genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60370452--60370812	47	7.7	47	95	1	634	32	8	29	29	1.88
60370452--60370812	189	1.9	190	97	0	688	32	8	29	29	1.88
60370776--60370843	31	2.2	31	100	0	136	29	11	32	26	1.92
60370730--60370890	78	2.1	78	98	0	313	31	9	30	28	1.89
60370636--60370956	171	1.9	171	90	1	509	31	9	31	27	1.89
60370807--60370956	47	3.2	47	87	1	212	31	10	32	26	1.89
60371075--60371152	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
60373838--60373863	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
60377580--60377620	21	2.0	21	95	4	75	56	4	4	34	1.42
60378183--60378224	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
60378878--60378927	27	1.9	26	84	8	66	20	36	16	28	1.93
60382948--60383172	49	4.5	50	84	4	267	24	18	27	29	1.98
60382947--60383172	101	2.3	98	85	2	290	24	18	27	29	1.98
60406863--60406900	20	2.0	20	89	5	60	7	31	13	47	1.71
60407993--60408059	18	3.7	18	79	0	62	28	19	17	34	1.95
60409119--60409199	33	2.4	33	91	6	128	1	37	8	53	1.40
60415813--60415927	42	2.7	42	78	6	133	32	26	16	24	1.96
60420421--60420464	18	2.4	18	92	0	79	13	29	34	22	1.93
60421164--60421214	24	2.1	24	88	0	75	58	9	15	15	1.62
60423435--60423460	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
60427182--60427222	21	2.0	21	95	4	75	56	4	4	34	1.42
60432552--60432775	49	4.5	49	84	4	263	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60435998--60436350	39	9.1	39	89	5	500	25	27	21	24	1.99
60438740--60438835	49	2.2	42	77	20	106	30	27	7	35	1.84
60438570--60438835	47	5.6	47	91	1	381	29	29	7	33	1.85
60450383--60450524	40	3.6	40	92	4	227	23	23	27	25	2.00
60475365--60475544	27	6.6	27	86	1	234	38	22	10	28	1.87
60475365--60475544	82	2.2	81	85	1	234	38	22	10	28	1.87
60475365--60475599	27	8.7	27	82	4	233	37	20	11	30	1.88
60475418--60475655	81	2.9	81	79	5	221	37	20	10	31	1.86
60475526--60475652	27	4.7	27	75	3	103	38	19	8	33	1.83
60475644--60476099	27	16.9	27	87	0	624	35	18	21	25	1.96
60476530--60476594	22	3.0	22	86	8	96	20	23	23	33	1.97
60476743--60476827	27	3.3	26	83	4	73	18	22	20	38	1.93
60476751--60476830	26	3.0	26	87	3	106	17	22	22	37	1.94
60476758--60476830	27	2.8	26	87	4	101	19	23	20	36	1.95
60476950--60477021	19	3.5	19	74	20	72	18	19	16	45	1.85
60476947--60477043	44	2.2	44	94	0	167	17	19	16	46	1.84
60476947--60477043	25	4.1	25	76	15	107	17	19	16	46	1.84
60476973--60477043	19	3.4	19	72	20	61	15	21	16	46	1.84
60476997--60477051	25	2.2	25	83	0	65	20	20	14	45	1.85
60482956--60482980	7	3.6	7	100	0	50	32	0	52	16	1.44
60483421--60483475	17	3.4	17	70	17	53	32	0	3	63	1.12
60486969--60487016	20	2.5	19	76	6	51	52	0	4	43	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60498072--60498158	39	2.2	39	89	4	131	27	28	22	20	1.99
60500612--60500642	15	2.1	15	93	0	53	29	16	22	32	1.95
60509780--60510025	39	6.3	39	89	1	370	30	30	21	17	1.97
60509780--60510025	116	2.1	117	89	2	370	30	30	21	17	1.97
60509780--60510025	77	3.2	76	90	2	366	30	30	21	17	1.97
60515892--60516212	39	8.3	39	90	5	447	29	30	21	18	1.97
60515880--60516212	154	2.1	156	89	3	510	29	30	21	18	1.97
60518891--60518924	18	1.9	17	88	5	50	79	0	0	20	0.73
60522894--60522932	14	3.0	13	82	10	53	61	10	10	17	1.55
60526229--60526346	25	4.7	25	78	6	114	25	21	23	29	1.99
60529808--60529865	23	2.5	23	88	0	80	41	18	17	22	1.90
60549029--60549079	21	2.4	21	90	0	75	37	1	3	56	1.29
60549034--60549088	21	2.5	21	75	16	58	32	1	3	61	1.24
60555369--60555438	25	2.8	25	82	6	72	32	18	30	18	1.95
60555369--60555476	24	4.4	24	72	14	60	34	19	26	19	1.96
60563807--60563959	43	3.6	43	79	8	168	33	23	16	26	1.96
60563807--60563957	42	3.5	42	79	12	155	33	23	16	26	1.96
60567222--60567486	40	6.7	40	84	6	324	26	26	21	26	1.99
60567189--60567486	80	3.8	81	84	5	326	25	26	20	26	1.99
60572278--60572384	43	2.5	41	76	11	101	23	20	27	28	1.99
60583805--60584172	47	7.7	47	95	1	639	32	7	29	30	1.86
60586473--60586587	45	2.6	45	81	0	140	42	20	18	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60596269--60596460	47	4.1	47	91	0	285	32	9	30	27	1.89
60596579--60596656	37	2.1	37	88	4	113	25	17	30	25	1.97
60598513--60598615	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
60598597--60598670	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60599060--60599213	39	3.9	39	84	4	193	27	20	25	25	1.99
60603367--60603555	47	4.1	46	90	1	272	32	8	30	28	1.88
60606207--60606391	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
60606207--60606391	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
60608584--60608658	29	2.6	28	81	4	78	29	32	16	22	1.95
60608593--60608670	29	2.7	29	84	2	95	32	32	12	23	1.92
60612695--60612740	20	2.3	20	100	0	92	36	10	19	32	1.87
60612789--60612872	26	3.4	25	85	8	100	26	21	22	29	1.99
60637682--60637741	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
60639959--60639984	12	2.2	12	100	0	52	38	19	23	19	1.93
60646666--60646725	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
60652014--60652424	47	8.6	49	90	3	599	33	7	29	28	1.85
60652014--60652424	145	2.9	145	92	1	659	33	7	29	28	1.85
60658498--60658557	30	2.0	30	83	0	75	30	21	6	41	1.79
60677475--60677590	57	2.0	57	96	0	214	36	13	22	27	1.92
60679468--60679506	3	13.0	3	86	0	51	66	2	28	2	1.18
60681526--60681561	17	2.1	17	100	0	72	33	0	25	41	1.55
60681917--60682057	43	3.3	43	73	12	112	27	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60681900--60682083	85	2.2	85	78	6	185	27	20	23	28	1.99
60683966--60684003	10	3.7	10	89	6	58	21	2	10	65	1.35
60689207--60689311	30	3.5	29	81	2	120	25	35	22	16	1.95
60689229--60689330	30	3.4	29	83	2	114	24	35	22	17	1.95
60690444--60690487	20	2.2	21	80	12	56	18	15	6	59	1.58
60693676--60693735	30	2.0	30	83	3	77	31	23	6	38	1.81
60696041--60696132	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
60696280--60696349	25	2.8	25	84	4	79	27	21	25	25	1.99
60697146--60697215	27	2.7	27	78	12	67	22	24	22	30	1.99
60697161--60697215	27	2.0	27	86	6	76	21	23	23	30	1.99
60697163--60697238	27	2.8	27	76	11	75	21	22	21	35	1.96
60697283--60697427	27	5.3	27	76	12	125	29	7	20	42	1.80
60697407--60697506	27	3.7	27	87	2	121	41	8	21	30	1.81
60713432--60713527	40	2.4	41	81	6	99	21	17	31	29	1.96
60714988--60715160	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	30	1.98
60714985--60715156	93	1.8	93	92	2	292	22	20	27	29	1.98
60718767--60718866	28	3.5	29	89	4	159	34	25	11	30	1.90
60718767--60718894	29	4.5	28	85	4	159	34	25	11	28	1.91
60720650--60721273	49	12.9	49	92	3	1043	29	28	8	33	1.86
60720650--60721273	96	6.5	97	94	2	1019	29	28	8	33	1.86
60720650--60721273	145	4.3	146	95	1	1039	29	28	8	33	1.86
60730672--60730799	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60730671--60730799	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
60740121--60740160	21	1.9	21	90	10	64	40	22	7	30	1.81
60742324--60742386	29	2.1	29	82	8	74	30	17	6	46	1.73
60747173--60747209	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
60749813--60749914	40	2.6	39	84	7	125	22	27	22	27	1.99
60757876--60757912	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
60762416--60762510	42	2.3	42	79	0	109	21	23	30	25	1.99
60763624--60763780	27	5.8	27	87	3	226	31	23	5	40	1.76
60763618--60763780	81	2.0	81	91	2	265	30	22	6	40	1.78
60763779--60763938	27	5.9	27	80	5	171	38	21	10	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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