genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  43  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13011108--13011316	29	7.3	28	72	10	136	22	13	22	41	1.88
13011108--13011316	57	3.6	57	76	5	199	22	13	22	41	1.88
13011302--13011331	15	2.0	15	100	0	60	13	20	33	33	1.91
13011319--13011382	29	2.2	29	82	0	74	23	18	21	35	1.95
13015281--13015324	19	2.4	18	88	11	63	31	2	0	65	1.05
13015288--13015325	19	2.0	20	94	5	69	31	2	0	65	1.06
13016293--13016333	21	2.0	21	90	0	64	43	9	7	39	1.65
13016607--13016631	7	3.6	7	100	0	50	12	0	88	0	0.53
13017600--13017742	40	3.6	40	91	2	227	43	13	11	31	1.80
13028237--13028376	66	2.1	67	90	4	219	50	3	12	33	1.57
13033065--13033091	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
13038581--13038660	37	2.2	37	100	0	160	32	38	7	21	1.81
13040816--13040887	33	2.2	34	80	14	89	54	18	1	26	1.52
13042860--13043012	42	3.6	42	78	0	162	17	22	16	43	1.88
13042947--13043028	21	4.0	21	68	12	55	14	26	18	40	1.89
13043181--13043239	30	2.0	30	100	0	118	55	20	13	10	1.66
13046505--13046787	141	2.0	141	95	0	512	38	6	22	31	1.80
13047277--13047331	23	2.4	23	84	6	76	20	21	20	38	1.94
13048998--13049073	38	2.0	37	82	10	91	55	2	1	40	1.22
13049185--13049218	17	2.0	17	94	0	59	55	0	2	41	1.15
13049191--13049245	27	2.0	28	86	10	78	54	3	0	41	1.18
13049204--13049253	27	1.9	26	84	8	66	52	6	0	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13053645--13053719	37	2.0	37	100	0	150	33	0	21	45	1.52
13057496--13057520	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
13062294--13062334	21	2.0	21	90	0	64	43	17	7	31	1.76
13064889--13064936	19	2.6	18	86	6	60	35	25	20	18	1.95
13068303--13068358	19	2.9	21	75	21	59	33	0	8	57	1.30
13068307--13068358	20	2.7	20	77	19	56	32	0	9	57	1.31
13070023--13070053	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
13071663--13071714	27	2.0	26	92	3	86	42	1	7	48	1.43
13072469--13072611	60	2.3	63	76	10	145	27	25	19	27	1.99
13072633--13072678	20	2.3	20	81	3	58	28	23	17	30	1.97
13076534--13076734	7	26.9	7	65	14	53	23	0	28	46	1.59
13076611--13076648	15	2.5	15	91	8	60	21	0	36	42	1.53
13076625--13076683	22	2.7	22	83	0	73	27	0	30	42	1.56
13076651--13076734	29	2.9	29	75	10	82	28	1	23	46	1.60
13076695--13076729	15	2.4	14	90	4	52	25	2	31	40	1.70
13076699--13076744	22	2.1	22	83	0	56	26	4	32	36	1.76
13076796--13076854	22	2.7	22	89	5	84	13	1	42	42	1.54
13077633--13077721	33	2.7	33	89	0	124	33	29	3	33	1.74
13079979--13080033	28	2.0	28	85	7	76	32	9	0	58	1.30
13080135--13080423	105	2.7	103	90	4	436	34	5	4	55	1.43
13080389--13080419	14	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
13081724--13081752	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13082390--13082455	31	2.1	31	88	0	96	19	10	19	50	1.77
13087902--13087964	23	2.7	23	79	13	76	58	1	4	34	1.29
13096258--13096282	13	1.9	13	100	0	50	8	48	24	20	1.76
13111304--13111578	48	5.7	47	82	3	316	28	21	29	21	1.98
13111304--13111583	96	2.9	96	89	0	416	28	21	29	21	1.98
13111304--13111578	144	1.9	144	86	1	390	28	21	29	21	1.98
13121502--13121615	55	2.1	55	98	1	221	50	7	10	31	1.63
13122511--13122583	15	5.0	15	71	5	60	26	32	16	24	1.96
13122569--13122608	13	3.0	13	81	3	53	32	32	15	20	1.93
13122423--13122637	14	15.0	14	67	14	91	30	30	16	22	1.96
13122426--13122637	29	7.4	27	79	9	156	30	30	16	22	1.96
13126587--13126670	26	3.2	26	91	3	134	36	25	3	34	1.73
13135330--13135360	16	1.9	16	100	0	62	19	29	32	19	1.96
13137743--13137929	6	30.8	6	75	16	172	47	14	18	19	1.82
13137743--13137929	85	2.2	85	93	3	315	47	14	18	19	1.82
13138047--13138112	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
13138047--13138120	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
13138071--13138128	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
13138258--13138316	22	2.7	22	78	0	64	32	22	23	22	1.98
13138404--13138486	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
13138685--13138872	27	7.0	27	85	0	205	26	19	18	35	1.95
13138687--13138880	81	2.4	81	84	0	244	27	19	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13138885--13139240	27	13.2	27	85	3	423	40	8	22	28	1.84
13155742--13155773	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
13155743--13155773	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
13164610--13164641	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
13164611--13164641	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
13164987--13165773	388	2.0	389	97	0	1479	25	13	20	39	1.90
13165848--13165906	30	2.0	30	82	0	73	11	23	10	54	1.67
13167177--13167270	46	2.0	46	81	4	109	29	5	23	41	1.76
13168558--13168610	25	2.1	25	82	6	63	58	1	1	37	1.20
13168960--13169100	17	7.8	18	86	6	180	36	14	10	39	1.80
13168949--13168996	19	2.5	19	75	25	55	31	12	8	47	1.71
13168960--13169092	35	3.7	35	92	2	212	36	13	11	39	1.81
13169503--13170163	207	3.2	207	92	1	1042	29	23	17	29	1.97
13170212--13170497	87	3.4	82	82	8	360	23	21	23	31	1.98
13170350--13170488	43	3.3	42	71	13	133	23	20	23	31	1.98
13170208--13170497	83	3.4	84	83	6	388	23	21	23	32	1.98
13172499--13172529	12	2.5	13	94	5	55	6	6	0	87	0.68
13177888--13177940	25	2.1	25	82	6	63	58	1	1	37	1.20
13178289--13178395	18	5.8	19	88	8	168	37	14	11	36	1.83
13178289--13178395	35	2.9	36	91	6	171	37	14	11	36	1.83
13178280--13178403	54	2.3	54	81	13	164	36	14	11	37	1.82
13182048--13182104	28	2.0	28	100	0	114	50	3	24	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13182700--13182745	22	2.0	24	91	8	78	19	13	8	58	1.60
13185589--13185643	3	19.0	3	82	14	71	34	0	1	63	1.05
13185917--13185960	23	1.9	23	86	9	63	68	4	4	22	1.27
13186379--13186414	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
13188246--13188284	20	2.0	20	100	0	78	25	20	10	43	1.83
13188411--13188491	30	2.7	30	84	3	101	11	22	14	51	1.73
13188436--13188484	25	2.0	25	83	0	62	12	24	10	53	1.69
13190268--13190314	22	2.0	22	84	12	58	27	8	6	57	1.53
13192928--13192979	22	2.5	20	85	11	70	32	0	0	67	0.91
13193529--13193624	44	2.2	44	83	5	115	21	10	7	60	1.53
13193733--13193853	63	1.9	63	86	3	172	40	12	14	33	1.83
13194576--13194638	30	2.1	30	90	0	99	25	1	15	57	1.48
13198015--13198049	15	2.3	15	100	0	70	37	5	20	37	1.76
13199697--13199828	35	3.6	38	76	9	132	34	23	10	31	1.89
13207146--13207277	35	3.6	35	73	11	122	35	23	9	31	1.87
13209698--13209795	30	3.3	30	88	0	151	21	24	32	21	1.98
13215803--13215852	15	3.3	15	100	0	100	36	6	20	38	1.77
13216252--13216326	35	2.1	36	95	2	134	32	5	18	44	1.72
13220184--13220404	81	2.7	79	83	3	257	42	21	7	28	1.79
13220184--13220404	27	8.2	27	83	1	228	42	21	7	28	1.79
13220210--13220431	107	2.1	108	84	2	286	40	21	7	30	1.80
13220184--13220431	81	3.1	81	81	6	238	41	20	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13220427--13220658	27	8.6	27	84	0	284	37	19	17	25	1.94
13221004--13221062	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
13221227--13221327	27	3.8	26	77	11	98	22	21	18	36	1.95
13221220--13221327	54	2.0	52	81	12	121	21	21	20	37	1.95
13221445--13221526	6	13.3	6	73	19	71	18	18	15	47	1.83
13221445--13221517	31	2.4	31	92	0	119	17	19	15	47	1.82
13222216--13222254	17	2.3	17	90	0	60	56	0	7	35	1.28
13237551--13237606	27	2.1	27	100	0	112	53	14	14	17	1.73
13238197--13238240	16	2.8	16	86	6	54	65	0	0	34	0.93
13239805--13239886	30	2.7	30	83	7	112	37	18	13	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332