genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34610366--34610455	47	1.9	47	90	0	144	26	26	11	35	1.90
34619725--34620132	47	8.6	47	90	4	620	32	8	29	30	1.86
34619725--34620132	96	4.3	96	91	3	641	32	8	29	30	1.86
34622187--34622289	43	2.4	43	96	0	197	22	14	35	27	1.93
34622271--34622344	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
34622731--34622954	40	5.8	40	95	4	383	25	23	25	24	2.00
34622652--34622932	80	3.6	79	88	4	374	25	23	26	24	2.00
34622731--34622954	79	2.9	80	94	5	383	25	23	25	24	2.00
34622731--34622954	119	1.9	115	91	8	373	25	23	25	24	2.00
34626558--34627014	47	9.6	47	91	4	700	32	8	29	29	1.86
34630912--34630954	16	2.7	16	81	0	50	55	23	13	6	1.62
34631063--34631098	18	1.9	19	88	5	56	25	16	38	19	1.92
34631177--34631278	29	3.6	29	86	1	134	25	16	29	28	1.97
34631177--34631287	58	1.9	57	87	1	159	26	16	29	27	1.97
34632300--34632345	21	2.2	21	84	3	58	21	2	21	54	1.56
34637136--34637472	180	1.9	180	88	1	514	32	20	8	38	1.82
34638108--34638340	51	4.7	49	76	11	213	31	26	16	25	1.97
34638014--34638399	101	3.8	100	77	6	370	30	25	16	26	1.97
34637995--34638442	150	3.0	150	86	2	594	31	25	16	26	1.96
34638003--34638442	50	8.7	50	77	4	391	31	25	16	26	1.96
34642257--34642345	45	2.0	44	87	8	128	23	13	29	33	1.93
34642754--34642792	19	2.1	19	90	0	60	41	7	17	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34643112--34643162	16	3.2	16	75	8	50	21	1	21	54	1.54
34644883--34645060	46	3.8	46	77	12	184	21	20	28	29	1.98
34649923--34650099	27	6.6	27	83	4	196	27	15	28	29	1.96
34649924--34650078	82	1.9	80	86	5	222	27	15	28	29	1.96
34649920--34650099	82	2.2	80	82	3	218	27	15	27	29	1.96
34650004--34650110	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
34657595--34657696	44	2.3	45	89	5	163	22	15	35	26	1.94
34657682--34657753	29	2.5	30	82	12	82	27	16	30	25	1.97
34658147--34658417	40	6.8	40	92	5	435	26	22	26	24	2.00
34789132--34789184	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
34789126--34789192	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
34789241--34789402	24	7.0	23	78	14	131	28	19	22	29	1.98
34789242--34789401	45	3.5	46	81	10	170	28	20	22	29	1.98
34789595--34789657	31	2.0	31	90	0	99	34	15	25	23	1.95
34792071--34792253	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
34792072--34792255	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
34792124--34792288	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
34800220--34800402	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
34800221--34800423	40	5.1	39	79	11	182	25	22	27	24	2.00
34800273--34800437	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	25	1.99
34805452--34805479	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
34807828--34807860	12	2.6	13	85	9	50	63	0	24	12	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34812679--34812808	47	2.8	48	79	13	155	30	29	19	21	1.97
34812682--34812827	46	3.2	46	74	13	131	29	28	19	23	1.98
34820692--34820797	23	4.6	22	75	15	99	24	21	19	33	1.97
34820671--34820797	45	2.8	46	83	9	145	25	21	19	33	1.97
34820671--34820796	46	2.8	45	84	8	141	25	21	19	33	1.97
34820671--34820794	22	5.5	22	72	15	83	25	21	20	32	1.98
34822417--34822486	32	2.2	32	94	0	122	22	11	22	42	1.85
34838160--34838268	27	4.0	26	81	8	119	38	22	22	17	1.93
34838380--34838442	28	2.2	28	91	0	99	30	9	28	31	1.89
34839444--34839476	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
34841165--34841307	76	1.9	75	97	1	268	23	22	20	34	1.97
34845904--34846013	27	4.2	26	82	8	116	35	21	24	18	1.95
34846122--34846184	28	2.2	28	88	0	90	31	9	26	31	1.88
34847250--34847282	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
34851400--34851652	68	3.8	65	79	9	221	25	28	15	30	1.96
34858929--34859137	38	5.0	38	71	21	168	31	15	23	30	1.95
34858962--34859097	48	2.9	48	88	1	211	31	16	22	30	1.95
34861033--34861119	44	2.0	44	90	0	138	49	13	8	28	1.71
34861174--34861207	7	5.1	7	89	10	54	61	0	8	29	1.26
34861174--34861207	13	2.6	14	90	9	54	61	0	8	29	1.26
34861174--34861220	20	2.4	19	89	3	67	63	2	8	25	1.34
34863232--34863276	20	2.2	20	84	0	54	35	13	4	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34866872--34866983	27	4.1	27	80	7	120	16	24	21	37	1.94
34866872--34866983	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
34875102--34875170	26	2.7	26	81	2	86	20	17	20	42	1.90
34881290--34881355	33	2.0	33	97	2	125	42	9	15	33	1.78
34883712--34883740	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
34887888--34888021	39	3.4	38	73	13	121	28	18	21	31	1.97
34892514--34892659	43	3.4	43	88	1	206	30	34	20	13	1.92
34892631--34892714	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
34894614--34894831	40	5.5	40	85	4	266	25	27	23	22	2.00
34906064--34906328	131	2.0	132	94	2	460	41	18	10	28	1.84
34909560--34909679	42	2.9	42	80	7	145	29	25	16	28	1.97
34910871--34910943	22	3.2	25	64	28	70	46	17	9	26	1.79
34910860--34910948	44	2.0	44	100	0	178	48	17	8	24	1.76
34914052--34914083	15	2.1	15	94	0	55	50	0	6	43	1.27
34914074--34914126	26	2.0	26	89	7	81	69	0	7	22	1.13
34914150--34914195	19	2.4	18	92	7	74	76	0	23	0	0.79
34914150--34914186	9	4.1	9	90	10	58	78	0	21	0	0.75
34914150--34914195	5	9.6	5	88	11	62	76	0	23	0	0.79
34914153--34914190	13	3.2	13	78	21	55	78	0	21	0	0.74
34918251--34918314	32	2.0	32	93	0	110	37	12	12	37	1.81
34925034--34925401	47	7.8	47	73	11	211	25	30	17	26	1.98
34925129--34925305	50	3.7	49	75	15	149	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34925183--34925350	46	3.6	47	78	12	152	25	30	16	27	1.97
34925273--34925398	46	2.7	46	81	4	137	24	30	17	26	1.97
34933333--34933499	34	4.9	33	73	6	138	29	12	14	43	1.83
34933321--34933498	68	2.6	68	83	0	214	30	12	14	42	1.83
34938164--34938196	13	2.5	13	100	0	66	30	48	21	0	1.50
34942546--34942584	21	1.9	20	89	5	60	12	28	43	15	1.83
34943922--34944092	46	3.7	45	78	9	175	25	25	18	30	1.98
34943870--34944092	94	2.4	93	81	5	252	24	25	19	30	1.98
34953664--34953712	22	2.2	22	89	7	73	14	26	14	44	1.83
34960999--34961023	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
34961419--34961455	5	7.2	5	87	6	56	21	0	2	75	0.92
34965605--34965861	69	3.8	68	81	6	288	41	18	19	21	1.91
34973910--34973945	13	2.8	13	91	4	56	0	16	0	83	0.65
34973910--34973953	21	2.1	21	83	8	54	0	15	4	79	0.89
34974568--34974614	20	2.3	21	85	10	62	27	4	2	65	1.22
34991452--34991492	13	3.2	13	83	12	50	60	4	0	34	1.18
34991579--34991603	11	2.3	11	100	0	50	52	24	0	24	1.48
34991891--34992008	25	4.8	25	65	10	64	55	5	0	38	1.28
34996826--34996934	56	2.0	56	83	5	141	30	6	6	56	1.49
34999398--34999445	24	2.0	24	95	0	87	43	8	10	37	1.69
35000109--35000148	19	2.0	19	85	9	53	57	25	5	12	1.55
35000842--35000967	37	3.2	39	75	10	123	35	21	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35006717--35006744	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
35013689--35013728	21	1.9	21	90	10	64	55	7	12	25	1.63
35015508--35015657	39	3.7	39	81	11	165	38	22	24	14	1.92
35015560--35015650	46	2.0	46	95	0	164	39	24	21	14	1.91
35029465--35029551	37	2.3	37	82	5	104	19	13	36	29	1.91
35031968--35032141	82	2.1	82	83	0	213	27	14	25	32	1.95
35036274--35036318	23	2.0	23	100	0	90	13	17	8	60	1.58
35042007--35042040	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
35051735--35051776	16	2.7	16	85	3	59	66	0	4	28	1.12
35056700--35056746	21	2.2	22	85	11	62	21	17	6	55	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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