genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57093270--57093525	40	6.5	40	81	8	231	25	21	27	25	1.99
57098079--57098261	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
57098080--57098263	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
57098132--57098296	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
57106147--57106329	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
57106148--57106331	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
57112211--57112281	24	3.0	24	91	0	115	36	1	36	25	1.65
57112211--57112305	48	2.0	47	81	8	111	36	4	35	23	1.74
57113686--57113770	27	3.1	27	88	5	111	16	23	23	36	1.94
57116208--57116329	43	2.9	43	76	11	126	24	17	26	31	1.97
57121361--57121415	27	2.0	28	85	3	76	49	0	9	41	1.34
57124729--57124777	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
57139722--57139823	28	3.6	28	92	2	168	33	24	11	30	1.91
57139724--57139849	57	2.2	57	87	2	173	34	25	11	29	1.90
57142432--57142483	26	2.0	26	100	0	104	46	15	7	30	1.74
57144903--57144964	2	31.0	2	93	0	106	0	46	1	51	1.10
57146972--57146996	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
57147832--57147997	48	3.6	43	81	10	143	61	4	26	7	1.42
57147880--57148037	48	3.3	47	89	5	208	62	5	22	8	1.45
57157801--57157972	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
57157806--57157976	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
57158709--57160176	741	2.0	742	94	5	2605	36	8	19	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57163184--57163352	91	1.8	93	92	2	288	21	20	28	28	1.98
57163189--57163357	46	3.7	46	76	16	197	21	20	28	28	1.98
57173488--57173667	40	4.5	40	90	2	283	23	23	26	27	2.00
57176378--57176421	19	2.3	19	81	14	54	52	4	18	25	1.64
57178321--57178352	13	2.5	13	94	0	55	18	46	18	15	1.84
57179147--57179198	21	2.5	21	90	0	77	40	23	28	7	1.82
57180569--57180598	9	3.3	9	100	0	60	56	23	0	20	1.42
57180964--57181005	15	2.6	17	81	7	52	47	7	0	45	1.30
57181057--57181111	25	2.2	26	84	12	71	41	0	5	52	1.24
57181992--57182029	4	9.5	4	94	0	67	50	0	0	50	1.00
57183080--57183123	21	2.1	21	100	0	88	43	31	15	9	1.79
57185416--57186160	379	2.0	379	99	0	1481	41	17	16	24	1.89
57186144--57186175	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
57186808--57186954	64	2.3	64	97	0	285	41	13	8	36	1.76
57190513--57190567	21	2.6	21	91	8	94	29	38	9	23	1.85
57195858--57195942	29	3.0	29	82	1	109	15	22	42	20	1.89
57198470--57198549	7	11.4	7	75	15	67	31	17	1	50	1.54
57198485--57198549	14	4.6	14	82	5	78	30	18	1	49	1.57
57198470--57198545	21	3.7	20	82	8	98	30	17	1	51	1.53
57198510--57198556	21	2.2	21	84	0	58	29	23	2	44	1.65
57200997--57201045	18	2.6	20	81	12	59	63	4	2	30	1.24
57204631--57204715	35	2.4	36	82	2	109	40	20	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57204631--57204771	35	4.0	35	72	14	103	39	19	10	30	1.85
57212451--57212576	35	3.6	35	74	8	130	40	19	8	30	1.82
57218645--57218700	24	2.3	24	84	0	67	37	7	7	48	1.58
57222301--57222363	24	2.6	24	87	0	81	36	4	9	49	1.57
57227292--57227316	11	2.3	11	100	0	50	40	44	0	16	1.47
57229033--57229076	13	3.5	13	75	12	56	70	0	13	15	1.17
57229033--57229088	25	2.3	25	96	3	105	69	0	12	17	1.18
57229047--57229090	12	3.6	12	81	6	61	72	0	9	18	1.10
57229047--57229091	13	3.5	13	77	17	58	73	0	8	17	1.08
57230860--57231092	40	5.8	40	83	3	272	26	27	21	24	1.99
57230860--57231089	80	2.9	80	84	1	300	26	27	21	23	1.99
57230860--57231091	120	1.9	120	91	1	376	26	27	21	24	1.99
57238868--57239096	39	5.8	40	85	4	304	25	28	20	24	1.99
57242245--57242372	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
57242244--57242372	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
57250267--57250423	29	5.5	29	88	3	212	33	25	12	29	1.92
57250267--57250423	57	2.7	58	88	3	212	33	25	12	29	1.92
57254198--57254262	29	2.3	28	89	2	103	36	21	20	21	1.95
57257311--57257433	48	2.6	46	81	7	133	30	17	25	26	1.97
57264185--57264266	39	2.1	39	93	0	137	20	23	31	24	1.98
57268778--57269224	47	9.5	47	92	0	696	32	8	29	28	1.87
57268778--57269224	190	2.4	188	91	0	714	32	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57269343--57269420	36	2.1	37	86	6	106	25	19	29	25	1.98
57274928--57275048	39	3.1	39	97	0	224	20	24	31	23	1.98
57279440--57280177	47	15.6	47	95	1	1296	32	8	29	29	1.86
57282959--57283170	46	4.5	46	75	9	153	30	19	25	24	1.98
57283190--57283312	49	2.5	49	82	6	142	30	20	25	23	1.98
57284681--57284709	14	2.1	14	100	0	58	27	6	20	44	1.77
57292677--57292752	14	5.3	14	71	24	52	6	21	1	71	1.16
57292674--57292753	13	5.5	14	69	21	58	6	21	1	71	1.15
57292674--57292713	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
57292668--57292752	45	1.9	44	83	7	109	7	22	1	69	1.19
57292719--57292761	19	2.3	19	84	8	52	4	16	4	74	1.16
57292693--57292793	44	2.3	43	80	11	109	7	21	1	68	1.26
57294444--57294577	43	2.9	45	81	8	146	20	16	31	32	1.94
57301404--57301582	62	2.8	63	78	10	186	23	29	17	29	1.97
57309457--57309672	47	4.6	47	78	7	260	23	18	28	29	1.98
57319427--57319460	12	2.8	12	95	0	59	17	20	35	26	1.95
57321465--57321610	27	5.4	26	74	9	114	41	14	10	33	1.79
57321463--57321621	54	2.9	54	82	0	201	41	15	10	33	1.80
57321466--57321635	27	6.3	27	75	8	103	41	14	11	32	1.82
57321997--57322081	27	3.1	27	76	6	82	21	16	18	43	1.88
57322060--57322131	32	2.2	32	82	0	90	25	19	19	36	1.95
57322364--57322419	28	2.0	28	89	0	85	25	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57335898--57336142	49	4.9	50	76	4	208	30	26	16	26	1.97
57335959--57336140	100	1.8	101	84	1	249	29	25	18	26	1.98
57341829--57342027	50	4.0	49	80	3	236	30	26	18	25	1.98
57346009--57346144	55	2.4	56	88	2	211	28	13	22	35	1.92
57347261--57347624	46	8.0	46	90	3	529	40	14	23	21	1.90
57350424--57350481	27	2.1	28	87	3	82	37	15	18	27	1.92
57354197--57354308	42	2.6	42	79	8	120	23	17	26	32	1.97
57354202--57354314	43	2.7	42	76	12	113	23	18	27	30	1.97
57354924--57355056	66	2.0	66	98	0	257	27	2	22	48	1.63
57355921--57356035	38	3.0	38	93	0	194	13	21	20	45	1.84
57359416--57359591	46	3.8	46	79	1	199	21	19	28	29	1.98
57359412--57359583	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
57362924--57363090	56	3.0	56	88	0	244	32	23	14	29	1.94
57381527--57381725	50	4.0	49	81	3	245	30	25	18	25	1.98
57385722--57385854	55	2.4	56	89	2	205	29	12	22	35	1.91
57390456--57390546	43	2.1	42	86	6	121	35	28	15	20	1.93
57390465--57390559	42	2.2	43	83	5	113	35	31	13	18	1.90
57399154--57399339	49	3.8	48	80	5	219	26	17	26	29	1.98
57399149--57399335	100	1.9	100	94	2	331	26	18	26	29	1.98
57404635--57404731	40	2.4	41	84	6	119	27	16	28	26	1.97
57406216--57406241	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
57412703--57412764	27	2.3	27	88	2	88	40	14	17	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57414169--57414230	27	2.3	28	80	8	74	43	19	6	30	1.76
57414208--57414364	27	5.8	27	86	0	170	31	20	7	40	1.80
57414181--57414294	54	2.1	54	81	0	129	31	21	7	39	1.82
57414208--57414365	54	2.9	54	82	0	199	31	20	7	40	1.81
57414330--57414562	27	8.7	27	80	6	231	41	20	8	29	1.82
57414316--57414588	81	3.4	80	82	6	302	40	21	8	30	1.83
57414330--57414588	27	9.7	26	76	11	122	41	20	8	29	1.82
57414601--57414652	27	1.9	27	84	7	70	36	15	13	34	1.87
57414706--57414797	27	3.4	27	81	14	109	34	20	26	18	1.96
57415107--57415148	20	2.0	22	90	9	70	23	19	35	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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