genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26322747--26322814	30	2.3	30	92	0	109	14	29	27	27	1.95
26328020--26328135	29	4.0	29	79	1	117	27	14	29	28	1.95
26332458--26332916	47	9.6	47	90	4	650	32	8	28	30	1.86
26332458--26332916	96	4.8	96	91	4	721	32	8	28	30	1.86
26339169--26339193	11	2.3	11	100	0	50	76	0	16	8	1.02
26341646--26341717	36	2.0	36	97	0	135	41	15	5	37	1.70
26344096--26344174	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26352367--26352445	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
26362605--26362756	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
26362605--26362756	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
26370600--26370751	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
26370600--26370751	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
26387915--26387959	18	2.5	18	96	0	81	33	4	13	48	1.62
26394609--26394647	10	3.8	10	86	6	51	66	0	2	30	1.05
26394609--26394653	21	2.1	21	87	0	63	68	0	2	28	1.01
26394611--26394653	11	3.9	11	81	9	52	69	0	2	27	1.00
26394737--26394808	34	2.0	36	82	12	87	65	0	4	30	1.12
26394856--26394892	19	2.0	19	85	15	51	59	0	2	37	1.12
26396455--26396908	221	2.1	218	89	2	676	29	22	17	30	1.97
26396935--26397025	44	2.1	44	95	0	164	29	26	14	29	1.95
26397113--26397311	94	2.2	91	82	4	247	25	24	19	31	1.98
26397247--26397337	44	2.1	44	93	0	155	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26396580--26397385	312	2.6	312	90	2	1240	29	22	17	30	1.97
26408427--26408493	20	3.3	20	87	0	98	31	13	22	32	1.92
26408543--26408660	23	5.0	24	90	5	170	27	20	22	29	1.98
26408544--26408639	47	2.1	46	94	2	165	28	19	20	31	1.97
26417261--26417452	40	4.8	40	90	1	217	27	27	20	23	1.99
26419875--26419932	20	3.0	20	89	2	91	32	13	20	32	1.92
26419984--26420056	23	3.1	23	92	3	119	30	19	20	30	1.97
26419983--26420063	24	3.4	24	91	5	128	30	18	22	28	1.97
26420271--26420334	31	2.1	31	90	0	101	37	17	23	21	1.94
26421582--26421687	53	2.0	53	88	0	158	26	25	27	20	1.99
26423497--26423762	40	6.7	40	88	3	358	24	20	27	27	1.99
26425302--26425478	84	2.1	84	97	1	336	38	9	25	26	1.86
26426453--26426635	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
26426454--26426637	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
26426506--26426670	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
26430837--26431056	40	5.6	40	86	2	268	26	24	25	23	2.00
26430762--26431056	80	3.8	80	81	7	288	26	24	25	24	2.00
26438905--26439017	40	2.7	42	85	11	162	28	17	25	28	1.98
26440453--26440549	28	3.5	28	87	5	119	26	13	28	30	1.94
26448274--26448370	28	3.5	28	88	4	126	26	13	28	30	1.94
26448301--26448384	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
26457600--26457648	24	2.0	24	100	0	98	42	12	8	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26466428--26466469	22	1.9	22	85	0	57	40	0	26	33	1.56
26466925--26467034	42	2.6	42	83	0	148	29	12	26	31	1.93
26469365--26469404	21	1.9	21	94	0	71	37	30	7	25	1.83
26477019--26477168	48	3.1	48	82	0	165	27	20	23	28	1.99
26483149--26483195	17	2.7	17	93	3	67	23	6	10	59	1.53
26483157--26483195	17	2.3	17	100	0	78	20	5	12	61	1.50
26490683--26490854	44	3.9	45	88	3	260	23	20	27	27	1.99
26494860--26494899	21	1.9	21	89	0	62	32	10	22	35	1.87
26495404--26495505	28	3.6	28	84	7	109	24	14	34	26	1.94
26496294--26496440	75	2.0	75	98	0	285	21	23	23	32	1.98
26499056--26499126	32	2.2	33	87	5	101	18	15	5	60	1.54
26500171--26500450	105	2.7	105	88	3	406	31	16	22	29	1.96
26505077--26505266	62	3.2	61	70	18	184	36	5	2	55	1.38
26505189--26505457	104	2.7	100	91	5	452	38	5	3	51	1.44
26505567--26505610	9	5.1	9	86	10	65	47	13	0	38	1.43
26505575--26505653	16	5.1	16	72	6	63	44	13	3	37	1.63
26505571--26505731	46	3.6	46	77	8	154	44	13	3	37	1.62
26505691--26505762	9	8.2	9	77	9	60	48	15	0	36	1.45
26505684--26505758	34	2.2	34	85	4	98	50	14	0	34	1.43
26510575--26510612	14	2.5	15	83	16	51	39	13	0	47	1.42
26510585--26510613	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
26511232--26511310	21	3.8	20	80	9	88	29	17	49	3	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26511236--26511317	42	2.0	42	85	9	114	30	19	46	3	1.67
26511550--26511629	31	2.5	33	81	8	101	15	3	18	62	1.46
26511820--26512056	129	1.8	129	98	0	456	29	24	16	30	1.96
26513499--26513546	21	2.3	21	82	13	55	75	6	2	16	1.11
26513644--26513692	22	2.3	22	92	3	82	36	0	4	59	1.17
26513650--26513695	22	2.1	22	100	0	92	32	0	4	63	1.14
26516260--26516303	20	2.1	21	87	4	63	47	34	0	18	1.49
26523861--26523891	16	1.9	16	93	0	53	41	22	16	19	1.89
26526751--26526781	16	2.0	15	93	6	53	29	0	0	70	0.87
26529532--26529665	24	5.6	24	82	3	144	36	29	10	23	1.88
26529532--26529665	72	1.9	72	83	0	178	36	29	10	23	1.88
26532824--26532902	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
26533021--26535151	47	44.7	47	95	2	3641	30	28	8	32	1.87
26533021--26535151	96	22.4	94	95	2	3641	30	28	8	32	1.87
26543682--26543723	21	2.0	21	100	0	84	47	19	9	23	1.78
26549874--26550003	40	3.3	40	86	3	183	24	20	29	25	1.99
26549822--26550003	40	4.6	40	78	9	176	25	21	27	25	1.99
26549874--26550036	79	2.1	79	82	6	197	26	20	28	25	1.99
26554514--26554634	62	2.0	62	94	0	215	18	26	18	37	1.93
26560881--26560949	23	2.9	23	76	6	57	37	15	21	24	1.93
26565093--26565117	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
26566121--26566304	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26566201--26566351	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
26577358--26577382	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
26578389--26578572	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
26578469--26578619	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
26580213--26580395	101	1.8	101	89	2	287	27	18	23	31	1.97
26580170--26580601	149	2.9	149	84	3	517	24	17	25	32	1.97
26580208--26580607	51	8.0	50	74	8	251	25	18	24	31	1.97
26580805--26580834	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26592143--26592195	25	2.2	24	82	3	61	18	24	20	35	1.95
26595028--26595070	18	2.4	18	85	11	61	20	13	0	65	1.27
26596273--26596344	23	3.1	23	100	0	144	44	4	12	38	1.62
26597574--26597633	12	4.9	12	82	11	77	56	13	13	16	1.67
26597565--26597683	6	19.3	6	66	17	57	51	13	15	19	1.76
26597586--26597683	25	3.7	25	77	15	97	51	13	16	19	1.77
26597588--26597648	31	2.0	31	86	0	86	52	14	14	18	1.75
26597907--26597951	20	2.2	20	84	0	54	46	35	8	8	1.66
26597942--26598003	22	2.8	22	80	9	81	33	24	24	17	1.96
26598535--26598685	27	5.6	27	88	3	223	26	19	17	36	1.94
26598519--26598685	81	2.1	81	89	0	253	27	20	15	36	1.93
26600532--26600610	27	3.0	26	84	3	95	39	16	8	35	1.80
26610721--26610848	48	2.7	48	92	1	204	31	15	22	30	1.95
26617035--26617087	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26618899--26619186	45	6.5	45	90	4	417	21	21	29	26	1.99
26618891--26619186	89	3.3	88	90	4	429	22	21	29	26	1.99
26618891--26619186	134	2.2	133	87	4	443	22	21	29	26	1.99
26628040--26628072	13	2.5	13	95	0	57	33	39	21	6	1.78
26630034--26630060	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
26633914--26634091	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
26633914--26634091	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
26633935--26634090	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26641980--26642157	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
26641980--26642157	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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