genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71816143--71816692	27	20.4	27	86	1	627	34	18	21	26	1.96
71816829--71816920	27	3.5	26	84	8	114	18	21	22	36	1.95
71816964--71817092	59	2.2	59	98	0	249	12	9	40	37	1.75
71822149--71822279	49	2.7	50	82	7	153	25	18	30	25	1.98
71824058--71824213	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
71831296--71831380	28	3.2	28	65	19	74	29	27	16	27	1.97
71831244--71831428	50	3.7	49	81	4	192	29	25	18	27	1.98
71833563--71833626	15	4.4	15	78	20	73	64	12	14	9	1.50
71836643--71836875	49	4.7	50	82	2	245	28	26	19	26	1.99
71836735--71836819	28	3.2	28	65	19	74	29	27	16	27	1.97
71836630--71836874	101	2.5	97	79	2	256	28	26	19	26	1.99
71846878--71847012	69	2.0	69	93	0	234	25	15	18	40	1.90
71848882--71849025	39	3.6	40	83	6	175	22	25	25	25	2.00
71859881--71860201	40	8.1	40	87	2	425	23	21	28	26	1.99
71859885--71860201	117	2.7	120	89	1	442	23	21	28	26	1.99
71872264--71872526	39	6.8	40	78	14	259	27	20	26	25	1.99
71881077--71881219	40	3.6	40	83	8	175	23	25	25	25	2.00
71884112--71884211	43	2.3	43	91	0	164	29	15	21	35	1.93
71891632--71891830	102	2.0	102	98	0	389	42	7	16	33	1.77
71892166--71892437	48	5.9	48	81	9	343	30	15	23	30	1.95
71892268--71892477	38	5.0	38	74	18	186	29	15	24	30	1.96
71892214--71892385	85	2.0	86	91	1	283	29	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71892136--71892475	133	2.6	133	93	0	572	29	15	24	30	1.96
71895399--71896989	794	2.0	794	99	0	3173	33	17	16	31	1.93
71901435--71901557	40	3.1	40	81	4	158	27	26	21	24	1.99
71909617--71909784	40	4.2	40	83	3	223	26	28	21	23	1.99
71916198--71916254	27	2.2	26	83	3	69	35	21	24	19	1.96
71923642--71923701	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
71923663--71923726	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
71923742--71923793	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
71925679--71925804	43	2.9	44	79	6	116	33	24	13	28	1.93
71925721--71925842	43	2.9	42	82	4	129	35	22	14	27	1.94
71936332--71936377	22	2.1	22	100	0	92	26	4	36	32	1.76
71938238--71938308	37	1.9	37	91	0	115	25	29	19	25	1.99
71938456--71939026	48	12.1	48	91	5	914	30	26	5	36	1.80
71938832--71938900	36	1.9	36	100	0	138	28	27	5	37	1.80
71938784--71938951	84	2.0	84	95	2	302	29	27	6	36	1.82
71938736--71938999	132	2.0	132	96	0	483	29	27	6	36	1.81
71946236--71946390	43	3.6	43	72	13	138	35	23	14	26	1.93
71946551--71946645	47	2.0	47	95	0	172	23	18	23	34	1.96
71953446--71953578	66	2.0	66	85	2	178	41	17	27	14	1.88
71953893--71954013	43	2.8	43	85	0	170	33	22	14	29	1.93
71954020--71954102	42	2.0	43	83	7	107	37	14	18	30	1.90
71955727--71955751	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71958580--71958882	48	6.3	48	98	0	579	34	5	28	31	1.81
71959023--71959125	37	2.8	37	90	0	170	24	19	31	25	1.98
71959308--71959408	37	2.7	37	92	0	166	23	18	30	26	1.98
71958855--71959428	285	2.0	285	97	0	1094	31	12	27	29	1.92
71962590--71962747	47	3.4	47	94	1	273	27	10	14	47	1.77
71963549--71963683	45	3.0	45	91	3	209	23	20	27	28	1.99
71980484--71980531	24	2.0	24	100	0	96	37	4	20	37	1.72
71984349--71984486	43	3.2	42	78	8	145	28	22	20	28	1.98
71984350--71984441	42	2.2	43	86	5	125	28	22	20	28	1.99
71988897--71988968	25	2.9	25	85	2	101	47	13	19	19	1.83
71988924--71988994	31	2.3	31	95	0	124	46	15	18	19	1.84
71989396--71989591	27	7.3	27	86	2	178	21	22	20	34	1.97
71989400--71989591	54	3.6	54	88	2	262	21	23	20	34	1.96
71989424--71989591	81	2.1	81	92	2	275	20	22	21	35	1.96
71989603--71989691	27	3.3	27	79	0	97	26	6	21	44	1.77
71989603--71989715	54	2.1	54	81	3	129	28	7	20	44	1.77
71989709--71989909	27	7.4	27	87	2	267	42	7	22	27	1.80
71989667--71989917	55	4.6	54	86	0	214	40	7	20	31	1.81
71989667--71989907	81	3.0	81	83	3	241	40	7	20	31	1.81
71989709--71989917	55	3.8	54	90	0	301	42	7	22	28	1.81
71989709--71989910	82	2.5	81	86	2	287	42	7	22	27	1.81
71989920--71990061	27	5.3	27	79	6	153	29	8	21	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71989911--71990061	81	1.9	81	84	2	205	29	7	21	40	1.82
71992275--71992355	28	2.9	28	76	10	85	30	11	24	33	1.90
72005526--72005570	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
72005591--72005735	61	2.4	61	80	10	154	25	18	27	28	1.98
72011474--72011552	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72014775--72014919	40	3.6	40	84	4	184	26	24	25	23	2.00
72017084--72017204	47	2.6	47	83	0	152	27	30	8	33	1.86
72017884--72018041	42	3.7	42	73	14	135	24	17	25	31	1.97
72031115--72031147	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
72031442--72031927	46	10.6	46	92	0	810	22	23	12	41	1.88
72033606--72033725	46	2.5	47	82	5	134	25	24	15	35	1.94
72037958--72038080	46	2.6	47	84	5	149	26	22	14	36	1.93
72047095--72047261	46	3.5	46	86	4	201	19	23	16	41	1.90
72047143--72047279	46	3.0	46	90	0	202	21	23	15	39	1.91
72049285--72049334	21	2.4	22	70	19	52	0	34	0	66	0.92
72049292--72049325	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
72049360--72049405	16	2.8	17	83	6	58	13	13	0	73	1.09
72049356--72049393	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91
72053675--72053765	44	2.0	46	85	8	125	20	18	25	35	1.96
72053726--72053824	42	2.4	42	77	13	105	27	19	22	31	1.98
72055901--72055951	24	2.1	24	85	0	66	50	21	15	11	1.76
72055908--72055959	16	3.2	16	80	0	59	51	15	19	13	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72056171--72056295	29	4.3	29	85	1	171	24	16	30	28	1.96
72058986--72059060	33	2.3	33	97	2	143	32	6	22	38	1.80
72059748--72059979	49	4.7	49	80	2	248	26	17	26	29	1.98
72065272--72065325	27	2.0	27	85	0	72	42	7	12	37	1.72
72069105--72069140	17	2.1	17	100	0	72	16	41	0	41	1.48
72069516--72069558	8	5.4	8	88	0	59	46	25	18	9	1.79
72077195--72077349	55	2.9	53	78	11	147	24	25	15	34	1.95
72077165--72077358	54	3.6	55	76	8	175	23	24	15	35	1.94
72089792--72089950	27	5.9	27	85	0	165	32	22	6	38	1.79
72089779--72089960	54	3.4	54	79	0	175	35	22	6	36	1.79
72089900--72090232	27	12.3	27	77	6	192	39	20	9	31	1.84
72089754--72089960	81	2.6	81	75	3	193	34	22	6	36	1.79
72089914--72090118	80	2.5	80	83	3	234	41	20	8	29	1.82
72090076--72090205	56	2.4	54	84	7	156	43	16	7	33	1.76
72090263--72090354	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
72090226--72090364	27	5.1	27	76	8	97	34	20	22	22	1.97
72091146--72091214	25	2.8	24	86	2	93	26	26	21	26	2.00
72091146--72091227	24	3.4	24	84	5	94	29	23	21	25	1.99
72091433--72091604	31	5.5	31	92	0	272	28	16	25	30	1.96
72094285--72094618	50	6.8	50	80	6	360	27	20	28	23	1.99
72106085--72106260	46	3.8	46	76	12	171	21	19	28	30	1.98
72108937--72108965	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72111885--72111931	6	8.0	6	88	4	69	78	0	4	17	0.90
72111878--72111930	12	4.5	12	90	2	72	75	0	5	18	0.99
72111875--72111936	11	5.5	11	83	7	70	74	0	6	19	1.03
72121936--72122019	30	2.8	30	98	1	161	40	27	5	26	1.79
72128668--72128700	5	7.0	5	86	13	52	15	0	0	84	0.61
72128668--72128700	9	3.5	10	88	12	52	15	0	0	84	0.61
72128668--72128700	14	2.4	14	100	0	66	15	0	0	84	0.61
72127974--72128771	422	1.9	422	98	0	1560	38	13	8	39	1.75
72130473--72130506	17	1.9	18	94	5	61	52	0	5	41	1.25
72130473--72130519	15	2.9	16	84	9	51	48	4	4	42	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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