genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7109976--7110103	37	3.4	37	73	8	100	64	2	4	28	1.25
7110258--7110294	18	2.1	17	90	5	56	21	5	2	70	1.20
7110247--7110330	38	2.2	37	79	10	89	29	4	3	61	1.33
7110917--7110950	10	3.2	10	91	8	50	44	0	0	55	0.99
7113036--7113137	31	3.0	36	67	27	103	25	7	6	59	1.50
7123109--7123166	26	2.2	26	84	0	71	15	22	24	37	1.93
7145688--7145722	18	1.9	18	88	0	52	8	11	0	80	0.92
7146812--7146850	19	2.1	19	100	0	78	25	5	10	58	1.51
7151119--7151249	65	2.0	65	98	0	253	23	22	31	22	1.99
7169501--7169559	24	2.5	24	86	5	75	50	16	22	10	1.75
7169501--7169559	16	3.7	16	76	0	55	50	16	22	10	1.75
7169784--7169895	29	3.9	29	73	6	102	28	14	30	26	1.95
7169836--7169888	28	1.9	27	88	11	81	28	16	32	22	1.96
7171407--7171649	40	6.2	40	86	8	347	28	25	20	25	1.99
7171426--7171659	80	3.0	80	93	1	393	29	25	19	25	1.98
7179568--7179867	80	3.8	79	94	2	496	28	24	22	25	1.99
7179568--7179851	40	7.2	40	90	3	450	28	25	22	24	1.99
7200668--7200813	74	2.0	75	93	1	249	46	8	14	30	1.75
7200789--7201307	138	3.7	138	84	8	637	39	8	5	46	1.58
7200950--7201248	154	2.0	152	92	1	499	39	8	6	46	1.59
7209395--7209425	16	1.9	16	93	0	53	38	6	9	45	1.63
7211176--7211409	101	2.3	100	83	0	279	31	13	23	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7211339--7211404	32	2.1	32	82	5	80	30	10	22	36	1.88
7212618--7212846	101	2.3	99	81	6	291	32	15	22	28	1.95
7212848--7212915	24	2.8	24	88	0	100	48	2	22	26	1.64
7212852--7212923	24	3.0	24	83	4	92	48	2	20	27	1.63
7225249--7225406	85	1.9	85	84	0	217	36	13	17	32	1.89
7225506--7225592	38	2.3	38	81	0	102	32	13	21	32	1.93
7226309--7226338	12	2.5	12	100	0	60	6	40	26	26	1.81
7231175--7231249	37	2.0	37	94	0	132	34	20	13	32	1.91
7237125--7237185	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
7244527--7244569	20	2.2	20	83	8	52	37	16	0	46	1.47
7247773--7247952	48	3.9	48	73	10	174	26	18	25	29	1.98
7248862--7248901	21	2.0	21	90	5	64	20	22	40	17	1.92
7250114--7250344	48	4.8	48	77	2	185	25	26	19	28	1.99
7250170--7250380	96	2.2	96	84	1	271	26	27	18	27	1.98
7250120--7250391	48	5.6	48	73	11	173	25	26	18	29	1.98
7257530--7257575	24	1.9	24	95	0	83	36	19	10	32	1.87
7262422--7262679	96	2.7	96	82	6	281	25	27	18	29	1.98
7262457--7262721	144	1.8	144	84	6	367	24	28	18	28	1.98
7262423--7262688	48	5.5	47	77	8	230	24	27	18	30	1.98
7262457--7262721	48	5.5	47	73	14	177	24	28	18	28	1.98
7282103--7282157	24	2.3	24	83	0	74	49	21	1	27	1.60
7285435--7285493	15	3.9	15	77	0	64	54	15	16	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7286858--7286898	21	1.9	21	85	5	55	31	17	4	46	1.69
7287389--7287433	19	2.4	19	96	0	81	15	37	20	26	1.92
7293613--7293794	28	6.5	28	81	0	220	30	28	15	25	1.96
7296130--7296174	22	2.0	22	100	0	90	35	17	0	46	1.49
7305500--7305549	23	2.2	23	82	7	57	42	26	8	24	1.82
7306244--7306406	43	3.8	41	82	11	177	31	25	17	25	1.97
7306244--7306406	86	1.9	85	85	6	222	31	25	17	25	1.97
7306244--7306427	43	4.3	42	77	15	155	31	25	16	26	1.97
7306779--7306806	8	3.5	8	100	0	56	25	21	0	53	1.46
7318004--7318078	27	2.8	27	71	4	62	40	20	17	22	1.92
7318495--7318639	27	5.4	27	78	8	152	33	11	15	40	1.83
7318506--7318639	54	2.5	54	90	2	198	33	9	17	39	1.82
7318507--7318658	27	5.7	26	79	3	124	33	10	17	38	1.84
7331263--7331381	59	2.0	59	90	0	184	37	22	10	29	1.87
7337080--7337139	26	2.3	27	85	5	86	43	3	13	40	1.60
7337093--7337146	26	2.1	26	96	0	99	44	3	11	40	1.58
7339188--7339234	22	2.1	22	88	0	67	44	21	21	12	1.85
7339437--7339498	22	2.8	23	82	7	74	30	22	25	20	1.98
7339979--7340341	27	13.4	27	75	6	216	30	9	18	41	1.83
7341827--7341912	38	2.3	38	87	0	118	36	10	20	32	1.87
7344249--7344367	29	4.2	29	82	2	143	29	27	13	29	1.94
7348376--7348410	18	2.1	18	89	10	56	22	20	11	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7348903--7348934	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
7349145--7349516	50	7.6	50	74	10	291	29	24	17	27	1.97
7349156--7349521	143	2.5	145	89	3	565	30	25	17	27	1.97
7349200--7349369	93	1.8	93	90	0	277	28	26	17	27	1.98
7354246--7354421	54	3.3	54	91	1	264	17	24	21	36	1.94
7354248--7354421	27	6.5	26	80	7	195	16	24	21	36	1.94
7362173--7362316	27	5.3	27	81	0	162	18	23	22	35	1.96
7362170--7362333	54	3.0	54	89	1	231	18	23	20	36	1.95
7362173--7362329	81	1.9	81	84	5	210	19	23	21	35	1.96
7363452--7363490	15	2.6	15	91	0	60	53	15	17	12	1.72
7366748--7366779	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
7366982--7367317	151	2.2	151	88	1	494	30	22	19	27	1.98
7366990--7367271	50	5.6	50	71	5	185	30	23	18	28	1.97
7367084--7367323	50	4.8	49	73	4	165	30	22	20	26	1.99
7367660--7367706	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
7374080--7374269	54	3.5	53	80	5	195	22	24	17	35	1.95
7376949--7377139	55	3.5	53	80	7	197	21	25	17	35	1.95
7389708--7389767	29	2.1	29	90	0	93	28	23	0	48	1.51
7392358--7392400	22	2.0	22	95	0	77	16	30	32	20	1.95
7396971--7397125	83	1.9	83	82	5	197	21	18	5	54	1.64
7396936--7397121	56	3.4	55	76	8	173	21	20	5	52	1.66
7396936--7397128	28	7.0	27	73	7	138	21	19	5	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7397961--7397992	15	2.1	15	100	0	64	31	21	21	25	1.98
7398249--7398522	43	6.5	42	86	2	327	30	27	17	24	1.97
7403526--7403723	7	27.9	7	70	12	73	41	35	1	21	1.62
7403527--7403645	57	2.1	57	84	3	150	37	40	0	21	1.59
7404035--7404287	115	2.2	115	88	1	364	29	21	18	30	1.97
7404261--7404390	40	3.2	40	76	4	118	27	20	18	33	1.96
7413770--7413850	41	2.0	41	82	0	99	28	17	22	32	1.96
7419024--7419058	13	2.5	14	90	9	54	85	11	0	2	0.69
7420235--7420275	9	4.6	9	84	0	55	46	0	0	53	1.00
7423364--7423421	9	6.3	9	83	2	53	18	1	15	63	1.39
7423387--7423429	9	4.8	9	88	0	50	11	0	20	67	1.22
7424683--7424858	46	3.8	46	76	10	187	22	19	28	29	1.98
7424679--7424851	93	1.9	93	91	0	283	22	20	28	28	1.98
7432445--7432612	46	3.6	46	78	10	180	22	20	28	29	1.98
7432441--7432613	93	1.9	93	91	0	283	21	20	29	28	1.98
7460324--7460558	52	4.7	49	83	5	272	28	26	17	26	1.98
7460324--7460551	50	4.5	49	84	5	276	28	26	17	27	1.98
7460311--7460559	101	2.5	101	82	3	315	28	26	18	27	1.98
7486188--7486411	40	5.6	40	90	2	326	21	23	28	26	1.99
7486183--7486446	80	3.3	79	83	7	293	23	23	28	25	2.00
7486183--7486446	120	2.2	120	83	6	331	23	23	28	25	2.00
7494327--7494625	40	7.5	40	87	3	372	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7500559--7500612	24	2.2	25	78	15	60	38	1	38	20	1.63
7501600--7501638	8	4.9	8	80	0	51	43	23	25	7	1.80
7501600--7501638	16	2.4	16	91	0	69	43	23	25	7	1.80
7502054--7502159	54	2.0	53	86	1	149	21	23	17	36	1.95
7502063--7502163	27	3.8	26	81	6	121	21	24	16	36	1.94
7511087--7511310	40	5.6	40	90	2	326	21	23	28	26	1.99
7511082--7511345	80	3.3	79	83	7	293	23	23	28	25	2.00
7511082--7511345	120	2.2	120	83	6	331	23	23	28	25	2.00
7519230--7519528	40	7.5	40	87	3	363	23	23	28	25	1.99
7525455--7525508	24	2.2	25	78	15	60	38	1	38	20	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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