genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89905534--89905802	125	2.2	125	80	8	296	30	14	18	36	1.91
89906696--89906734	13	2.9	13	85	7	51	61	0	0	38	0.96
89908280--89908328	10	5.2	10	72	22	52	44	8	18	28	1.78
89908278--89908332	27	2.0	27	96	0	101	43	7	20	29	1.78
89917500--89917550	23	2.3	23	83	16	63	49	3	1	45	1.32
89921185--89921231	21	2.2	21	92	0	76	23	14	27	34	1.94
89927131--89927491	119	3.0	121	98	1	708	37	28	11	22	1.89
89927472--89927519	2	24.0	2	82	0	60	50	43	4	2	1.33
89927472--89927537	32	2.1	32	94	0	114	50	37	6	6	1.52
89931883--89931924	9	4.3	10	82	14	52	54	0	0	45	0.99
89933182--89933212	9	3.4	9	90	0	53	45	12	9	32	1.75
89933242--89933291	11	4.6	11	78	9	50	62	4	4	30	1.32
89935326--89935377	26	2.0	25	82	17	63	51	5	0	42	1.25
89935600--89935645	20	2.4	19	82	7	56	58	4	0	36	1.18
89943157--89943343	74	2.5	74	83	0	239	35	20	20	24	1.96
89943834--89943889	21	2.7	21	83	5	69	21	33	25	19	1.97
89945244--89945290	18	2.5	20	86	6	62	40	17	2	40	1.61
89949305--89949329	13	1.9	13	100	0	50	32	36	8	24	1.84
89949698--89949750	25	2.1	25	83	13	65	0	24	5	69	1.09
89951877--89951913	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
89952530--89952592	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
89971691--89971729	20	2.0	19	85	5	51	48	5	0	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89973122--89973146	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
89985490--89985528	20	2.0	19	85	5	51	48	5	0	46	1.24
89986921--89986945	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90077971--90078007	19	2.0	20	89	10	60	56	5	8	29	1.51
90084489--90084576	44	2.0	44	100	0	176	34	11	22	31	1.90
90090104--90090147	3	14.7	3	100	0	88	31	34	0	34	1.58
90099221--90099255	17	2.2	17	90	10	56	74	0	0	25	0.82
90099219--90099255	15	2.2	18	81	18	53	72	0	0	27	0.84
90100416--90100456	15	2.7	15	85	10	57	41	4	0	53	1.22
90100416--90100455	16	2.7	15	88	7	55	42	2	0	55	1.13
90103263--90103306	23	1.9	23	95	0	79	34	20	22	22	1.97
90104434--90104487	28	1.9	28	100	0	108	20	18	7	53	1.68
90105576--90105614	19	2.1	18	85	4	51	58	2	7	30	1.39
90107280--90107313	17	1.9	17	88	5	50	38	20	8	32	1.84
90108565--90108623	28	2.1	28	93	0	100	27	27	13	32	1.94
90110155--90110190	10	3.6	10	96	0	63	16	19	2	61	1.47
90114039--90114130	43	2.1	43	97	0	175	30	8	20	40	1.83
90115106--90115146	20	2.0	20	90	9	66	24	17	19	39	1.92
90116864--90116969	23	4.6	23	74	0	86	45	16	15	23	1.84
90116864--90116969	46	2.3	46	78	0	122	45	16	15	23	1.84
90117522--90117603	5	16.8	5	94	5	150	60	0	0	39	0.96
90118443--90118560	35	3.4	35	76	2	121	22	20	18	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90119235--90119266	8	4.0	8	100	0	64	37	0	0	62	0.95
90119240--90119312	5	14.6	5	72	21	55	38	0	2	58	1.12
90119642--90119689	15	3.3	15	94	2	80	33	0	12	54	1.38
90120075--90120145	21	3.3	21	90	4	106	14	25	26	33	1.94
90120086--90120156	21	3.4	21	86	0	88	16	26	25	30	1.97
90120062--90120170	42	2.5	42	79	2	128	17	22	23	36	1.94
90121359--90121390	11	2.9	11	95	0	55	34	6	28	31	1.82
90125125--90125181	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
90125578--90125660	21	4.0	21	87	0	112	14	22	27	34	1.93
90125552--90125660	42	2.5	42	80	2	137	15	21	25	37	1.93
90129522--90129551	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
90129941--90130027	27	3.2	27	87	6	115	17	22	24	35	1.95
90131478--90131548	27	2.9	22	78	17	61	57	5	1	35	1.31
90139848--90139897	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
90145380--90145475	24	4.1	24	76	12	110	54	3	16	26	1.57
90147667--90147699	15	2.2	15	94	0	57	27	27	18	27	1.98
90152410--90152807	46	8.6	46	90	1	546	20	23	14	41	1.88
90152410--90152807	93	4.3	92	91	0	555	20	23	14	41	1.88
90161238--90161290	23	2.2	24	80	9	65	60	1	3	33	1.26
90164517--90164564	13	3.5	13	80	8	51	77	6	0	16	0.97
90165487--90165536	22	2.3	22	96	0	91	34	26	12	28	1.92
90171951--90172022	26	2.8	26	85	2	83	30	15	9	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90176361--90176412	20	2.7	19	77	17	54	59	1	3	34	1.27
90176469--90176525	20	2.8	20	76	12	62	63	0	7	29	1.21
90176504--90176577	28	2.6	29	84	6	89	56	0	1	41	1.07
90176526--90176583	28	2.1	28	96	0	107	51	0	0	48	1.00
90176691--90176757	11	6.3	11	77	10	59	44	4	0	50	1.22
90176771--90176852	10	8.5	10	74	18	68	36	0	0	63	0.95
90176771--90176851	27	2.9	28	70	18	69	37	0	0	62	0.95
90176769--90176867	37	2.5	38	85	12	121	36	1	0	62	1.02
90176932--90177034	32	3.2	32	92	0	179	31	12	15	40	1.85
90178102--90178134	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
90178415--90178692	46	6.0	46	92	0	380	20	23	14	41	1.89
90180398--90180430	11	3.1	11	91	8	59	9	24	0	66	1.20
90182299--90182364	26	2.5	27	80	11	75	72	1	21	4	1.10
90183898--90184077	90	2.0	90	87	2	263	23	24	20	31	1.98
90184807--90184851	23	2.0	22	82	4	54	40	26	4	28	1.75
90186267--90186294	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
90186940--90186991	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
90193648--90193685	19	2.0	20	89	5	60	34	18	7	39	1.80
90205391--90205423	18	1.9	17	88	11	50	45	0	24	30	1.53
90211303--90211397	44	2.1	44	94	1	163	27	18	21	32	1.97
90218795--90219077	131	2.2	131	80	5	304	28	20	18	32	1.96
90218822--90219129	131	2.4	131	78	5	300	26	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90228118--90228290	81	2.1	81	96	0	319	28	23	24	23	1.99
90230950--90231460	132	3.9	132	91	2	767	28	19	24	27	1.98
90230950--90231459	263	1.9	264	89	2	783	28	19	24	27	1.98
90234609--90234881	131	2.1	131	83	2	332	28	20	18	32	1.97
90234643--90234931	131	2.2	131	80	1	301	26	21	19	32	1.97
90244925--90244987	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
90245071--90245110	18	2.1	18	86	9	53	30	0	5	65	1.14
90249877--90249989	56	2.0	56	100	0	226	32	14	23	30	1.94
90251779--90251853	29	2.5	31	84	4	100	28	13	13	45	1.81
90265961--90266009	24	2.1	23	84	3	62	36	0	2	61	1.08
90267107--90267146	21	1.9	21	94	0	71	32	0	12	55	1.38
90267188--90267227	14	2.6	16	88	11	57	42	0	2	55	1.13
90267202--90267249	14	3.4	14	83	13	55	41	0	6	52	1.27
90276161--90276191	6	5.2	6	100	0	62	67	0	16	16	1.23
90276340--90276400	25	2.4	26	88	2	88	40	14	13	31	1.84
90280235--90280371	35	3.9	35	77	1	150	31	10	23	34	1.89
90282099--90282760	329	2.0	329	99	0	1297	24	23	13	38	1.90
90283290--90283432	68	2.1	68	84	2	180	23	23	18	34	1.96
90285608--90285726	43	2.8	43	81	5	143	31	25	13	29	1.94
90290777--90291004	46	5.0	46	93	1	368	23	23	14	38	1.92
90293428--90293495	29	2.3	30	87	5	93	26	19	7	47	1.75
90295886--90296072	93	2.0	93	100	0	374	32	20	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90299166--90299328	45	3.6	45	81	5	170	25	20	10	43	1.83
90303146--90303183	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
90307540--90307586	24	2.0	24	95	0	85	38	8	19	34	1.82
90308847--90308899	15	3.6	15	75	12	56	33	0	7	58	1.26
90308858--90308900	14	2.9	15	86	6	70	37	0	6	55	1.27
90311662--90311703	20	2.2	19	83	12	50	64	2	7	26	1.32
90312243--90312298	28	2.0	28	83	10	71	62	5	8	23	1.45
90319641--90319696	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
90324895--90324929	12	2.9	12	95	0	61	51	8	14	25	1.70
90334667--90334727	32	1.9	32	89	0	95	29	4	16	49	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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