30	1.21
62089--62273	92	2.0	93	94	1	327	17	11	15	55	1.68
62712--62744	16	2.1	16	94	0	57	27	21	6	45	1.75
63673--63712	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
63677--63720	20	2.2	20	91	0	70	52	0	2	45	1.13
63728--63800	32	2.2	33	81	13	89	53	13	2	30	1.54
74299--74334	15	2.5	15	95	4	65	27	11	0	61	1.30
79341--79429	46	1.9	46	90	0	142	33	0	19	47	1.50
113210--113322	57	2.0	57	91	0	181	21	12	28	38	1.89
114733--114782	25	2.0	25	100	0	100	44	4	16	36	1.66
121723--121877	43	3.6	43	78	12	140	30	25	19	25	1.98
125954--125983	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
125968--126013	15	2.8	18	81	12	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126107--126173	17	3.9	18	75	13	61	37	0	5	56	1.24
126214--126269	16	3.5	16	70	15	53	32	0	1	66	1.03
127315--127362	25	1.9	25	82	0	60	33	37	4	25	1.75
149293--149351	30	2.0	30	83	6	75	35	5	10	49	1.59
149745--149789	19	2.4	18	79	17	56	26	2	0	71	0.98
150639--150671	17	1.9	17	93	0	57	51	0	3	45	1.16
153679--153714	15	2.5	15	95	4	65	16	25	11	47	1.79
161365--161416	21	2.4	21	74	3	50	51	7	15	25	1.69
165253--165312	26	2.3	27	77	16	63	30	5	5	60	1.40
165326--165397	28	2.6	29	82	6	85	48	1	4	45	1.30
171655--171681	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
186382--186415	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
191012--191045	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
191478--191525	21	2.3	20	82	7	51	56	2	2	39	1.23
198305--198464	39	4.1	39	95	0	275	20	23	30	25	1.98
200859--200980	50	2.5	49	82	5	142	27	22	13	36	1.92
210543--210582	19	2.1	19	86	9	55	27	5	5	62	1.37
210600--210640	22	2.0	22	85	9	59	29	0	7	63	1.21
214141--214201	21	2.8	23	85	14	94	34	27	24	13	1.93
214127--214213	21	4.0	23	79	10	83	36	25	22	14	1.93
214586--214635	15	3.4	15	91	2	84	52	12	0	36	1.39
215913--215949	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215972--216000	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
222968--223038	37	1.9	37	83	11	92	53	1	2	42	1.24
223153--223201	11	4.4	11	77	12	55	28	4	0	67	1.09
232971--233019	24	2.0	24	84	0	62	42	0	2	55	1.11
240132--240157	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
240031--241847	102	17.7	102	80	12	1910	23	30	5	40	1.78
240361--240553	90	2.1	90	95	0	341	24	30	5	38	1.79
240253--241847	192	7.9	194	84	11	1944	23	30	5	40	1.77
240541--240577	3	12.3	3	94	0	65	0	29	0	70	0.88
240451--240790	108	3.0	117	86	7	545	19	31	4	44	1.71
240648--240688	3	13.7	3	94	0	73	0	29	0	70	0.87
241251--241282	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
241060--241789	108	7.0	105	83	11	828	24	30	5	40	1.77
242903--242935	16	2.0	17	88	5	50	24	12	0	63	1.28
245831--246412	235	2.4	239	84	5	728	41	20	8	29	1.82
246402--246442	12	3.3	12	87	12	57	85	0	14	0	0.60
246403--246442	18	2.2	18	91	8	64	85	0	15	0	0.61
251568--251693	63	2.0	62	87	4	182	51	8	23	16	1.72
260514--260542	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
267395--267442	25	1.9	25	83	8	62	35	2	8	54	1.42
273552--273598	22	2.1	22	84	7	60	21	19	14	44	1.86
274034--274163	9	14.9	9	73	17	73	66	1	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274051--274141	8	11.1	8	76	15	62	68	1	0	30	0.97
274033--274171	20	7.2	20	69	21	75	66	1	0	30	1.05
274035--274180	48	3.1	47	74	12	138	67	1	0	30	1.04
274082--274126	22	2.0	21	84	16	56	60	2	0	37	1.09
274083--274130	14	3.2	14	85	14	53	60	2	0	37	1.09
274134--274180	20	2.3	20	86	13	62	65	2	0	31	1.04
277663--277917	130	2.0	130	96	0	465	34	14	17	33	1.91
285056--285080	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
285435--285484	3	16.7	3	87	0	73	32	0	36	32	1.58
310555--310617	30	2.2	29	80	8	74	58	4	7	28	1.47
312878--312955	22	3.4	22	77	13	77	60	3	5	30	1.36
313215--313257	23	1.9	22	90	4	68	53	4	6	34	1.49
313254--313320	11	6.1	11	75	13	57	56	4	2	35	1.35
313223--313313	22	4.2	20	74	18	67	54	4	4	36	1.40
313247--313331	44	1.9	45	85	2	118	56	3	3	36	1.34
313307--313345	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
313367--313414	15	3.0	16	81	9	62	60	4	0	35	1.16
325055--325105	18	2.8	18	90	0	75	27	23	15	33	1.95
331870--331980	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
341023--341110	40	2.1	40	87	8	122	38	21	9	30	1.85
342376--342474	49	2.0	49	100	0	198	35	22	22	20	1.96
343797--343916	40	3.0	40	95	0	204	28	24	2	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350375--350437	25	2.5	26	87	10	96	36	14	12	36	1.84
354601--354651	25	2.0	25	100	0	102	19	11	25	43	1.85
355394--355436	20	2.2	20	83	8	52	65	4	9	20	1.40
391087--391118	13	2.5	13	100	0	64	12	34	18	34	1.89
394253--394285	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
394566--394839	46	6.0	46	86	3	293	22	21	12	43	1.86
394571--394839	92	2.9	92	88	2	362	22	21	12	43	1.86
394813--394865	26	2.0	26	100	0	106	26	26	7	39	1.83
396456--396763	43	7.2	43	87	3	419	27	32	16	23	1.96
400724--400760	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
401049--401078	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
401146--401175	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
401205--401237	13	2.5	13	95	0	57	33	0	30	36	1.58
402287--402321	17	2.1	17	88	0	52	17	0	28	54	1.43
402389--402556	41	4.1	40	91	3	237	19	23	22	35	1.96
402389--402556	81	2.1	82	87	3	241	19	23	22	35	1.96
403197--403264	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
405711--405743	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
406024--406297	46	6.0	46	90	2	381	21	22	14	41	1.89
406029--406297	92	2.9	92	92	1	432	20	23	14	42	1.88
406029--406287	138	1.9	138	90	1	421	20	22	14	42	1.89
406271--406323	26	2.0	26	100	0	106	26	26	7	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
408478--408545	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
414857--414893	17	2.2	18	80	14	51	67	0	0	32	0.91
428324--428388	25	2.6	24	90	9	103	46	7	9	36	1.65
433836--433860	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
438119--438143	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
439123--439182	28	2.1	28	93	0	102	35	8	11	45	1.71
448378--448445	33	2.1	33	100	0	136	23	14	22	39	1.91
449398--449488	18	5.1	18	82	2	94	32	18	12	36	1.88
450904--450949	6	8.2	6	83	9	53	28	0	0	71	0.86
453023--453080	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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