genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  62  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18429444--18429631	40	4.7	40	89	3	290	24	22	27	25	2.00
18429444--18429664	119	1.9	119	84	5	304	25	22	26	25	2.00
18434654--18434878	40	5.6	40	92	4	357	22	22	27	27	1.99
18441000--18441039	19	2.1	19	100	0	80	30	5	27	37	1.78
18441021--18441076	27	2.1	27	100	0	112	37	7	21	33	1.81
18441476--18441512	9	4.0	9	96	3	65	54	2	21	21	1.58
18445105--18445183	39	2.0	39	97	0	149	37	12	16	32	1.86
18458064--18458088	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
18463303--18463528	40	5.6	40	86	6	264	25	26	22	25	2.00
18463303--18463528	79	2.8	80	82	9	264	25	26	22	25	2.00
18463303--18463528	120	1.9	120	83	7	298	25	26	22	25	2.00
18467659--18467683	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18467857--18467939	26	3.2	25	72	21	73	73	2	21	2	1.06
18471221--18471283	6	10.5	6	79	6	56	74	3	4	17	1.12
18471226--18471274	17	2.8	17	81	3	53	75	4	4	16	1.11
18471221--18471283	29	2.1	31	82	11	78	74	3	4	17	1.12
18482051--18482148	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
18482079--18482161	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
18482051--18482162	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
18486726--18486759	12	3.0	11	87	8	50	14	0	5	79	0.91
18505773--18505815	21	2.0	21	90	0	68	34	2	2	60	1.22
18505787--18505892	15	6.9	14	69	25	63	31	3	1	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18505785--18505894	12	9.4	12	70	19	56	31	3	1	62	1.23
18505773--18505892	33	3.8	31	74	20	106	30	4	2	62	1.27
18517929--18518278	44	7.9	44	86	2	436	31	15	27	26	1.95
18517922--18518285	132	2.8	132	85	1	505	31	14	27	25	1.95
18518132--18518458	90	3.7	90	80	5	292	31	14	26	27	1.95
18519994--18520043	20	2.5	22	75	18	54	38	4	0	58	1.17
18520122--18520166	17	2.6	17	96	3	81	37	0	0	62	0.96
18520122--18520163	12	3.6	12	84	9	52	38	0	0	61	0.96
18522866--18522897	14	2.4	14	94	5	57	37	0	0	62	0.95
18523974--18524014	20	2.0	20	86	9	57	41	0	2	56	1.13
18527010--18527216	46	4.4	45	81	8	213	28	17	29	24	1.97
18528854--18528978	46	2.7	43	79	13	135	24	29	20	25	1.99
18534601--18534720	56	2.1	56	96	0	222	45	10	23	21	1.82
18536483--18537033	49	11.5	49	93	3	928	33	7	29	29	1.86
18536483--18537033	96	5.7	96	96	1	980	33	7	29	29	1.86
18536483--18537033	145	3.8	144	93	3	916	33	7	29	29	1.86
18537152--18537267	37	3.1	37	93	0	187	22	18	31	26	1.97
18539124--18539345	40	5.6	40	80	8	206	25	21	27	25	1.99
18539124--18539397	80	3.5	80	78	6	238	24	21	28	25	1.99
18539282--18539396	40	2.9	40	92	2	178	24	21	29	24	1.99
18540569--18540688	56	2.1	56	96	0	222	45	10	23	21	1.82
18542436--18543169	47	15.5	47	95	2	1267	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18543309--18543389	37	2.3	35	81	10	101	22	17	34	25	1.95
18545588--18545800	46	4.6	45	77	8	180	23	29	19	28	1.98
18573321--18573485	40	4.2	39	78	12	167	23	21	27	27	1.99
18573309--18573485	80	2.2	80	85	6	227	24	22	27	26	2.00
18580556--18580723	40	4.2	40	80	3	205	23	22	27	26	1.99
18586416--18586456	22	2.0	21	85	9	57	43	24	0	31	1.54
18600793--18600818	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
18605404--18605444	18	2.3	17	87	8	55	78	0	0	21	0.76
18613102--18613158	29	2.0	28	93	3	96	31	28	19	21	1.97
18617264--18617486	110	2.0	112	85	6	301	42	14	7	35	1.74
18618445--18618599	61	2.5	61	88	2	231	32	9	17	40	1.81
18619989--18620041	27	2.0	27	85	7	72	35	24	20	18	1.95
18620855--18620885	15	2.1	15	100	0	62	32	32	12	22	1.92
18625687--18625800	43	2.7	42	80	4	129	32	28	14	24	1.95
18631242--18631339	51	1.9	51	87	4	144	24	15	27	32	1.95
18639075--18639138	32	2.0	32	100	0	128	34	6	31	28	1.82
18644996--18645029	9	3.7	9	88	7	50	38	8	23	29	1.85
18653320--18653524	27	7.6	27	83	4	216	26	15	28	29	1.96
18653321--18653524	54	3.8	54	82	5	241	26	15	28	29	1.96
18661381--18661585	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
18661382--18661585	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
18664265--18664301	20	1.9	18	89	10	56	54	8	0	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18667869--18667898	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
18668112--18668382	50	5.4	50	76	5	206	31	26	16	24	1.97
18669803--18670489	340	2.0	341	93	0	1162	32	20	14	32	1.92
18671694--18671753	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
18675513--18675790	50	5.5	50	78	4	256	33	26	15	24	1.95
18681582--18681612	14	2.2	14	100	0	62	6	16	45	32	1.72
18686601--18686632	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
18687302--18687353	21	2.5	21	96	0	95	36	3	5	53	1.43
18687386--18687439	14	3.4	16	75	12	58	25	1	3	68	1.16
18688726--18688772	10	4.6	10	80	15	60	48	0	14	36	1.44
18701737--18701773	18	2.1	18	100	0	74	29	10	32	27	1.90
18702196--18702245	24	2.1	24	96	0	91	58	12	20	10	1.62
18702671--18702709	21	1.9	20	89	5	60	48	0	12	38	1.42
18708986--18709389	47	8.6	47	93	1	657	33	7	29	28	1.86
18708986--18709389	143	2.9	143	94	2	710	33	7	29	28	1.86
18716104--18716141	5	7.2	5	88	11	58	21	0	0	78	0.74
18720531--18720567	6	6.5	6	93	6	60	16	0	0	83	0.64
18723713--18723755	21	2.0	21	95	0	77	37	18	30	13	1.90
18734981--18735208	46	5.0	46	91	1	332	21	23	14	39	1.91
18737866--18737981	46	2.6	44	76	6	126	26	31	17	25	1.97
18739936--18740291	47	7.7	46	73	12	214	27	20	29	23	1.99
18739933--18740292	94	3.9	91	77	11	333	27	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18747156--18747213	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
18747556--18747820	46	5.7	45	74	10	194	27	20	29	23	1.98
18752395--18752437	15	2.9	15	78	0	50	51	4	0	44	1.22
18752564--18752597	17	2.0	17	88	0	50	26	8	2	61	1.40
18769664--18769697	11	3.1	11	91	0	50	82	0	17	0	0.67
18774534--18774577	10	4.4	9	81	18	52	75	0	6	18	1.02
18774534--18774577	21	2.2	19	88	8	61	75	0	6	18	1.02
18778029--18778091	30	2.1	30	93	0	108	58	12	3	25	1.49
18780444--18780484	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
18786252--18786305	26	2.1	26	100	0	108	37	3	14	44	1.63
18790143--18790228	45	1.9	45	83	4	111	45	16	1	37	1.55
18797800--18797864	25	2.6	26	74	16	66	30	24	20	24	1.98
18801531--18801599	3	22.7	3	71	14	52	63	1	2	31	1.18
18801508--18801601	25	4.0	23	70	22	72	63	1	3	31	1.17
18802367--18802408	22	1.9	22	85	9	59	26	26	14	33	1.94
18807478--18807516	13	3.0	13	76	0	51	56	2	0	41	1.13
18807818--18807941	61	2.0	61	93	0	212	25	15	20	37	1.92
18809200--18809254	28	2.0	28	85	7	76	16	9	0	74	1.06
18822206--18822242	11	3.4	11	89	10	58	18	0	5	75	0.99
18823074--18823108	17	2.0	18	88	5	54	31	14	0	54	1.40
18824877--18824912	18	2.0	18	94	0	63	30	8	5	55	1.52
18835982--18836014	16	2.1	16	100	0	66	24	33	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18837114--18837236	46	2.7	45	86	5	149	22	28	19	29	1.98
18839034--18839074	20	2.0	20	86	9	57	43	7	14	34	1.73
18840429--18840456	14	2.0	14	100	0	56	7	0	14	78	0.95
18847376--18847468	40	2.4	40	85	3	127	40	36	10	11	1.77
18860363--18860412	18	2.9	16	80	11	55	32	4	4	60	1.34
18860369--18860412	17	2.5	18	85	7	63	34	4	4	56	1.40
18861425--18861498	17	4.6	16	70	14	55	35	4	1	59	1.25
18875173--18875221	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
18875185--18875249	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
18875211--18875249	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332