genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86235410--86235439	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
86243772--86243979	48	4.4	48	77	10	241	28	24	20	25	1.99
86243772--86243979	91	2.2	93	85	7	271	28	24	20	25	1.99
86248708--86248841	43	3.0	45	78	7	155	30	28	17	23	1.97
86255434--86255936	47	10.6	47	92	2	817	29	28	8	33	1.87
86255434--86255936	96	5.3	94	93	2	810	29	28	8	33	1.87
86255434--86255936	143	3.5	141	93	2	826	29	28	8	33	1.87
86257335--86257518	79	2.3	81	84	6	234	25	27	22	24	2.00
86257316--86257518	39	5.1	40	81	9	229	25	27	22	25	2.00
86263948--86264132	79	2.3	82	83	7	229	25	28	22	23	2.00
86263929--86264132	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
86275146--86275175	16	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
86276744--86276775	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
86285072--86285108	19	2.1	19	85	10	51	8	16	0	75	1.02
86289750--86289787	18	2.2	17	86	13	51	10	18	0	71	1.14
86292957--86293192	48	4.9	48	74	11	203	22	28	19	28	1.98
86293059--86293236	48	3.7	46	76	18	152	22	30	19	28	1.98
86296249--86296315	28	2.4	28	85	5	82	32	25	11	29	1.92
86303825--86303891	28	2.4	28	85	5	82	32	25	11	29	1.92
86319488--86319711	47	4.6	47	75	10	209	23	30	18	27	1.97
86335824--86335868	22	2.0	22	95	0	81	26	24	22	26	2.00
86336257--86336290	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86336301--86336376	27	2.8	28	80	9	79	31	2	6	59	1.37
86336301--86336398	27	3.5	28	75	23	75	30	3	8	58	1.43
86336878--86336910	17	1.9	17	88	11	50	36	12	0	51	1.39
86349409--86349707	79	3.9	77	74	11	285	28	18	20	33	1.96
86349813--86350134	55	5.9	55	93	0	504	30	13	18	37	1.89
86351552--86351596	22	2.0	22	95	0	81	26	24	22	26	2.00
86351986--86352019	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
86352030--86352106	27	2.8	28	80	7	79	31	2	6	59	1.36
86352030--86352128	28	3.5	28	75	20	75	30	3	8	58	1.42
86352535--86352586	27	1.9	27	88	0	77	36	11	1	50	1.50
86361919--86362030	43	2.6	43	78	5	136	29	26	15	28	1.96
86374072--86374118	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
86383887--86383949	25	2.5	25	94	0	108	47	11	20	20	1.80
86383887--86383984	31	3.4	30	78	8	89	48	12	18	20	1.79
86384103--86384162	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
86384203--86384254	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
86384920--86385044	27	4.6	27	83	4	162	28	8	23	40	1.83
86387143--86387197	25	2.2	25	96	0	101	45	10	21	21	1.82
86388140--86388203	27	2.4	27	86	0	92	28	21	15	34	1.94
86388184--86388281	27	3.6	27	79	5	108	26	8	21	43	1.80
86391790--86392207	39	10.7	39	91	1	617	19	20	29	30	1.97
86400986--86401021	17	2.1	17	100	0	72	36	22	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86402377--86402441	32	2.0	32	93	0	112	33	9	26	30	1.88
86410995--86411088	24	3.9	24	80	5	100	23	22	18	36	1.95
86411022--86411102	23	3.4	23	82	5	90	20	23	22	33	1.97
86418711--86418848	41	3.4	41	86	4	190	26	17	27	28	1.98
86420056--86420149	42	2.2	42	90	0	152	17	21	36	25	1.94
86422487--86422589	37	2.8	37	92	0	170	24	32	20	23	1.98
86422730--86423538	48	16.9	49	94	3	1400	30	26	6	36	1.81
86435971--86436008	18	2.1	18	85	9	51	36	0	5	57	1.21
86443491--86443534	17	2.6	17	81	0	52	20	6	2	70	1.21
86444172--86444223	24	2.3	21	81	12	59	55	1	19	23	1.53
86444716--86444745	14	2.1	15	93	6	53	43	0	6	50	1.28
86446213--86446276	32	2.1	30	82	11	76	26	4	3	65	1.27
86448250--86448292	19	2.3	19	95	0	77	37	13	2	46	1.57
86452396--86452451	27	2.1	27	100	0	112	33	26	17	21	1.96
86457590--86457647	22	2.6	21	79	15	55	22	3	6	67	1.30
86457582--86457657	31	2.5	31	78	8	84	27	2	5	64	1.28
86459300--86459346	23	2.0	23	91	0	76	31	4	8	55	1.49
86460027--86460065	18	2.2	17	86	4	51	28	0	2	69	1.02
86460095--86460123	10	3.0	10	95	5	51	72	0	0	27	0.85
86460517--86460558	21	2.0	21	100	0	84	52	14	9	23	1.71
86461403--86461444	17	2.4	17	92	4	66	45	2	0	52	1.13
86469919--86470045	42	3.0	42	80	6	141	22	14	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86470718--86470762	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
86476246--86476308	32	2.0	32	84	3	83	41	15	12	30	1.85
86476334--86476372	17	2.4	16	82	4	51	28	0	2	69	1.02
86478160--86478205	22	2.0	23	91	4	76	50	4	0	45	1.21
86481576--86481649	37	2.0	37	100	0	148	37	16	16	29	1.90
86482850--86482906	21	2.6	22	77	8	71	38	5	3	52	1.41
86484793--86484819	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
86484785--86484819	16	2.2	16	89	0	52	60	2	0	37	1.12
86485615--86485687	36	2.0	36	97	0	137	32	21	6	38	1.80
86486551--86486597	15	3.4	15	72	22	57	29	6	8	55	1.55
86486550--86486603	26	2.1	26	100	0	108	31	7	7	53	1.56
86490200--86490235	18	2.1	18	89	5	56	30	0	0	69	0.89
86497063--86497105	22	2.0	22	95	4	79	39	18	9	32	1.83
86504012--86504116	50	2.0	53	85	9	144	23	5	20	49	1.70
86507729--86507780	24	2.3	23	80	12	54	65	9	3	21	1.38
86508142--86508166	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
86508346--86508395	16	3.2	16	73	21	52	48	4	0	48	1.20
86508354--86508400	14	3.2	14	80	11	58	55	2	0	42	1.12
86515607--86515641	12	2.9	12	91	0	52	28	11	17	42	1.83
86516350--86516386	15	2.4	16	82	13	51	35	21	8	35	1.83
86525595--86525898	47	6.4	47	91	1	428	34	7	30	27	1.85
86528291--86528365	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86528418--86528724	40	7.7	40	91	1	465	24	22	28	25	2.00
86532081--86532384	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
86543307--86543646	47	7.2	47	93	0	554	32	9	29	28	1.88
86554124--86554334	35	6.0	34	68	15	106	23	31	18	27	1.97
86557710--86557740	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
86557707--86557746	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
86557932--86558186	55	4.8	53	81	7	245	21	24	18	36	1.95
86557979--86558179	108	1.8	110	87	4	300	22	24	18	34	1.96
86581423--86581492	7	9.0	7	74	20	50	72	0	0	27	0.84
86581412--86581494	16	5.1	16	80	11	89	69	0	0	30	0.88
86581422--86581492	32	2.3	31	90	9	117	71	0	0	28	0.86
86581425--86581491	8	8.7	7	83	15	71	73	0	0	26	0.84
86581424--86581505	33	2.5	33	88	5	123	69	1	0	29	0.96
86581496--86581542	24	1.9	25	91	4	78	51	0	0	48	1.00
86582676--86582740	20	3.2	20	75	12	62	23	0	10	66	1.23
86590348--86590433	39	2.2	39	95	2	156	15	10	26	47	1.77
86597893--86597947	21	2.6	21	91	0	83	38	23	23	14	1.92
86601373--86601406	13	2.8	12	91	8	59	17	14	14	52	1.74
86611081--86611126	21	2.2	21	92	0	74	21	39	28	10	1.87
86611090--86611134	21	2.1	21	83	0	54	20	33	28	17	1.95
86614562--86614813	87	2.9	84	78	7	245	42	10	13	33	1.79
86620224--86620280	22	2.6	22	82	0	60	31	7	28	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86622035--86622080	22	2.1	22	95	0	83	30	4	15	50	1.63
86628337--86628419	22	3.6	24	73	20	79	55	4	6	33	1.46
86628595--86628645	16	3.2	17	81	15	56	60	1	3	33	1.26
86628954--86629045	27	3.4	27	76	14	75	53	3	4	39	1.37
86629289--86629419	58	2.3	56	85	10	176	54	4	3	36	1.39
86629368--86629495	11	11.2	12	67	20	62	60	3	3	32	1.28
86629344--86629421	35	2.3	34	85	12	99	55	5	3	35	1.40
86629373--86629497	22	5.8	21	70	24	91	60	3	3	32	1.28
86629368--86629498	47	3.0	42	78	18	135	61	3	3	32	1.27
86629326--86629447	58	2.1	58	80	8	133	56	3	6	33	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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