genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54169133--54169278	40	3.7	40	87	6	163	29	27	19	23	1.98
54176390--54176606	39	5.5	40	87	5	273	27	27	20	24	1.99
54176390--54176606	79	2.7	80	83	8	282	27	27	20	24	1.99
54179950--54180150	43	4.7	43	83	4	262	28	28	18	24	1.98
54183405--54183446	19	2.2	19	91	0	66	40	23	4	30	1.75
54198842--54198971	40	3.3	40	84	5	140	27	28	19	24	1.98
54198870--54198973	39	2.6	40	89	4	158	25	27	22	24	1.99
54198870--54199020	79	1.9	80	82	6	191	25	26	22	25	2.00
54202522--54202553	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
54206842--54206948	26	4.2	26	92	1	180	35	24	7	32	1.83
54213888--54213995	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
54216611--54216657	23	2.1	23	84	4	60	40	2	4	53	1.32
54216783--54216977	107	1.8	107	87	2	293	38	12	21	27	1.89
54217430--54217484	27	2.0	27	100	0	110	36	25	20	18	1.94
54219558--54219754	106	1.9	106	83	2	261	54	8	12	23	1.65
54221224--54221265	19	2.2	20	86	4	59	7	0	26	66	1.17
54226203--54226414	40	5.3	40	86	3	268	23	19	28	28	1.99
54228941--54228984	22	2.0	22	100	0	88	50	0	18	31	1.47
54229231--54229340	55	2.0	55	85	3	150	30	14	22	32	1.94
54229287--54229386	43	2.3	43	87	0	146	31	15	23	31	1.95
54230837--54230886	24	2.1	24	92	3	84	40	10	12	38	1.76
54235151--54235175	12	2.1	12	100	0	50	40	32	0	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54238725--54238872	48	3.1	48	86	1	208	38	7	23	30	1.82
54240786--54241061	40	6.9	40	91	0	437	22	21	30	26	1.99
54241337--54241451	57	2.0	59	89	3	180	24	18	27	29	1.98
54245108--54245207	48	2.1	48	92	0	164	35	10	26	29	1.89
54253176--54253215	15	2.7	15	88	7	55	57	7	15	20	1.61
54267168--54267192	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
54275049--54275110	30	2.1	30	90	0	97	61	14	1	22	1.42
54277692--54277750	30	2.0	30	93	0	100	59	10	5	25	1.50
54279385--54279473	27	3.3	27	88	0	124	29	15	17	37	1.91
54279399--54279701	27	11.3	27	81	7	262	29	11	21	37	1.89
54280027--54280118	28	3.3	28	92	0	148	28	36	15	19	1.92
54282928--54283124	27	7.3	27	87	1	177	30	13	17	38	1.88
54282968--54283362	81	4.9	81	83	3	492	32	9	19	38	1.84
54282968--54283362	27	14.7	27	81	8	396	32	9	19	38	1.84
54283679--54283766	28	3.1	28	88	0	122	26	34	15	23	1.95
54298692--54298846	42	3.7	42	75	6	134	31	24	13	30	1.94
54307399--54307610	40	5.3	40	86	3	268	23	20	27	28	1.99
54313481--54313684	53	3.8	53	74	7	160	38	16	23	21	1.93
54314336--54314376	21	2.0	21	95	0	73	14	26	26	31	1.95
54333537--54333707	93	1.8	93	89	2	272	27	28	21	22	1.99
54333529--54333704	46	3.8	46	74	12	180	28	28	21	22	1.99
54335938--54335996	29	2.0	29	86	0	82	28	23	6	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54340189--54340249	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54352477--54352591	54	2.1	54	98	1	221	33	13	16	37	1.87
54353000--54353137	71	1.9	71	97	2	260	40	7	9	42	1.67
54361205--54361341	46	3.0	46	86	0	184	26	31	8	34	1.85
54361355--54361834	47	10.2	47	95	0	816	25	28	11	35	1.91
54361474--54361598	23	5.2	25	62	30	76	28	28	11	32	1.91
54361578--54361866	141	2.1	138	87	5	409	27	26	11	34	1.90
54366123--54366166	21	2.1	21	83	8	54	50	18	2	29	1.59
54366135--54366178	21	2.1	21	79	4	54	50	20	4	25	1.67
54367888--54367956	25	2.8	25	84	0	93	27	13	24	34	1.92
54367887--54367966	25	3.2	25	78	3	90	27	13	25	33	1.93
54368085--54368138	25	2.2	25	93	0	90	29	20	22	27	1.98
54369461--54369524	27	2.4	26	74	7	74	26	23	18	31	1.98
54369638--54369672	17	2.0	18	88	5	54	14	40	34	11	1.82
54375341--54375558	40	5.5	40	84	5	239	26	29	21	22	1.99
54377463--54377526	26	2.5	26	81	0	74	34	25	18	21	1.96
54380420--54380664	49	4.9	49	81	4	285	29	26	17	26	1.97
54381312--54381371	30	2.0	30	83	6	77	28	25	6	40	1.80
54390919--54390999	43	1.9	42	87	2	117	23	30	19	25	1.98
54392646--54392675	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
54393543--54393647	52	2.0	52	94	0	183	24	22	10	41	1.85
54397083--54397180	48	2.0	48	90	0	151	26	17	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54399074--54399260	39	4.7	39	86	7	168	25	22	27	24	2.00
54399074--54399297	79	2.8	79	81	12	253	25	22	26	25	2.00
54399074--54399297	40	5.7	40	86	6	262	25	22	26	25	2.00
54399081--54399330	79	3.2	77	78	14	233	27	21	26	24	1.99
54402339--54402525	39	4.8	38	88	4	241	22	21	28	26	1.99
54410699--54410910	40	5.3	40	86	3	268	23	20	27	28	1.99
54412276--54412415	50	2.8	50	93	0	235	26	17	28	27	1.97
54416229--54416302	39	1.9	38	83	2	94	32	22	18	25	1.97
54418213--54418320	37	2.9	36	78	16	107	39	4	1	53	1.32
54427088--54427134	19	2.6	18	77	16	51	55	2	2	40	1.24
54427978--54428030	26	2.0	26	100	0	106	26	18	0	54	1.44
54441281--54441343	29	2.1	30	82	8	76	61	4	7	25	1.43
54441437--54441475	21	1.9	20	89	5	60	61	7	2	28	1.37
54442045--54442072	12	2.3	12	100	0	56	14	7	53	25	1.66
54444169--54444210	19	2.2	19	83	8	50	40	11	26	21	1.88
54444235--54444788	275	2.0	275	94	0	966	30	22	14	32	1.94
54446933--54446978	21	2.2	20	84	11	56	65	6	4	23	1.35
54448468--54448496	14	2.0	15	93	6	51	10	0	13	75	1.04
54448475--54448513	18	2.2	17	86	13	53	7	0	12	79	0.93
54451725--54451772	22	2.2	22	82	14	55	60	4	0	35	1.16
54453214--54453250	17	2.1	19	85	10	51	56	0	5	37	1.22
54458635--54458684	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54459326--54459366	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
54464033--54464091	30	2.0	30	96	3	111	27	28	16	27	1.97
54464121--54464320	50	3.9	50	87	4	265	20	30	24	25	1.98
54464115--54464320	100	2.0	103	89	6	321	19	30	23	26	1.98
54464415--54464446	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
54471302--54471501	50	3.9	50	85	4	247	20	30	23	26	1.98
54471302--54471501	100	1.9	104	88	6	300	20	30	23	26	1.98
54471596--54471627	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
54473957--54474006	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
54474640--54474680	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
54475825--54476062	49	4.8	49	85	2	305	25	17	26	29	1.98
54482373--54482483	58	1.9	57	85	8	154	42	1	2	53	1.25
54482651--54482721	16	4.4	16	78	5	72	32	28	4	35	1.76
54483111--54483151	22	1.9	21	85	5	55	51	17	12	19	1.76
54485571--54485617	21	2.1	22	84	7	60	48	19	2	29	1.60
54491382--54491407	7	3.7	7	100	0	52	11	15	0	73	1.11
54491745--54491794	25	2.0	25	96	0	91	32	18	20	30	1.96
54492400--54492463	21	3.3	18	80	18	67	31	3	4	60	1.32
54499126--54499193	30	2.3	30	92	0	109	30	22	7	39	1.81
54501553--54501609	30	1.9	30	85	0	78	35	5	29	29	1.79
54501944--54502057	50	2.3	50	86	3	151	25	16	28	29	1.97
54509418--54509671	48	5.4	48	77	7	241	27	19	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54511696--54511860	43	3.9	43	80	5	192	31	24	15	27	1.96
54515222--54515441	48	4.6	48	74	8	189	26	26	20	26	1.99
54520724--54520756	16	2.1	16	94	0	57	30	21	9	39	1.84
54522667--54522991	48	6.8	48	78	6	311	28	25	19	26	1.99
54525191--54525230	18	2.2	18	86	8	55	37	10	7	45	1.66
54532253--54532381	46	2.8	46	89	0	186	29	27	21	20	1.98
54535482--54535673	105	1.9	100	84	7	260	32	16	24	27	1.96
54547688--54547835	43	3.5	42	78	6	136	31	22	16	29	1.96
54558120--54558189	25	2.8	25	84	0	95	35	21	20	22	1.96
54559626--54559793	46	3.6	45	79	9	160	27	16	30	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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