genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79093742--79093775	16	2.1	16	94	0	59	35	8	14	41	1.77
79096533--79096758	40	5.7	40	87	4	280	25	20	26	26	1.99
79098234--79098267	18	1.9	17	100	0	59	14	38	29	17	1.90
79100011--79100206	81	2.4	81	85	5	270	34	17	20	27	1.95
79100011--79100206	27	7.3	27	84	6	245	34	17	20	27	1.95
79100411--79100480	25	2.8	25	97	0	131	24	25	24	25	2.00
79100411--79100505	50	1.9	50	85	8	131	26	24	24	25	2.00
79109173--79109264	27	3.4	26	82	11	105	29	26	5	39	1.78
79109148--79109284	54	2.5	53	73	12	118	32	25	7	34	1.84
79109263--79109419	27	5.8	27	76	5	138	40	20	9	29	1.84
79109431--79109482	27	1.9	27	85	14	72	40	11	11	36	1.78
79109536--79109600	27	2.4	27	82	5	78	36	20	23	20	1.95
79110394--79110462	25	2.8	25	93	0	111	26	26	23	24	2.00
79110394--79110489	25	3.9	24	82	10	81	28	23	22	25	2.00
79110682--79110764	31	2.7	31	92	3	134	28	16	25	28	1.97
79112720--79112755	18	2.0	18	100	0	72	38	27	0	33	1.57
79112893--79112989	41	2.4	41	98	0	185	23	28	25	21	1.99
79130557--79130646	41	2.2	40	88	5	128	24	26	15	33	1.95
79134540--79134568	11	2.6	11	100	0	58	20	10	27	41	1.85
79143882--79144109	48	4.8	48	78	11	254	26	19	25	28	1.99
79147440--79147482	22	1.9	22	90	4	68	46	13	2	37	1.57
79157835--79158122	47	6.1	47	88	0	414	32	11	29	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79157834--79158099	141	1.9	141	96	0	496	31	11	29	27	1.91
79158003--79158078	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
79157857--79158178	94	3.4	91	81	8	290	33	11	28	27	1.91
79158327--79158545	37	5.9	37	93	0	357	23	19	32	24	1.98
79161141--79161319	27	6.6	27	80	4	117	29	28	16	26	1.97
79161141--79161319	55	3.3	55	80	10	206	29	28	16	26	1.97
79161162--79161318	82	1.9	82	84	5	210	28	28	16	26	1.97
79169218--79169397	27	6.6	27	79	5	110	28	28	16	26	1.97
79169218--79169397	55	3.3	55	78	11	199	28	28	16	26	1.97
79169239--79169396	82	1.9	83	83	6	205	28	27	16	27	1.97
79172476--79172602	27	4.7	27	82	0	164	29	22	13	35	1.92
79172475--79172602	54	2.4	54	87	0	184	28	21	14	35	1.93
79175602--79175768	43	3.9	43	76	6	151	28	14	25	32	1.94
79176410--79176476	34	2.0	34	82	5	82	40	0	23	35	1.55
79179191--79179258	26	2.7	26	77	6	68	14	22	23	39	1.91
79179240--79179306	23	2.8	25	77	4	75	17	29	22	29	1.97
79179227--79179367	73	1.9	73	82	2	176	19	25	21	33	1.97
79179217--79179379	73	2.2	73	76	7	168	18	25	20	35	1.95
79181709--79181757	15	3.5	13	82	17	55	22	34	30	12	1.91
79188245--79188419	46	3.8	46	78	11	205	22	21	28	28	1.99
79191339--79191414	15	5.1	15	78	7	75	11	17	13	57	1.64
79193331--79193506	46	3.8	46	81	10	223	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79193327--79193498	93	1.8	93	93	0	299	22	21	29	27	1.99
79198004--79199104	550	2.0	550	99	0	2166	35	21	13	30	1.91
79209188--79209235	21	2.3	21	82	10	64	56	2	2	39	1.23
79214550--79214614	32	2.0	32	100	0	130	32	33	3	30	1.73
79236198--79236272	34	2.2	34	97	0	141	25	17	16	41	1.89
79236590--79236619	11	2.8	11	95	5	53	83	0	0	16	0.65
79237530--79237559	14	2.1	15	93	6	53	30	0	0	70	0.88
79245208--79245267	22	2.6	23	84	12	63	58	1	0	40	1.08
79245216--79245267	22	2.3	22	87	9	70	59	1	0	38	1.08
79247027--79247297	145	1.9	145	81	9	340	29	19	18	32	1.95
79247652--79247679	14	2.0	14	100	0	56	21	0	28	50	1.49
79249231--79249455	39	5.7	40	81	7	235	25	21	27	25	1.99
79249285--79249453	79	2.1	79	85	4	225	25	21	27	24	1.99
79249312--79249488	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
79257170--79257393	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
79257170--79257393	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
79257250--79257426	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
79258812--79258882	7	10.0	7	76	3	61	19	0	32	47	1.50
79258846--79258885	21	1.9	21	94	0	71	10	0	42	47	1.37
79258842--79258899	28	2.0	29	90	3	91	13	0	41	44	1.44
79258988--79259090	51	2.0	51	98	0	197	38	1	10	48	1.49
79259080--79259169	14	6.4	14	69	7	56	23	2	30	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79259452--79259503	20	2.5	22	75	12	56	26	0	26	46	1.53
79259684--79259720	18	2.1	18	90	5	58	45	0	2	51	1.15
79259683--79259723	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
79268239--79268372	26	5.2	26	90	0	205	32	6	22	38	1.80
79273009--79273095	43	2.0	43	84	0	111	26	17	29	26	1.97
79274691--79274747	29	2.0	29	96	0	105	38	5	10	45	1.61
79280012--79280039	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
79285185--79285247	19	3.0	22	75	17	71	36	17	7	38	1.79
79285208--79285333	35	3.5	36	89	7	193	35	15	11	37	1.84
79285208--79285333	54	2.3	54	97	0	243	35	15	11	37	1.84
79285222--79285331	17	6.5	15	86	10	87	35	15	11	37	1.84
79285208--79285333	19	6.9	19	88	10	201	35	15	11	37	1.84
79285727--79285889	87	1.9	85	82	6	202	26	20	17	34	1.95
79285914--79285996	44	1.9	44	85	2	114	26	26	15	31	1.96
79285638--79286125	260	1.9	255	86	3	701	26	22	17	33	1.96
79285959--79286662	205	3.5	205	94	0	1211	28	22	18	30	1.97
79286640--79286747	44	2.4	44	87	3	153	25	28	17	28	1.97
79286727--79287001	44	6.3	44	70	12	163	28	24	17	30	1.97
79286727--79287001	132	2.1	131	92	0	451	28	24	17	30	1.97
79287893--79287984	1	92.0	1	71	0	58	2	13	0	84	0.71
79287893--79287981	7	12.7	7	78	14	87	2	13	0	84	0.72
79287893--79287982	8	11.6	8	77	14	91	2	13	0	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79287893--79287984	17	5.4	16	82	7	94	2	13	0	84	0.71
79287893--79287973	23	3.4	23	83	8	99	2	12	0	85	0.70
79290743--79290945	40	5.1	40	85	5	252	22	23	29	25	1.99
79296877--79296934	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
79296913--79297047	71	1.9	71	96	0	252	37	14	11	37	1.82
79296919--79297063	17	8.2	19	87	10	166	36	13	12	37	1.83
79296919--79297063	71	2.0	71	92	5	240	36	13	12	37	1.83
79296925--79297055	54	2.5	53	94	2	228	36	14	11	37	1.82
79297919--79297973	30	1.9	27	85	10	74	38	16	16	29	1.90
79300183--79300210	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
79300624--79300664	12	3.3	13	83	6	50	9	17	2	70	1.25
79300820--79300866	15	2.8	17	78	15	62	10	19	21	48	1.78
79301131--79301169	17	2.2	18	86	4	53	48	12	2	35	1.55
79302594--79302649	25	2.3	25	84	9	71	37	0	1	60	1.07
79308314--79308349	13	2.8	13	82	0	54	52	2	16	27	1.57
79310945--79310996	18	2.9	18	82	0	59	40	13	15	30	1.86
79310971--79311026	18	3.1	18	82	5	60	39	12	14	33	1.83
79319655--79319681	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
79320663--79320749	42	2.1	42	82	4	104	13	20	18	47	1.83
79320693--79320750	21	2.8	21	70	0	53	15	24	17	43	1.87
79321447--79321517	35	2.0	35	100	0	142	26	2	30	39	1.71
79325891--79325933	21	2.0	21	82	8	52	39	9	4	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79328381--79328449	21	3.3	21	73	2	68	23	34	24	17	1.96
79331197--79331234	16	2.4	16	91	4	60	42	13	18	26	1.87
79342067--79342222	52	3.0	52	83	4	188	26	16	25	32	1.96
79343017--79343070	20	2.7	20	91	0	90	18	33	31	16	1.93
79363173--79363205	17	1.9	17	100	0	66	42	6	36	15	1.71
79368669--79368723	21	2.7	20	80	5	65	69	3	3	23	1.21
79373310--79373415	43	2.5	43	78	9	117	32	21	15	31	1.94
79378511--79378649	27	5.1	28	90	6	191	35	23	24	17	1.95
79379039--79379068	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
79382690--79382865	46	3.8	46	70	15	137	27	19	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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