genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  137  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44827118--44827337	40	5.6	40	82	5	259	25	26	23	24	2.00
44829933--44829973	9	4.7	9	85	11	50	78	2	17	2	0.98
44829933--44829973	21	1.9	22	85	14	59	78	2	17	2	0.98
44831072--44831105	12	2.8	12	90	0	50	17	26	14	41	1.88
44838078--44838242	82	2.0	83	89	1	251	36	12	20	30	1.89
44840579--44840609	16	1.9	16	93	0	53	67	0	6	25	1.14
44842284--44842370	39	2.2	39	89	0	129	27	29	20	21	1.98
44844278--44844317	20	2.0	20	85	5	53	32	7	0	60	1.25
44846620--44846747	42	3.1	40	85	5	157	33	17	29	18	1.95
44846639--44846751	42	2.8	40	88	5	163	33	18	29	18	1.95
44850662--44850753	34	2.7	34	74	12	82	30	21	22	25	1.99
44856320--44856425	20	5.3	19	72	8	86	39	18	30	11	1.86
44856310--44856425	40	2.9	40	94	0	196	39	18	29	12	1.87
44858537--44858564	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
44859222--44859291	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
44872616--44872704	30	2.9	30	83	1	97	35	19	14	30	1.91
44876748--44876825	39	2.0	39	100	0	156	33	15	15	35	1.89
44876948--44877098	80	1.9	80	83	2	196	23	20	27	27	1.99
44876952--44877099	40	3.7	40	87	1	172	22	21	28	27	1.99
44879935--44880042	54	2.0	54	96	0	198	31	24	9	35	1.87
44886559--44886605	23	2.0	23	95	0	85	23	12	10	53	1.70
44890352--44890456	20	5.2	20	71	7	88	11	22	22	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44893290--44893469	47	3.8	46	81	10	186	27	17	29	25	1.98
44894614--44894653	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
44896296--44896560	103	2.6	104	90	3	408	29	29	20	20	1.98
44896888--44896952	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
44896895--44896952	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
44903786--44903844	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
44913896--44913929	17	2.1	16	88	5	50	64	0	8	26	1.22
44919455--44919492	7	5.4	7	84	9	51	2	28	2	65	1.19
44919455--44919488	15	2.4	14	90	5	50	2	26	2	67	1.19
44925031--44925120	10	9.4	10	70	12	64	65	1	0	33	1.00
44925048--44925121	19	3.8	19	79	13	71	62	1	0	36	1.04
44925066--44925120	10	5.6	10	78	4	67	65	1	0	32	1.03
44925157--44925220	21	3.1	21	72	17	55	60	1	12	25	1.40
44925375--44925421	21	2.2	22	84	3	60	19	0	6	74	1.03
44925375--44925421	22	2.1	22	84	7	60	19	0	6	74	1.03
44925375--44925452	10	7.4	10	72	15	50	21	3	3	70	1.20
44925457--44925506	19	2.6	19	78	12	57	48	4	0	48	1.20
44938232--44938261	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
44940445--44940533	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
44943308--44943383	38	2.0	38	100	0	152	34	7	21	36	1.82
44944438--44944526	42	2.1	42	91	0	142	50	14	6	28	1.68
44946800--44946825	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44958212--44958245	17	2.0	17	88	0	50	23	23	23	29	1.99
44962593--44962757	65	2.5	65	82	1	188	33	19	20	26	1.97
44966866--44967126	40	6.6	40	86	7	354	26	26	23	23	2.00
44974780--44974962	40	4.6	40	87	6	248	25	27	23	24	2.00
44982299--44982424	48	2.6	48	89	0	198	29	25	18	26	1.98
44987462--44987531	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
44991635--44991878	50	4.8	50	77	2	211	25	17	25	31	1.97
44992078--44992107	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
44999573--44999737	43	3.8	43	75	12	167	29	23	18	28	1.98
44999573--44999729	86	1.8	85	82	6	201	28	23	19	28	1.98
45007245--45007356	44	2.6	44	81	6	131	33	25	16	25	1.96
45010283--45010336	3	17.7	3	84	3	54	37	7	0	55	1.28
45010794--45010839	19	2.4	19	96	0	83	43	0	15	41	1.46
45010797--45010846	19	2.6	19	87	6	57	48	0	12	40	1.40
45010899--45010963	32	2.1	31	82	5	78	35	3	7	53	1.45
45027335--45027779	42	10.6	42	86	0	271	20	17	22	39	1.92
45027330--45027779	84	5.4	84	86	0	569	20	16	23	39	1.92
45027330--45027779	126	3.6	126	85	1	598	20	16	23	39	1.92
45028488--45028535	24	2.0	25	91	4	80	52	0	10	37	1.36
45028498--45028760	131	2.0	131	91	0	427	42	4	9	43	1.57
45035049--45035156	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
45042114--45042218	25	4.2	26	93	6	189	31	6	25	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45044880--45044929	25	2.0	25	88	0	73	34	20	26	20	1.96
45044858--45044948	27	3.4	27	81	6	105	34	21	23	20	1.97
45046792--45046816	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
45052699--45052809	27	4.1	27	86	5	145	35	22	24	18	1.96
45052699--45052809	54	2.1	53	91	1	177	35	22	24	18	1.96
45052962--45052996	18	1.9	18	100	0	70	34	5	22	37	1.78
45054272--45054334	24	2.6	24	89	0	99	20	41	3	34	1.68
45054258--45054341	24	3.6	24	83	3	73	20	38	7	34	1.80
45056536--45056617	33	2.5	32	82	9	94	35	3	6	54	1.43
45056555--45056617	32	1.9	33	90	3	101	38	4	4	52	1.44
45069208--45069387	46	3.9	46	78	14	199	26	20	31	22	1.98
45069207--45069413	46	4.4	45	77	16	181	27	19	29	23	1.98
45084069--45084182	43	2.7	43	81	2	140	34	23	20	21	1.97
45084460--45084776	158	2.0	158	94	0	553	30	21	10	36	1.87
45088091--45088263	46	3.7	46	77	14	185	29	28	20	21	1.98
45088098--45088269	93	1.8	93	91	2	283	29	27	20	22	1.99
45092478--45092593	46	2.5	46	94	0	205	29	19	28	22	1.98
45094183--45094267	41	2.1	40	95	2	152	40	21	7	31	1.80
45097319--45097479	27	6.0	27	86	2	216	39	16	15	27	1.89
45101231--45101275	22	2.0	22	95	0	81	55	8	22	13	1.65
45102150--45102300	41	3.7	41	77	7	153	29	15	25	29	1.96
45105484--45105547	18	3.7	18	75	12	71	40	1	9	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45105491--45105559	33	2.1	33	83	5	86	47	1	5	44	1.35
45105539--45105601	32	2.0	32	81	12	76	60	1	3	34	1.22
45105541--45105651	56	1.9	58	81	13	133	59	2	2	35	1.26
45105632--45105738	19	5.6	19	70	22	71	57	5	3	32	1.39
45105561--45105746	77	2.5	75	88	1	264	57	4	3	34	1.34
45107259--45107283	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
45107319--45107359	21	2.0	21	95	0	73	63	4	2	29	1.28
45121748--45121839	25	3.7	24	77	13	87	22	22	19	34	1.96
45121749--45121876	25	5.1	25	74	11	73	26	21	19	32	1.97
45121749--45121871	50	2.5	50	82	2	149	26	21	20	32	1.97
45123130--45123165	18	2.0	18	94	0	63	38	30	2	27	1.71
45128801--45128971	92	1.9	92	96	0	315	28	29	21	21	1.98
45128794--45128968	46	3.8	46	80	11	214	29	29	21	20	1.98
45128802--45128987	46	4.0	46	73	18	145	28	29	20	21	1.98
45136336--45136506	93	1.8	92	89	1	270	29	29	19	21	1.98
45136337--45136503	45	3.6	45	74	13	160	30	28	19	20	1.97
45140145--45140289	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
45159114--45159179	29	2.3	29	81	0	69	30	12	30	27	1.92
45163669--45163787	28	4.2	28	74	5	96	26	15	31	26	1.96
45174032--45174113	6	13.3	6	73	19	71	47	15	18	18	1.83
45174032--45174113	19	4.4	18	74	19	71	47	15	18	18	1.83
45174046--45174113	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45174231--45174338	27	4.0	26	82	5	90	37	19	22	21	1.95
45174902--45175097	27	7.3	26	84	7	234	25	20	19	34	1.96
45175083--45175221	27	5.1	27	85	0	161	29	7	22	41	1.80
45174931--45175124	81	2.4	81	84	5	223	27	18	18	36	1.94
45174920--45175097	54	3.3	53	89	4	259	25	19	19	35	1.95
45175083--45175248	54	3.1	54	84	0	188	31	6	22	39	1.80
45175083--45175232	81	1.9	81	82	0	192	30	6	22	40	1.79
45175102--45175286	27	6.9	27	82	0	118	35	5	21	37	1.78
45175200--45175288	27	3.3	27	83	0	124	39	6	21	32	1.79
45175293--45175379	27	3.2	27	83	0	111	27	9	24	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332