genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27702924--27702954	4	7.5	4	92	7	53	0	29	0	70	0.87
27702997--27703031	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
27702997--27703043	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
27702997--27703039	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
27707358--27707610	18	13.6	18	68	17	115	37	16	11	33	1.85
27707358--27707622	36	7.1	36	68	14	153	37	15	11	34	1.84
27707458--27707622	54	3.1	53	80	8	156	38	15	11	35	1.83
27707796--27708080	45	6.3	45	90	0	399	40	18	20	21	1.92
27709278--27709313	10	3.6	10	92	0	54	33	27	0	38	1.57
27709277--27709311	15	2.3	15	95	0	61	31	28	0	40	1.57
27710616--27710644	12	2.3	13	94	5	51	0	27	0	72	0.85
27716781--27716841	29	2.1	29	90	3	97	27	14	27	29	1.95
27716822--27716928	29	3.7	29	83	7	130	25	14	33	26	1.95
27718196--27718397	43	4.7	43	86	2	253	28	27	17	26	1.97
27719029--27719067	15	2.4	16	87	8	53	48	15	0	35	1.45
27721031--27721251	48	4.6	48	86	2	266	27	16	27	28	1.97
27720983--27721254	96	2.8	96	79	2	296	26	17	28	26	1.98
27721032--27721296	144	1.8	144	81	7	333	27	17	26	27	1.98
27726993--27727067	30	2.5	30	93	0	123	44	4	28	24	1.72
27727500--27727675	46	3.8	46	77	10	178	22	20	28	28	1.98
27727497--27727668	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
27733142--27733290	42	3.5	43	79	11	171	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27751809--27751957	42	3.5	43	79	11	171	27	20	25	26	1.99
27753657--27753694	20	1.9	20	88	0	58	13	0	31	55	1.38
27753653--27753700	7	6.9	7	80	7	53	14	0	37	47	1.44
27755493--27755578	28	3.0	28	83	3	109	27	30	16	25	1.97
27755484--27755565	29	2.9	29	79	1	94	26	31	17	24	1.97
27759911--27760012	29	3.6	29	82	4	118	28	30	14	26	1.95
27759902--27760012	58	1.9	58	83	1	143	27	30	14	27	1.95
27765364--27765454	27	3.4	27	74	19	91	37	17	20	24	1.94
27765389--27765475	27	3.2	27	71	9	70	34	17	22	25	1.96
27765634--27765687	27	2.0	27	85	0	72	18	22	20	38	1.93
27769290--27769405	48	2.4	48	86	1	153	24	23	25	26	2.00
27776421--27776652	40	5.8	40	92	2	324	26	30	21	21	1.98
27784783--27785014	40	5.8	40	92	2	324	26	30	21	21	1.98
27791856--27791928	29	2.5	29	97	0	137	28	31	15	24	1.95
27799641--27799739	29	3.4	29	91	1	146	30	27	15	27	1.96
27804970--27805044	39	1.9	38	91	2	123	32	10	16	41	1.82
27806518--27806578	29	2.1	29	96	0	113	42	16	13	27	1.85
27809660--27809741	39	2.1	39	90	0	128	24	21	25	28	1.99
27813203--27813285	25	3.3	25	68	18	82	34	7	7	50	1.58
27813192--27813292	50	2.0	50	100	0	202	35	5	7	50	1.56
27817983--27818036	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
27818208--27818344	49	2.8	49	89	0	202	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27823849--27823896	20	2.3	20	96	3	87	8	27	25	39	1.84
27825081--27825134	23	2.5	22	85	11	67	24	0	20	55	1.43
27827304--27827357	21	2.5	22	76	8	58	66	3	24	5	1.29
27829272--27829397	50	2.5	50	88	0	189	33	15	13	38	1.86
27831785--27831832	21	2.3	22	78	10	55	68	4	22	4	1.24
27831900--27831949	18	2.7	20	78	12	61	64	0	28	8	1.22
27833724--27833832	50	2.1	52	85	6	143	31	13	13	41	1.84
27833740--27833840	52	2.0	50	82	7	123	33	14	12	38	1.85
27833982--27834043	27	2.5	25	84	10	74	24	1	19	54	1.53
27837280--27837404	55	2.3	55	97	1	232	46	16	10	26	1.79
27846841--27846892	26	2.0	26	100	0	104	26	15	23	34	1.94
27850491--27850564	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
27855940--27856013	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
27867646--27867719	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
27870129--27870444	46	6.7	46	74	13	211	27	19	28	24	1.98
27890819--27890864	10	4.6	10	84	10	51	67	2	6	23	1.25
27891518--27891699	96	1.9	97	86	3	260	34	27	13	24	1.93
27894348--27894393	13	3.4	13	90	6	65	65	0	6	28	1.17
27894340--27894457	6	18.8	6	76	14	96	74	0	5	20	1.00
27900705--27900742	10	3.8	10	83	13	51	63	0	10	26	1.27
27907483--27907571	30	3.0	30	81	4	101	57	15	16	10	1.65
27907494--27907571	15	5.2	15	73	6	77	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910529--27910704	46	3.8	47	78	10	191	19	20	30	29	1.97
27910525--27910697	93	1.9	93	91	2	285	20	20	30	28	1.98
27912515--27912686	93	1.8	93	89	0	272	27	30	20	20	1.98
27912507--27912682	46	3.8	46	78	4	192	28	30	19	21	1.98
27919662--27919699	19	2.0	20	84	5	51	47	18	2	31	1.62
27921133--27921173	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
27929808--27929979	93	1.8	93	96	2	319	29	29	20	20	1.98
27929801--27929976	46	3.8	46	80	14	218	30	29	19	20	1.97
27930132--27930176	21	2.1	21	100	0	90	44	15	4	35	1.67
27937774--27937807	10	3.4	10	87	0	50	50	0	0	50	1.00
27941818--27941862	23	2.0	22	82	4	54	51	26	4	17	1.65
27941982--27942035	25	2.2	25	100	0	108	40	20	7	31	1.80
27942629--27942726	42	2.3	42	77	5	108	35	22	14	27	1.93
27948971--27949645	49	13.9	49	93	2	1136	29	28	8	33	1.86
27948971--27949645	96	7.0	97	93	2	1112	29	28	8	33	1.86
27948971--27949645	145	4.7	146	94	2	1132	29	28	8	33	1.86
27953315--27953453	40	3.5	39	81	8	129	27	26	21	24	1.99
27959152--27959368	40	5.4	40	83	10	232	23	28	22	25	1.99
27959192--27959374	40	4.6	40	86	8	246	24	28	21	26	1.99
27959152--27959368	81	2.7	79	80	11	255	23	28	22	25	1.99
27964993--27965039	13	3.7	13	80	2	60	65	0	6	27	1.16
27964986--27965042	26	2.2	26	96	0	105	66	0	5	28	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965158--27965191	15	2.3	15	90	5	52	29	11	0	58	1.33
27966619--27966822	53	3.8	53	73	3	147	36	18	24	21	1.95
27984794--27984832	20	2.0	21	85	10	55	61	2	0	35	1.10
27984966--27985127	85	1.9	84	93	1	279	29	11	21	37	1.89
27987872--27988002	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
28029908--28030243	48	7.0	48	94	1	555	34	6	28	30	1.82
28030384--28030981	40	15.0	40	92	0	930	21	21	30	27	1.98
28032094--28032239	37	3.9	37	85	3	204	26	30	18	24	1.98
28032099--28032250	74	2.1	74	92	0	250	26	29	17	26	1.98
28032385--28032624	48	5.0	48	93	2	399	30	28	6	34	1.83
28032385--28032624	98	2.5	96	92	1	399	30	28	6	34	1.83
28047448--28047599	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
28047448--28047599	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
28061499--28061721	40	5.6	40	89	1	331	25	28	24	21	1.99
28061499--28061721	120	1.9	120	91	3	369	25	28	24	21	1.99
28069527--28069781	40	6.5	40	88	4	342	25	28	23	23	2.00
28073483--28073514	9	3.8	9	84	16	50	21	0	0	78	0.76
28073477--28073514	16	2.5	15	91	8	67	21	0	0	78	0.74
28073472--28073521	22	2.3	22	82	3	66	22	4	0	74	0.99
28074898--28075141	39	6.2	40	89	5	356	23	27	23	25	2.00
28099922--28100103	39	4.6	38	83	11	213	27	29	18	25	1.98
28099922--28100092	80	2.1	80	88	6	249	27	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28105309--28105440	27	4.9	27	82	0	165	43	19	14	22	1.87
28111345--28111508	27	6.1	26	78	5	148	37	21	7	32	1.83
28111324--28111493	54	3.2	54	80	4	191	40	21	8	30	1.82
28111318--28111491	81	2.2	80	80	6	199	39	21	8	31	1.82
28111346--28111559	54	4.0	54	78	7	152	36	22	7	33	1.82
28111470--28111886	27	15.4	27	82	4	338	32	21	8	37	1.84
28111470--28111716	107	2.3	107	83	0	269	31	22	7	38	1.81
28111699--28111771	28	2.6	28	93	2	121	41	20	8	30	1.81
28111699--28111799	28	3.6	28	85	4	98	40	21	9	27	1.85
28111891--28112407	27	19.3	27	88	2	720	35	20	19	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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