genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23876088--23877124	381	2.7	379	92	4	1706	33	8	28	30	1.86
23877242--23877318	36	2.1	36	85	4	102	24	19	31	24	1.98
23878523--23878712	40	4.8	40	86	2	256	24	21	28	26	1.99
23878889--23878939	25	2.0	25	81	7	59	33	7	29	29	1.85
23885973--23886144	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	19	1.98
23885965--23886140	46	3.8	46	81	10	214	28	30	21	19	1.98
23888504--23888592	30	3.0	30	79	11	94	56	16	16	10	1.67
23888504--23888586	15	5.6	14	69	16	51	55	18	16	9	1.68
23888515--23888592	15	5.2	15	71	11	70	55	16	16	11	1.69
23891517--23891683	46	3.6	46	74	15	164	29	29	19	20	1.97
23893755--23893829	33	2.3	33	97	0	141	42	21	2	33	1.67
23896107--23896141	18	1.9	18	88	0	52	31	25	8	34	1.86
23897223--23897314	27	3.4	27	83	5	114	29	22	6	41	1.79
23897346--23897470	27	4.7	26	76	12	92	42	20	8	29	1.80
23897447--23897528	29	2.9	28	80	8	96	41	17	8	32	1.79
23897447--23897529	27	3.0	28	77	15	91	40	16	9	32	1.81
23898457--23898526	25	2.8	24	89	4	95	25	25	24	24	2.00
23898674--23898764	42	2.2	42	96	4	166	31	13	20	34	1.91
23898789--23898934	31	4.7	31	94	0	249	29	17	25	27	1.98
23901758--23901796	19	2.1	19	95	0	69	23	23	20	33	1.97
23903257--23903375	43	2.8	42	83	5	150	30	26	15	27	1.96
23906033--23906434	46	8.8	46	78	9	360	25	29	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23906034--23906428	136	2.9	135	79	12	398	25	29	17	27	1.98
23906033--23906431	182	2.2	183	92	1	667	25	29	17	27	1.98
23908593--23908642	24	2.1	24	92	0	82	34	32	12	22	1.90
23909082--23909114	17	1.9	17	93	0	57	51	15	0	33	1.43
23918856--23918889	17	2.0	17	100	0	68	29	17	35	17	1.93
23921091--23921142	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
23928982--23929245	47	5.6	46	74	14	188	24	29	18	28	1.98
23928985--23929250	94	2.8	92	80	9	238	24	28	18	28	1.98
23936007--23936331	90	3.6	89	81	2	328	27	21	14	35	1.93
23938295--23938407	40	2.8	40	73	14	106	27	26	15	30	1.95
23945879--23946083	40	5.2	40	90	2	290	24	21	26	26	2.00
23952257--23952398	41	3.5	41	85	2	144	27	14	21	36	1.92
23952299--23952449	81	1.9	82	84	1	205	27	12	25	34	1.92
23952295--23952449	41	3.8	41	84	1	186	26	13	25	34	1.93
23962792--23963133	39	8.8	39	84	0	441	17	19	30	33	1.95
23964686--23964813	67	1.9	67	96	0	238	30	14	9	45	1.77
23973724--23974131	96	4.3	96	83	4	468	26	26	19	27	1.99
23973675--23974135	144	3.2	141	75	7	383	25	26	19	27	1.99
23973675--23974131	48	9.5	48	75	4	336	25	26	19	28	1.99
23977472--23977646	46	3.8	45	77	11	185	28	27	21	22	1.99
23977479--23977650	93	1.8	93	92	2	292	27	27	21	23	1.99
23982970--23983004	13	2.7	13	95	0	61	25	42	0	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23987893--23988095	40	5.1	40	88	3	277	22	22	28	27	1.99
23992734--23993159	48	8.9	48	77	7	407	24	27	20	26	1.99
23997852--23998035	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	23	1.96
24001791--24001838	7	6.9	7	90	0	60	20	45	2	31	1.63
24008587--24008850	39	6.8	39	86	2	307	17	17	30	35	1.92
24008587--24008861	117	2.4	117	83	4	340	17	17	30	35	1.92
24012560--24012618	26	2.3	26	100	0	118	27	6	32	33	1.83
24020016--24020051	18	1.9	18	88	5	54	27	5	19	47	1.72
24022723--24022901	58	3.0	62	85	9	221	43	1	0	54	1.14
24022803--24022859	26	2.2	27	81	9	73	49	1	0	49	1.11
24031262--24031653	48	8.0	48	93	3	640	34	6	27	30	1.83
24031262--24031653	148	2.7	146	93	2	644	34	6	27	30	1.83
24031783--24031934	74	2.1	74	92	0	250	27	17	28	26	1.98
24031796--24031938	37	3.9	37	88	3	216	26	18	29	25	1.98
24033209--24033496	40	7.2	40	93	0	468	21	22	30	26	1.98
24056876--24057186	132	2.4	131	82	4	374	33	18	15	31	1.93
24059060--24059126	19	3.5	19	89	0	107	23	19	11	44	1.84
24061644--24061714	25	2.8	24	80	16	81	77	0	19	2	0.89
24061656--24061717	5	12.4	5	77	19	67	75	0	22	1	0.88
24061656--24061715	17	3.6	17	81	18	81	76	0	21	1	0.87
24061649--24061715	34	2.0	34	91	5	109	76	0	20	2	0.92
24062961--24063360	44	9.1	44	85	0	485	31	17	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24063323--24063576	88	2.9	88	91	0	402	25	16	26	31	1.97
24063242--24063570	176	1.9	176	81	7	409	26	17	27	29	1.97
24063570--24063654	44	1.9	44	85	0	116	29	14	28	28	1.95
24066817--24067101	132	2.2	131	84	6	362	34	18	15	31	1.92
24066850--24067181	132	2.5	131	81	7	370	31	19	15	33	1.93
24067125--24067425	130	2.3	129	80	5	302	26	17	18	36	1.94
24068854--24068896	17	2.5	17	75	14	52	23	27	9	39	1.85
24070768--24070797	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
24070826--24070861	14	2.6	14	95	0	63	44	11	13	30	1.79
24074345--24074458	43	2.7	42	82	5	140	29	15	24	29	1.96
24074541--24074587	20	2.3	20	81	0	58	27	2	31	38	1.69
24075974--24076189	43	5.0	43	91	1	335	31	32	24	12	1.92
24076191--24076314	38	3.2	38	86	2	149	27	26	22	23	2.00
24078831--24078969	70	2.0	70	98	0	269	31	20	19	28	1.97
24082320--24082405	35	2.4	36	83	9	113	43	27	12	16	1.84
24082634--24082866	118	2.0	118	99	0	457	33	13	15	38	1.86
24084121--24084168	19	2.6	19	90	3	71	66	0	10	22	1.22
24092132--24092185	21	2.5	22	81	3	65	16	29	33	20	1.95
24093284--24093342	18	3.3	18	65	13	50	27	6	28	37	1.82
24093272--24093342	35	2.0	35	88	0	106	26	8	26	38	1.85
24095589--24096050	46	10.0	46	89	0	613	22	23	13	40	1.89
24098101--24098168	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24100608--24100640	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
24100921--24101290	46	8.0	46	91	2	503	22	24	13	40	1.90
24103377--24103444	29	2.3	30	87	5	93	26	19	7	47	1.75
24105684--24105757	34	2.2	34	83	7	89	29	8	12	50	1.68
24113140--24113389	45	5.6	45	88	3	353	21	20	29	28	1.98
24141962--24142090	45	2.8	45	83	5	152	29	19	29	21	1.98
24141964--24142100	46	3.0	44	79	13	145	29	18	29	22	1.97
24142019--24142134	45	2.5	44	82	9	119	27	20	28	23	1.99
24149742--24150007	47	5.6	46	74	9	153	27	19	28	24	1.99
24149785--24150011	47	4.7	49	75	8	189	26	18	30	23	1.98
24154244--24154436	43	4.5	43	84	2	226	29	30	17	23	1.97
24159270--24159381	7	15.7	7	73	10	57	38	38	0	22	1.60
24159641--24159737	41	2.4	39	81	10	122	18	19	19	42	1.90
24159660--24159760	40	2.5	41	85	3	123	19	20	19	39	1.93
24165099--24165193	27	3.5	26	84	2	109	42	18	7	31	1.78
24165198--24165447	27	9.3	27	88	0	347	28	20	9	41	1.83
24165196--24165448	54	4.7	54	91	1	391	28	19	9	41	1.83
24165436--24165595	27	5.9	27	84	2	142	40	21	8	30	1.82
24165441--24165595	81	1.9	81	82	5	197	40	21	8	29	1.83
24165468--24165595	54	2.4	54	85	2	168	40	23	8	27	1.83
24165578--24165969	27	14.6	27	88	2	556	33	20	21	25	1.97
24166395--24166482	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24166395--24166473	31	2.5	31	89	0	122	18	17	13	49	1.80
24174429--24174479	20	2.6	18	77	17	57	21	19	0	58	1.39
24174552--24174598	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
24175951--24176010	6	10.0	6	89	7	86	18	0	1	80	0.80
24186886--24186919	14	2.6	13	90	9	52	17	2	5	73	1.16
24192367--24192394	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
24192386--24192466	23	3.7	22	76	12	69	48	1	19	30	1.57
24192467--24192875	3	139.3	3	67	11	150	60	1	10	28	1.39
24201810--24201859	25	2.0	25	88	7	75	42	0	20	38	1.52
24203221--24203271	24	2.2	23	83	13	61	35	7	31	25	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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