genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48877781--48877849	34	2.0	34	94	0	120	23	24	10	42	1.85
48878865--48878897	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
48882741--48882895	40	3.9	40	84	4	197	23	20	27	29	1.98
48884526--48884605	20	3.6	20	68	27	54	30	31	18	20	1.96
48887733--48887843	29	3.9	29	82	5	122	29	29	12	27	1.93
48908067--48908224	43	3.7	43	76	12	155	28	25	18	26	1.98
48911883--48912096	40	5.4	40	84	5	265	27	26	21	24	1.99
48920958--48921462	47	10.6	47	92	2	794	28	29	8	33	1.87
48920958--48921462	96	5.3	94	94	1	794	28	29	8	33	1.87
48923933--48924124	40	4.8	40	83	5	253	27	26	22	24	2.00
48925614--48925760	29	5.3	29	68	15	103	25	16	22	36	1.94
48925614--48925695	26	2.9	28	75	10	87	25	17	20	36	1.94
48925614--48925794	55	3.3	55	85	6	231	24	16	23	35	1.95
48928348--48928472	42	3.0	42	90	0	196	20	16	31	32	1.95
48928538--48928604	32	2.1	32	91	0	107	38	8	26	25	1.85
48939947--48940061	27	4.3	26	85	5	140	18	21	23	36	1.95
48944216--48944277	26	2.3	27	83	10	83	37	27	9	25	1.87
48944381--48944495	27	4.3	26	84	5	131	20	21	22	35	1.96
48948663--48948687	11	2.3	11	100	0	50	28	16	16	40	1.89
48951328--48951375	20	2.4	20	100	0	96	39	8	47	4	1.53
48952147--48952566	137	3.1	137	86	3	585	46	6	6	40	1.56
48953777--48954039	46	5.6	48	75	11	224	28	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48953961--48954098	50	2.8	49	81	7	170	26	18	29	26	1.98
48957666--48957924	27	9.6	27	70	10	138	40	21	8	29	1.83
48957666--48957924	54	4.8	53	81	4	261	40	21	8	29	1.83
48957665--48957912	107	2.3	108	83	3	329	40	20	8	30	1.83
48957666--48957951	81	3.5	81	77	3	220	40	20	9	30	1.83
48957904--48957995	27	3.4	27	85	5	116	38	17	16	28	1.91
48958130--48958731	300	2.0	300	95	0	1089	25	14	29	30	1.95
48959329--48959361	18	1.9	17	88	11	50	36	12	21	30	1.90
48969579--48969612	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
48970059--48970098	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
48970291--48970564	45	6.1	45	78	8	252	26	27	14	31	1.95
48970291--48970474	89	2.1	90	86	3	255	25	29	13	31	1.94
48970504--48970798	78	3.8	78	90	1	448	25	23	18	31	1.98
48970749--48971274	44	11.9	44	82	2	565	27	23	14	33	1.94
48970759--48971267	219	2.3	219	83	1	642	27	24	14	33	1.94
48976071--48976273	40	5.1	40	91	0	325	17	18	28	35	1.94
48976077--48976300	80	2.8	80	88	0	322	18	19	28	33	1.95
48976624--48976803	90	2.0	90	100	0	360	34	13	16	35	1.88
48983797--48983833	19	2.0	19	89	5	58	64	0	0	35	0.94
48984086--48984143	22	2.6	22	84	7	73	41	18	5	34	1.73
48984122--48984266	19	7.9	19	88	9	230	35	14	11	37	1.83
48984122--48984266	54	2.7	54	95	1	263	35	14	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48984115--48984267	73	2.1	71	88	8	229	35	15	11	38	1.82
48987063--48987087	13	1.9	13	100	0	50	8	16	28	48	1.74
48989598--48989762	46	3.6	47	77	12	157	29	21	26	23	1.99
48993270--48993322	22	2.4	22	90	0	88	32	26	7	33	1.84
49001058--49001110	22	2.4	22	93	0	88	30	24	9	35	1.87
49002820--49002869	24	2.1	24	100	0	100	18	4	44	34	1.68
49012936--49013074	43	3.3	42	72	11	131	29	19	28	23	1.98
49012939--49013074	42	3.2	42	73	12	143	29	19	27	23	1.98
49016091--49016129	18	2.2	18	100	0	78	28	15	46	10	1.78
49025596--49025716	43	2.9	42	80	11	165	27	23	14	33	1.94
49029634--49029849	49	4.4	50	76	8	192	27	17	25	29	1.97
49029634--49029853	99	2.2	98	77	7	230	27	17	25	29	1.98
49033789--49033814	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
49034261--49034386	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
49034261--49034386	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
49034289--49034399	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
49042209--49042235	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
49042682--49042807	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
49042682--49042807	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
49042710--49042820	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
49045149--49045193	20	2.2	20	92	0	72	20	24	20	35	1.96
49045618--49045688	24	3.0	24	97	0	133	32	0	38	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49047054--49047164	27	4.1	27	87	1	143	16	23	21	38	1.92
49047054--49047164	54	2.1	53	87	1	159	16	23	21	38	1.92
49053441--49053511	24	3.0	24	93	0	115	33	1	36	28	1.66
49054906--49054999	27	3.5	27	85	1	100	18	24	18	39	1.92
49054896--49055004	54	2.0	53	82	1	128	18	22	19	39	1.92
49057140--49057385	49	4.9	50	82	2	289	26	18	25	29	1.98
49057143--49057385	101	2.4	98	82	2	288	26	18	25	29	1.98
49057452--49057550	49	2.0	49	98	0	189	45	5	20	29	1.72
49062362--49062533	93	1.8	93	93	2	301	28	28	20	22	1.99
49062355--49062530	46	3.8	46	77	14	191	29	28	20	21	1.98
49064572--49064601	14	2.1	14	93	0	51	30	30	6	33	1.83
49068732--49068994	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
49068771--49069029	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
49076634--49076896	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
49076673--49076931	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
49078696--49078724	14	2.1	14	100	0	58	44	0	27	27	1.54
49078904--49078934	16	1.9	16	93	0	53	22	0	12	64	1.27
49084854--49084922	28	2.4	29	85	2	95	26	13	31	28	1.93
49089708--49089862	43	3.7	42	76	8	136	29	27	16	26	1.97
49092266--49092690	48	8.9	48	94	0	742	36	6	27	30	1.82
49092831--49092970	37	3.8	37	94	0	235	24	20	31	24	1.98
49094758--49094786	14	2.0	15	93	6	51	48	13	0	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49100513--49100539	8	3.4	8	100	0	54	55	11	22	11	1.66
49100992--49101078	27	3.3	26	83	4	93	18	22	21	36	1.95
49107176--49107618	50	8.8	50	76	5	338	27	16	24	31	1.96
49107240--49107637	151	2.6	151	87	1	566	27	17	24	30	1.97
49108173--49108526	180	2.0	181	84	3	464	39	7	18	33	1.80
49114491--49114547	30	1.9	30	85	3	80	38	7	17	36	1.77
49114880--49114994	57	2.0	57	96	0	212	33	12	25	28	1.92
49114965--49115397	50	8.6	50	78	5	408	26	17	25	30	1.97
49114965--49115399	101	4.3	99	78	7	421	25	17	25	30	1.97
49115011--49115405	151	2.6	151	90	0	603	25	18	25	29	1.98
49122843--49122916	37	2.0	37	97	0	139	39	9	8	43	1.67
49125177--49125211	17	2.0	18	94	5	63	22	40	22	14	1.90
49129293--49129489	38	5.1	38	83	2	259	22	22	23	30	1.99
49129293--49129489	78	2.6	76	83	3	259	22	22	23	30	1.99
49129876--49129992	45	2.6	46	82	9	136	23	23	25	27	2.00
49144274--49144445	93	1.8	93	87	0	254	31	25	18	25	1.97
49144268--49144443	46	3.8	46	72	7	158	32	23	18	25	1.97
49153359--49153528	93	1.8	93	88	0	259	29	27	19	23	1.98
49153351--49153526	46	3.8	46	75	12	162	30	27	18	23	1.98
49153404--49153545	46	3.1	45	70	14	103	29	27	18	24	1.98
49155338--49155393	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
49158306--49158477	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49158298--49158473	46	3.8	46	79	10	196	28	29	19	21	1.98
49158351--49158492	46	3.1	44	72	19	112	28	28	19	22	1.98
49168962--49169013	21	2.5	22	81	15	65	38	3	21	36	1.72
49169772--49169871	35	2.8	34	75	6	83	42	16	14	28	1.86
49171334--49171374	21	2.0	21	90	0	64	46	19	9	24	1.80
49174819--49174923	28	3.8	28	80	9	101	33	33	9	23	1.87
49176195--49176249	26	2.1	26	100	0	110	34	21	3	40	1.71
49176193--49176261	26	2.8	25	87	10	97	30	24	2	42	1.69
49177058--49177093	14	2.6	14	95	0	63	0	16	0	83	0.65
49177053--49177098	5	9.8	5	79	13	53	2	15	0	82	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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