genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24574612--24574692	27	3.0	27	87	0	117	33	19	22	24	1.97
24577350--24577441	27	3.4	27	90	0	139	30	23	5	40	1.77
24577473--24577699	27	8.4	27	82	1	224	40	20	8	30	1.82
24577440--24577677	54	4.4	52	73	12	162	39	20	10	30	1.85
24577440--24577677	81	2.9	80	81	2	253	39	20	10	30	1.85
24577333--24577699	27	13.6	27	74	13	124	37	20	8	32	1.84
24577751--24577911	27	6.0	27	85	1	216	36	20	20	22	1.96
24577728--24577895	54	3.1	54	82	6	198	35	21	17	25	1.95
24579086--24579119	10	3.4	10	95	0	59	5	2	0	91	0.51
24579083--24579119	18	2.1	18	90	10	58	8	2	0	89	0.58
24580571--24580662	27	3.4	27	86	0	121	30	21	5	42	1.75
24580694--24580893	27	7.4	27	76	5	181	41	22	8	29	1.82
24580661--24580844	54	3.4	53	73	13	160	38	21	10	29	1.87
24580653--24580893	81	3.0	80	78	7	238	38	21	10	29	1.87
24580747--24580953	27	7.6	28	71	11	110	39	21	8	30	1.83
24580945--24581025	27	3.0	27	88	0	117	33	20	22	23	1.97
24582109--24582182	9	8.1	9	79	8	69	6	8	0	85	0.75
24582113--24582184	18	3.9	18	80	10	92	5	9	0	84	0.76
24582117--24582185	26	2.6	26	81	9	77	7	10	0	82	0.84
24582109--24582182	37	2.1	34	92	7	121	6	8	0	85	0.75
24582113--24582182	1	70.0	1	71	0	50	5	8	0	85	0.73
24583656--24583739	27	3.1	27	89	0	105	29	21	7	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24583702--24583997	81	3.7	81	76	11	241	39	21	8	30	1.83
24583729--24583997	54	5.0	54	75	8	219	40	21	8	29	1.84
24583702--24583997	27	11.0	26	75	6	191	39	21	8	30	1.83
24583797--24584058	27	9.7	27	74	7	129	38	21	8	30	1.84
24584049--24584206	27	5.9	27	85	2	194	34	19	22	22	1.96
24584040--24584210	81	2.1	81	86	0	243	35	19	21	23	1.96
24585995--24586082	27	3.3	27	81	0	113	30	23	5	39	1.78
24586118--24586317	27	7.4	26	78	7	193	41	21	9	29	1.83
24586076--24586317	81	3.0	79	83	6	274	39	21	10	28	1.87
24586369--24586449	27	3.0	27	85	3	110	34	19	20	24	1.96
24587626--24587654	11	2.6	11	100	0	58	0	13	0	86	0.58
24589083--24589151	27	2.6	27	83	0	84	30	21	7	40	1.80
24589107--24589174	27	2.5	27	87	0	91	26	22	7	44	1.79
24589205--24589404	27	7.4	27	75	7	183	41	22	8	29	1.82
24589205--24589404	81	2.5	81	82	4	233	41	22	8	29	1.82
24589173--24589404	54	4.3	52	77	8	198	40	20	9	29	1.84
24589456--24589616	27	6.0	27	88	1	234	34	18	21	25	1.96
24592275--24592358	27	3.1	27	89	0	105	29	21	7	41	1.79
24592350--24592594	27	9.1	26	77	11	199	38	21	10	28	1.87
24592348--24592616	54	5.0	53	77	10	219	39	20	10	29	1.85
24592321--24592616	81	3.7	80	78	11	228	39	21	9	30	1.85
24592470--24592616	27	5.4	27	83	5	163	42	21	6	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24592390--24592706	81	3.9	80	77	9	232	38	21	10	29	1.86
24592661--24592811	27	5.6	27	83	3	187	37	19	17	25	1.94
24592667--24592813	54	2.7	54	87	2	206	36	19	18	25	1.95
24592659--24592829	27	6.3	27	84	2	173	37	18	18	26	1.93
24592659--24592828	81	2.1	81	85	0	223	37	17	18	26	1.93
24601164--24601474	39	8.0	39	92	0	469	22	24	28	25	1.99
24604664--24604720	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
24609629--24609813	40	4.7	40	79	7	207	26	27	22	23	1.99
24618552--24619060	93	5.5	93	91	4	816	30	27	8	33	1.86
24618552--24619060	47	11.0	47	91	4	831	30	27	8	33	1.86
24618554--24619060	232	2.2	233	93	4	877	30	27	8	33	1.86
24618552--24619060	139	3.7	140	92	3	825	30	27	8	33	1.86
24622428--24622607	40	4.6	39	80	5	186	24	26	22	26	2.00
24622912--24622990	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24622972--24623074	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
24624919--24624997	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24625115--24625630	47	11.1	47	94	1	898	29	29	9	32	1.88
24625115--24625630	186	2.8	186	95	2	894	29	29	9	32	1.88
24625115--24625630	233	2.2	232	94	1	890	29	29	9	32	1.88
24636479--24636619	27	5.2	27	80	1	149	35	17	19	28	1.94
24636479--24636591	54	2.1	54	88	3	165	36	16	18	28	1.93
24637137--24637187	22	2.3	23	83	10	70	25	23	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637451--24637569	6	19.3	6	66	17	57	19	19	14	47	1.83
24637451--24637536	25	3.4	25	86	0	127	17	20	15	46	1.84
24637997--24638155	79	2.0	79	100	0	318	28	16	17	37	1.92
24640566--24640621	27	2.1	27	100	0	112	35	23	3	37	1.72
24649064--24649111	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
24649159--24649214	11	5.5	11	71	16	57	35	10	21	32	1.88
24649148--24649214	20	3.3	20	93	0	116	34	10	22	32	1.88
24649263--24649420	51	3.2	47	86	7	217	29	20	23	26	1.99
24649263--24649420	25	6.4	24	87	7	212	29	20	23	26	1.99
24657055--24657102	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
24657146--24657196	20	2.5	20	93	0	84	35	9	17	37	1.83
24657241--24657385	24	5.9	24	88	7	195	29	19	22	28	1.98
24657241--24657385	47	3.0	48	87	7	195	29	19	22	28	1.98
24659139--24659202	31	2.1	31	87	0	92	25	21	14	39	1.91
24659396--24659562	24	7.0	24	86	6	225	25	21	23	28	1.99
24659396--24659562	71	2.3	72	88	5	241	25	21	23	28	1.99
24659396--24659562	47	3.5	48	86	6	225	25	21	23	28	1.99
24660863--24660949	26	3.4	25	79	14	79	24	25	20	29	1.99
24660878--24660960	26	3.1	27	86	6	116	20	26	21	31	1.98
24661019--24661236	27	8.0	27	77	6	163	32	10	17	39	1.83
24660999--24661200	110	1.9	108	81	4	244	31	10	19	38	1.85
24661019--24661250	81	2.9	81	79	3	243	32	9	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24661228--24661375	27	5.5	27	88	0	188	39	9	21	29	1.85
24661102--24661277	80	2.2	81	79	1	201	33	9	20	36	1.84
24663486--24663536	26	2.0	26	84	0	66	39	7	11	41	1.71
24673093--24673270	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24673094--24673249	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24673090--24673270	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24867019--24867196	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24867020--24867175	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24867016--24867196	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24874697--24874739	15	2.8	15	92	3	68	27	27	25	18	1.98
24876011--24876039	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
24880484--24880576	40	2.3	40	88	0	141	23	18	24	33	1.97
24885915--24886048	51	2.9	46	81	8	139	23	17	28	29	1.97
24901454--24901516	30	2.1	30	88	5	92	57	11	3	28	1.49
24905476--24905647	46	3.7	46	77	13	190	30	29	19	20	1.97
24905485--24905655	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
24909418--24909452	18	1.9	18	88	0	52	22	5	14	57	1.59
24912074--24912293	40	5.5	40	89	1	327	23	21	26	27	1.99
24918894--24918976	40	2.1	40	95	0	148	22	21	26	28	1.99
24920621--24920694	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
24926246--24926492	40	6.2	40	88	1	318	29	28	20	22	1.98
24926233--24926492	120	2.2	120	86	3	355	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24932355--24932428	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
24934005--24934146	40	3.6	40	85	2	198	23	21	26	28	1.99
24935533--24935648	42	2.7	42	91	2	178	24	21	31	23	1.99
24936481--24936829	23	15.2	23	77	7	318	36	23	6	32	1.82
24940452--24940520	22	3.1	22	78	2	84	39	0	0	60	0.97
24940463--24940522	30	2.0	30	90	6	95	35	0	0	65	0.93
24940452--24940519	7	9.3	7	85	6	73	39	0	0	60	0.97
24940459--24940546	7	10.9	8	78	17	67	36	0	2	61	1.09
24940863--24940909	23	2.0	23	84	8	60	48	0	6	44	1.28
24940960--24941017	22	2.7	21	80	12	64	51	31	0	17	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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