genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92507687--92507746	27	2.3	26	82	5	75	26	6	15	51	1.67
92515457--92515527	35	2.0	35	100	0	142	30	22	8	38	1.84
92522819--92522858	16	2.5	17	80	12	57	45	5	0	50	1.23
92523452--92523505	24	2.2	25	80	9	67	57	1	3	37	1.27
92523600--92523688	44	2.0	43	97	2	169	19	19	23	38	1.93
92527482--92527565	33	2.5	33	82	3	98	63	7	13	16	1.51
92528123--92528170	19	2.7	18	73	20	55	56	0	4	39	1.19
92528908--92528997	28	3.1	28	63	27	69	43	8	0	47	1.34
92529901--92529961	28	2.2	28	88	5	88	34	11	21	32	1.89
92533965--92534002	19	1.9	20	89	10	60	26	2	21	50	1.62
92539167--92539232	13	5.1	13	79	0	78	37	24	6	31	1.80
92539167--92539240	26	2.9	26	79	2	78	37	22	6	32	1.81
92556533--92556557	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
92560174--92560287	24	4.8	24	84	4	97	40	15	18	25	1.90
92560187--92560275	24	3.8	24	90	3	135	43	15	16	23	1.87
92560184--92560287	47	2.2	47	82	1	136	41	17	18	23	1.90
92567300--92567414	57	2.0	58	83	6	144	46	5	19	29	1.71
92574666--92574724	28	2.1	28	96	0	109	30	20	20	28	1.97
92578332--92578404	36	2.0	36	94	0	128	42	6	17	32	1.76
92586359--92586502	18	7.9	18	89	4	211	36	15	11	36	1.83
92586359--92586494	35	3.8	36	94	2	222	36	14	11	36	1.83
92586359--92586502	53	2.6	54	91	6	229	36	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92590852--92590887	18	2.0	18	100	0	72	66	5	0	27	1.13
92595519--92595656	40	3.5	40	84	0	186	31	13	20	35	1.90
92599949--92600100	78	1.9	78	90	0	241	31	20	14	33	1.93
92600080--92600202	40	3.1	40	86	0	165	36	20	13	30	1.90
92601464--92601531	33	2.1	33	97	0	127	26	10	11	51	1.70
92601469--92601525	19	3.3	19	67	23	61	22	8	14	54	1.67
92601799--92601877	38	2.1	38	95	0	140	20	25	8	45	1.79
92601818--92601877	20	3.1	20	68	18	63	23	23	10	43	1.83
92604088--92604122	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
92619617--92619718	5	18.8	5	79	17	73	18	2	0	77	0.95
92619618--92619718	37	2.8	36	71	26	65	18	2	0	77	0.96
92620632--92620844	118	1.8	118	95	0	390	22	16	31	29	1.96
92628653--92628766	43	2.7	43	81	9	135	38	23	13	24	1.90
92630422--92630492	35	2.0	35	86	0	97	39	9	23	26	1.86
92637521--92637602	25	3.1	27	77	17	77	36	19	26	17	1.94
92657449--92657499	22	2.3	23	80	10	61	56	5	3	33	1.42
92658061--92658160	53	1.9	51	85	4	137	23	34	3	40	1.70
92680201--92680256	26	2.2	26	87	6	78	28	0	3	67	1.07
92681190--92681241	19	2.9	17	78	13	59	69	3	1	25	1.16
92694305--92694377	15	4.5	15	71	24	51	63	1	1	34	1.12
92695172--92695240	34	2.0	34	97	0	129	46	21	5	26	1.74
92698709--92698816	48	2.2	48	88	0	162	37	24	19	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92705669--92705959	68	4.3	68	79	2	298	34	13	23	28	1.93
92707247--92707454	35	5.9	35	76	5	186	42	21	8	27	1.82
92707261--92707454	105	1.8	104	80	6	230	42	21	8	27	1.82
92710859--92710891	12	2.8	12	100	0	66	18	18	0	63	1.31
92716316--92716353	18	2.1	18	100	0	76	44	5	15	34	1.69
92722111--92722154	23	1.9	23	100	0	88	50	22	4	22	1.67
92723151--92723222	16	4.5	16	87	0	81	41	6	23	27	1.80
92723150--92723222	32	2.3	32	80	0	92	42	6	23	27	1.79
92723424--92723456	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
92723961--92723995	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
92723999--92724247	40	6.2	40	91	0	390	32	16	9	40	1.81
92723999--92724247	120	2.1	120	94	0	444	32	16	9	40	1.81
92728330--92728494	43	3.8	43	73	7	131	32	23	16	26	1.96
92728342--92728499	86	1.8	85	84	6	212	33	22	16	27	1.95
92729854--92729894	16	2.5	17	88	4	57	48	2	2	46	1.28
92735245--92735340	48	2.0	48	97	0	183	42	28	4	25	1.73
92735257--92735335	23	3.1	27	60	26	64	44	26	5	24	1.74
92740010--92740061	25	2.1	25	92	0	86	23	28	13	34	1.92
92740017--92740072	25	2.2	25	87	0	76	23	25	19	32	1.98
92739867--92740175	168	1.8	168	95	0	564	28	19	18	33	1.96
92741026--92741091	30	2.2	30	94	0	114	19	24	34	21	1.96
92744220--92744493	46	6.0	46	87	4	374	41	14	23	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92744230--92744493	138	1.9	138	90	1	422	41	15	23	20	1.89
92745305--92745393	40	2.2	40	82	7	101	44	15	5	33	1.70
92756183--92756216	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
92756541--92756655	58	2.0	58	100	0	230	53	18	8	19	1.69
92764304--92764454	75	2.0	75	98	0	293	35	13	15	35	1.88
92764648--92764682	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
92764636--92764952	157	2.0	157	98	0	607	47	5	3	44	1.41
92764805--92764839	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
92764637--92764875	75	3.1	75	64	18	200	46	3	3	46	1.35
92764987--92765091	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
92764985--92765094	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
92765073--92765110	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
92771364--92771407	20	2.4	18	85	14	56	25	4	11	59	1.51
92772938--92773060	23	5.3	23	82	0	129	46	20	14	18	1.84
92772938--92773060	46	2.7	46	83	0	147	46	20	14	18	1.84
92777833--92777870	6	6.5	6	87	6	60	73	0	0	26	0.83
92777833--92777870	18	2.2	17	95	4	67	73	0	0	26	0.83
92777826--92777881	12	4.8	12	80	8	62	71	0	0	28	0.86
92777826--92777876	18	2.8	18	80	16	61	72	0	0	27	0.85
92784722--92784843	43	2.8	43	86	2	138	34	28	15	21	1.94
92793520--92793576	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
92793514--92793574	30	2.1	28	93	6	104	32	0	11	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92793948--92794011	21	3.0	21	74	0	65	17	21	23	37	1.94
92805588--92805660	21	3.5	21	70	10	60	45	19	21	13	1.85
92805713--92805747	18	1.9	18	94	0	61	40	17	14	28	1.88
92810665--92810708	21	2.1	21	83	8	54	84	4	9	2	0.85
92813221--92813279	17	3.5	17	83	0	73	33	28	20	16	1.95
92817961--92818205	43	5.8	43	86	2	300	36	16	19	28	1.93
92817960--92818205	84	2.9	82	83	7	287	36	16	19	28	1.93
92817960--92818197	127	1.9	128	84	7	322	37	15	19	28	1.92
92818265--92818375	38	2.9	38	93	0	177	34	18	17	30	1.93
92826206--92826402	67	2.9	67	92	0	322	36	19	6	38	1.76
92827409--92827452	18	2.5	17	85	7	61	52	2	9	36	1.46
92829238--92829294	27	2.1	27	90	6	89	47	7	5	40	1.53
92835481--92835516	16	2.2	16	100	0	72	44	19	13	22	1.86
92838464--92838494	16	2.0	16	93	6	55	48	0	12	38	1.42
92841630--92841705	38	2.0	38	97	0	143	39	17	15	27	1.90
92843603--92843713	56	2.0	57	81	10	131	59	4	1	34	1.28
92846133--92846188	23	2.5	22	82	8	69	19	3	16	60	1.49
92848215--92848435	48	4.7	47	67	26	112	59	0	5	33	1.27
92848231--92848288	22	2.6	21	73	10	53	60	0	8	31	1.27
92848312--92848344	13	2.8	12	90	9	50	60	0	6	33	1.21
92848357--92848425	20	3.5	20	71	18	63	62	0	1	36	1.04
92848355--92848423	23	3.0	23	77	10	70	63	0	1	34	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92848358--92848436	15	5.3	14	73	18	61	62	0	2	35	1.09
92848358--92848426	18	3.8	19	71	17	67	62	0	1	36	1.04
92851779--92851815	18	2.1	18	100	0	74	54	29	5	10	1.57
92852094--92852123	5	6.0	5	92	0	51	76	0	23	0	0.78
92852094--92852146	15	3.6	15	76	2	54	71	0	26	1	0.96
92852109--92852178	26	2.7	25	78	8	68	71	1	22	4	1.12
92852087--92852179	33	2.8	32	76	10	82	73	2	21	3	1.09
92862609--92862661	13	4.1	13	77	18	56	30	3	22	43	1.71
92862616--92862666	26	2.0	26	84	0	66	35	1	21	41	1.65
92880943--92881194	55	4.8	53	78	5	219	20	25	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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