genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65614738--65614914	40	4.4	40	83	6	218	23	22	27	27	1.99
65622964--65622993	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
65623383--65623541	27	5.9	27	76	10	130	20	23	22	33	1.97
65623385--65623541	54	2.9	54	80	4	167	20	23	22	33	1.97
65624892--65625048	43	3.7	43	74	10	158	31	22	15	29	1.95
65625530--65625590	29	2.1	29	81	6	70	31	26	1	40	1.66
65629334--65629425	46	2.0	46	97	0	175	36	25	13	25	1.91
65632653--65632815	43	3.8	42	79	5	150	31	25	15	28	1.96
65633307--65633365	29	2.1	29	84	9	77	32	23	0	44	1.54
65644474--65644612	60	2.3	59	82	8	165	27	25	19	27	1.99
65650124--65650164	21	2.0	21	100	0	82	19	14	41	24	1.89
65651300--65651330	14	2.2	14	94	0	53	54	6	9	29	1.57
65652890--65652919	15	2.0	15	93	0	51	30	16	13	40	1.87
65654939--65655203	46	5.6	45	80	11	218	28	19	28	23	1.98
65654936--65655207	94	2.9	92	80	13	292	28	19	28	23	1.98
65656332--65656371	21	2.0	21	85	5	55	12	42	25	20	1.86
65660648--65660688	15	2.6	16	85	11	50	31	4	0	63	1.15
65660665--65660707	21	2.0	21	86	8	61	39	2	0	58	1.11
65661258--65661323	30	2.2	30	94	2	114	60	22	4	12	1.50
65661585--65661629	20	2.2	21	92	4	74	15	11	6	66	1.42
65665035--65665130	48	2.0	48	95	0	174	36	27	8	28	1.85
65672721--65672775	13	4.2	13	70	21	51	32	32	16	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65678598--65678639	16	2.7	15	82	17	50	47	0	2	50	1.14
65678577--65678679	55	1.9	55	88	7	158	40	1	0	56	1.17
65678586--65678698	52	2.1	54	80	4	122	42	2	1	53	1.25
65683678--65684141	239	1.9	239	86	2	655	31	9	23	35	1.86
65684420--65684495	27	2.8	27	85	0	98	32	19	28	18	1.96
65684458--65684609	27	5.6	27	76	0	97	38	16	24	21	1.93
65684990--65685018	13	2.2	13	100	0	58	44	0	31	24	1.54
65692908--65692945	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
65693523--65693565	13	3.2	13	87	12	52	2	13	0	83	0.74
65696069--65696100	17	1.9	17	93	6	57	56	15	6	21	1.62
65697113--65697347	118	2.0	119	94	0	409	31	11	15	40	1.83
65700058--65700112	28	1.9	29	85	3	76	21	7	5	65	1.38
65700184--65700216	9	3.7	9	92	8	50	21	3	0	75	0.93
65700179--65700217	13	3.0	13	85	10	53	23	2	0	74	0.94
65708217--65708271	19	2.8	20	81	10	60	43	3	3	49	1.37
65708333--65708378	24	1.9	24	86	0	65	39	2	6	52	1.40
65708348--65708400	22	2.5	22	87	9	74	33	0	3	62	1.13
65710034--65710097	18	3.0	22	69	19	64	32	1	0	65	1.02
65711700--65711763	8	7.8	8	74	19	51	71	3	0	25	1.00
65711729--65711764	15	2.3	15	90	4	54	69	0	0	30	0.89
65711729--65711792	8	7.5	8	79	19	67	64	1	1	32	1.13
65711880--65711913	11	3.1	11	91	0	50	29	0	2	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65719323--65719360	17	2.2	17	100	0	76	21	5	13	60	1.52
65720820--65720921	29	3.4	30	74	10	93	36	27	15	20	1.93
65720851--65720974	29	4.2	29	71	9	81	41	28	11	19	1.86
65721076--65721231	55	2.8	55	84	6	199	23	23	16	37	1.93
65721702--65721764	4	15.2	4	74	12	56	69	4	22	3	1.21
65724095--65724296	27	7.4	27	85	3	217	29	28	14	26	1.95
65724095--65724295	54	3.7	54	83	3	251	29	28	14	26	1.95
65732149--65732350	27	7.4	27	85	3	199	29	28	14	26	1.95
65732149--65732349	54	3.7	54	83	3	251	29	28	14	26	1.95
65732200--65732349	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
65745938--65746021	43	2.0	43	92	0	141	16	35	17	29	1.93
65747627--65747871	55	4.6	53	77	10	225	35	17	25	21	1.95
65747627--65747834	55	3.8	53	80	7	240	35	17	25	22	1.95
65747634--65747834	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
65755063--65755092	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
65764546--65764715	46	3.7	45	76	14	177	27	28	22	21	1.99
65764549--65764719	93	1.8	93	91	2	281	27	28	22	21	1.99
65765139--65765197	30	2.0	30	86	0	82	27	27	8	37	1.85
65766923--65767090	46	3.6	45	78	12	180	27	19	29	23	1.98
65768644--65768820	48	3.7	49	83	6	209	25	28	18	27	1.98
65772941--65772969	14	2.1	14	100	0	58	34	31	6	27	1.83
65776173--65776491	48	6.7	48	79	0	343	26	28	15	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65776181--65776502	96	3.4	95	87	0	446	27	28	15	28	1.96
65783793--65783836	17	2.6	17	85	7	54	31	9	0	59	1.29
65790911--65790993	35	2.4	35	75	13	82	19	20	22	37	1.94
65790867--65791135	143	1.9	143	86	1	387	22	19	20	36	1.95
65796397--65796449	22	2.4	22	84	6	72	45	26	0	28	1.54
65798359--65798391	2	17.0	2	87	6	50	0	0	45	54	0.99
65802421--65802477	30	1.9	29	85	3	78	29	22	3	43	1.70
65804233--65804270	18	2.1	18	90	0	58	23	23	13	39	1.90
65804664--65804789	62	2.1	60	82	5	146	41	3	7	47	1.49
65807668--65807701	17	2.1	16	88	5	50	64	11	8	14	1.49
65809389--65809560	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
65809382--65809557	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
65809390--65809576	46	4.0	46	74	18	156	29	28	20	21	1.98
65809975--65810036	30	2.1	30	84	0	79	30	20	4	43	1.73
65821744--65821822	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
65821940--65822048	49	2.3	47	93	4	182	30	31	7	31	1.85
65834798--65835132	47	7.1	47	96	0	598	31	8	30	28	1.88
65835255--65835333	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
65837278--65837356	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97
65837474--65837718	47	5.2	47	92	0	400	28	30	8	32	1.88
65842356--65842495	40	3.5	40	87	0	172	25	18	24	31	1.98
65842481--65842535	28	2.0	28	85	0	74	27	12	29	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65846446--65846559	35	3.3	35	83	0	138	30	12	22	34	1.91
65852571--65852713	40	3.6	40	87	0	196	27	18	22	32	1.97
65856709--65857057	38	9.1	38	89	1	527	21	22	24	31	1.98
65859002--65859632	126	5.1	125	82	4	695	27	17	16	38	1.90
65859002--65859642	247	2.6	247	81	5	743	28	17	15	38	1.90
65859717--65859808	33	2.8	33	84	0	121	42	17	1	39	1.56
65861011--65861117	49	2.2	48	83	11	146	37	6	3	52	1.45
65861011--65861145	49	2.8	48	83	8	143	33	6	5	54	1.49
65862128--65862166	7	5.6	7	87	0	60	30	2	10	56	1.46
65862117--65862166	14	3.5	14	86	2	64	30	6	10	54	1.58
65862759--65862796	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
65866267--65866899	126	5.0	126	93	1	1027	28	19	17	34	1.94
65867526--65867557	16	2.0	16	93	0	55	37	28	0	34	1.57
65867478--65867562	39	2.3	38	82	8	104	44	21	0	34	1.52
65867661--65867736	15	4.9	16	69	6	66	51	31	1	15	1.52
65867661--65867736	31	2.4	32	78	6	93	51	31	1	15	1.52
65868343--65868373	13	2.4	13	100	0	62	58	12	0	29	1.35
65868676--65868733	27	2.1	27	87	6	82	50	1	0	48	1.11
65868767--65868829	20	3.2	20	76	13	60	53	0	1	44	1.10
65869698--65869853	69	2.3	69	85	2	197	32	21	7	38	1.82
65870958--65871084	60	2.1	60	80	7	141	41	4	11	41	1.62
65872488--65872534	23	2.0	23	100	0	94	27	12	12	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65877219--65877259	19	2.2	19	90	0	64	41	2	2	53	1.27
65880071--65880104	17	2.0	17	100	0	68	58	5	5	29	1.45
65883927--65883959	17	1.9	17	100	0	66	60	6	6	27	1.44
65888925--65888977	16	3.2	16	89	2	79	20	5	5	67	1.32
65890562--65890597	15	2.4	15	95	0	63	38	11	38	11	1.76
65892748--65893068	46	6.8	46	75	10	206	26	19	30	23	1.98
65892942--65893066	49	2.5	48	82	7	144	27	19	30	23	1.98
65897636--65897811	46	3.8	46	78	10	187	21	21	28	28	1.99
65897632--65897804	93	1.9	93	90	0	274	21	21	28	27	1.99
65900709--65900752	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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