genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75993642--75993701	18	3.3	18	69	17	61	35	6	25	33	1.82
75993625--75993703	36	2.2	36	97	2	151	32	7	25	34	1.84
75993690--75993775	28	3.0	28	86	3	118	27	13	29	29	1.95
75994622--75994656	18	1.9	18	94	0	61	25	5	2	65	1.28
76000206--76000257	26	2.0	26	96	0	95	28	26	9	34	1.88
76000381--76000692	49	6.6	49	74	11	199	24	27	19	28	1.99
76000339--76000515	98	1.8	96	85	6	241	25	27	19	28	1.99
76000337--76000644	142	2.2	140	83	9	374	25	27	19	27	1.99
76000337--76000695	142	2.5	141	80	10	365	24	27	19	27	1.99
76000436--76000703	94	2.9	93	77	8	285	24	27	19	27	1.99
76011596--76011623	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
76013744--76013803	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
76014066--76014141	21	3.6	21	75	10	84	46	3	19	30	1.68
76014066--76014156	42	2.1	43	97	2	175	46	4	18	30	1.69
76014083--76014156	21	3.5	22	76	9	91	45	5	16	32	1.70
76016333--76016473	42	3.4	42	72	3	122	29	17	27	26	1.97
76023836--76023943	42	2.6	42	80	0	144	30	13	25	30	1.94
76026146--76026172	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
76038705--76038737	16	1.9	17	88	11	50	12	12	15	60	1.59
76041437--76041472	19	2.0	19	89	10	58	55	0	2	41	1.14
76047133--76047163	12	2.6	12	89	0	53	83	0	16	0	0.64
76049235--76049296	31	2.0	31	100	0	124	45	0	12	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76054074--76054128	24	2.3	24	96	0	101	27	16	7	49	1.72
76059062--76059096	18	2.0	18	88	5	54	42	0	0	57	0.99
76059912--76059985	27	2.6	29	77	14	73	5	28	0	66	1.14
76060771--76060810	8	5.0	8	84	0	53	52	20	22	5	1.65
76060771--76060807	16	2.3	16	95	0	65	56	16	21	5	1.59
76060933--76060976	19	2.3	19	100	0	88	22	18	43	15	1.88
76061077--76061137	26	2.3	27	80	11	72	34	27	9	27	1.89
76061439--76061484	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
76065398--76065423	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
76069177--76069226	11	4.6	10	85	14	64	26	34	0	40	1.56
76069220--76069259	21	1.9	21	85	10	55	22	22	10	45	1.82
76070292--76070322	7	4.4	7	91	0	53	29	0	9	61	1.28
76070939--76070982	18	2.4	18	88	0	61	18	27	9	45	1.79
76071224--76071270	21	2.2	21	85	7	60	36	36	14	12	1.85
76074910--76074942	7	4.7	7	85	14	50	45	42	0	12	1.41
76075590--76075686	46	2.2	45	82	12	112	39	15	3	42	1.63
76080297--76080370	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
76083930--76083988	24	2.4	25	80	8	68	42	1	1	54	1.20
76084059--76084090	16	2.0	16	100	0	64	56	0	12	31	1.37
76084615--76084669	17	3.3	17	70	14	60	41	3	5	49	1.43
76084941--76084989	3	16.3	3	95	0	89	69	0	30	0	0.89
76085677--76085707	3	10.3	3	92	0	53	38	0	29	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76094970--76095026	27	2.1	27	90	3	78	36	15	22	24	1.94
76095791--76096044	87	2.9	87	86	0	321	27	15	22	35	1.94
76103444--76103490	20	2.3	20	92	0	76	31	10	23	34	1.89
76103541--76103657	23	5.0	23	89	4	164	27	21	22	29	1.99
76103851--76103914	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
76111091--76111162	36	2.0	36	97	0	135	27	15	25	31	1.95
76111563--76111601	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
76111653--76111769	23	5.0	23	88	4	155	26	23	20	29	1.99
76111963--76112026	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
76115613--76115698	38	2.3	36	79	14	95	29	37	12	20	1.90
76115613--76115704	36	2.5	37	78	16	100	30	38	11	19	1.88
76119229--76119309	4	19.8	4	77	5	72	4	25	3	65	1.30
76119838--76119901	20	3.2	20	77	14	71	32	6	15	45	1.71
76120502--76120618	61	2.0	60	88	5	175	51	5	2	40	1.40
76120560--76120667	48	2.2	51	85	6	141	52	5	3	37	1.42
76120941--76120976	19	1.9	19	94	5	65	16	5	27	50	1.68
76121114--76121152	14	2.8	13	85	11	51	38	10	2	48	1.51
76121915--76121972	23	2.5	23	100	0	116	43	8	12	36	1.73
76128979--76129015	19	1.9	19	88	0	56	75	2	2	18	1.04
76137039--76137082	16	2.5	18	82	14	56	59	2	2	36	1.23
76137858--76137909	27	2.0	27	88	7	81	55	1	1	40	1.22
76142689--76142766	38	2.1	38	100	0	156	41	7	23	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76144297--76144453	43	3.7	41	77	8	136	34	24	15	25	1.95
76149163--76149198	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
76156269--76156318	9	5.6	9	80	0	64	44	20	10	26	1.82
76156337--76156377	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
76157423--76157744	48	6.7	48	85	4	361	24	28	18	27	1.98
76157423--76157754	144	2.3	144	83	4	402	25	28	18	28	1.98
76172676--76172709	16	2.0	17	88	11	52	29	5	17	47	1.71
76174322--76174650	96	3.4	94	82	6	356	26	18	28	25	1.98
76174323--76174650	48	6.8	48	73	6	234	26	18	28	25	1.98
76176610--76176652	15	3.2	15	69	30	51	27	6	18	46	1.75
76176601--76176652	25	2.1	25	100	0	104	26	7	17	48	1.74
76176801--76176840	21	1.9	21	89	0	62	17	32	15	35	1.91
76182836--76182950	61	1.9	61	83	0	149	49	13	21	14	1.78
76184321--76184684	44	8.0	44	77	11	293	30	20	17	31	1.96
76184320--76184684	138	2.6	139	79	6	407	30	20	18	31	1.96
76184321--76184684	95	3.9	94	75	11	252	30	20	17	31	1.96
76190681--76190810	49	2.6	48	79	8	136	25	30	20	24	1.99
76190679--76190939	46	5.5	47	77	9	219	24	30	20	24	1.99
76190903--76191018	38	3.1	38	97	0	214	19	36	18	25	1.95
76196135--76196338	94	2.2	94	90	0	327	31	20	11	36	1.88
76213827--76213871	19	2.3	20	84	3	65	48	0	13	37	1.42
76214961--76215053	29	3.1	28	78	15	91	30	9	0	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76214930--76215028	43	2.3	43	81	6	103	26	8	2	63	1.33
76215160--76215312	3	51.3	3	72	14	95	29	5	2	62	1.30
76215282--76215317	18	2.0	18	89	10	56	33	2	8	55	1.44
76215221--76215324	49	2.1	50	79	12	117	28	4	3	62	1.33
76218162--76218199	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
76221907--76221937	9	3.3	9	95	4	53	90	0	9	0	0.46
76221906--76221937	10	3.3	10	91	8	57	90	0	9	0	0.45
76224485--76224539	26	2.1	26	100	0	110	23	16	29	30	1.96
76226741--76226784	23	1.9	23	81	9	54	20	18	6	54	1.66
76229957--76230179	40	5.6	40	88	5	267	27	27	19	25	1.99
76237945--76238170	40	5.7	40	87	4	262	26	26	21	26	2.00
76240449--76240720	44	6.1	44	71	5	181	28	19	26	26	1.99
76240657--76240741	45	1.9	44	83	7	109	34	15	21	29	1.94
76240449--76240859	177	2.3	178	90	0	635	28	19	26	25	1.99
76240656--76240750	45	2.1	43	79	11	102	34	15	22	27	1.94
76240846--76241266	45	9.4	44	72	8	314	33	17	20	28	1.95
76240844--76241283	134	3.3	134	90	0	666	34	17	20	27	1.95
76241286--76241552	133	2.0	133	87	0	381	31	23	17	27	1.97
76241915--76241940	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
76242415--76242571	15	10.8	14	70	18	65	26	7	1	64	1.31
76242459--76242565	44	2.4	44	79	14	121	28	8	0	61	1.31
76242599--76242767	3	56.7	3	73	15	113	28	4	2	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76245213--76245261	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
76252621--76252783	42	3.9	42	84	5	204	28	12	25	34	1.92
76252621--76252785	85	2.0	83	85	4	224	27	12	25	34	1.91
76273218--76273251	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
76273766--76273833	25	2.7	24	75	22	68	38	1	1	58	1.16
76299705--76300390	47	14.1	49	94	2	1090	32	8	29	29	1.87
76300509--76300584	37	2.1	37	87	0	107	22	18	32	26	1.97
76310057--76310200	70	2.1	69	86	3	200	60	1	6	31	1.30
76310174--76310217	23	2.0	22	81	4	52	72	2	18	6	1.17
76318218--76318260	8	5.4	8	82	0	50	62	13	16	6	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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