genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78459779--78459829	25	2.0	25	96	0	93	23	11	11	52	1.70
78462952--78463023	30	2.4	30	97	0	135	38	8	25	27	1.84
78463405--78463535	46	2.8	46	83	6	149	29	18	30	22	1.97
78463410--78463629	48	4.7	46	79	13	184	27	17	30	24	1.97
78469449--78469501	5	9.8	5	78	11	52	75	1	1	20	0.99
78469431--78469480	22	2.2	23	86	10	68	78	6	0	16	0.95
78470994--78471026	16	2.0	17	94	5	59	66	6	6	21	1.35
78471059--78471116	17	3.1	19	75	12	66	68	1	5	24	1.19
78473155--78473188	17	2.1	16	88	5	50	73	0	5	20	1.04
78475461--78475931	53	8.9	53	78	9	406	23	23	17	35	1.95
78475485--78475871	108	3.7	102	81	9	356	24	23	17	34	1.95
78475960--78476061	45	2.2	45	84	6	125	23	25	18	32	1.97
78477900--78477944	21	2.1	21	95	0	81	17	4	24	53	1.62
78477905--78477950	21	2.2	21	88	0	65	15	6	23	54	1.64
78487731--78487915	102	1.8	102	86	2	273	40	15	18	25	1.90
78492752--78492829	27	2.9	27	80	0	93	39	20	16	23	1.92
78492939--78492976	17	2.2	17	86	9	51	18	42	26	13	1.87
78492942--78492983	18	2.3	18	76	8	50	21	40	26	11	1.88
78494624--78494651	13	2.2	13	100	0	56	28	42	14	14	1.84
78495297--78495336	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
78501563--78501922	47	7.6	45	71	15	164	27	18	28	25	1.98
78501563--78501925	46	7.7	46	75	10	206	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78507608--78507732	42	3.0	42	83	8	157	24	13	29	32	1.93
78514553--78514774	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
78514551--78514774	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
78522421--78522645	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
78522421--78522645	40	5.7	40	86	6	296	25	27	22	24	2.00
78524427--78524464	17	2.4	15	91	8	58	21	36	0	42	1.53
78528245--78528270	12	2.2	12	100	0	52	46	30	0	23	1.53
78535820--78535846	12	2.2	12	100	0	54	37	37	0	25	1.57
78541438--78541515	6	14.8	5	72	19	54	75	2	3	17	1.07
78541458--78541520	6	10.8	6	77	13	60	77	3	3	15	1.02
78541448--78541510	17	3.7	17	83	8	74	74	3	4	17	1.12
78541438--78541520	11	7.0	11	77	12	67	75	2	3	18	1.05
78541439--78541517	17	4.6	18	78	12	67	75	2	3	17	1.06
78546889--78546913	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78548273--78548627	81	4.4	81	78	9	244	45	18	13	22	1.84
78548273--78548629	27	13.3	27	76	8	214	45	18	13	22	1.84
78548273--78548623	54	6.5	54	78	8	270	45	18	13	22	1.84
78548359--78548629	81	3.3	80	78	7	271	45	17	14	22	1.85
78548956--78548998	23	1.9	23	90	4	70	16	4	51	27	1.64
78554021--78554061	20	2.0	22	90	9	68	14	7	2	75	1.12
78556287--78556326	6	6.7	6	85	0	53	10	5	2	82	0.91
78559244--78559285	21	1.9	23	85	9	61	23	4	14	57	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78559554--78559601	24	2.0	24	95	0	87	41	10	20	27	1.85
78561723--78561859	27	5.1	27	87	1	168	41	20	18	19	1.90
78572794--78572833	21	2.0	20	85	14	55	45	20	0	35	1.51
78574963--78575037	37	2.0	37	94	0	132	42	16	8	33	1.77
78576027--78576183	71	2.2	70	86	4	226	34	18	17	29	1.94
78576053--78576198	71	2.1	70	88	5	215	31	20	18	29	1.96
78580236--78580294	13	4.3	13	79	10	64	77	0	15	6	0.96
78580254--78580294	21	2.0	21	95	0	73	82	0	12	4	0.81
78580236--78580292	29	2.0	29	82	6	71	78	0	14	7	0.94
78580845--78580881	11	3.5	10	89	10	56	0	10	2	86	0.67
78583512--78583546	17	1.9	19	88	11	56	34	20	0	45	1.51
78586448--78586495	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
78593931--78593989	20	3.0	20	89	0	91	37	10	18	33	1.85
78594039--78594159	24	5.0	24	86	7	165	29	19	21	28	1.98
78594353--78594416	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
78600814--78601030	45	4.9	45	89	2	316	26	28	21	23	1.99
78601837--78601979	47	3.0	47	94	0	250	43	13	14	27	1.84
78606576--78606614	20	2.0	20	100	0	78	35	7	20	35	1.81
78613362--78613396	16	2.2	16	89	0	52	71	0	14	14	1.15
78617376--78617424	17	3.2	16	78	18	59	71	0	2	26	0.97
78617376--78617426	7	7.0	7	79	20	52	70	0	1	27	0.98
78617376--78617420	24	2.0	22	91	8	72	71	0	2	26	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78617945--78618006	30	2.1	29	82	11	74	27	6	14	51	1.66
78618858--78618882	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78630071--78630095	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78633239--78633351	58	1.9	59	85	5	158	44	5	1	48	1.35
78635998--78636050	18	2.9	18	75	10	54	52	5	30	11	1.60
78637793--78637855	17	3.7	17	95	0	108	19	41	22	17	1.90
78643084--78643197	59	1.9	59	84	7	151	41	4	2	51	1.35
78643141--78643200	16	3.7	16	73	10	50	41	3	1	53	1.27
78653026--78653088	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
78654271--78654328	26	2.4	25	81	13	68	65	5	0	29	1.14
78654786--78654823	14	2.7	14	95	0	67	42	10	13	34	1.78
78667035--78667075	18	2.3	18	87	8	57	48	0	51	0	1.00
78668832--78668893	22	2.9	21	83	11	72	40	9	9	40	1.71
78670208--78670276	24	2.9	24	76	18	65	34	2	31	30	1.73
78671228--78671252	9	2.8	9	100	0	50	24	20	44	12	1.85
78671594--78671655	27	2.3	27	82	0	70	40	17	12	29	1.87
78673933--78673996	24	2.7	24	76	13	69	32	3	35	28	1.73
78677245--78677293	20	2.5	20	82	0	62	36	4	20	38	1.72
78693366--78693538	43	4.0	43	75	14	151	24	16	25	34	1.95
78694410--78694443	13	2.6	13	100	0	68	17	32	35	14	1.91
78697259--78697307	25	2.0	25	91	0	80	28	32	20	18	1.96
78701440--78701484	20	2.2	20	96	0	81	28	13	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78704610--78704678	34	2.0	34	97	0	129	33	14	15	36	1.89
78712998--78713265	39	6.9	39	92	0	437	22	29	25	22	1.99
78716667--78716897	27	8.6	27	84	0	255	30	19	7	41	1.80
78716660--78716881	81	2.7	81	85	0	291	29	20	7	41	1.80
78716635--78716916	81	3.5	81	81	0	276	31	20	7	40	1.81
78716890--78717044	27	5.7	27	83	3	186	41	22	7	28	1.80
78716890--78717083	27	7.2	27	80	5	164	40	20	9	30	1.83
78716890--78717044	81	1.9	80	85	7	215	41	22	7	28	1.80
78716890--78717083	81	2.4	81	81	8	207	40	20	9	30	1.83
78717087--78717408	27	12.0	27	83	2	328	38	16	18	26	1.91
78717613--78717707	25	3.8	25	94	0	154	25	24	24	26	2.00
78717613--78717720	25	4.4	25	87	8	109	27	22	24	25	2.00
78719973--78720235	54	4.9	54	83	0	276	30	20	7	41	1.81
78719973--78720235	81	3.2	80	85	3	321	30	20	7	41	1.81
78719998--78720224	27	8.4	27	86	0	267	28	20	8	43	1.80
78720214--78720421	54	3.8	53	77	6	175	39	19	9	32	1.83
78720228--78720405	27	6.6	27	82	2	187	41	18	9	30	1.82
78720228--78720421	81	2.4	81	86	5	250	40	18	9	31	1.83
78720359--78720436	27	2.9	26	78	12	86	37	17	11	33	1.86
78720425--78720745	27	12.0	27	84	2	360	36	16	19	27	1.93
78720415--78720746	80	4.1	81	83	3	395	37	16	18	27	1.93
78720415--78720745	107	3.1	106	83	4	387	37	16	19	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78720951--78721020	25	2.8	25	86	0	95	28	22	22	25	1.99
78732074--78732477	47	8.5	47	97	2	756	30	8	30	29	1.88
78732603--78732681	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78735711--78735754	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
78735850--78735878	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
78738106--78738242	60	2.3	60	84	6	170	30	21	22	25	1.99
78738906--78738938	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
78742059--78742106	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
78745347--78745581	56	4.2	56	86	0	308	28	13	22	34	1.93
78745347--78745619	56	4.9	56	84	1	298	28	13	23	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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