genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85428209--85428383	40	4.4	40	93	0	305	28	25	18	27	1.98
85429677--85429779	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
85429905--85430110	48	4.3	48	89	3	308	32	26	5	35	1.80
85433625--85433783	57	2.8	57	84	0	201	28	30	19	21	1.97
85433811--85433985	40	4.4	40	93	0	305	28	25	18	27	1.98
85435267--85435369	37	2.8	37	92	0	170	25	32	20	22	1.98
85435495--85435701	48	4.3	48	89	0	315	32	26	5	35	1.80
85449650--85449685	18	2.0	18	88	0	54	33	8	22	36	1.84
85454140--85454169	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
85455887--85455992	28	3.8	28	91	1	151	30	24	10	34	1.89
85461822--85462138	47	6.7	47	94	1	521	32	8	29	28	1.87
85462257--85462335	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
85464696--85464850	28	5.5	28	75	3	121	29	34	19	17	1.95
85464666--85464852	57	3.2	57	90	1	275	28	35	17	18	1.94
85464666--85464822	29	5.4	29	72	4	138	28	36	17	17	1.93
85466831--85466937	28	3.8	28	88	0	142	30	24	9	35	1.87
85472689--85472942	55	4.8	52	76	10	189	36	16	25	22	1.94
85472696--85472895	108	1.8	110	86	4	289	35	16	25	23	1.95
85473134--85473164	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
85477740--85477900	24	6.6	24	71	11	112	32	30	12	24	1.92
85484308--85484468	24	6.6	24	72	7	110	31	31	14	23	1.94
85487235--85487384	42	3.5	42	78	9	135	28	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85488911--85488989	41	1.9	42	84	2	106	24	22	31	21	1.98
85488920--85489004	41	2.1	41	86	4	118	24	21	31	22	1.98
85499339--85499509	93	1.8	93	88	2	263	28	29	21	21	1.98
85499336--85499506	46	3.7	46	75	16	165	28	28	21	21	1.98
85499929--85499988	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
85503058--85503096	13	2.9	14	84	7	53	23	0	2	74	0.94
85503175--85503297	61	2.0	61	95	0	219	42	10	15	31	1.81
85505314--85505358	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
85505340--85505390	19	2.9	17	73	21	50	37	15	9	37	1.81
85505311--85505365	22	2.5	21	85	8	74	45	18	3	32	1.67
85506801--85506865	32	2.0	32	96	0	121	26	20	24	29	1.99
85510387--85510429	22	1.9	23	85	4	61	46	13	2	37	1.57
85510413--85510463	19	2.9	17	80	11	66	37	17	9	35	1.83
85516454--85516486	7	4.7	7	89	10	50	75	0	0	24	0.80
85516826--85516907	38	2.2	38	95	0	146	29	15	18	36	1.92
85523706--85523734	14	2.1	14	100	0	58	20	6	13	58	1.58
85529910--85529978	21	3.3	21	75	15	72	26	28	30	14	1.95
85536736--85536804	26	2.6	27	76	19	74	40	0	2	56	1.14
85539193--85539250	29	2.0	29	96	0	107	25	39	17	17	1.91
85543157--85543239	27	3.1	27	76	11	80	63	4	4	26	1.34
85543148--85543314	26	6.5	26	72	6	106	58	5	6	29	1.46
85544953--85545267	44	7.0	44	76	7	258	30	20	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85545013--85545266	137	1.9	137	86	1	366	29	21	17	31	1.96
85546097--85546126	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
85553403--85553446	19	2.2	20	84	4	54	43	6	20	29	1.78
85557119--85557259	27	5.4	25	72	15	90	58	5	7	28	1.47
85560671--85560779	40	2.8	38	76	10	121	24	24	23	26	2.00
85560767--85560858	43	2.1	43	91	0	157	11	23	34	29	1.91
85560777--85560871	43	2.2	43	88	0	136	12	21	35	30	1.90
85561188--85561295	45	2.5	42	86	8	137	24	24	25	25	2.00
85566479--85566680	38	5.3	38	87	4	289	20	22	26	30	1.98
85566479--85566669	78	2.5	76	84	6	267	20	23	26	29	1.99
85566673--85566754	43	1.9	43	89	0	128	13	25	32	28	1.93
85575789--85575827	18	2.2	18	100	0	78	12	30	0	56	1.37
85578718--85578784	32	2.1	32	100	0	134	37	17	20	23	1.94
85579523--85579554	15	2.1	15	100	0	64	46	12	12	28	1.78
85579775--85579819	16	2.8	17	75	18	51	0	37	0	62	0.96
85583481--85583545	32	2.0	32	100	0	130	21	15	27	35	1.94
85585580--85585710	49	2.7	49	79	0	127	28	19	29	22	1.98
85592045--85592101	25	2.2	25	82	14	71	61	1	3	33	1.23
85592907--85592964	30	2.0	30	82	3	73	46	10	8	34	1.69
85598436--85598563	47	2.7	47	83	0	157	31	30	17	21	1.96
85600178--85600233	21	2.7	21	94	0	94	12	28	35	23	1.91
85601263--85601384	43	2.9	42	82	2	154	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85607453--85607635	66	2.8	64	77	9	194	30	17	29	22	1.97
85623548--85623686	56	2.5	56	87	1	188	28	14	23	33	1.94
85626520--85626565	23	2.0	23	82	0	56	19	26	30	23	1.98
85627618--85627759	43	3.3	43	71	14	123	35	27	15	21	1.94
85641761--85641959	40	5.1	40	88	4	264	23	21	29	26	1.99
85641761--85641940	78	2.3	80	87	7	262	23	21	28	27	1.99
85649798--85650072	40	7.0	41	90	5	410	23	21	27	27	1.99
85661116--85661173	28	2.1	28	96	0	107	34	29	22	13	1.93
85670622--85670669	17	2.9	17	81	3	53	43	12	22	20	1.86
85671100--85671150	18	2.6	21	72	18	63	23	29	5	41	1.78
85673003--85673072	24	2.9	24	83	14	90	34	17	25	22	1.96
85673919--85673943	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
85675079--85675177	42	2.3	43	79	5	121	28	16	22	33	1.95
85678423--85678460	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
85678511--85678540	12	2.5	12	94	0	51	13	10	0	76	1.01
85700189--85700303	44	2.7	42	79	9	124	26	17	23	33	1.96
85702996--85703087	46	2.0	46	100	0	184	45	10	13	30	1.77
85719344--85719464	48	2.5	48	78	0	125	35	26	16	21	1.94
85721998--85722062	28	2.4	28	84	7	80	38	23	20	18	1.93
85722871--85722904	17	1.9	17	88	5	50	14	38	32	14	1.87
85729478--85729660	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
85729476--85729660	40	4.7	40	83	7	234	25	28	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85730635--85730813	85	2.1	85	98	0	349	25	27	8	37	1.85
85737261--85737445	79	2.3	80	80	8	207	25	28	22	23	1.99
85737242--85737445	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
85738421--85738599	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
85741174--85741262	37	2.4	37	86	3	126	11	8	34	44	1.72
85750454--85750506	26	2.1	26	82	10	65	22	20	20	35	1.96
85756952--85756992	13	3.2	13	82	6	57	34	0	2	63	1.08
85757056--85757126	24	2.9	23	69	10	61	45	0	2	52	1.15
85757204--85757251	17	3.1	15	77	19	53	41	2	2	54	1.24
85758295--85758363	35	1.9	35	88	5	102	37	1	5	55	1.33
85758335--85758397	20	3.3	18	80	14	65	36	0	4	58	1.19
85758344--85758391	18	2.6	19	83	9	64	37	0	2	60	1.09
85779033--85779087	25	2.2	25	93	0	92	56	18	16	9	1.66
85779132--85779178	24	2.0	24	100	0	94	55	14	4	25	1.58
85779445--85779507	31	2.0	31	96	0	117	38	15	20	25	1.92
85785138--85785176	16	2.3	17	91	8	62	43	5	30	20	1.73
85785137--85785180	18	2.4	18	82	17	56	43	4	31	20	1.72
85794044--85794082	17	2.3	17	95	0	69	23	5	12	58	1.54
85801672--85801733	15	3.9	15	73	10	61	43	1	0	54	1.09
85801672--85801740	33	2.1	32	86	2	93	42	1	0	56	1.08
85802054--85802085	14	2.2	15	94	5	57	56	3	0	40	1.15
85817569--85817610	4	10.5	4	100	0	84	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85818147--85818175	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
85818837--85819000	30	4.9	35	73	16	125	29	27	15	27	1.96
85818819--85818991	30	5.4	30	70	20	84	32	27	13	26	1.93
85818833--85819000	66	2.5	66	86	1	221	28	27	15	28	1.96
85818833--85818991	36	4.9	30	70	17	120	30	27	14	27	1.95
85821430--85821731	127	2.4	125	87	3	426	36	19	17	26	1.94
85822197--85822281	23	3.7	23	71	16	70	60	4	5	29	1.41
85822462--85822486	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
85823732--85823768	15	2.5	15	86	4	58	78	0	5	16	0.93
85824453--85824912	45	9.8	45	70	16	209	27	22	15	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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