genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72369754--72369918	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
72371671--72371968	54	5.2	54	70	20	239	46	8	3	41	1.48
72371632--72372017	54	6.6	59	68	21	208	47	8	3	40	1.51
72371635--72372017	116	3.3	116	94	0	649	47	8	3	40	1.51
72372987--72373048	29	2.3	26	80	17	74	51	4	6	37	1.49
72372999--72373050	17	3.4	17	65	25	51	48	5	5	40	1.51
72374687--72374870	91	2.0	91	96	0	341	39	19	7	33	1.80
72375389--72375427	20	2.0	20	94	0	69	51	25	17	5	1.66
72376217--72376300	42	2.0	42	90	4	134	38	11	13	36	1.81
72377739--72377871	48	2.8	48	84	0	167	26	19	24	29	1.99
72377842--72377956	43	2.8	40	72	17	99	25	22	26	26	2.00
72379263--72379434	46	3.7	46	77	11	190	21	20	28	29	1.98
72386805--72386929	46	2.7	46	89	0	196	21	20	27	30	1.98
72389623--72389691	31	2.2	31	97	0	129	20	31	28	18	1.96
72409172--72409254	39	2.1	39	100	0	166	51	12	7	28	1.65
72412247--72412507	27	9.7	27	80	9	173	40	16	11	32	1.83
72412271--72412415	53	2.7	54	81	7	170	40	15	10	33	1.81
72412241--72412453	80	2.6	81	85	2	268	40	16	9	33	1.81
72412272--72412602	81	4.1	80	81	8	327	39	14	12	33	1.83
72412325--72412602	27	10.3	27	82	6	296	39	14	11	34	1.82
72412272--72412607	54	6.2	54	79	11	296	39	14	12	33	1.84
72412652--72412744	34	2.7	34	89	0	141	19	10	25	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72414725--72414771	22	2.2	21	84	3	58	14	42	19	23	1.88
72414736--72414781	21	2.1	22	88	4	67	10	34	23	30	1.89
72417021--72417220	52	3.9	52	77	11	175	25	15	28	31	1.96
72417021--72417179	52	3.0	52	79	9	180	26	15	27	31	1.95
72430116--72430166	25	2.0	25	92	0	84	39	1	37	21	1.65
72434319--72434343	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
72437233--72437278	17	2.7	17	86	0	65	17	32	34	15	1.91
72439365--72439390	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
72443068--72443194	28	4.5	28	91	3	175	27	14	26	31	1.95
72445405--72445541	55	2.5	55	76	0	148	13	21	31	33	1.92
72465384--72465422	20	2.0	20	85	5	53	20	10	0	69	1.17
72475008--72475032	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
72478384--72478437	3	17.7	3	80	3	54	38	5	0	55	1.23
72479638--72479792	27	5.7	27	83	5	181	30	20	7	41	1.79
72479638--72479792	54	2.9	55	86	4	226	30	20	7	41	1.79
72479641--72479792	81	1.9	81	83	8	202	31	19	7	42	1.78
72479747--72479872	27	4.7	26	78	8	101	39	22	7	30	1.82
72479625--72479808	54	3.4	54	81	4	192	32	20	7	39	1.81
72479633--72479808	81	2.2	81	77	6	196	32	21	7	39	1.81
72479780--72479969	27	7.0	27	77	8	127	40	20	9	30	1.84
72480000--72480063	27	2.4	27	84	7	87	34	20	25	20	1.96
72480879--72480965	25	3.5	25	90	3	131	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72480879--72480980	25	4.1	25	87	3	109	30	20	21	27	1.98
72480879--72480998	50	2.4	50	81	5	127	28	21	23	26	1.99
72481193--72481270	31	2.5	31	97	2	149	28	17	26	26	1.98
72494246--72494379	42	3.2	42	83	3	162	21	17	23	37	1.94
72495303--72495353	22	2.5	20	76	17	52	41	0	7	50	1.31
72495522--72495585	32	2.1	29	85	8	83	32	4	7	54	1.50
72496123--72496158	10	3.5	10	85	7	54	19	2	2	75	1.06
72503404--72503451	25	2.0	25	87	4	71	39	14	25	20	1.91
72506718--72506894	40	4.4	40	82	4	207	25	26	23	24	2.00
72509871--72510048	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72509872--72510027	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72509868--72510048	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72517934--72518111	27	6.6	27	82	6	198	26	15	28	29	1.96
72517935--72518090	82	1.9	81	87	6	226	26	15	28	29	1.96
72517931--72518111	82	2.2	81	82	4	222	26	15	28	29	1.96
72521323--72521417	46	2.1	46	95	0	172	30	26	10	32	1.90
72528937--72529136	38	5.3	38	95	0	355	31	26	22	19	1.98
72535068--72535295	46	5.0	46	90	2	316	42	14	22	20	1.89
72536895--72537014	42	2.8	42	82	6	118	30	25	13	31	1.93
72536922--72537014	42	2.2	42	86	3	134	31	24	12	31	1.93
72543861--72543958	42	2.3	42	87	0	142	32	25	11	30	1.91
72545270--72545319	14	3.4	14	79	15	55	50	2	2	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72545760--72545800	3	13.7	3	100	0	82	68	0	31	0	0.90
72545926--72545966	22	2.0	22	90	9	68	41	4	4	48	1.46
72546047--72546085	17	2.4	16	83	8	53	46	2	0	51	1.14
72547424--72547553	60	2.2	60	81	2	145	32	21	10	35	1.88
72548122--72548170	20	2.5	19	77	6	53	42	4	12	40	1.61
72552340--72552402	32	2.0	32	84	6	83	46	4	1	47	1.33
72554026--72554069	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
72555261--72555291	14	2.2	14	94	0	53	25	0	12	61	1.32
72555777--72555835	30	2.0	30	89	0	91	32	44	11	11	1.78
72558274--72558543	47	5.7	46	73	15	196	28	17	29	24	1.97
72566253--72566300	24	2.0	25	87	4	71	39	14	8	37	1.76
72569508--72569800	125	2.3	125	90	0	469	29	15	17	37	1.90
72569710--72569904	94	2.1	95	92	0	320	28	15	13	41	1.86
72570021--72570246	30	7.6	29	66	20	83	40	21	2	36	1.66
72570096--72570143	21	2.3	21	85	0	60	45	14	0	39	1.45
72570109--72570156	21	2.2	21	88	3	69	41	18	0	39	1.51
72570039--72570329	150	1.9	151	92	0	494	40	20	2	36	1.66
72570258--72570482	22	10.4	22	69	14	92	40	17	1	41	1.58
72570129--72570288	65	2.5	65	81	8	191	40	21	2	35	1.67
72570108--72570528	172	2.4	169	85	6	456	40	19	1	38	1.62
72570280--72570763	30	16.7	29	65	22	137	41	17	1	39	1.59
72570291--72570357	34	2.0	34	85	5	91	41	17	1	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72570039--72570374	150	2.2	148	87	5	480	40	20	2	36	1.64
72570280--72570535	64	4.3	58	67	23	144	40	18	1	39	1.60
72570463--72570528	34	1.9	34	84	6	89	40	21	1	36	1.62
72570516--72570557	22	1.9	22	90	0	66	30	11	7	50	1.66
72570195--72570586	86	4.6	86	94	0	651	40	17	2	39	1.63
72570367--72570815	228	2.0	230	92	1	751	41	17	1	39	1.60
72570453--72570731	143	2.0	144	88	2	420	41	18	2	38	1.62
72570659--72570710	22	2.4	22	86	0	68	40	17	0	42	1.49
72570045--72570844	314	2.5	320	87	5	1099	41	18	1	38	1.61
72570680--72570844	34	5.5	29	69	25	103	41	16	1	40	1.57
72570750--72570796	22	2.1	22	96	0	85	38	10	0	51	1.37
72570596--72570844	86	2.9	85	90	3	383	42	16	1	39	1.56
72571352--72571389	20	1.9	20	84	10	51	23	7	0	68	1.16
72571760--72571822	30	2.1	30	88	2	92	65	11	6	17	1.45
72572079--72572130	8	6.4	8	76	12	52	73	1	0	25	0.94
72572079--72572131	16	3.3	16	82	7	72	71	1	0	26	0.96
72573552--72573633	22	3.7	22	96	0	146	12	19	32	35	1.89
72576584--72576632	24	2.0	26	84	8	66	40	2	16	40	1.60
72579172--72579346	49	3.5	49	81	3	215	30	25	17	26	1.97
72579164--72579351	100	1.9	100	93	0	322	30	25	18	26	1.98
72584590--72584703	58	1.9	58	81	10	133	52	11	9	26	1.68
72585242--72585278	19	2.0	19	89	5	58	45	5	0	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72585230--72585278	18	2.7	18	84	6	64	44	8	0	46	1.33
72585788--72585871	13	6.5	13	84	0	96	39	26	7	27	1.82
72585782--72585871	26	3.5	26	79	0	108	36	26	6	30	1.82
72585792--72585868	39	2.0	39	86	0	109	37	27	5	29	1.78
72586183--72586246	20	3.4	19	85	6	85	57	1	0	40	1.08
72586190--72586252	19	3.2	20	88	6	94	55	1	0	42	1.09
72586199--72586286	8	9.8	9	76	15	60	54	3	0	42	1.17
72586190--72586311	19	6.5	19	76	11	85	55	2	1	40	1.23
72597426--72597466	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
72605606--72605718	56	2.0	56	82	1	138	25	6	7	60	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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