genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78748796--78748847	25	2.1	25	100	0	104	25	11	28	34	1.91
78751227--78751251	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
78752394--78752604	56	3.8	56	87	3	309	28	14	24	32	1.94
78752395--78752629	112	2.1	112	89	1	355	29	13	23	33	1.93
78752396--78752629	56	4.2	56	83	3	292	29	13	23	33	1.93
78752396--78752672	112	2.5	112	83	3	308	29	13	24	32	1.93
78757059--78757187	34	3.8	34	80	2	143	23	24	24	27	2.00
78757059--78757199	68	2.1	68	83	0	174	24	24	22	29	1.99
78758217--78758261	4	11.0	4	90	4	72	48	24	2	24	1.62
78759031--78759094	33	1.9	33	96	0	119	34	15	4	45	1.67
78768971--78769035	34	1.9	33	82	14	80	24	26	24	24	2.00
78769318--78769377	27	2.2	27	85	5	77	26	11	25	36	1.90
78772230--78772303	22	3.4	22	76	10	89	13	33	25	27	1.93
78772209--78772302	43	2.2	43	88	0	134	15	31	24	27	1.96
78774022--78774072	27	1.9	26	92	4	84	19	25	17	37	1.94
78774088--78774140	27	2.0	27	84	0	70	24	20	20	33	1.97
78774007--78774156	67	2.2	67	89	2	221	21	27	21	30	1.98
78775172--78775335	83	2.0	83	81	2	195	27	17	17	38	1.91
78779366--78779396	15	2.1	15	93	0	53	41	0	9	48	1.36
78785024--78785065	15	2.8	15	82	7	50	14	0	30	54	1.40
78788522--78788692	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
78788514--78788689	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78796063--78796234	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
78796056--78796231	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
78814470--78814503	15	2.1	17	89	10	54	44	29	0	26	1.55
78816227--78816266	5	7.6	5	86	8	53	42	2	0	55	1.13
78816267--78816312	13	3.6	13	85	5	58	73	4	15	6	1.19
78822109--78822254	40	3.7	40	80	7	136	24	21	26	27	2.00
78822165--78822254	40	2.2	40	90	3	137	25	20	26	27	1.99
78834798--78834847	26	1.9	26	83	0	64	30	12	16	42	1.84
78834993--78835027	6	5.8	6	86	0	52	20	25	0	54	1.45
78839357--78839465	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
78839611--78839795	48	3.8	48	88	4	282	30	25	6	36	1.82
78839611--78839794	98	1.9	97	89	4	291	30	26	6	36	1.82
78839765--78839958	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
78839858--78839929	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
78843400--78843811	47	8.7	47	93	2	675	32	8	29	28	1.88
78843400--78843811	187	2.2	189	92	2	686	32	8	29	28	1.88
78843930--78844044	37	3.1	37	92	2	187	22	19	32	26	1.97
78847335--78847420	38	2.3	38	97	0	163	26	16	26	30	1.97
78848017--78848241	40	5.6	40	84	4	256	24	23	28	23	2.00
78848017--78848277	80	3.3	80	83	3	303	25	22	27	24	2.00
78848017--78848241	120	1.9	121	85	6	314	24	23	28	23	2.00
78852083--78852122	20	2.0	20	95	0	71	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78855242--78855297	29	1.9	29	92	0	94	21	5	32	41	1.76
78855727--78855772	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
78855734--78855778	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
78862799--78862844	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
78862806--78862850	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
78865737--78865901	61	2.8	59	77	15	155	52	4	2	40	1.36
78871507--78871557	21	2.4	21	86	3	66	15	35	33	15	1.90
78873017--78873049	16	1.9	18	88	11	52	51	27	0	21	1.48
78875577--78875646	26	2.7	27	82	6	81	27	24	21	27	1.99
78883371--78883592	100	2.2	98	87	2	309	29	27	18	25	1.98
78883371--78883592	49	4.5	49	84	3	300	29	27	18	25	1.98
78883742--78883771	12	2.4	12	94	5	51	63	6	3	26	1.35
78886614--78886654	16	2.6	16	81	14	50	58	4	7	29	1.46
78889243--78889275	16	2.1	16	100	0	66	57	12	12	18	1.64
78892048--78892083	19	1.9	19	88	5	56	55	0	19	25	1.43
78900616--78900709	42	2.3	42	81	5	120	48	14	5	30	1.66
78900727--78900766	19	2.2	18	86	4	53	45	10	2	42	1.51
78904463--78904558	42	2.3	41	80	5	111	46	14	7	31	1.72
78904576--78904615	19	2.2	18	86	4	53	40	12	2	45	1.56
78927218--78927255	19	2.1	19	85	5	51	31	10	10	47	1.72
78928909--78928953	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
78930095--78930130	16	2.2	16	90	9	56	75	0	2	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78934989--78935289	46	6.3	47	80	7	234	28	19	28	22	1.98
78934994--78935303	94	3.3	92	79	8	291	28	19	28	23	1.98
78935134--78935311	49	3.7	49	81	5	173	29	20	26	22	1.99
78939138--78939175	17	2.3	17	86	4	51	71	0	21	7	1.11
78939131--78939168	20	2.0	20	89	5	60	71	0	23	5	1.07
78946412--78946449	20	2.0	20	94	5	69	71	0	26	2	1.00
78948399--78948523	46	2.7	43	84	9	135	29	20	27	23	1.98
78948742--78948795	28	1.9	28	96	0	99	38	16	16	27	1.90
78950655--78950718	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
78950621--78950728	36	3.0	36	79	1	110	39	13	8	37	1.75
78950669--78950725	18	3.2	18	75	9	62	38	15	8	36	1.79
78950735--78950805	18	3.9	18	75	3	70	43	16	7	32	1.75
78950751--78950802	19	2.8	19	82	2	61	50	13	3	32	1.60
78950917--78951009	47	2.0	47	93	0	159	38	22	21	17	1.93
78950920--78951026	47	2.3	47	88	0	151	42	21	17	17	1.89
78952267--78952306	17	2.4	16	91	4	62	0	30	0	70	0.88
78952385--78952417	14	2.4	14	90	5	50	51	6	0	42	1.26
78953219--78953386	46	3.6	44	77	13	135	25	27	18	28	1.98
78954615--78954785	49	3.5	48	76	5	166	28	18	27	25	1.98
78956448--78956506	15	3.9	15	79	0	64	10	13	16	59	1.61
78958547--78958766	49	4.6	49	68	11	145	27	19	29	24	1.98
78964292--78964349	18	3.2	18	85	4	73	13	25	41	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78964709--78964786	38	2.1	38	90	0	120	25	12	33	28	1.93
78965628--78965675	25	1.9	25	82	0	60	31	10	18	39	1.85
78980245--78980289	13	3.5	13	93	0	63	31	31	24	13	1.93
78980246--78980298	26	2.0	27	85	3	72	24	30	28	16	1.97
78987104--78987163	30	2.0	30	93	0	102	28	1	11	58	1.43
78988607--78988661	16	3.4	16	87	0	83	32	5	30	30	1.80
78988607--78988675	32	2.2	32	86	5	95	34	7	27	30	1.84
78988817--78988867	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
78988827--78988967	57	2.4	56	80	8	147	51	3	1	43	1.27
78992543--78992708	43	3.9	43	83	2	201	27	14	25	32	1.95
79006447--79006508	24	2.8	24	74	16	62	50	17	1	30	1.56
79006926--79006984	22	2.6	24	74	15	63	50	15	1	32	1.54
79013491--79013650	43	3.7	42	80	9	164	23	18	26	31	1.97
79018044--79018111	21	3.3	21	83	2	84	20	23	36	19	1.95
79022180--79022316	46	3.0	45	75	12	152	29	29	19	21	1.98
79022188--79022331	46	3.1	44	68	21	98	29	28	19	22	1.98
79024669--79024755	29	3.0	29	78	9	88	56	16	16	11	1.67
79024669--79024746	14	5.4	15	76	11	74	57	14	16	11	1.65
79024683--79024755	14	5.1	14	75	15	60	54	16	16	12	1.70
79027690--79027861	93	1.8	93	87	2	256	29	30	19	21	1.97
79027682--79027857	46	3.8	45	75	11	160	30	29	18	21	1.97
79039074--79039148	37	2.0	37	94	0	132	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79049835--79049867	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
79053185--79053258	36	2.1	36	97	0	139	39	16	14	29	1.88
79063954--79063978	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
79065589--79065703	50	2.3	50	80	3	133	40	19	16	24	1.91
79076653--79076788	48	2.8	48	86	0	182	27	22	22	27	1.99
79083905--79083935	13	2.5	13	94	5	55	16	22	22	38	1.92
79089699--79089733	12	2.8	13	91	4	54	17	0	0	82	0.66
79089699--79089733	18	2.0	18	94	5	63	17	0	0	82	0.66
79091322--79091378	6	10.0	6	86	3	66	19	0	3	77	0.92
79091322--79091378	12	5.1	11	87	8	80	19	0	3	77	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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