genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56122286--56122851	47	12.0	47	95	0	979	31	8	30	29	1.87
56122559--56122634	22	3.3	22	64	10	62	30	7	32	28	1.86
56122970--56123048	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56124553--56124592	17	2.3	18	95	4	73	35	5	17	42	1.71
56127909--56128130	96	2.3	96	81	6	236	27	15	29	27	1.96
56127865--56128130	48	5.5	48	78	6	182	27	16	30	26	1.97
56137105--56137134	15	2.0	15	93	0	51	10	13	26	50	1.73
56142060--56142123	28	2.3	28	97	0	119	34	14	25	26	1.94
56142147--56142397	51	4.9	51	93	0	423	31	14	24	29	1.95
56143085--56143121	15	2.3	17	90	9	60	45	18	2	32	1.64
56155713--56155751	8	4.9	8	83	0	51	53	15	20	10	1.70
56162324--56162451	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
56162324--56162451	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
56166772--56166810	16	2.4	16	86	0	51	58	12	17	10	1.61
56175419--56175443	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
56180146--56180256	43	2.6	43	80	7	129	27	25	19	27	1.99
56180146--56180304	85	1.9	85	83	7	207	29	26	18	25	1.98
56186754--56187093	39	8.6	39	87	4	434	25	28	22	24	1.99
56186754--56187093	79	4.3	79	87	4	447	25	28	22	24	1.99
56186754--56187093	118	2.9	118	91	3	515	25	28	22	24	1.99
56194956--56195177	118	1.9	120	85	7	310	25	28	22	23	1.99
56194935--56195177	40	6.1	40	86	6	293	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56200562--56200594	16	2.1	16	100	0	66	51	12	18	18	1.76
56202325--56202378	24	2.2	24	78	12	58	29	40	14	14	1.86
56210222--56210275	24	2.2	24	78	12	58	29	40	14	14	1.86
56216620--56216747	39	3.3	39	84	0	157	29	27	18	24	1.98
56220113--56220149	4	9.2	4	93	0	65	27	0	24	48	1.51
56221131--56221182	20	2.5	20	84	3	68	80	0	3	15	0.85
56221160--56221186	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
56221132--56221186	26	2.1	26	83	6	67	80	0	3	16	0.86
56231696--56231873	40	4.5	40	92	2	279	24	28	23	23	1.99
56245510--56245796	50	5.8	50	89	1	364	26	18	27	28	1.98
56258001--56258121	46	2.6	46	87	7	158	31	18	29	20	1.96
56265032--56265205	46	3.8	44	82	8	179	28	17	28	24	1.98
56265081--56265205	48	2.7	46	87	5	171	28	16	30	24	1.96
56265074--56265246	94	1.8	94	86	2	249	28	17	28	24	1.97
56269666--56269800	43	3.2	43	80	6	141	25	14	28	32	1.94
56271793--56271831	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
56272459--56272523	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
56279620--56279658	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
56280097--56280184	28	3.1	29	78	10	85	35	20	22	21	1.96
56280290--56280354	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
56283845--56283882	19	2.0	19	85	10	51	39	2	18	39	1.65
56287070--56287135	34	1.9	34	84	0	87	24	22	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56294720--56294833	44	2.6	44	84	9	146	21	17	27	33	1.96
56297342--56297375	18	1.9	17	88	5	50	41	8	11	38	1.73
56307843--56307955	43	2.6	44	82	13	155	32	23	18	25	1.97
56309401--56309739	40	8.5	40	93	1	558	26	27	22	23	1.99
56311963--56312120	39	4.1	39	93	1	246	23	29	20	26	1.99
56313402--56313442	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
56319854--56320012	39	4.1	39	88	0	219	26	28	17	27	1.98
56321291--56321331	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
56327489--56327647	39	4.1	39	90	0	210	24	27	20	27	1.99
56328925--56328965	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
56333645--56334852	406	3.0	403	94	2	2140	25	13	21	39	1.90
56335388--56335434	24	2.0	24	95	0	85	46	23	17	12	1.82
56335412--56335446	15	2.2	16	90	5	54	54	17	14	14	1.72
56335666--56335744	29	2.8	28	81	7	97	22	15	34	27	1.94
56335667--56335744	28	2.8	28	78	7	95	23	15	34	26	1.94
56336420--56336445	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
56338048--56338094	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
56338502--56338890	50	7.8	49	75	6	323	26	17	25	30	1.97
56338648--56338879	101	2.3	101	81	2	252	26	16	26	30	1.97
56338448--56338898	151	3.0	150	81	3	555	25	17	25	31	1.97
56339436--56339761	181	1.8	181	85	1	467	39	8	17	34	1.80
56339436--56339791	179	2.0	181	82	2	439	39	8	17	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56342438--56342655	40	5.5	40	90	2	325	25	27	22	23	2.00
56349533--56349606	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
56351876--56351909	18	1.9	18	88	5	52	44	11	0	44	1.40
56353369--56353597	27	8.5	27	86	1	298	41	12	14	30	1.83
56358664--56358755	27	3.4	27	89	0	139	28	21	8	41	1.83
56358787--56358880	27	3.6	26	83	7	120	42	20	8	28	1.81
56358804--56358908	54	1.9	54	84	0	138	41	21	7	28	1.81
56358919--56358970	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
56360155--56360236	30	2.8	30	88	5	123	28	15	25	30	1.96
56361058--56361090	13	2.5	13	90	9	50	18	0	3	78	0.87
56362103--56362387	142	2.0	142	98	1	554	21	21	29	27	1.98
56365085--56365145	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
56366246--56366337	27	3.4	27	89	0	139	28	21	8	41	1.83
56366369--56366462	27	3.6	26	83	7	120	42	20	8	28	1.81
56366386--56366490	54	1.9	54	84	0	138	41	21	7	28	1.81
56366501--56366552	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
56367732--56367814	31	2.7	31	90	3	134	28	15	25	30	1.96
56368662--56368694	13	2.5	13	90	9	50	18	0	3	78	0.87
56370163--56370252	26	3.4	27	87	4	130	26	23	7	42	1.81
56370242--56370377	27	5.2	25	75	14	105	38	22	10	28	1.87
56370138--56370273	53	2.6	52	75	9	141	30	23	9	36	1.87
56370282--56370459	53	3.3	54	81	5	164	42	20	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56370251--56370403	26	5.8	26	78	5	148	41	20	9	28	1.83
56370381--56370466	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
56370507--56370579	26	2.7	27	77	8	78	38	20	20	20	1.94
56370520--56370583	27	2.4	26	84	2	83	35	18	25	20	1.95
56371392--56371461	25	2.8	25	89	4	97	27	21	24	27	1.99
56371417--56371488	25	3.0	24	80	13	76	29	19	22	29	1.98
56371681--56371756	31	2.5	31	91	2	127	30	17	25	27	1.97
56375659--56375877	27	8.1	26	87	3	233	39	15	17	28	1.89
56375649--56375877	54	4.2	54	83	3	273	39	15	17	28	1.89
56375663--56375877	81	2.7	81	86	2	281	40	14	16	28	1.88
56377868--56377942	37	2.0	37	97	0	141	25	18	30	25	1.98
56378713--56378751	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
56382458--56382573	29	4.0	29	86	0	151	29	15	28	26	1.96
56382492--56382597	29	3.7	29	83	5	119	29	16	30	24	1.96
56382475--56382602	58	2.2	58	84	5	163	29	15	29	25	1.96
56382857--56382909	27	2.0	26	88	3	79	49	24	13	13	1.77
56385592--56385818	47	4.9	46	79	7	201	28	29	19	22	1.98
56387743--56387815	15	4.9	15	77	9	69	56	12	17	13	1.68
56390647--56390814	46	3.6	46	77	13	191	29	27	20	22	1.98
56390653--56390824	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
56392489--56392529	16	2.4	16	88	8	55	48	34	4	12	1.62
56393713--56393743	16	1.9	16	93	0	53	51	9	19	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56393955--56394012	29	2.0	28	90	3	89	29	15	29	25	1.96
56393967--56394048	29	2.8	29	77	0	83	30	15	29	24	1.96
56400523--56400576	26	2.1	26	100	0	108	16	7	29	46	1.74
56401706--56401821	43	2.7	44	76	12	116	31	23	18	26	1.97
56433408--56433455	10	4.8	10	82	7	53	43	0	8	47	1.33
56434481--56434510	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
56436945--56436977	15	2.1	16	88	5	50	21	6	9	63	1.45
56439889--56439958	27	2.6	28	77	8	74	34	25	20	20	1.96
56440376--56440435	27	2.2	27	84	0	75	21	21	21	35	1.96
56444590--56444673	26	3.3	26	79	8	86	27	25	19	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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