genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68783876--68783927	26	2.0	26	96	0	95	30	5	3	59	1.39
68788554--68788626	36	2.0	36	97	0	137	27	15	19	38	1.91
68799959--68800202	121	2.0	121	95	0	443	34	17	11	37	1.85
68808737--68808971	117	2.0	118	85	0	319	44	15	14	25	1.85
68809025--68809078	27	2.0	27	92	0	90	37	3	12	46	1.60
68811056--68811341	141	2.0	141	100	0	572	41	13	20	23	1.88
68818142--68818209	33	2.1	33	97	0	127	26	47	8	17	1.77
68825113--68825137	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
68826642--68826681	20	2.0	21	85	5	55	35	22	20	22	1.96
68827238--68827262	10	2.5	10	100	0	50	28	0	8	64	1.22
68838389--68838448	30	2.0	30	100	0	120	36	33	13	16	1.88
68840869--68841036	7	24.0	7	77	4	110	29	24	2	43	1.67
68840870--68841036	14	11.9	14	77	5	122	29	23	2	43	1.67
68840877--68841022	21	7.0	21	75	6	143	28	24	2	44	1.65
68842689--68842823	42	3.2	43	81	9	138	28	14	26	30	1.95
68845203--68845269	33	2.0	33	94	0	116	28	10	38	22	1.87
68846006--68846078	25	2.9	25	80	9	78	24	19	6	49	1.72
68850115--68850159	21	2.1	21	100	0	90	11	20	15	53	1.72
68850737--68850769	16	2.1	16	94	5	59	15	0	12	72	1.12
68854209--68854248	16	2.4	17	84	15	57	62	0	7	30	1.23
68854956--68855061	40	2.7	40	79	4	117	25	22	20	31	1.98
68855395--68855433	15	2.6	16	84	15	57	20	0	35	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68855442--68855493	22	2.4	22	80	6	61	23	0	36	40	1.55
68855393--68855546	7	21.4	7	67	10	60	23	0	35	40	1.60
68859289--68859454	27	6.1	27	82	2	181	16	24	22	36	1.94
68859289--68859454	54	3.1	54	92	1	253	16	24	22	36	1.94
68859289--68859454	81	2.0	81	86	4	228	16	24	22	36	1.94
68863115--68863279	83	2.0	83	98	0	321	24	23	10	41	1.86
68865127--68865188	21	2.8	21	76	13	63	61	1	1	35	1.16
68865206--68865358	43	3.6	43	87	0	216	22	15	31	31	1.94
68871754--68871864	42	2.6	42	77	9	118	30	19	16	33	1.94
68876223--68876273	27	1.9	26	84	4	66	35	17	11	35	1.87
68876230--68876405	54	3.3	54	80	6	153	42	18	9	29	1.82
68876266--68876405	27	5.2	28	89	3	173	42	20	8	27	1.81
68876391--68876420	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
68876337--68876465	69	1.9	69	81	3	161	43	20	7	27	1.79
68876488--68876626	27	5.1	27	86	0	188	33	16	23	26	1.96
68877006--68877070	22	3.0	22	75	8	60	20	23	23	33	1.97
68877236--68877335	27	3.8	25	83	9	101	22	23	18	37	1.94
68877236--68877335	53	1.9	52	81	2	119	22	23	18	37	1.94
68877453--68877550	6	15.8	6	70	17	58	21	22	11	44	1.83
68877456--68877545	25	3.6	25	73	8	69	21	23	12	43	1.86
68877481--68877550	31	2.3	31	89	0	104	20	24	11	44	1.84
68878481--68878614	48	2.8	47	82	5	162	35	26	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68878488--68878610	47	2.6	49	85	3	162	36	26	17	19	1.94
68880565--68880626	21	3.0	21	75	0	70	40	14	25	19	1.90
68880539--68880710	42	4.1	42	82	3	175	44	16	22	16	1.87
68880539--68880723	84	2.2	84	83	0	217	44	17	22	15	1.86
68880598--68880755	21	7.6	21	70	4	86	46	17	20	15	1.83
68880816--68880861	24	1.9	24	100	0	92	26	28	0	45	1.54
68882720--68882814	37	2.6	37	86	5	122	40	32	11	15	1.84
68885214--68885292	39	2.0	39	95	0	140	35	7	12	44	1.71
68896475--68896549	39	1.9	39	91	0	123	20	10	22	46	1.81
68898862--68898917	19	2.9	19	97	0	103	26	51	10	10	1.69
68902857--68902912	23	2.4	24	76	11	62	19	21	16	42	1.89
68905168--68905275	35	3.1	35	79	2	101	16	12	34	37	1.86
68921153--68921220	34	2.0	34	91	0	109	30	8	16	44	1.78
68926362--68926436	13	5.8	13	79	0	78	34	22	8	34	1.84
68926368--68926438	26	2.7	26	84	0	97	38	22	8	30	1.84
68929031--68929073	21	2.0	21	95	0	77	32	16	9	41	1.80
68932046--68932080	18	1.9	18	88	0	52	45	25	0	28	1.54
68932186--68932230	18	2.5	17	82	13	54	0	26	0	73	0.84
68942265--68942357	20	4.3	21	78	15	91	39	0	3	56	1.15
68942297--68942369	20	3.3	21	84	11	85	41	0	0	58	0.98
68943970--68944048	30	2.6	30	83	0	104	30	22	24	22	1.99
68945932--68945985	26	2.1	26	100	0	108	35	7	7	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68946713--68946760	21	2.2	23	88	7	73	37	0	0	62	0.95
68946716--68946778	30	2.1	31	96	3	119	36	0	0	63	0.95
68946747--68946798	20	2.5	22	84	12	81	34	1	0	63	1.06
68946941--68946978	15	2.7	15	92	8	62	60	0	0	39	0.97
68946957--68947033	22	3.5	21	82	8	75	54	1	1	42	1.16
68947056--68947142	16	5.7	16	70	21	71	54	1	0	44	1.07
68947112--68947164	22	2.2	24	80	9	65	56	0	1	41	1.10
68947233--68947291	24	2.5	24	86	10	86	77	3	3	15	1.02
68951120--68951149	9	3.3	9	100	0	60	76	0	0	23	0.78
68952904--68952963	22	2.8	22	94	2	104	43	13	30	13	1.82
68957378--68957555	45	3.8	49	78	16	189	28	28	21	21	1.99
68957386--68957555	92	1.8	92	93	1	295	27	28	21	21	1.99
68959933--68959980	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
68959924--68959980	30	2.0	28	89	6	87	57	15	15	10	1.64
68962930--68963100	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
68962922--68963097	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.99
68975278--68975465	103	1.9	99	80	4	223	26	24	16	32	1.96
68977097--68977206	46	2.3	47	82	7	141	36	22	11	29	1.90
68977120--68977223	46	2.4	42	79	14	120	36	20	14	28	1.92
68977710--68977750	21	2.0	20	90	4	64	48	21	0	29	1.50
68981998--68982040	17	2.4	18	82	14	54	69	0	30	0	0.88
68983327--68983406	18	4.4	18	82	0	70	36	10	16	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68983327--68983408	36	2.3	36	84	0	110	36	9	17	36	1.82
68983389--68983442	28	1.9	28	84	0	72	37	1	18	42	1.61
68984287--68984334	21	2.3	21	85	0	60	18	20	33	27	1.96
68987853--68987877	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
68988136--68988249	46	2.4	47	82	7	140	35	21	14	29	1.92
68988748--68988788	21	2.0	21	90	4	66	53	17	0	29	1.44
68995848--68995951	53	2.0	53	100	0	208	46	17	9	26	1.79
68999124--68999174	26	2.0	26	84	3	68	27	25	19	27	1.99
68999167--68999256	23	3.8	23	73	15	85	34	16	24	24	1.95
69000544--69000584	21	2.0	21	86	9	59	14	34	12	39	1.84
69003539--69003572	17	1.9	18	88	5	52	14	5	20	58	1.57
69011500--69011553	22	2.4	23	82	14	69	37	22	20	20	1.95
69022482--69022551	34	2.1	34	94	0	122	17	30	25	27	1.97
69026337--69026413	33	2.3	32	80	10	84	24	23	18	33	1.96
69044364--69044430	33	2.0	33	100	0	134	35	8	11	43	1.73
69045085--69045134	24	2.1	24	100	0	100	20	12	20	48	1.80
69052814--69052894	31	2.6	31	84	5	92	14	34	30	19	1.92
69052828--69052894	32	2.2	30	86	5	89	17	38	26	16	1.91
69058251--69058285	17	2.1	17	100	0	70	37	5	5	51	1.50
69062341--69062393	3	17.3	3	84	3	70	64	3	32	0	1.12
69062351--69062392	22	1.9	22	95	0	75	64	4	30	0	1.14
69062536--69062572	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69062553--69063159	113	5.7	105	75	16	495	30	1	16	51	1.51
69062660--69063080	213	2.0	207	91	2	671	32	1	16	50	1.54
69063158--69063189	15	2.1	16	94	5	57	37	3	6	53	1.42
69065258--69065323	33	2.0	33	84	0	87	15	46	12	25	1.80
69068943--69069029	27	3.2	26	79	6	93	31	31	21	16	1.95
69074857--69074903	18	2.6	18	82	0	58	27	38	21	12	1.90
69079292--69079399	31	3.5	31	96	0	198	24	28	17	29	1.97
69079618--69079686	25	2.8	25	91	2	104	24	23	24	27	2.00
69079719--69079777	11	5.6	11	84	7	79	30	15	16	37	1.90
69079732--69079777	21	2.2	21	92	7	76	30	17	17	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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