genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36506283--36506470	50	3.8	49	79	8	209	27	19	25	28	1.99
36513694--36513818	50	2.5	49	89	1	178	24	16	26	32	1.96
36513694--36513829	49	2.7	50	87	1	184	25	16	26	31	1.97
36516166--36516390	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
36516133--36516390	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
36516322--36516399	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
36525512--36525584	36	2.0	36	89	0	110	27	32	19	20	1.97
36525704--36526123	47	8.9	47	92	2	659	29	30	8	31	1.87
36525704--36526123	144	3.0	141	90	4	659	29	30	8	31	1.87
36529513--36529738	40	5.8	40	85	6	311	25	28	22	23	1.99
36529517--36529738	79	2.8	77	88	4	302	26	27	22	23	1.99
36530946--36531024	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
36531143--36531564	47	8.9	47	94	2	713	29	30	8	31	1.87
36531143--36531564	144	3.0	141	93	3	713	29	30	8	31	1.87
36534966--36535195	40	5.8	40	86	4	329	25	28	22	23	1.99
36536407--36536485	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
36536604--36536927	47	6.8	47	91	2	513	28	30	9	32	1.88
36536604--36536933	145	2.3	143	92	3	533	28	29	9	32	1.88
36541960--36542070	53	2.1	53	94	0	195	27	18	34	19	1.96
36544831--36544875	20	2.2	20	88	0	63	35	11	2	51	1.50
36548631--36548690	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
36548731--36548782	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36549464--36549606	27	5.3	27	83	3	153	29	9	21	39	1.84
36554864--36555041	27	6.6	27	78	6	155	28	7	24	39	1.83
36554860--36555041	54	3.4	53	78	6	179	28	8	24	39	1.84
36554860--36555072	27	7.9	28	76	11	92	27	10	23	38	1.87
36557604--36557655	27	2.0	26	88	3	77	15	25	21	38	1.92
36560493--36560632	51	2.7	51	83	4	167	27	28	16	27	1.97
36560536--36560717	51	3.6	51	80	3	152	30	28	16	24	1.96
36560640--36560771	52	2.6	51	79	2	140	34	28	12	25	1.92
36575577--36576079	260	1.9	260	89	0	783	19	22	19	38	1.94
36582705--36582754	20	2.3	23	83	16	63	66	4	8	22	1.35
36585115--36585223	37	2.9	37	93	0	173	27	29	19	23	1.98
36585370--36585505	48	2.8	48	94	2	227	30	28	7	33	1.84
36585474--36585685	94	2.3	94	97	0	397	26	28	11	32	1.92
36585474--36585685	47	4.5	47	92	0	352	26	28	11	32	1.92
36589920--36590231	40	7.8	40	87	1	410	26	26	21	25	2.00
36591475--36591581	35	2.9	37	90	5	173	27	30	18	23	1.98
36591728--36591862	48	2.8	48	94	3	227	30	28	6	34	1.83
36591831--36592041	47	4.5	47	92	1	352	27	29	11	32	1.91
36591831--36592041	93	2.3	94	96	1	388	27	29	11	32	1.91
36602124--36602322	53	3.7	53	80	7	206	23	25	16	34	1.95
36602310--36602427	47	2.5	47	94	0	209	26	23	13	36	1.92
36609110--36609182	37	2.0	37	91	0	119	30	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36609328--36609462	48	2.8	48	95	0	243	30	28	7	33	1.85
36609432--36609719	47	6.1	47	90	0	432	26	29	11	32	1.91
36609619--36609690	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
36613528--36613879	40	8.8	40	92	1	553	25	27	22	25	2.00
36615105--36615210	37	2.9	37	92	0	176	26	32	17	23	1.97
36615359--36615493	48	2.8	48	95	0	243	30	28	7	33	1.85
36615463--36615655	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	33	1.90
36626722--36626761	11	3.7	11	83	16	57	45	15	0	40	1.46
36626723--36626761	20	1.9	21	94	5	71	43	15	0	41	1.46
36630151--36630341	40	4.8	40	83	5	228	24	28	21	25	1.99
36630139--36630338	79	2.6	78	81	7	235	24	28	21	26	1.99
36638273--36638463	40	4.8	39	83	5	222	23	28	23	24	2.00
36640247--36640362	39	3.0	39	88	2	171	27	27	20	24	1.99
36643741--36643816	31	2.5	31	93	2	136	26	22	18	32	1.97
36644036--36644105	25	2.8	25	97	0	131	22	24	27	25	2.00
36644904--36644960	27	2.1	27	86	0	78	21	22	21	35	1.96
36644904--36644982	27	2.9	26	77	9	77	20	18	20	40	1.92
36645001--36645209	27	7.7	27	77	6	170	31	7	19	41	1.79
36645001--36645209	110	1.9	108	79	3	231	31	7	19	41	1.79
36645087--36645242	81	1.9	81	82	2	197	30	8	17	42	1.80
36645241--36645332	27	3.4	27	92	0	148	42	8	21	27	1.82
36647270--36647368	44	2.2	44	98	0	189	29	15	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36657411--36657626	38	5.2	38	75	18	207	31	24	15	29	1.95
36657418--36657624	85	2.4	85	97	0	387	30	25	15	28	1.96
36657456--36657649	47	4.3	47	82	12	253	31	22	15	29	1.95
36663688--36664067	47	8.1	47	93	0	625	32	9	30	28	1.88
36663812--36663885	25	3.1	25	60	25	59	37	8	25	28	1.84
36667991--36668018	12	2.3	12	100	0	56	35	35	14	14	1.86
36678778--36679149	44	8.8	44	73	14	237	28	27	15	29	1.96
36679058--36679163	40	2.7	40	90	0	176	29	24	18	27	1.98
36691316--36691353	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
36691461--36691502	11	3.6	11	84	9	57	66	0	4	28	1.12
36691613--36691683	12	5.2	13	72	22	56	67	0	2	29	1.05
36691594--36691679	44	2.0	44	81	9	104	63	1	2	32	1.14
36691611--36691652	21	2.0	20	90	4	66	69	0	0	30	0.89
36698328--36698361	18	1.9	17	88	5	50	29	0	23	47	1.52
36702706--36702824	42	2.8	42	76	9	134	28	24	15	31	1.96
36704976--36705014	21	1.9	19	85	10	51	28	15	5	51	1.64
36708079--36708104	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
36710245--36710519	48	5.7	47	77	7	216	26	16	31	25	1.97
36710245--36710565	96	3.4	94	77	4	268	26	17	30	24	1.97
36710245--36710574	144	2.3	144	79	6	353	26	17	30	24	1.98
36715473--36715580	47	2.3	47	87	1	146	34	19	24	22	1.97
36723657--36723696	20	2.0	21	90	5	64	17	10	0	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36723658--36723718	26	2.5	24	83	5	68	16	6	1	75	1.09
36723642--36723744	6	16.7	6	75	13	66	16	6	2	73	1.16
36723679--36723738	17	3.4	18	82	11	63	15	5	3	76	1.08
36727076--36727197	42	2.8	42	81	6	120	32	24	16	26	1.96
36727075--36727214	44	3.3	42	80	5	129	32	24	16	27	1.96
36730329--36730406	34	2.3	34	86	4	113	26	21	24	26	1.99
36743593--36743825	47	5.0	47	93	0	367	32	11	29	26	1.91
36743640--36743718	25	3.3	25	65	22	69	32	10	27	29	1.89
36743622--36743740	22	5.1	22	63	25	66	32	13	29	24	1.93
36743714--36743789	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
36743804--36743987	98	1.9	96	90	2	296	36	6	25	31	1.82
36743803--36743987	48	3.8	48	88	2	289	36	6	25	31	1.81
36744134--36744240	37	2.9	37	92	1	171	23	19	30	26	1.98
36745494--36745528	17	2.1	17	94	0	61	22	25	14	37	1.92
36745811--36745888	34	2.3	34	86	4	113	28	20	24	26	1.99
36745908--36745950	23	1.9	23	90	4	70	25	46	2	25	1.65
36754631--36754902	48	5.7	48	75	5	246	27	19	30	23	1.98
36754631--36754940	48	6.5	47	73	13	224	27	19	30	22	1.98
36754628--36754995	144	2.6	143	82	3	357	27	19	29	23	1.98
36756183--36756222	21	2.0	21	90	5	64	10	35	30	25	1.88
36758317--36758347	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
36759259--36759378	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36760505--36760729	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
36760505--36760762	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
36767195--36767314	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
36768442--36768666	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
36771681--36771725	16	2.9	15	84	12	56	26	0	13	60	1.34
36771687--36771727	16	2.4	17	84	12	57	31	0	12	56	1.36
36777312--36777342	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
36777990--36778102	43	2.6	43	88	2	174	26	18	28	26	1.98
36778866--36778909	18	2.5	18	82	14	56	34	9	29	27	1.87
36778878--36778908	9	3.4	9	100	0	62	38	9	29	22	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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