genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22120011--22120049	20	2.0	20	84	0	51	33	17	15	33	1.92
22120076--22120329	127	2.0	127	99	0	499	30	7	21	39	1.82
22122140--22122321	90	2.0	90	96	0	337	31	14	23	30	1.94
22124942--22125005	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
22125037--22125102	24	2.8	24	100	0	132	28	31	13	25	1.94
22125064--22125339	94	2.9	94	96	0	507	39	18	10	30	1.85
22131307--22131361	28	2.0	28	96	0	101	29	23	10	36	1.89
22132529--22132592	24	2.6	25	82	4	78	34	31	14	20	1.92
22132621--22132902	94	3.0	94	97	0	528	39	18	10	30	1.85
22143379--22143543	40	4.2	40	92	2	271	23	22	27	26	1.99
22143379--22143543	79	2.1	78	92	4	269	23	22	27	26	1.99
22144005--22144034	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
22151892--22152112	48	4.6	47	80	3	203	25	15	30	28	1.96
22158386--22158497	27	4.2	26	80	10	100	36	22	25	16	1.94
22158400--22158497	27	3.6	29	82	12	109	35	22	25	16	1.94
22159915--22159985	24	3.0	24	87	0	106	23	36	2	36	1.70
22166091--22166200	27	4.1	27	81	8	125	38	24	22	14	1.92
22166091--22166200	54	2.0	54	85	3	150	38	24	22	14	1.92
22167559--22167588	13	2.3	13	100	0	60	26	36	13	23	1.92
22167632--22167678	24	2.0	24	86	0	67	25	36	2	36	1.68
22169288--22169454	48	3.5	48	81	0	163	26	17	28	26	1.98
22170197--22170253	28	2.0	28	83	6	71	40	3	26	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22175321--22175492	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
22175345--22175528	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
22177296--22177403	48	2.2	48	86	0	153	28	16	27	26	1.97
22177320--22177417	48	2.0	48	86	0	124	28	18	28	24	1.98
22180983--22181178	40	4.9	40	93	1	315	22	21	27	28	1.99
22191472--22191635	43	3.9	43	80	5	156	26	14	27	32	1.94
22195470--22195498	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
22213215--22213293	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22213412--22213565	47	3.3	47	90	0	236	27	31	9	31	1.88
22213537--22213593	28	2.0	28	100	0	114	29	28	14	28	1.95
22213490--22213640	75	2.0	75	100	0	302	29	29	10	30	1.90
22213565--22213903	47	7.1	47	97	2	642	30	29	8	31	1.87
22213565--22213903	96	3.6	94	97	2	642	30	29	8	31	1.87
22213565--22213903	143	2.4	143	100	0	678	30	29	8	31	1.87
22217334--22217385	24	2.2	24	100	0	104	30	5	21	42	1.76
22219674--22219716	20	2.1	21	86	4	61	51	6	9	32	1.61
22222950--22223147	40	4.9	40	81	2	191	21	24	17	36	1.95
22222950--22223192	120	2.0	120	79	1	254	22	25	16	35	1.95
22224584--22224807	40	5.6	40	84	6	283	25	26	22	25	2.00
22224584--22224807	83	2.8	79	84	5	279	25	26	22	25	2.00
22232814--22233031	40	5.4	40	84	7	280	25	26	24	23	2.00
22232814--22233031	83	2.7	80	85	5	280	25	26	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22238221--22238275	7	7.7	7	83	4	74	43	38	0	18	1.50
22238221--22238275	22	2.6	21	94	2	92	43	38	0	18	1.50
22240650--22240699	17	3.1	17	83	16	79	30	6	30	34	1.81
22240649--22240697	14	3.3	14	86	13	71	30	6	28	34	1.82
22253560--22253599	18	2.2	18	100	0	80	25	5	22	47	1.71
22257524--22257557	6	5.3	6	86	13	50	29	0	2	67	1.05
22257524--22257557	14	2.6	13	90	9	52	29	0	2	67	1.05
22260039--22260109	20	3.6	20	80	1	90	52	0	26	21	1.47
22263742--22263773	12	2.7	12	95	0	55	28	9	21	40	1.84
22265698--22265765	20	3.5	20	81	2	84	52	0	23	23	1.47
22266877--22267124	124	2.0	124	88	1	363	41	16	14	27	1.88
22269741--22270005	46	5.7	45	71	18	204	22	18	29	30	1.97
22269733--22269998	93	2.9	93	92	0	433	22	18	28	29	1.98
22269783--22269943	47	3.4	47	70	17	154	23	18	28	29	1.98
22272948--22273018	15	4.7	15	73	23	60	14	15	9	60	1.58
22275781--22275998	40	5.5	40	92	1	332	23	22	27	26	1.99
22278502--22278594	27	3.4	27	84	0	114	35	18	20	25	1.95
22282859--22282918	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
22284043--22284212	93	1.8	93	88	2	261	23	21	27	28	1.99
22406171--22406334	43	3.9	38	81	15	166	30	27	17	24	1.97
22406172--22406355	83	2.2	85	81	12	209	28	27	19	24	1.98
22415096--22415311	40	5.6	40	92	6	347	25	27	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22415096--22415311	79	2.8	79	93	6	354	25	27	24	22	2.00
22416560--22416598	16	2.5	16	87	4	53	0	17	0	82	0.68
22423193--22423415	40	5.6	40	89	1	313	25	28	23	22	1.99
22424673--22424713	10	4.1	10	84	9	57	0	19	0	80	0.71
22427571--22427742	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	20	1.98
22427563--22427738	46	3.8	46	78	15	191	29	28	20	21	1.98
22427614--22427757	46	3.1	47	71	21	124	29	28	19	22	1.98
22429100--22429170	30	2.4	30	83	4	90	18	29	30	21	1.97
22431000--22431038	18	2.1	18	90	4	60	82	5	0	12	0.83
22432579--22432625	18	2.7	18	76	3	51	72	2	8	17	1.19
22452165--22452208	20	2.1	21	83	8	54	15	20	2	61	1.45
22468865--22469198	38	8.7	38	88	1	461	30	25	22	21	1.99
22469495--22469578	43	1.9	44	90	2	134	22	33	21	22	1.97
22473881--22473956	27	2.9	25	83	11	89	34	22	22	21	1.97
22474093--22474207	27	4.3	27	83	4	115	25	18	18	38	1.93
22474092--22474207	54	2.1	54	85	0	151	25	18	18	37	1.93
22479808--22479958	43	3.5	43	74	6	135	31	25	13	29	1.94
22481314--22481338	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
22491122--22491230	27	4.1	26	85	5	119	37	22	22	18	1.94
22491122--22491230	54	2.0	53	84	5	139	37	22	22	18	1.94
22491773--22492237	27	17.2	27	83	4	553	27	18	17	35	1.94
22491773--22492237	54	8.6	54	87	0	610	27	18	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494669--22494711	19	2.4	18	81	11	52	27	18	11	41	1.85
22499726--22499784	29	2.0	29	83	0	73	35	27	16	20	1.94
22500406--22500505	51	2.0	51	85	0	137	29	22	16	33	1.95
22506147--22506296	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
22506171--22506354	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22510587--22510736	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
22510611--22510794	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22513580--22513752	45	3.9	45	81	5	194	23	20	30	26	1.99
22527865--22527917	27	2.0	27	96	0	97	22	24	11	41	1.86
22527896--22528218	131	2.5	131	83	1	371	28	16	14	40	1.88
22527896--22528256	131	2.8	131	81	3	370	28	16	14	40	1.87
22527896--22528273	130	2.9	130	78	6	370	28	16	14	40	1.87
22532780--22532962	40	4.6	40	88	2	251	26	27	21	24	1.99
22532915--22533023	54	2.0	54	94	3	193	30	28	19	22	1.98
22532875--22533056	94	1.9	94	94	0	319	29	28	20	21	1.98
22532985--22533051	23	3.2	23	64	24	65	28	28	19	23	1.98
22532969--22533224	40	6.4	40	93	0	433	26	28	19	24	1.99
22532969--22533224	119	2.1	120	94	0	442	26	28	19	24	1.99
22547746--22547792	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
22557168--22557220	19	2.8	19	94	0	88	16	37	30	15	1.90
22559153--22559416	49	5.6	48	73	12	174	23	27	20	28	1.99
22559292--22559416	46	2.6	47	85	8	157	22	24	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22560083--22560121	20	2.0	20	85	10	53	38	20	2	38	1.66
22576180--22576243	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
22576267--22576316	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
22586145--22586190	23	2.0	23	91	0	74	41	4	39	15	1.67
22592292--22592358	6	11.2	6	76	6	55	73	2	8	14	1.20
22592269--22592312	18	2.5	17	82	7	52	72	6	6	13	1.25
22593976--22594046	20	3.6	19	76	12	65	69	2	11	16	1.30
22594447--22594476	13	2.3	13	100	0	60	20	33	26	20	1.97
22599751--22599946	27	7.3	27	80	2	207	33	20	20	24	1.97
22599723--22599946	54	4.2	54	81	2	236	35	20	19	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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