genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77593762--77594504	96	7.8	96	94	1	1264	33	8	29	28	1.87
77593762--77594504	143	5.2	141	93	2	1207	33	8	29	28	1.87
77602921--77602950	6	5.0	6	95	0	51	33	3	50	13	1.58
77607375--77607419	22	2.0	22	95	4	81	35	8	11	44	1.71
77613165--77613297	46	2.9	47	86	3	180	19	18	27	34	1.95
77617695--77617773	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77617891--77618301	47	8.6	47	89	4	615	28	29	9	32	1.88
77617891--77618301	145	2.9	141	89	4	597	28	29	9	32	1.88
77617891--77618301	192	2.1	192	93	0	705	28	29	9	32	1.88
77619974--77620019	24	1.9	24	82	8	58	41	23	10	23	1.86
77623133--77623176	22	2.0	22	95	0	79	29	13	29	27	1.94
77626833--77626922	44	2.0	46	86	4	130	37	24	5	32	1.79
77626904--77626958	16	3.4	16	85	5	76	29	25	7	38	1.83
77632912--77632951	16	2.4	17	83	8	55	2	22	0	75	0.93
77648080--77648118	14	2.8	14	88	0	51	25	2	2	69	1.14
77655806--77655838	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
77656729--77656760	7	4.6	7	100	0	64	75	0	12	12	1.06
77656730--77656767	14	2.8	14	81	18	53	73	0	13	13	1.09
77657296--77657343	24	2.0	25	84	12	64	37	2	2	58	1.22
77657280--77657353	25	2.8	25	74	21	62	36	1	2	59	1.20
77664263--77664300	20	1.9	20	100	0	76	28	34	10	26	1.90
77664814--77664873	27	2.2	27	90	0	93	28	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77672917--77672960	19	2.3	19	84	7	63	29	2	18	50	1.59
77672977--77673065	42	2.1	42	91	0	142	29	6	13	50	1.67
77676871--77676918	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
77677462--77677509	18	2.7	18	87	6	53	37	6	6	50	1.53
77678458--77678518	30	2.0	30	93	0	104	45	8	3	42	1.50
77678771--77678831	28	2.2	28	94	5	108	39	21	18	21	1.93
77679648--77679677	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
77679712--77679751	14	3.0	14	92	7	66	22	20	0	57	1.41
77684600--77684636	14	2.9	12	92	8	56	21	18	0	59	1.38
77695278--77695318	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
77700169--77700286	40	3.0	40	97	0	218	22	19	29	28	1.98
77708523--77708573	26	2.0	25	88	3	75	13	23	31	31	1.93
77763566--77763615	25	2.0	25	96	0	91	30	32	24	14	1.94
77770925--77770976	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
77770894--77771254	99	3.6	102	92	5	574	30	30	19	19	1.97
77771108--77771176	26	2.6	27	88	9	97	30	36	20	13	1.90
77770894--77771254	103	3.6	99	89	7	532	30	30	19	19	1.97
77771583--77771646	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
77771590--77771646	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
77783161--77783210	25	2.0	25	85	14	68	40	20	0	40	1.52
77783842--77783883	17	2.4	18	80	4	50	50	7	0	42	1.30
77783855--77783896	22	1.9	22	85	9	59	50	9	0	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77790892--77790968	38	2.0	38	100	0	154	27	18	18	36	1.94
77792598--77792653	14	3.9	14	79	9	58	66	1	1	30	1.12
77795105--77795167	14	4.5	13	75	13	54	9	12	1	76	1.09
77795372--77795427	22	2.5	22	97	0	103	42	0	1	55	1.10
77795540--77795608	11	6.8	11	75	12	60	78	1	2	17	0.95
77795547--77795601	19	2.9	19	83	5	67	80	1	3	14	0.94
77795544--77795601	29	2.0	29	83	6	73	79	1	3	15	0.95
77795547--77795600	9	5.8	9	76	8	54	79	1	3	14	0.95
77795927--77795976	20	2.6	19	87	3	73	54	10	0	36	1.34
77799473--77799554	30	2.8	29	79	3	92	14	25	35	24	1.94
77800427--77800456	15	2.0	15	93	0	51	56	6	20	16	1.62
77802962--77803017	22	2.6	21	81	13	60	73	3	5	17	1.17
77803024--77803081	11	5.7	10	75	17	57	75	0	1	22	0.89
77802960--77803081	35	3.4	34	73	13	104	72	1	4	21	1.09
77812765--77812852	24	3.8	22	71	25	74	77	3	5	13	1.08
77812776--77812851	22	3.3	22	77	18	75	76	3	5	14	1.11
77812784--77812825	17	2.4	17	88	11	59	73	2	7	16	1.15
77812784--77812850	13	4.2	17	78	18	65	76	2	5	14	1.10
77821569--77821601	12	2.6	13	90	4	50	18	6	0	75	1.00
77825927--77825990	32	2.0	32	96	0	119	17	28	26	28	1.97
77835131--77835168	18	2.0	21	85	15	55	28	0	15	55	1.41
77836116--77836175	27	2.3	26	82	8	68	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77836945--77837006	27	2.3	27	88	0	88	29	14	16	40	1.88
77836958--77837041	27	3.1	27	79	3	80	25	10	27	36	1.89
77843802--77843853	26	2.0	26	88	7	79	36	0	15	48	1.45
77855299--77855406	29	3.8	29	76	6	103	26	26	16	29	1.97
77857483--77857552	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
77857428--77857579	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
77857429--77857584	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
77861181--77861250	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
77861126--77861277	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
77861127--77861282	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
77869241--77869310	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
77869186--77869337	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
77869187--77869342	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
77872259--77872284	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
77878315--77878345	7	4.4	7	95	0	53	19	0	22	58	1.40
77888206--77888401	59	3.3	58	77	5	178	29	25	10	35	1.88
77899406--77899538	53	2.5	54	80	8	155	22	24	18	34	1.96
77899509--77899779	47	5.8	45	72	7	184	24	23	16	35	1.95
77899524--77899645	46	2.6	46	89	1	181	25	22	15	36	1.93
77905581--77905774	55	3.6	54	78	4	203	21	24	17	37	1.94
77905753--77905874	47	2.6	47	94	0	217	26	24	13	36	1.92
77913235--77913281	23	2.0	23	100	0	94	34	17	8	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77916638--77916699	30	2.1	30	84	6	81	48	11	8	32	1.68
77919083--77919127	21	2.2	21	84	4	56	37	4	13	44	1.64
77919452--77919528	38	2.1	38	95	2	138	28	11	18	41	1.85
77929726--77929827	28	3.6	28	93	0	159	36	10	23	29	1.89
77940318--77940345	7	4.0	7	100	0	56	28	42	0	28	1.56
77966695--77966765	34	2.1	33	85	12	92	29	22	22	25	1.99
77969790--77969838	16	3.1	16	90	0	71	36	30	16	16	1.91
77970017--77970129	45	2.5	45	82	1	127	15	18	18	46	1.84
77970065--77970223	45	3.5	45	80	1	167	23	18	18	38	1.93
77970156--77970262	45	2.4	44	82	1	115	18	20	19	41	1.91
77979212--77979353	74	1.9	74	88	4	214	40	15	9	35	1.79
77981844--77981877	6	5.7	6	85	0	50	14	26	2	55	1.53
77981844--77981878	18	1.9	18	94	0	61	14	25	2	57	1.51
77981937--77982008	37	1.9	37	97	0	135	15	25	5	54	1.62
77989335--77989420	31	2.8	30	82	1	100	26	27	15	30	1.96
77989625--77989684	26	2.4	25	83	10	77	30	21	18	30	1.97
77989638--77989732	26	3.8	26	87	5	126	26	21	25	27	1.99
77994767--77994804	17	2.2	17	100	0	76	28	28	10	31	1.90
77997381--77997466	31	2.8	31	91	1	138	24	26	17	31	1.97
77997684--77997761	26	3.0	25	81	5	93	32	20	21	25	1.98
77997887--77997959	25	2.9	25	91	0	119	30	16	21	31	1.95
78005298--78005327	13	2.3	13	94	0	51	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78006445--78006527	18	4.2	18	72	23	69	51	0	26	21	1.48
78015758--78015930	46	3.7	46	74	13	165	20	18	30	30	1.97
78015751--78015921	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	29	1.97
78019288--78019445	68	2.3	69	78	11	171	21	27	15	35	1.93
78021480--78021646	46	3.6	46	74	15	164	19	18	29	32	1.96
78021476--78021646	93	1.8	93	89	2	272	19	18	29	31	1.96
78028524--78028648	38	3.3	38	97	0	241	28	14	25	31	1.95
78029242--78029466	40	5.6	41	84	1	278	24	23	28	24	2.00
78029242--78029466	80	2.8	80	87	0	315	24	23	28	24	2.00
78029242--78029466	120	1.9	121	85	6	314	24	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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