genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34062942--34062982	12	3.4	12	90	10	66	14	19	0	65	1.26
34062958--34063040	30	2.7	30	81	9	89	12	21	1	65	1.33
34063043--34063073	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
34063121--34063177	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
34063121--34063177	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
34063119--34063188	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
34068908--34069004	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
34077161--34077277	39	3.0	40	82	2	155	36	15	26	21	1.93
34079511--34079584	30	2.5	30	86	8	98	21	21	18	37	1.94
34081083--34081112	11	2.7	11	94	0	51	83	6	3	6	0.90
34081200--34081251	14	3.6	15	78	14	56	75	1	15	7	1.12
34083920--34084027	6	17.7	6	67	10	58	69	4	19	6	1.29
34083924--34083982	18	3.3	18	80	0	73	71	6	16	5	1.26
34084042--34084104	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
34085877--34085930	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
34085877--34085950	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
34085877--34085941	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
34091337--34091384	15	3.3	15	70	5	53	33	0	22	43	1.54
34091331--34091390	29	2.1	29	93	0	102	31	0	26	41	1.56
34093106--34093170	15	4.3	15	73	7	60	50	16	20	12	1.77
34110869--34110929	32	1.9	32	100	0	122	26	31	21	21	1.98
34114985--34115020	15	2.4	15	95	0	63	77	2	5	13	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34120234--34120273	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
34122077--34122102	10	2.6	10	100	0	52	19	11	26	42	1.85
34123881--34123922	22	2.0	21	81	13	50	47	26	11	14	1.78
34124512--34124584	6	11.5	6	72	10	56	6	20	1	71	1.17
34124512--34124568	18	3.1	18	80	7	62	7	21	0	71	1.08
34124598--34124622	9	2.8	9	100	0	50	0	12	8	80	0.92
34124558--34124632	34	2.2	35	78	7	82	6	21	4	68	1.30
34126684--34126709	10	2.6	10	100	0	52	19	11	26	42	1.85
34127091--34127138	20	2.4	20	71	0	51	33	18	27	20	1.96
34127120--34127168	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
34129553--34129642	46	2.0	46	100	0	180	41	20	4	34	1.72
34133137--34133233	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
34134913--34134942	11	2.7	11	94	0	51	80	10	6	3	1.01
34135856--34135912	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
34135860--34135908	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
34135981--34136062	30	2.7	31	81	5	96	65	1	21	10	1.30
34135986--34136055	24	2.9	24	74	6	61	62	1	24	11	1.36
34138173--34138269	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
34148183--34148239	30	1.9	30	85	0	78	35	10	26	28	1.89
34148571--34148698	47	2.7	47	84	9	172	26	21	29	22	1.99
34157327--34157502	27	6.6	27	83	3	194	29	28	15	26	1.96
34157348--34157501	81	1.9	80	89	1	236	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34165331--34165508	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
34165331--34165508	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
34165352--34165507	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
34173634--34173664	15	2.1	15	100	0	62	25	6	19	48	1.72
34173649--34173868	56	3.9	56	93	2	352	28	14	21	35	1.92
34175581--34175608	12	2.3	12	100	0	56	35	25	7	32	1.83
34176251--34176300	21	2.4	20	86	6	64	78	2	6	14	1.03
34181621--34181755	67	2.1	65	81	13	154	34	8	16	40	1.79
34183240--34183321	29	2.9	29	85	1	103	29	28	13	29	1.94
34188336--34188384	21	2.5	19	83	12	55	14	36	26	22	1.92
34190938--34191043	29	3.7	27	80	10	106	26	29	15	29	1.96
34190961--34191045	29	2.9	29	82	0	107	27	28	15	29	1.96
34197361--34197594	56	4.2	56	89	0	342	29	12	24	33	1.93
34202396--34202475	37	2.2	37	95	0	142	33	30	7	28	1.85
34206781--34206902	46	2.6	46	81	5	138	24	31	18	24	1.98
34210878--34210921	13	3.5	13	81	6	54	11	29	31	27	1.91
34218776--34218963	40	4.7	40	85	0	252	31	28	19	19	1.97
34226235--34226632	27	14.7	27	87	0	499	29	21	8	40	1.83
34226584--34226811	27	8.5	26	80	9	108	37	21	9	31	1.85
34226627--34226860	54	4.4	54	78	7	201	39	20	9	29	1.85
34226613--34226860	81	3.1	80	82	6	245	38	21	10	29	1.86
34226681--34227063	27	14.3	27	83	5	278	37	20	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34226821--34227064	54	4.5	54	87	1	319	36	20	19	24	1.95
34227043--34227106	27	2.4	27	74	10	67	20	18	23	37	1.94
34227266--34227335	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
34227483--34227574	42	2.2	42	96	3	168	31	14	21	32	1.93
34227598--34227681	31	2.7	32	92	5	138	29	17	25	27	1.98
34229227--34229286	17	3.5	17	72	17	52	28	30	8	33	1.86
34229683--34229779	30	3.2	30	71	8	90	29	13	27	28	1.94
34239947--34240001	12	4.7	12	84	8	69	78	5	3	12	1.06
34240045--34240114	27	2.4	29	81	11	90	74	4	12	8	1.20
34246905--34246934	9	3.3	9	90	0	51	56	13	0	30	1.37
34247015--34247057	19	2.3	18	84	4	59	60	0	0	39	0.97
34247061--34247137	18	4.1	18	78	6	73	58	1	3	36	1.25
34247070--34247117	20	2.4	20	85	0	60	58	2	0	39	1.10
34253123--34253200	29	2.7	29	82	11	88	37	10	8	43	1.70
34255602--34255718	43	2.7	43	79	10	132	29	26	18	24	1.98
34264353--34264454	28	3.6	28	85	5	127	28	30	13	27	1.94
34264668--34264702	8	4.4	8	88	0	52	8	20	25	45	1.79
34267762--34267837	37	2.1	37	97	0	143	38	15	5	40	1.70
34276829--34276998	93	1.8	92	94	1	304	27	29	21	21	1.99
34277416--34277475	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34284393--34284562	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
34284393--34284562	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34287170--34287264	43	2.2	45	86	3	131	29	24	14	31	1.95
34286920--34287311	176	2.2	176	82	8	483	28	24	17	29	1.97
34287177--34287466	146	2.0	146	87	4	424	27	23	15	33	1.95
34287000--34287633	322	2.0	322	83	4	794	28	23	16	30	1.96
34287720--34288072	180	2.0	180	88	2	530	28	23	18	30	1.97
34286923--34288355	660	2.1	662	81	7	1636	28	24	17	30	1.97
34288624--34288745	64	1.9	64	86	3	174	38	15	15	30	1.89
34288779--34288807	15	1.9	15	100	0	58	27	6	6	58	1.50
34289876--34289910	12	2.8	12	86	4	52	8	8	2	80	1.01
34297387--34297527	27	5.2	27	95	0	237	27	14	19	38	1.91
34297387--34297575	81	2.3	81	84	1	227	27	16	19	36	1.93
34297387--34297575	54	3.5	54	83	2	202	27	16	19	36	1.93
34299919--34299984	20	3.2	20	70	6	53	22	25	15	36	1.93
34302474--34302529	21	2.7	20	78	8	58	67	3	23	5	1.27
34302518--34302580	18	3.5	17	73	18	56	69	3	14	12	1.30
34306669--34306723	5	10.6	5	76	18	51	78	3	16	1	0.98
34306669--34306723	16	3.6	14	83	14	56	78	3	16	1	0.98
34306787--34306826	12	3.3	12	92	0	62	80	5	12	2	0.98
34306787--34306826	6	6.7	6	82	0	53	80	5	12	2	0.98
34306806--34306873	30	2.3	31	82	7	86	64	0	22	13	1.27
34309947--34309975	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
34310499--34311594	612	1.8	604	87	6	1640	25	23	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34313452--34313494	21	2.1	20	82	4	50	41	16	18	23	1.89
34318093--34318174	30	2.7	30	84	7	103	53	14	18	13	1.72
34318102--34318174	15	4.9	15	86	0	101	54	15	17	12	1.70
34321673--34321857	40	4.6	39	80	6	160	26	22	26	24	2.00
34321673--34321857	79	2.3	81	81	7	209	26	22	26	24	2.00
34325137--34325218	30	2.7	30	84	7	103	53	14	18	13	1.72
34325146--34325218	15	4.9	15	86	0	101	54	15	17	12	1.70
34328712--34328896	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
34328713--34328896	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
34328765--34328929	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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