genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37490723--37490834	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
37493750--37493794	20	2.2	20	100	0	90	53	20	0	26	1.46
37494353--37494386	10	3.4	10	91	0	59	61	35	0	2	1.11
37496608--37496785	40	4.5	40	92	2	279	26	29	22	21	1.99
37498012--37498134	52	2.4	52	91	2	194	16	21	9	52	1.72
37504694--37504917	40	5.6	40	87	2	283	28	27	21	22	1.99
37506160--37506283	52	2.4	52	94	1	212	16	22	9	51	1.73
37512022--37512122	24	4.2	24	89	6	143	35	3	39	20	1.72
37512022--37512122	48	2.1	48	88	3	159	35	3	39	20	1.72
37519813--37519912	24	4.2	24	93	0	164	38	4	37	21	1.72
37521361--37521471	27	4.2	26	79	7	107	18	24	22	34	1.96
37521364--37521469	54	2.0	53	84	1	140	19	24	20	34	1.96
37521381--37521471	27	3.4	26	81	4	110	18	23	20	37	1.94
37529759--37529783	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
37531059--37531115	24	2.4	24	100	0	114	42	3	22	31	1.71
37531712--37532213	262	1.9	262	79	5	568	27	23	25	23	2.00
37540403--37540428	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
37541569--37541917	45	8.0	44	75	8	306	23	17	27	31	1.97
37541572--37541917	86	4.0	86	79	8	351	23	17	27	31	1.97
37541581--37541917	131	2.6	131	87	2	466	23	17	27	30	1.97
37543655--37543748	6	15.3	6	72	16	77	50	14	15	19	1.79
37543669--37543748	31	2.6	31	95	0	142	50	15	16	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37543880--37543981	27	3.8	26	85	5	123	37	21	22	18	1.94
37544631--37544960	27	12.3	27	88	0	473	25	21	19	33	1.97
37544699--37545258	27	20.7	28	84	4	273	28	14	20	36	1.92
37544999--37545258	81	3.2	81	85	2	326	30	9	21	38	1.84
37544981--37545258	54	5.1	54	83	4	301	31	8	20	38	1.84
37545053--37545258	27	7.6	27	89	0	304	31	8	20	39	1.83
37552827--37552947	43	2.9	42	80	4	136	28	25	15	29	1.96
37557159--37557260	37	2.8	37	90	0	150	24	29	20	25	1.99
37557377--37557829	47	9.6	47	90	1	701	29	29	8	33	1.87
37561871--37562117	40	6.3	40	87	5	315	26	26	20	26	1.99
37561932--37562115	77	2.4	78	90	4	300	27	26	18	27	1.98
37561937--37562130	39	5.0	39	86	8	245	27	27	19	26	1.99
37563391--37563488	33	2.8	37	87	6	132	25	30	18	25	1.98
37563606--37564054	47	9.6	47	95	0	792	28	29	8	32	1.87
37577431--37577799	47	7.7	47	96	0	648	31	8	29	30	1.87
37577917--37577994	36	2.1	37	90	2	122	24	19	32	24	1.98
37585395--37585420	13	2.0	13	100	0	52	15	46	23	15	1.83
37594431--37594506	38	2.0	39	92	2	127	46	3	18	31	1.67
37595187--37595233	22	2.1	22	100	0	94	38	0	17	44	1.48
37598344--37598527	40	4.6	40	84	5	237	24	25	23	26	2.00
37607193--37607410	40	5.5	40	90	2	307	25	28	23	22	1.99
37609690--37609873	40	4.6	40	84	2	244	24	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37612270--37612439	46	3.7	46	79	6	173	25	19	30	24	1.98
37612318--37612481	46	3.6	44	82	9	143	28	17	29	25	1.97
37616300--37616332	15	2.2	15	100	0	66	33	9	39	18	1.82
37619708--37619870	46	3.5	45	75	12	143	28	17	28	25	1.98
37623761--37623870	43	2.6	43	82	5	125	26	16	22	34	1.95
37627405--37627628	40	5.7	40	88	6	262	26	26	21	25	1.99
37635364--37635587	40	5.7	39	89	5	292	26	27	21	24	2.00
37635364--37635587	118	1.9	119	84	6	303	26	27	21	24	2.00
37651049--37651427	47	8.1	47	93	0	598	31	9	30	28	1.88
37651546--37651624	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
37653223--37653253	13	2.4	13	94	0	53	32	29	0	38	1.57
37653617--37653645	14	2.1	14	100	0	58	31	6	20	41	1.79
37657178--37657211	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
37665258--37665441	39	4.6	41	82	10	222	23	22	28	25	1.99
37665295--37665474	79	2.3	78	82	7	213	26	20	27	25	1.99
37673401--37673583	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
37673402--37673585	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
37673454--37673618	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
37675141--37675554	1	414.0	1	81	0	459	90	2	4	3	0.62
37675082--37675554	59	8.0	55	81	11	487	88	2	5	3	0.70
37675082--37675554	117	4.1	113	82	7	504	88	2	5	3	0.70
37675484--37675642	86	1.8	86	88	6	241	81	4	10	4	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37675579--37675640	13	4.8	13	76	7	63	87	6	0	6	0.68
37675575--37675638	25	2.6	25	87	7	94	85	6	0	7	0.73
37675616--37675679	16	3.5	17	78	19	67	79	7	9	3	1.02
37675143--37675641	111	4.6	108	78	14	344	87	3	5	3	0.74
37675579--37675641	1	63.0	1	77	0	54	87	6	0	6	0.68
37675581--37675685	17	6.1	16	74	21	63	80	7	5	6	1.04
37686187--37686220	17	2.0	17	88	0	50	41	35	11	11	1.78
37686469--37686523	28	2.0	28	92	0	92	50	7	20	21	1.71
37691405--37691443	19	2.1	19	100	0	78	53	15	0	30	1.42
37691999--37692125	46	2.8	46	91	0	191	30	25	22	21	1.98
37706668--37706719	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
37706590--37706811	103	2.2	103	92	3	367	18	19	31	31	1.96
37708600--37708817	40	5.5	40	87	3	282	23	23	27	25	2.00
37715658--37715835	46	3.8	46	79	2	185	22	28	20	28	1.99
37715615--37715831	94	2.3	92	83	7	262	24	28	19	27	1.99
37723018--37723086	33	2.2	31	84	5	84	59	4	15	20	1.53
37724437--37724463	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
37734385--37734485	7	14.9	7	85	8	88	79	0	0	20	0.74
37734387--37734485	12	7.9	12	90	9	130	79	0	0	20	0.73
37742655--37742707	19	2.7	20	80	16	58	67	5	1	24	1.22
37742674--37742711	19	2.0	19	100	0	76	63	5	5	26	1.37
37743224--37743268	18	2.5	20	82	17	62	40	4	17	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37748937--37748962	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
37749441--37749478	19	2.0	19	100	0	76	36	31	5	26	1.79
37751055--37751230	46	3.8	46	78	12	207	21	20	28	29	1.98
37751052--37751222	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
37758076--37758118	21	2.0	21	100	0	86	27	9	27	34	1.88
37759315--37759339	10	2.5	10	100	0	50	32	32	24	12	1.91
37760395--37760455	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
37760751--37760786	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
37763441--37763602	43	3.8	42	78	8	148	33	24	18	24	1.97
37763441--37763602	86	1.9	85	82	6	202	33	24	18	24	1.97
37768315--37768343	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
37769309--37769350	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
37769485--37769655	41	3.9	44	77	8	145	26	14	25	33	1.94
37771907--37771983	25	3.1	25	92	1	120	16	20	23	38	1.92
37772047--37772096	24	2.1	24	85	3	66	28	16	8	48	1.74
37775455--37775507	24	2.2	24	96	0	97	24	16	18	39	1.91
37784728--37784768	21	2.0	21	90	0	64	26	19	29	24	1.98
37799890--37800020	49	2.7	50	76	7	144	21	29	20	29	1.98
37803013--37803195	40	4.7	40	83	8	216	25	27	22	24	2.00
37803013--37803195	79	2.3	81	83	7	216	25	27	22	24	2.00
37811063--37811247	79	2.3	82	83	7	238	25	27	22	23	2.00
37811044--37811247	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37822342--37822804	48	9.6	48	96	0	809	35	6	28	30	1.81
37822652--37822732	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
37822948--37823047	37	2.7	37	92	0	155	26	17	32	25	1.97
37830131--37830304	48	3.6	48	79	6	174	22	26	20	31	1.98
37830130--37830256	46	2.7	47	78	8	123	23	27	18	29	1.98
37830130--37830304	94	1.9	95	86	1	253	22	26	20	31	1.98
37831616--37831653	17	2.2	17	86	9	51	50	7	31	10	1.66
37833888--37834063	50	3.5	49	82	3	199	30	26	17	25	1.97
37836165--37836226	30	2.1	30	87	6	90	56	19	16	8	1.64
37836165--37836226	15	4.1	15	83	8	81	56	19	16	8	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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