genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103691504--103691555	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
103705044--103705077	14	2.3	15	90	5	52	41	2	0	55	1.15
103706208--103706240	5	6.6	5	89	10	50	54	0	0	45	0.99
103708634--103708660	12	2.2	12	100	0	54	51	25	7	14	1.68
103716400--103716442	7	6.1	7	86	8	61	39	0	60	0	0.97
103716857--103716922	3	21.3	3	73	17	55	27	4	4	63	1.33
103720525--103721177	132	5.0	132	79	4	586	35	18	18	27	1.95
103720554--103721177	263	2.4	263	79	6	638	34	18	18	27	1.95
103724785--103724822	19	2.0	19	100	0	76	47	15	26	10	1.78
103728397--103728426	13	2.3	13	100	0	60	46	0	6	46	1.29
103734741--103734790	6	8.3	6	79	0	55	48	0	50	2	1.12
103734744--103734793	9	5.6	9	80	0	64	50	0	48	2	1.12
103734740--103734793	18	3.0	18	83	0	72	48	0	48	3	1.19
103740491--103740555	29	2.2	29	86	8	87	47	0	0	52	1.00
103741225--103741266	19	2.1	21	86	8	61	50	0	0	50	1.00
103746423--103746470	17	2.8	17	81	6	53	35	4	2	58	1.29
103747168--103747199	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
103755884--103756060	64	2.8	64	86	10	240	31	8	18	41	1.80
103756176--103756421	41	6.0	41	89	2	334	19	19	28	31	1.97
103757089--103757123	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
103758018--103758060	20	2.1	21	83	12	63	69	0	6	23	1.12
103758416--103758458	20	2.1	21	86	4	61	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103758541--103758581	20	2.2	20	83	12	52	31	2	7	58	1.38
103758559--103758601	22	2.0	22	81	9	52	34	2	4	58	1.32
103762897--103762927	14	2.2	14	100	0	62	25	16	12	45	1.83
103763630--103763655	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
103767340--103767480	72	1.9	74	82	8	180	44	7	2	45	1.44
103781105--103781261	59	2.7	58	87	2	224	35	24	20	19	1.96
103782805--103782875	34	2.1	34	97	0	133	32	19	26	21	1.97
103787166--103787273	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
103794538--103794645	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
103796160--103796210	26	2.0	26	84	7	68	47	0	0	52	1.00
103797461--103797502	21	2.0	21	86	9	59	30	0	7	61	1.22
103797871--103797926	21	2.7	21	91	0	94	28	33	8	28	1.87
103798828--103798871	22	2.0	22	100	0	88	27	13	27	31	1.94
103801104--103801168	32	2.0	32	96	0	121	32	6	41	20	1.77
103806767--103806808	19	2.3	18	91	4	66	14	0	7	78	0.95
103814217--103814265	19	2.5	20	78	18	57	51	10	10	28	1.68
103817218--103817255	15	2.5	15	95	4	67	52	13	0	34	1.40
103817533--103817662	69	1.9	68	95	1	233	45	13	10	31	1.76
103830275--103830403	50	2.5	51	89	2	197	35	15	20	27	1.93
103830379--103830588	31	6.8	31	88	1	305	27	18	27	26	1.98
103830617--103830742	49	2.6	49	85	3	141	27	13	27	30	1.94
103830648--103830779	49	2.9	48	84	8	168	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103830709--103830806	42	2.3	42	89	3	144	29	13	28	28	1.94
103830709--103830823	42	2.7	42	85	4	124	30	13	26	28	1.94
103832895--103832953	29	2.0	29	93	0	100	37	8	5	49	1.55
103854656--103854768	39	2.9	39	90	0	172	22	20	28	29	1.98
103854656--103854799	39	3.7	39	86	1	110	22	20	27	28	1.99
103867561--103867599	19	2.1	19	85	4	53	74	2	0	23	0.94
103867678--103867716	17	2.2	19	86	9	55	38	5	2	53	1.37
103878536--103878631	48	2.0	48	100	0	192	31	8	16	43	1.78
103886714--103886760	19	2.7	17	84	15	53	0	6	14	78	0.93
103886718--103886773	24	2.3	25	78	3	60	1	5	12	80	0.96
103889547--103889661	45	2.6	45	92	2	196	24	52	8	14	1.70
103892999--103893036	18	2.2	18	85	4	51	42	21	10	26	1.85
103899148--103899194	16	3.1	15	76	14	51	34	2	2	61	1.20
103899840--103899899	31	1.9	31	100	0	120	56	6	18	18	1.62
103911943--103912003	30	2.0	30	96	0	113	31	3	21	44	1.68
103913728--103913768	21	2.0	21	85	9	57	63	0	4	31	1.15
103914809--103914881	28	2.6	28	79	8	69	53	9	4	32	1.52
103915053--103915092	19	2.1	19	85	4	53	57	2	2	37	1.26
103916340--103916418	41	1.9	41	84	5	106	69	6	10	13	1.35
103918894--103918946	21	2.3	24	81	9	67	66	7	1	24	1.28
103919363--103919393	13	2.4	13	94	0	53	38	3	0	58	1.15
103921525--103921632	54	2.0	54	98	0	207	19	18	12	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103921840--103921881	19	2.3	18	80	8	50	50	0	0	50	1.00
103922672--103922705	17	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
103922646--103922725	44	1.9	44	85	10	114	43	0	2	53	1.14
103926092--103926118	12	2.2	12	100	0	54	44	7	11	37	1.68
103928043--103928072	14	2.1	15	93	6	53	70	13	16	0	1.18
103928489--103928529	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
103928661--103928686	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
103929785--103929836	16	3.2	16	75	2	50	71	11	11	5	1.31
103931361--103931395	18	1.9	18	94	0	61	74	2	0	22	0.95
103932561--103932600	20	2.0	20	90	0	62	27	12	12	47	1.77
103933034--103933061	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
103934441--103934466	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
103935172--103935229	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
103936281--103936317	15	2.5	15	90	0	56	16	32	0	51	1.45
103952293--103952417	47	2.7	47	85	5	155	34	28	14	22	1.93
103955574--103955697	43	2.9	42	84	4	153	29	14	25	30	1.95
103960789--103960869	40	2.0	40	95	0	144	45	13	16	24	1.83
103963068--103963427	120	3.0	120	99	0	711	42	5	15	35	1.71
103968285--103968341	28	2.0	28	96	0	105	40	19	17	22	1.91
103979156--103979296	68	2.1	68	97	1	266	48	14	18	19	1.81
103980025--103980076	20	2.7	19	85	8	61	23	1	9	65	1.32
103980252--103980308	21	2.6	22	75	5	62	33	3	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103980289--103980347	19	3.0	20	75	9	59	30	1	1	66	1.12
103980261--103980346	10	8.5	10	75	13	61	34	2	1	61	1.16
103981311--103981390	19	4.3	18	79	16	92	60	1	6	32	1.30
103993552--103993728	50	3.5	50	86	3	223	36	15	20	27	1.93
103993706--103993883	31	5.7	31	89	0	257	28	19	27	25	1.98
103993914--103994081	47	3.7	46	88	4	218	27	16	25	30	1.96
103996017--103996045	8	3.6	8	100	0	58	86	0	0	13	0.58
103998363--103998539	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
103998517--103998694	31	5.7	31	88	2	259	27	19	27	25	1.99
103998693--103998721	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
103998725--103998897	47	3.7	47	89	1	240	29	15	24	30	1.96
104019880--104019935	25	2.2	25	90	6	87	17	26	19	35	1.94
104019902--104019981	22	3.6	22	74	20	69	17	25	20	37	1.94
104025247--104025299	22	2.4	22	100	0	106	20	3	33	41	1.70
104025413--104025480	16	4.3	15	81	7	82	42	5	23	27	1.77
104025409--104025480	32	2.3	32	85	7	94	43	5	23	27	1.76
104029270--104029304	14	2.5	14	95	0	61	17	0	28	54	1.43
104029476--104029532	7	8.6	7	78	7	57	21	0	31	47	1.51
104029476--104029527	20	2.6	19	81	3	59	21	0	32	46	1.52
104029476--104029532	13	4.3	13	76	14	55	21	0	31	47	1.51
104029738--104029771	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
104029735--104029806	29	2.6	27	72	23	67	50	1	5	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104035087--104035133	24	2.0	24	95	0	85	51	8	31	8	1.63
104051642--104051738	47	2.1	47	96	0	176	23	14	22	39	1.91
104059216--104059257	16	2.6	16	100	0	84	45	0	4	50	1.23
104059566--104059608	19	2.3	18	81	18	52	34	6	0	58	1.25
104059661--104059703	18	2.3	19	80	8	52	32	2	2	62	1.20
104060890--104060940	23	2.2	22	86	6	66	17	7	15	58	1.60
104067866--104067931	14	4.8	14	73	17	66	53	10	1	34	1.45
104067866--104067929	25	2.5	26	89	2	94	53	10	1	34	1.46
104067893--104067931	10	3.9	10	86	0	51	53	10	0	35	1.35
104069007--104069054	20	2.2	23	78	21	75	25	10	35	29	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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