genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74674764--74674800	16	2.4	16	90	4	58	72	0	2	24	0.97
74684891--74685026	68	2.0	68	100	0	272	48	13	10	27	1.74
74692056--74692108	27	2.0	25	82	7	61	22	9	3	64	1.40
74694469--74694520	23	2.3	23	75	18	54	46	13	26	13	1.80
74710274--74710306	17	2.0	17	94	5	59	6	15	0	78	0.93
74715994--74716065	16	4.5	16	83	0	81	44	2	23	29	1.67
74715994--74716063	32	2.2	32	92	0	113	44	2	22	30	1.67
74716049--74716137	44	2.0	44	84	8	117	33	3	24	38	1.72
74716308--74716395	21	4.3	21	66	18	60	55	4	1	38	1.28
74724865--74725040	43	4.1	43	93	0	280	10	22	34	32	1.89
74725759--74726045	137	2.1	137	96	0	529	32	25	18	24	1.97
74728505--74729194	98	7.0	96	95	2	1103	31	13	28	26	1.93
74728608--74728683	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
74728902--74728977	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
74728505--74729196	294	2.3	294	95	1	1224	31	13	28	27	1.93
74729000--74729075	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
74729329--74729473	37	3.9	37	95	0	245	24	18	31	26	1.98
74732057--74732163	25	4.2	26	95	3	184	35	25	5	33	1.79
74732057--74732163	51	2.1	50	93	5	180	35	25	5	33	1.79
74735921--74736207	137	2.1	137	96	0	529	32	24	18	24	1.97
74738002--74738111	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
74743281--74743336	20	2.9	19	79	10	69	51	7	0	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74743287--74743336	18	2.5	21	78	12	61	56	6	0	38	1.24
74743463--74743735	139	2.0	138	82	9	342	42	7	4	45	1.54
74748414--74748460	16	2.9	16	81	6	51	48	14	21	14	1.80
74748414--74748459	24	1.9	24	86	0	65	50	15	21	13	1.78
74748654--74748768	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
74748667--74748777	57	1.9	58	88	1	170	26	16	30	27	1.96
74752313--74752460	41	3.6	41	75	7	149	24	21	27	27	1.99
74752302--74752472	41	4.2	41	73	10	143	22	21	28	26	1.99
74758631--74758687	29	2.0	29	85	0	78	42	21	12	24	1.87
74759100--74759272	55	3.2	53	78	6	177	37	14	22	25	1.92
74759100--74759282	27	6.8	27	78	5	181	36	14	23	26	1.93
74765548--74766114	281	2.0	281	94	0	1010	36	17	16	30	1.92
74767063--74767106	22	2.0	22	82	8	54	50	2	27	20	1.60
74770155--74770216	23	2.9	20	74	11	61	24	20	19	35	1.96
74775756--74775820	26	2.5	26	85	2	78	24	18	20	36	1.94
74777069--74777124	28	2.0	28	96	0	103	30	25	16	28	1.96
74785485--74785590	53	2.0	53	98	0	203	34	7	17	39	1.79
74791092--74791125	17	2.1	17	88	5	52	32	5	5	55	1.48
74791765--74791857	10	9.3	10	69	17	59	64	3	2	30	1.21
74792171--74792207	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
74798689--74798714	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
74799195--74799753	275	2.0	276	91	1	915	42	14	10	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74801871--74801911	21	1.9	22	85	5	57	34	7	2	56	1.40
74814730--74814776	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
74825336--74825551	46	4.7	46	77	7	181	22	29	20	27	1.98
74826685--74826949	49	5.6	49	73	13	166	25	28	18	27	1.98
74826833--74826952	46	2.6	46	85	6	154	25	29	18	27	1.98
74826691--74826957	142	1.9	139	83	8	346	26	28	17	26	1.98
74828265--74828291	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
74830946--74831004	13	4.3	13	79	14	57	44	38	1	15	1.56
74830969--74831008	13	3.0	13	92	3	62	45	42	0	12	1.42
74831972--74832020	16	3.2	16	75	16	50	44	0	0	55	0.99
74832221--74832259	12	3.1	12	88	7	51	28	0	2	69	1.02
74833564--74833588	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
74833874--74833918	20	2.2	20	96	0	81	57	0	4	37	1.19
74834882--74834909	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
74841741--74841788	20	2.4	21	89	6	73	64	6	2	27	1.28
74847540--74847722	3	60.3	3	75	4	161	29	6	2	61	1.33
74847744--74847799	4	14.0	4	80	0	67	17	1	5	75	1.09
74848758--74848879	43	2.8	43	81	2	129	25	18	25	31	1.97
74856743--74856975	39	6.0	39	93	0	385	24	30	24	21	1.99
74862916--74863015	42	2.3	43	79	1	121	28	18	22	32	1.97
74862862--74863014	43	3.6	43	74	8	132	26	16	23	33	1.96
74865085--74865142	29	2.0	29	96	0	107	31	15	13	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74866697--74866755	28	2.1	28	96	0	109	47	8	16	27	1.76
74874545--74874712	47	3.6	47	93	0	273	27	30	7	33	1.85
74874595--74874673	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
74878722--74879033	40	7.8	40	91	0	480	25	28	21	24	1.99
74880495--74880573	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
74880446--74880659	47	4.6	47	94	1	340	28	30	7	33	1.85
74890737--74891044	87	3.5	87	85	4	406	33	20	24	21	1.97
74891310--74891416	53	2.0	53	96	0	196	33	18	15	31	1.93
74892873--74892910	12	3.2	12	81	11	51	47	7	2	42	1.46
74895371--74895448	39	2.0	39	94	0	138	41	8	20	29	1.83
74899574--74899610	18	2.1	18	89	0	56	40	21	16	21	1.91
74899585--74899626	19	2.3	18	84	12	50	42	19	14	23	1.87
74899851--74899875	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
74911419--74911477	31	1.9	31	89	0	91	23	23	30	22	1.99
74922669--74922720	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
74937321--74937491	91	1.9	91	90	2	272	25	19	15	40	1.90
74937750--74937884	28	4.8	28	75	8	130	23	33	15	27	1.95
74937745--74937896	29	5.3	29	77	4	141	25	31	14	28	1.95
74938883--74938950	31	2.2	31	83	0	82	33	10	11	44	1.75
74942550--74942669	62	1.9	62	96	0	222	35	21	10	33	1.87
74945264--74945317	18	2.8	18	75	21	56	24	3	1	70	1.13
74953024--74953593	130	4.4	130	83	3	664	32	17	11	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74954681--74954740	29	2.1	29	96	0	111	33	23	16	26	1.96
74954689--74954750	29	2.1	29	87	0	88	30	25	16	27	1.96
74957074--74957220	72	2.0	73	96	1	269	40	8	19	31	1.81
74979388--74979456	31	2.2	31	86	0	93	44	13	10	31	1.76
74990481--74990563	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
74990786--74990882	21	4.6	21	84	5	124	1	49	20	28	1.56
74996370--74996704	9	37.7	9	67	17	112	36	3	15	44	1.64
74996374--74996479	16	6.6	16	73	16	94	33	4	16	45	1.68
74996405--74996624	46	4.6	46	85	6	287	36	4	15	44	1.65
74996405--74996612	97	2.2	94	90	2	317	36	4	14	44	1.65
74996469--74996674	30	6.5	30	71	16	134	37	3	15	43	1.64
74996593--74996704	30	3.5	32	77	13	113	38	1	16	42	1.59
74996552--74996704	64	2.4	63	89	3	229	36	2	16	43	1.62
74996662--74996691	15	2.0	15	93	0	51	36	0	16	46	1.47
74996724--74996757	17	2.0	17	94	0	59	38	2	5	52	1.41
74998183--74998212	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
75001371--75001426	15	3.9	14	83	6	67	39	39	1	19	1.62
75002413--75002441	12	2.4	12	100	0	58	48	31	13	6	1.69
75004226--75004477	55	4.8	53	79	7	203	21	25	17	36	1.95
75009263--75009307	23	1.9	23	86	4	63	22	22	8	46	1.79
75009379--75009520	53	2.8	50	84	6	171	20	26	18	34	1.96
75017083--75017201	39	3.1	39	96	0	211	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75021711--75021743	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
75021867--75021929	30	2.1	30	96	0	117	60	12	0	26	1.33
75022729--75022925	65	3.0	66	83	5	233	49	14	24	11	1.76
75022741--75022925	66	2.8	64	84	4	228	50	12	24	11	1.74
75026892--75026939	18	2.5	19	80	12	55	56	4	0	39	1.19
75026879--75026940	27	2.2	29	86	11	85	58	4	0	37	1.20
75026908--75026943	19	1.9	19	88	5	56	55	5	0	38	1.23
75027206--75027274	21	3.3	21	78	11	88	23	24	14	37	1.92
75027189--75027277	41	2.2	41	95	0	160	21	24	14	39	1.91
75032034--75032086	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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