genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51605711--51605746	17	2.3	15	90	9	54	80	0	19	0	0.71
51618362--51618506	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
51626389--51626574	41	4.6	41	80	7	209	26	24	25	24	2.00
51626389--51626574	81	2.3	81	92	0	309	26	24	25	24	2.00
51629481--51629637	43	3.7	42	74	13	142	26	17	25	29	1.98
51640589--51640628	16	2.5	16	87	0	62	22	12	20	45	1.84
51647415--51647479	28	2.3	28	92	5	105	35	29	6	29	1.82
51647585--51647674	28	3.2	28	78	13	105	18	23	24	33	1.97
51647595--51647685	27	3.2	28	80	7	87	20	25	20	32	1.97
51655444--51655531	27	3.2	28	78	14	103	19	22	25	32	1.97
51655454--51655542	29	3.2	28	79	7	85	21	24	21	32	1.98
51659244--51659468	112	2.0	112	98	0	432	32	20	7	40	1.80
51666926--51667001	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
51676639--51676739	50	2.0	50	92	0	166	31	21	5	40	1.77
51682190--51682247	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
51685980--51686290	46	6.5	45	73	11	185	29	19	27	23	1.98
51685980--51686300	94	3.3	95	76	8	276	28	19	27	23	1.98
51688145--51688315	93	1.8	93	89	0	270	29	28	20	21	1.98
51688142--51688309	46	3.6	45	75	15	164	29	28	20	22	1.98
51688735--51688794	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
51695480--51696074	198	3.0	197	98	0	1118	42	8	15	32	1.78
51698469--51698600	39	3.4	39	92	0	210	22	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51706445--51706575	39	3.4	39	90	1	192	22	26	21	29	1.99
51707714--51707751	14	2.9	14	84	7	53	42	7	2	47	1.46
51731869--51731926	27	2.1	27	90	0	89	32	25	12	29	1.92
51731875--51731942	27	2.5	27	87	0	100	30	27	13	27	1.94
51734398--51734452	28	2.0	27	82	10	67	36	29	23	10	1.89
51738013--51738040	12	2.3	12	100	0	56	75	7	0	17	1.03
51749515--51749557	22	2.0	22	90	9	70	20	13	27	37	1.91
51758339--51758465	47	2.6	49	82	4	152	25	28	20	25	1.99
51761230--51761289	10	6.0	10	81	11	70	66	3	8	21	1.33
51762805--51762842	11	3.4	11	92	3	58	78	0	0	21	0.74
51766308--51766529	40	5.7	40	85	7	278	24	22	27	25	2.00
51766308--51766529	78	2.8	79	85	6	274	24	22	27	25	2.00
51774198--51774421	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
51774198--51774421	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
51780255--51780314	20	3.0	20	80	9	61	66	5	8	20	1.37
51780255--51780314	10	6.0	10	79	11	52	66	5	8	20	1.37
51785371--51785555	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
51785372--51785555	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
51785372--51785588	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
51792613--51792673	19	3.0	20	68	17	63	21	32	13	32	1.91
51806397--51806664	104	2.6	105	92	1	441	18	20	30	30	1.97
51810239--51810305	33	2.0	33	88	0	98	20	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51814118--51814176	19	3.0	19	72	18	50	23	32	11	32	1.91
51814117--51814245	21	6.4	20	66	12	59	22	30	13	34	1.92
51814117--51814256	40	3.5	40	85	3	185	22	30	13	33	1.92
51817223--51817618	201	2.0	201	92	0	657	34	17	16	31	1.92
51825247--51825418	93	1.8	93	92	0	290	26	29	21	22	1.99
51825240--51825415	46	3.8	46	77	12	189	27	29	21	21	1.98
51825248--51825434	46	4.0	46	74	10	150	27	28	20	22	1.99
51829016--51829195	40	4.6	40	88	5	251	27	20	29	22	1.98
51829016--51829218	80	2.6	78	86	3	246	27	19	29	24	1.99
51836619--51836800	40	4.6	40	93	1	294	26	21	29	21	1.99
51836619--51836800	79	2.3	80	92	0	294	26	21	29	21	1.99
51836621--51836827	79	2.6	79	86	3	272	26	21	28	23	1.99
51838374--51838453	15	5.4	15	78	1	81	58	12	17	11	1.62
51838385--51838462	15	5.2	15	71	9	52	56	14	16	12	1.68
51841408--51841579	93	1.8	93	92	0	290	26	29	21	22	1.99
51841401--51841576	46	3.8	46	77	12	189	27	29	21	21	1.98
51841409--51841595	46	4.0	46	74	10	150	27	28	20	22	1.99
51863520--51863744	40	5.7	40	85	7	257	25	25	22	26	2.00
51863520--51863744	79	2.8	80	81	11	239	25	25	22	26	2.00
51869723--51869851	33	3.8	33	86	5	186	44	1	14	39	1.55
51869723--51869851	68	1.9	69	90	1	206	44	1	14	39	1.55
51869950--51870574	124	5.0	126	85	2	803	39	16	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51873061--51873232	40	4.3	40	83	5	215	27	27	20	23	1.99
51877586--51877628	18	2.4	18	88	0	59	39	9	30	20	1.84
51878215--51878257	7	6.0	7	91	2	68	55	13	4	25	1.58
51879165--51879214	24	2.0	24	81	11	57	72	2	2	24	1.06
51895807--51895841	6	5.8	6	93	0	61	14	48	17	20	1.81
51903964--51904175	76	2.8	76	81	2	230	32	23	20	24	1.98
51905935--51906104	43	4.0	43	76	8	141	32	24	14	27	1.95
51914179--51914638	47	9.7	47	94	1	769	32	8	30	29	1.87
51914757--51914894	37	3.7	37	95	0	231	23	18	31	26	1.97
51916174--51916532	40	9.0	40	91	1	504	24	20	27	26	1.99
51916691--51916740	25	2.0	25	84	0	64	28	8	34	30	1.86
51920804--51920988	40	4.7	40	86	6	243	24	22	27	25	2.00
51920804--51920988	79	2.3	81	87	4	252	24	22	27	25	2.00
51920805--51921021	79	2.7	79	83	5	226	25	22	27	24	2.00
51928753--51928938	40	4.7	40	83	5	207	23	21	27	26	1.99
51928754--51928961	80	2.6	79	78	8	190	25	21	27	25	1.99
51931405--51931721	47	6.7	47	94	0	474	31	9	31	27	1.88
51931840--51931977	37	3.7	37	95	0	240	25	18	30	25	1.98
51947761--51947943	40	4.6	40	82	4	217	25	26	22	25	2.00
51947724--51947943	80	2.8	80	82	5	243	26	26	22	24	2.00
51958783--51959026	49	5.0	48	86	4	328	27	20	20	30	1.98
51958783--51959026	24	10.0	24	87	3	328	27	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51959075--51959141	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
51959075--51959130	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
51959178--51959225	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
51960379--51960479	27	3.7	27	86	5	125	20	21	22	34	1.97
51960524--51960575	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
51960611--51960792	27	6.8	27	82	7	210	30	8	19	41	1.82
51960611--51960806	81	2.4	81	90	2	297	30	8	20	39	1.83
51960784--51960995	27	7.9	27	87	3	239	40	8	23	27	1.84
51960611--51960833	81	2.8	81	86	3	227	32	8	20	38	1.84
51960785--51960995	81	2.6	81	82	5	266	39	9	23	27	1.85
51960975--51961090	27	4.3	27	75	8	85	32	8	18	40	1.81
51964678--51964900	46	4.8	45	79	8	209	24	28	16	30	1.97
51964662--51964901	92	2.6	92	78	12	260	25	28	16	30	1.96
51967154--51967255	46	2.2	46	82	6	118	24	23	16	35	1.95
51972896--51972942	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
51973297--51973623	50	6.5	50	83	1	377	28	16	23	31	1.96
51973297--51973634	100	3.4	100	90	2	482	28	16	23	31	1.97
51973297--51973634	150	2.2	150	84	0	424	28	16	23	31	1.97
51973692--51973723	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
51979890--51979916	12	2.2	12	100	0	54	22	25	7	44	1.79
51981669--51981894	40	5.7	40	90	4	298	26	26	21	25	1.99
51984007--51984072	29	2.3	29	89	5	98	28	28	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51984177--51984255	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
51993165--51993387	117	1.9	120	84	6	303	25	27	21	24	1.99
51993165--51993387	40	5.7	40	88	5	294	25	27	21	24	1.99
52000473--52000698	40	5.7	40	85	7	230	25	26	22	25	2.00
52004418--52004678	133	2.0	133	93	0	450	39	20	8	31	1.83
52006440--52006493	24	2.3	23	81	12	65	48	20	20	11	1.80
52006717--52006791	29	2.6	29	91	0	114	26	18	28	26	1.98
52007878--52007912	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
52017424--52017498	28	2.7	28	91	0	123	36	13	22	28	1.92
52017898--52017938	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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