genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65013349--65013407	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
65013495--65013577	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
65013776--65013971	27	7.3	27	85	0	248	26	19	18	35	1.95
65013976--65014304	27	12.2	27	84	2	356	42	9	20	27	1.83
65013976--65014303	81	4.0	81	82	3	392	42	9	20	27	1.83
65020546--65020686	40	3.5	40	78	4	144	31	23	12	31	1.92
65034947--65035382	47	9.3	47	90	2	687	33	8	30	28	1.86
65035091--65035166	22	3.3	22	67	16	64	32	9	30	27	1.88
65035982--65036253	135	2.0	135	98	0	526	31	12	19	36	1.89
65037488--65037576	38	2.3	38	84	0	124	25	16	31	25	1.97
65037636--65037906	40	6.8	40	96	0	488	20	23	30	25	1.99
65038114--65038267	28	5.5	28	66	11	109	22	19	28	29	1.98
65038112--65038294	56	3.3	56	96	0	339	20	19	31	28	1.97
65038141--65038294	28	5.5	28	66	6	105	20	18	32	28	1.96
65038331--65038367	18	2.1	18	100	0	74	21	5	29	43	1.75
65039303--65039574	135	2.0	135	97	0	517	32	12	19	36	1.89
65044582--65044814	13	17.5	13	64	11	60	33	19	3	42	1.69
65044565--65044818	80	3.2	79	84	3	296	33	18	3	44	1.67
65044678--65044731	27	2.0	27	82	7	65	40	24	0	35	1.55
65044565--65044818	40	6.3	40	78	2	242	33	18	3	44	1.67
65048901--65048934	18	1.9	18	94	5	61	11	26	47	14	1.79
65061104--65061142	19	1.9	19	85	10	51	38	0	2	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65070257--65070312	25	2.2	25	93	0	94	35	17	12	33	1.88
65071645--65071693	25	2.0	25	87	0	71	34	20	20	24	1.96
65075464--65075518	24	2.3	24	84	3	76	36	27	25	10	1.89
65075531--65075616	24	3.6	23	76	7	82	34	22	26	16	1.95
65075723--65075770	25	2.0	25	91	4	80	37	14	27	20	1.92
65082969--65083005	19	1.9	19	88	0	56	29	21	8	40	1.82
65083000--65083047	17	2.7	18	83	3	62	50	2	4	43	1.33
65084920--65084996	39	2.0	39	87	5	111	41	3	19	35	1.70
65090122--65090164	22	2.0	22	100	0	86	32	13	0	53	1.41
65103207--65103264	28	2.1	28	96	0	107	18	13	31	36	1.90
65103507--65103552	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
65103514--65103558	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
65110927--65110993	27	2.5	27	100	0	134	29	5	31	32	1.82
65123744--65123940	50	3.9	50	80	4	227	25	18	26	29	1.98
65123751--65123940	101	1.9	100	87	1	254	25	18	26	30	1.98
65127793--65128004	40	5.3	40	83	5	277	23	20	28	27	1.99
65127797--65128004	80	2.6	80	92	0	337	23	21	28	26	1.99
65132114--65132427	39	8.1	39	92	0	522	21	25	30	23	1.99
65141286--65141590	48	6.4	46	78	19	292	30	28	8	32	1.87
65141314--65141590	95	2.9	94	76	19	293	29	29	9	31	1.89
65146598--65146636	19	2.0	20	90	5	62	46	23	0	30	1.53
65152313--65152557	137	1.8	135	85	11	349	42	6	11	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65155694--65156046	47	7.5	47	87	7	504	32	8	30	28	1.86
65155694--65156046	138	2.5	141	86	8	495	32	8	30	28	1.86
65155697--65156046	185	1.9	189	86	7	516	32	8	30	28	1.86
65156160--65156237	36	2.1	37	88	2	113	25	19	29	25	1.98
65157431--65157701	119	2.3	121	88	3	397	23	21	28	26	1.99
65157431--65157701	40	6.8	40	90	2	402	23	21	28	26	1.99
65161433--65161776	47	7.5	47	89	5	510	32	8	29	29	1.87
65161433--65161728	138	2.1	139	93	4	503	33	7	28	30	1.85
65161433--65161765	138	2.4	138	90	5	491	32	8	29	29	1.87
65161433--65161776	184	1.9	183	89	4	532	32	8	29	29	1.87
65161892--65161969	36	2.1	36	85	2	102	25	17	32	24	1.97
65163170--65163426	40	6.4	40	89	4	360	22	20	28	28	1.99
65163170--65163426	118	2.2	120	87	5	360	22	20	28	28	1.99
65164613--65164878	39	6.7	40	87	5	371	24	21	28	25	1.99
65164613--65164878	79	3.4	78	86	5	358	24	21	28	25	1.99
65168615--65168965	47	7.5	47	92	3	557	32	8	30	28	1.87
65168615--65168965	139	2.5	140	91	3	546	32	8	30	28	1.87
65169084--65169162	37	2.1	37	88	0	113	25	18	31	24	1.98
65170361--65170631	40	6.8	40	91	0	409	23	21	28	26	1.99
65170921--65171384	47	9.9	47	94	1	797	31	9	29	29	1.88
65170921--65171384	143	3.3	141	93	2	797	31	9	29	29	1.88
65171503--65171581	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65180552--65180591	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
65187477--65187548	5	14.4	5	71	0	54	38	15	5	40	1.70
65187486--65187541	20	2.8	20	91	0	85	39	16	7	37	1.76
65187780--65187829	7	7.0	7	82	13	66	42	14	0	44	1.44
65187771--65187828	29	2.0	29	93	6	100	43	13	0	43	1.44
65189986--65190113	19	6.9	19	91	7	219	36	10	16	35	1.84
65189986--65190113	37	3.5	37	90	7	208	36	10	16	35	1.84
65189986--65190113	54	2.3	55	95	2	231	36	10	16	35	1.84
65189986--65190136	19	7.8	22	88	8	112	36	9	16	37	1.82
65195727--65195785	11	5.6	10	77	16	50	84	0	10	5	0.76
65197221--65197393	46	3.7	46	79	10	199	21	19	27	30	1.98
65197218--65197388	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
65199075--65199373	44	6.8	44	78	10	283	28	15	27	28	1.96
65199070--65199724	87	7.5	87	78	8	600	28	16	25	29	1.97
65199066--65199652	175	3.4	174	85	4	695	28	16	26	29	1.96
65199729--65199992	78	3.4	78	85	2	350	32	17	24	25	1.97
65199952--65200029	38	2.1	38	100	0	156	26	15	29	28	1.96
65199874--65200107	116	2.0	116	93	1	398	30	16	26	26	1.97
65199990--65200218	78	2.8	78	83	11	248	33	16	24	25	1.96
65200079--65200352	45	6.1	45	78	8	270	32	15	26	25	1.96
65200151--65200352	89	2.3	90	85	3	282	33	14	27	23	1.94
65200703--65200847	19	7.9	19	90	9	239	37	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65200724--65200833	18	6.5	15	80	17	78	37	10	15	37	1.81
65200703--65200847	54	2.7	54	96	1	263	37	9	15	37	1.80
65200712--65200847	35	3.8	36	88	10	215	37	10	14	37	1.81
65200703--65200870	19	8.8	22	83	15	111	36	8	15	38	1.79
65210114--65210146	4	8.2	4	93	0	57	3	24	0	72	0.98
65216451--65216560	46	2.4	47	83	7	145	35	22	16	25	1.95
65218297--65218330	9	3.8	9	85	14	52	67	5	0	26	1.13
65218297--65218331	18	1.9	18	100	0	70	68	5	0	25	1.11
65219480--65219531	18	2.9	18	86	11	79	30	3	1	63	1.23
65219555--65219627	32	2.3	29	82	15	76	31	16	2	49	1.60
65219903--65219949	17	2.6	17	86	6	58	63	2	4	29	1.25
65220565--65220601	7	5.3	7	93	0	56	40	0	54	5	1.24
65222897--65222978	22	3.6	22	71	12	76	57	3	4	34	1.38
65223306--65223366	12	5.1	11	81	15	50	63	1	0	34	1.04
65223335--65223399	2	34.5	2	76	17	59	55	1	1	41	1.18
65223334--65223402	9	7.4	9	75	18	70	56	1	1	40	1.17
65223322--65223402	11	7.4	11	75	19	71	59	1	1	38	1.13
65223461--65223506	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
65223569--65223660	12	7.7	11	74	13	67	60	4	3	31	1.32
65223580--65223660	24	3.4	23	81	6	83	61	4	2	30	1.30
65224456--65224493	20	1.9	20	89	10	60	84	0	13	2	0.73
65226596--65226655	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65227372--65227405	18	1.9	18	88	5	52	29	11	5	52	1.61
65228077--65228189	55	2.1	55	100	0	226	38	14	14	32	1.86
65228183--65228226	21	2.1	22	87	8	65	29	0	2	68	1.02
65228796--65228836	21	2.0	21	90	9	66	26	17	26	29	1.97
65228897--65229094	101	2.0	98	93	3	333	43	8	28	19	1.80
65234192--65234247	26	2.1	27	83	9	71	58	1	17	21	1.47
65239223--65239259	3	12.3	3	88	0	56	29	2	2	64	1.21
65245655--65245707	28	1.9	27	88	3	79	24	26	20	28	1.99
65245631--65245776	61	2.4	60	83	11	172	28	26	19	25	1.99
65257147--65257211	33	2.0	33	90	0	103	12	30	10	46	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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