genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  59  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17543565--17543606	20	2.2	19	86	4	57	35	21	2	40	1.66
17549050--17549283	49	4.7	49	80	3	261	29	26	17	26	1.98
17549101--17549281	100	1.8	101	88	1	283	29	25	18	26	1.98
17553108--17553174	32	2.1	32	94	0	116	55	14	14	14	1.70
17561627--17561658	12	2.7	12	100	0	64	18	0	40	40	1.51
17563428--17563741	47	6.7	47	75	12	256	28	19	28	22	1.98
17567285--17567601	47	6.7	46	77	12	213	29	18	29	22	1.97
17567331--17567646	94	3.3	93	76	14	279	28	18	29	23	1.97
17567330--17567548	47	4.7	45	83	10	214	27	18	31	22	1.97
17569179--17569444	47	5.7	47	78	8	181	28	17	30	23	1.97
17569170--17569442	93	2.9	95	75	10	256	28	17	30	23	1.97
17570038--17570184	6	24.3	6	77	12	149	49	13	17	19	1.79
17570082--17570174	37	2.6	36	94	1	159	49	15	16	19	1.80
17570302--17570375	27	2.8	26	81	6	85	36	20	24	18	1.95
17570535--17570598	22	2.9	22	73	2	56	31	21	23	23	1.99
17570686--17570768	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
17570967--17571162	27	7.3	27	80	2	196	26	18	17	36	1.94
17570985--17571162	81	2.2	81	86	2	250	25	18	18	37	1.94
17570967--17571162	54	3.6	54	83	2	232	26	18	17	36	1.94
17571167--17571737	27	21.1	27	85	4	677	40	8	22	28	1.83
17574584--17574698	57	2.0	57	93	0	194	43	6	29	20	1.76
17574584--17574677	28	3.3	29	69	19	81	42	6	31	19	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17575525--17575567	19	2.3	19	84	8	52	25	34	27	11	1.91
17580734--17580798	33	2.0	33	93	0	112	46	3	9	41	1.51
17581080--17581346	47	5.7	47	72	18	200	29	19	28	22	1.98
17581077--17581349	91	2.9	92	80	9	284	29	19	28	22	1.98
17582308--17582363	29	2.0	27	86	10	76	19	19	41	19	1.91
17582483--17582521	21	1.9	20	84	5	51	12	33	28	25	1.93
17593005--17593115	36	3.1	34	86	10	134	18	14	27	38	1.90
17598443--17598483	22	1.9	22	85	5	57	73	7	14	4	1.22
17599797--17599835	19	2.1	19	100	0	78	25	15	10	48	1.76
17608189--17608425	35	6.7	35	68	11	144	24	20	21	33	1.97
17608189--17608435	71	3.5	71	88	0	343	24	20	21	33	1.97
17610328--17610353	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
17610917--17610954	19	2.0	19	94	0	67	18	10	34	36	1.85
17611091--17611251	40	4.0	40	85	3	182	36	17	26	20	1.94
17613943--17614055	40	2.8	40	89	0	163	35	15	27	22	1.93
17620290--17620621	48	6.9	48	86	4	402	25	29	18	25	1.98
17620290--17620621	146	2.3	144	85	4	452	25	29	18	25	1.98
17626236--17626453	40	5.5	40	92	2	343	24	27	23	23	2.00
17634253--17634521	40	6.7	40	93	0	448	27	27	21	23	1.99
17637537--17637633	40	2.5	39	83	9	126	22	27	24	24	2.00
17641905--17642007	47	2.2	48	89	1	154	24	30	19	26	1.98
17642023--17642174	48	3.2	48	83	3	207	30	26	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17641950--17642174	96	2.5	88	80	13	219	28	28	13	29	1.94
17651729--17651803	32	2.3	33	93	2	125	60	10	1	28	1.38
17653688--17653762	28	2.7	28	80	0	78	22	4	10	62	1.44
17659061--17659139	34	2.3	34	82	4	97	24	17	8	49	1.75
17663033--17663182	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
17663057--17663240	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
17668069--17668135	28	2.4	28	87	0	98	37	10	22	29	1.88
17673174--17673253	33	2.4	32	79	8	79	25	22	26	26	2.00
17676356--17676400	17	2.9	17	71	21	53	11	28	35	24	1.90
17693018--17693057	21	1.9	21	84	0	53	67	2	17	12	1.33
17693130--17693157	13	2.2	13	100	0	56	71	7	0	21	1.09
17693206--17693275	5	13.4	5	80	8	77	75	1	4	18	1.04
17693206--17693275	26	2.7	24	85	14	95	75	1	4	18	1.04
17693201--17693284	21	4.0	21	80	9	84	75	1	4	19	1.05
17693206--17693282	16	4.8	16	77	4	84	75	1	5	18	1.06
17693281--17693307	7	3.9	7	100	0	54	44	0	29	25	1.54
17695496--17695670	46	3.8	46	78	10	194	29	29	20	21	1.98
17695504--17695675	93	1.8	93	91	0	281	28	30	20	20	1.98
17698057--17698141	15	5.8	14	77	8	71	57	15	16	10	1.64
17698068--17698145	15	5.2	15	74	11	79	56	14	16	12	1.68
17701804--17701987	40	4.7	40	82	8	216	25	27	22	24	2.00
17701804--17701987	78	2.3	81	80	9	209	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17709045--17709229	40	4.7	40	80	6	207	25	28	22	23	2.00
17710769--17710940	93	1.8	93	88	0	263	29	30	19	20	1.97
17710761--17710936	46	3.8	46	76	12	171	30	29	18	21	1.97
17718386--17718427	22	1.9	23	85	9	61	66	0	14	19	1.25
17718407--17718521	50	2.2	52	79	14	132	71	6	6	16	1.27
17722856--17722972	43	2.7	43	84	5	139	35	25	12	25	1.92
17732049--17732096	24	2.1	21	85	11	60	16	6	8	68	1.35
17739540--17739596	29	2.0	29	82	0	69	42	0	3	54	1.17
17739894--17739928	17	2.1	17	89	5	54	65	0	34	0	0.93
17740785--17740880	37	2.5	37	74	6	93	21	19	29	29	1.98
17743416--17743474	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
17748006--17748066	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17750885--17751019	24	5.5	24	77	7	103	26	28	16	28	1.97
17750884--17751019	49	2.8	47	82	8	141	26	28	16	28	1.97
17754154--17754267	57	2.0	58	87	1	167	48	7	17	26	1.74
17764684--17764708	13	1.9	13	100	0	50	24	12	16	48	1.79
17772456--17772593	42	3.2	43	74	9	111	28	15	22	33	1.95
17772456--17772593	44	3.2	42	75	9	109	28	15	22	33	1.95
17772456--17772614	43	3.7	43	76	7	144	27	17	22	32	1.97
17772621--17772675	27	2.0	27	100	0	110	23	21	10	43	1.84
17777227--17777468	33	7.4	33	81	0	209	35	9	22	32	1.86
17777275--17777337	32	2.0	32	87	0	90	31	12	22	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17791845--17791875	12	2.6	12	89	0	53	29	0	48	22	1.51
17793601--17793701	34	3.0	34	95	0	184	26	23	18	30	1.98
17800739--17800774	18	2.1	18	89	5	56	13	33	38	13	1.85
17802795--17802852	29	2.0	29	96	0	107	32	27	5	34	1.79
17804779--17804836	28	2.1	28	100	0	116	32	17	3	46	1.65
17806102--17806177	33	2.3	33	93	0	125	15	10	32	40	1.82
17806116--17806191	33	2.3	33	86	0	98	19	11	32	35	1.88
17806116--17806201	33	2.6	33	83	3	84	20	11	33	33	1.89
17806840--17806884	23	2.0	23	86	8	65	26	2	20	51	1.59
17808476--17808544	27	2.5	27	92	2	102	31	30	13	24	1.93
17808475--17808575	28	3.6	28	83	2	105	31	30	12	24	1.93
17819680--17819851	46	3.7	46	79	10	206	27	27	22	22	1.99
17819685--17819855	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
17823229--17823338	45	2.5	45	83	4	143	23	22	13	40	1.90
17824679--17824706	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
17824773--17824839	29	2.2	29	81	5	71	28	10	7	53	1.62
17826515--17826569	27	2.1	26	83	10	67	58	5	5	30	1.44
17828258--17828430	90	1.9	91	88	3	260	38	17	19	24	1.93
17828251--17828445	90	2.2	89	81	8	241	37	16	20	25	1.93
17828860--17828900	20	2.0	20	85	4	55	41	4	19	34	1.73
17831691--17831728	20	1.9	20	94	0	67	55	10	0	34	1.34
17834091--17834146	23	2.3	24	85	11	71	39	1	1	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17835106--17835134	6	4.8	6	100	0	58	0	0	48	51	1.00
17835377--17835419	20	2.1	20	83	12	52	48	2	0	48	1.14
17839900--17840211	156	2.0	156	99	0	615	30	16	15	36	1.91
17840207--17840284	38	2.1	38	100	0	156	33	10	23	33	1.88
17849323--17849407	35	2.4	35	82	7	102	37	12	22	27	1.91
17856619--17856670	20	2.6	20	93	0	86	17	34	34	13	1.89
17860606--17860649	22	2.0	23	95	4	81	50	20	4	25	1.67
17864807--17864841	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
17865047--17865113	29	2.3	29	84	5	82	58	2	5	32	1.38
17864992--17865209	25	8.9	25	71	14	114	55	3	5	34	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332