genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76318226--76318260	16	2.2	16	94	0	61	65	14	14	5	1.44
76318962--76319034	34	2.1	34	82	5	85	30	20	24	24	1.99
76321610--76321872	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
76328921--76329183	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
76335001--76335054	6	8.7	6	80	8	63	75	1	3	18	1.03
76334983--76335054	18	3.9	17	81	13	63	73	5	4	16	1.18
76335003--76335053	26	2.0	26	88	7	77	76	1	3	17	1.03
76335162--76335205	23	1.9	23	95	0	79	27	27	20	25	1.99
76342400--76342475	37	2.1	37	84	0	98	31	5	14	48	1.66
76342798--76342841	22	2.0	22	87	12	65	27	2	11	59	1.44
76344304--76344329	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
76352507--76352625	46	2.5	46	84	8	143	28	18	29	23	1.98
76359988--76360209	47	4.8	45	73	15	168	29	18	29	22	1.98
76359985--76360191	94	2.2	93	84	3	254	28	17	29	24	1.97
76361262--76361286	13	1.9	13	100	0	50	20	8	56	16	1.65
76363795--76363864	34	2.1	34	97	0	131	25	24	21	28	1.99
76369312--76369357	20	2.3	20	92	0	74	58	10	23	6	1.55
76374305--76374346	22	1.9	22	85	0	57	14	16	4	64	1.45
76376986--76377244	80	3.3	79	83	5	283	26	20	26	26	1.99
76376986--76377211	40	5.7	40	86	4	287	24	21	26	26	1.99
76387296--76387360	33	2.0	33	93	0	112	26	26	20	27	1.99
76387293--76387380	33	3.0	28	78	15	95	29	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76387527--76387581	27	2.0	27	86	6	76	38	21	18	21	1.94
76387733--76387903	27	6.3	27	78	4	184	22	20	21	35	1.96
76387733--76387903	54	3.2	54	85	4	220	22	20	21	35	1.96
76387763--76387900	53	2.6	53	87	3	188	22	21	21	34	1.97
76387897--76387960	27	2.4	27	78	5	67	37	12	12	37	1.81
76388202--76388228	10	2.7	10	100	0	54	22	40	29	7	1.81
76390702--76390740	7	5.4	7	90	6	60	15	2	0	82	0.79
76390695--76390740	22	2.2	20	84	7	56	15	4	0	80	0.86
76394602--76394804	40	5.1	40	86	5	270	23	23	28	25	1.99
76394602--76394818	119	1.8	119	82	7	280	23	22	28	25	2.00
76398463--76398717	40	6.5	40	91	2	385	23	23	28	25	2.00
76399715--76399751	18	2.1	18	100	0	74	32	18	21	27	1.97
76405192--76405394	40	5.1	40	85	5	252	23	23	28	24	2.00
76418647--76418754	43	2.5	43	87	0	153	36	22	14	26	1.93
76420185--76420210	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
76421143--76421186	5	8.8	5	85	9	63	0	20	0	79	0.73
76426042--76426396	46	7.5	46	70	13	188	24	28	18	28	1.98
76426184--76426396	94	2.3	94	85	4	270	24	26	18	30	1.98
76427976--76428050	27	2.8	27	79	4	80	38	20	24	17	1.93
76433066--76433383	40	7.8	40	89	4	492	25	28	23	22	1.99
76433066--76433381	83	3.9	81	95	2	546	25	28	23	22	1.99
76433036--76433383	123	2.8	122	88	4	504	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76441000--76441316	49	6.7	49	71	10	155	22	29	20	27	1.99
76450639--76450716	41	1.9	41	94	0	138	41	17	12	28	1.87
76450865--76450923	23	2.4	25	78	16	70	42	15	0	42	1.46
76451610--76451656	4	12.8	4	78	17	57	0	21	0	78	0.75
76451610--76451674	24	2.6	24	85	4	76	0	18	1	80	0.80
76451614--76451660	15	3.2	15	84	6	60	0	19	0	80	0.70
76451627--76451707	17	4.5	18	72	12	60	2	16	2	79	0.96
76451614--76451659	7	6.4	7	92	5	65	0	19	0	80	0.71
76451611--76451701	12	7.2	13	67	19	50	1	18	2	78	0.92
76451736--76451833	38	2.7	36	71	20	89	46	3	1	48	1.24
76451786--76451845	29	2.1	28	81	9	68	43	5	0	51	1.23
76458527--76458585	23	2.4	25	78	16	70	42	13	1	42	1.54
76459271--76459342	4	17.8	4	70	18	51	4	22	1	72	1.10
76459267--76459302	16	2.2	17	90	5	56	5	19	0	75	1.00
76459291--76459345	26	2.2	25	83	3	65	3	23	1	70	1.12
76459356--76459414	25	2.3	26	78	18	61	30	6	1	61	1.32
76459431--76459491	29	2.1	28	82	8	70	42	4	0	52	1.23
76464686--76464916	115	2.0	115	100	0	462	45	16	8	29	1.77
76465203--76465227	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
76482089--76482408	47	6.8	47	74	16	231	27	19	29	23	1.98
76482131--76482404	92	2.9	96	77	13	255	27	18	30	23	1.98
76483568--76483607	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76489456--76489603	48	3.1	48	92	0	242	29	24	8	37	1.84
76494985--76495017	17	1.9	17	93	0	57	81	12	6	0	0.85
76495986--76496028	20	2.2	20	87	4	61	72	0	2	25	0.97
76495987--76496054	19	3.5	20	68	18	54	72	0	1	26	0.94
76495982--76496053	28	2.5	28	81	2	90	70	0	1	27	0.95
76498753--76498911	9	17.7	9	65	14	51	65	1	2	30	1.16
76498779--76498887	27	4.0	27	78	13	100	64	0	1	33	1.11
76498826--76498967	17	7.6	19	69	14	57	64	2	4	28	1.29
76498823--76498873	17	2.9	17	85	5	66	70	1	3	23	1.14
76498831--76498929	45	2.2	46	83	7	121	63	2	3	31	1.21
76498799--76498922	54	2.3	54	83	8	144	66	1	2	29	1.14
76499115--76499185	34	2.2	31	82	12	81	33	2	2	60	1.26
76499170--76499231	27	2.3	25	78	13	70	41	1	1	54	1.19
76499166--76499259	46	2.0	46	80	11	104	37	3	2	57	1.27
76499691--76499751	31	2.0	31	96	0	113	44	4	14	36	1.67
76500377--76500417	17	2.4	17	100	0	82	24	31	34	9	1.88
76501505--76501547	12	3.4	12	87	6	50	23	4	0	72	1.04
76504904--76505024	18	6.4	18	85	12	120	4	0	10	83	0.84
76504908--76504998	1	91.0	1	71	0	65	0	1	13	85	0.65
76504908--76504998	6	14.7	6	93	5	130	0	1	13	85	0.65
76506031--76506099	24	2.9	24	82	4	77	82	0	10	7	0.84
76506032--76506099	8	8.5	8	75	10	50	82	0	10	7	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76508382--76508425	17	2.6	17	82	7	54	40	2	2	54	1.25
76509639--76509689	18	2.7	18	88	8	75	50	0	25	23	1.49
76510154--76510207	24	2.2	25	87	6	76	18	5	29	46	1.72
76525734--76525865	49	2.7	49	96	2	239	19	33	21	25	1.97
76525704--76525915	49	4.3	49	84	7	211	19	30	22	26	1.98
76531875--76531905	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
76532003--76532048	22	2.1	21	84	4	56	43	2	8	45	1.47
76532559--76532598	17	2.2	18	86	8	55	62	0	5	32	1.17
76532789--76532846	18	3.2	18	75	20	50	67	0	0	32	0.91
76548854--76548899	16	2.9	16	76	0	56	39	17	4	39	1.69
76556151--76556286	67	2.0	68	81	4	159	40	18	19	22	1.91
76560791--76560903	57	2.0	57	94	3	203	46	7	33	12	1.68
76568544--76568586	23	1.9	23	85	4	61	16	2	27	53	1.55
76572693--76572717	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
76574410--76574478	21	3.2	20	69	23	59	42	1	1	55	1.18
76574413--76574478	23	3.0	22	72	18	73	43	1	1	53	1.19
76577562--76577623	30	2.1	30	87	6	90	22	37	0	40	1.54
76578049--76578187	69	2.0	69	95	0	251	36	10	15	38	1.81
76579311--76579459	43	3.5	42	75	9	142	22	18	26	32	1.97
76579303--76579459	86	1.8	86	85	9	223	22	18	26	32	1.97
76579303--76579475	85	2.0	86	81	7	201	23	17	26	33	1.96
76579982--76580028	25	1.9	24	83	12	60	14	10	4	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76584548--76584620	30	2.4	30	81	0	83	15	27	28	28	1.96
76586490--76586547	29	2.0	29	100	0	116	17	6	3	72	1.21
76588154--76588240	43	2.0	43	88	0	129	33	13	22	29	1.93
76603722--76603781	30	2.0	30	90	0	93	40	6	23	30	1.80
76606659--76606725	19	3.4	19	82	11	82	32	1	1	64	1.12
76606659--76606722	20	3.2	20	76	12	69	29	1	1	67	1.09
76606733--76606783	20	2.7	20	88	8	72	31	0	5	62	1.19
76607178--76607235	23	2.5	23	81	13	66	68	5	1	24	1.19
76610896--76611166	40	6.8	40	80	7	264	23	28	23	24	2.00
76610903--76611170	118	2.2	121	83	3	337	24	27	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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