genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75039460--75039500	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
75046843--75046901	29	2.0	29	100	0	118	27	22	16	33	1.95
75047772--75047855	42	2.0	42	90	0	132	46	10	9	33	1.71
75047774--75047869	42	2.3	42	85	0	120	47	10	6	35	1.63
75051619--75051700	42	2.0	42	92	0	137	48	14	6	30	1.68
75051715--75051754	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
75055444--75055517	37	2.0	37	94	0	130	25	6	8	59	1.51
75056364--75056641	135	2.1	135	86	2	389	36	13	17	32	1.89
75057810--75057917	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
75059509--75059663	27	6.0	26	81	12	160	19	24	21	34	1.97
75064573--75064654	26	3.2	26	94	0	137	29	6	26	37	1.80
75065831--75065860	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
75066248--75066404	27	5.9	25	83	9	163	19	24	21	33	1.97
75066248--75066386	54	2.6	54	93	3	228	18	24	23	33	1.97
75067079--75067176	48	2.0	49	96	2	180	29	25	9	35	1.87
75069380--75069555	83	2.1	87	95	4	324	28	13	30	27	1.94
75071014--75071069	26	2.2	26	93	0	94	28	7	26	37	1.83
75071754--75071783	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
75072173--75072259	27	3.2	27	85	6	115	17	24	22	35	1.95
75072186--75072276	27	3.4	26	79	14	96	20	25	17	36	1.94
75073448--75073514	32	2.1	31	86	13	93	32	11	25	29	1.92
75079494--75079537	12	3.6	12	78	6	52	36	6	29	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75080281--75080327	15	3.1	15	79	14	51	19	0	4	76	0.95
75082461--75082598	48	2.9	48	87	2	188	27	18	26	27	1.98
75087000--75087044	20	2.4	19	82	13	58	22	6	6	64	1.41
75089161--75089194	18	1.9	18	88	5	52	20	29	35	14	1.93
75094079--75094288	40	5.3	40	84	2	230	24	22	25	26	2.00
75101202--75101279	40	2.0	40	89	0	120	38	14	7	39	1.74
75112395--75112441	24	2.0	24	86	0	67	44	14	12	27	1.82
75112905--75113016	34	3.3	34	86	1	127	12	34	21	31	1.91
75123325--75123385	28	2.2	28	96	0	113	34	9	21	34	1.86
75126453--75126766	46	6.7	48	77	12	221	28	18	29	22	1.97
75130477--75130520	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
75133137--75133313	46	3.8	45	78	13	155	27	17	29	25	1.97
75140433--75140458	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
75144635--75144831	50	3.9	52	75	9	167	40	17	10	31	1.84
75144651--75144832	100	1.8	100	83	2	240	39	18	10	31	1.85
75155693--75155858	46	3.6	47	78	8	135	25	27	18	28	1.98
75155732--75155858	47	2.7	48	80	13	140	25	28	18	27	1.98
75173448--75173683	85	2.8	85	84	0	310	33	19	13	33	1.92
75177865--75177906	22	1.9	22	95	0	75	50	28	9	11	1.70
75178508--75178537	16	1.9	15	93	6	51	30	3	13	53	1.56
75180729--75180772	24	1.9	24	86	9	65	47	0	2	50	1.13
75180784--75180843	28	2.2	27	82	8	68	71	5	10	13	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75181749--75181816	25	2.8	25	90	2	111	27	5	22	44	1.76
75181846--75181876	15	2.1	15	93	0	53	22	0	22	54	1.44
75182472--75182588	43	2.7	42	83	10	164	24	18	28	28	1.98
75182754--75182797	18	2.3	18	84	7	52	47	4	15	31	1.66
75185084--75185108	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
75185671--75185719	16	3.2	15	77	13	55	38	0	10	51	1.36
75190755--75190791	12	3.0	12	88	7	56	78	0	0	21	0.75
75194455--75194513	29	2.0	30	83	9	77	37	6	27	28	1.82
75195160--75195405	49	4.9	50	84	2	316	26	18	26	28	1.98
75195265--75195348	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
75202155--75202285	65	2.0	65	96	0	244	34	12	11	41	1.80
75203420--75203494	6	12.7	6	73	16	50	4	17	0	78	0.90
75203426--75203513	24	3.6	23	69	19	61	5	15	0	78	0.93
75203517--75203562	23	2.0	23	86	0	65	8	28	4	58	1.47
75206317--75206374	30	1.9	30	85	0	80	24	37	25	12	1.90
75208457--75208523	15	4.4	16	75	5	59	74	0	20	4	0.99
75211087--75211165	40	2.0	40	87	5	115	17	16	31	34	1.93
75221301--75221355	15	3.4	16	73	19	51	50	0	5	43	1.25
75221301--75221368	31	2.1	33	84	10	88	51	0	5	42	1.26
75226074--75226210	44	3.1	44	63	15	111	45	18	4	30	1.69
75226051--75226222	88	2.0	88	97	0	326	45	18	5	30	1.71
75226093--75226230	44	3.1	44	63	15	113	47	19	4	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75227929--75228060	52	2.6	51	82	2	149	25	15	26	33	1.95
75230231--75230342	39	2.9	39	87	2	163	30	26	18	24	1.98
75245331--75245413	7	10.0	9	77	16	58	30	1	2	66	1.12
75245357--75245408	7	6.9	7	79	16	59	25	1	3	69	1.16
75248918--75248947	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
75250509--75250543	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
75250516--75250561	18	2.8	17	83	9	51	45	0	0	54	0.99
75250528--75250705	26	7.2	25	65	16	77	40	1	3	55	1.24
75250631--75250666	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
75250657--75250714	13	4.3	13	79	16	64	41	1	0	56	1.09
75250635--75250674	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98
75250432--75250739	121	2.6	120	94	1	528	40	1	4	52	1.32
75250989--75251058	16	4.4	16	90	0	113	31	35	1	31	1.67
75255627--75255671	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
75258197--75258270	31	2.4	31	88	4	105	43	16	14	25	1.86
75263023--75263105	34	2.5	32	80	14	89	42	16	13	27	1.86
75267168--75267245	40	2.0	40	84	5	104	17	14	30	37	1.90
75275098--75275161	27	2.4	27	89	2	94	39	4	6	50	1.49
75275235--75275313	34	2.4	33	81	10	90	45	6	16	31	1.72
75282974--75283033	24	2.3	28	75	21	67	58	5	1	35	1.30
75283455--75283496	21	2.0	21	100	0	84	23	9	0	66	1.21
75294600--75294652	15	3.5	15	89	0	88	33	0	13	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75295038--75295133	21	4.5	21	86	2	120	14	21	27	36	1.93
75295025--75295133	42	2.5	42	83	2	128	16	22	25	35	1.94
75297134--75297242	54	2.0	54	100	0	218	51	11	11	25	1.71
75299467--75299503	18	2.1	18	100	0	74	27	5	5	62	1.39
75300181--75300258	36	2.1	37	86	9	106	65	2	0	32	1.06
75300218--75300273	29	1.9	29	85	7	78	60	0	1	37	1.07
75301002--75301043	19	2.2	18	87	12	57	64	0	14	21	1.29
75303823--75303869	15	2.9	15	87	9	58	61	2	2	34	1.20
75315036--75315121	45	1.9	45	85	4	120	44	10	20	24	1.83
75318036--75318171	39	3.5	39	90	0	209	45	20	3	30	1.68
75320926--75321033	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
75322656--75322796	27	5.2	27	81	8	171	17	21	24	35	1.95
75322656--75322796	54	2.6	53	90	2	210	17	21	24	35	1.95
75322656--75322814	27	5.9	26	81	7	131	18	22	23	35	1.96
75327622--75327729	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
75329323--75329463	27	5.2	27	83	6	180	18	23	23	34	1.96
75329323--75329463	54	2.6	53	89	4	219	18	23	23	34	1.96
75329323--75329481	27	5.9	27	80	11	175	19	23	22	34	1.96
75337634--75337899	47	5.7	47	74	11	136	20	29	21	28	1.98
75337687--75337902	47	4.7	47	76	11	153	20	29	21	28	1.98
75337632--75337902	94	2.9	91	76	11	273	20	29	21	28	1.98
75341562--75341712	42	3.5	43	79	7	146	30	25	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75348495--75348620	42	3.0	43	76	6	132	29	24	19	26	1.99
75351510--75351673	43	3.8	43	73	13	133	25	17	25	32	1.97
75359183--75359307	46	2.7	47	85	6	164	27	19	32	20	1.97
75359186--75359357	46	3.7	45	78	10	145	26	18	30	25	1.98
75366875--75367184	46	6.6	47	74	18	240	28	17	30	23	1.97
75366923--75367286	49	7.6	49	80	12	280	26	19	29	24	1.98
75368248--75368312	28	2.3	28	100	0	130	23	23	38	15	1.92
75369600--75369800	108	1.8	110	84	6	275	33	17	25	22	1.96
75370037--75370067	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
75384014--75384271	40	6.5	40	89	4	346	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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