genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  64  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198960--19199116	43	3.6	44	77	5	151	30	23	18	27	1.98
19206565--19206714	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19206589--19206772	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
19211519--19211569	14	3.9	14	92	7	81	43	0	29	27	1.55
19211519--19211583	28	2.5	25	80	20	80	41	0	32	26	1.56
19211517--19211576	14	4.5	13	88	12	79	45	0	30	25	1.54
19215490--19215736	40	6.2	39	79	13	181	22	21	28	26	1.99
19215531--19215711	80	2.3	80	86	1	256	22	22	28	25	1.99
19217691--19217715	12	2.1	12	100	0	50	32	32	16	20	1.94
19223620--19223841	40	5.6	40	93	1	347	22	22	28	26	1.99
19223575--19223874	40	7.6	40	85	5	168	23	22	28	25	1.99
19223575--19223864	79	3.7	80	83	5	340	23	22	28	26	1.99
19229983--19230029	5	9.0	5	82	13	51	57	0	2	40	1.11
19244523--19244575	26	2.0	26	100	0	106	41	7	3	47	1.50
19260121--19260157	17	2.2	17	90	9	58	24	13	8	54	1.66
19271050--19271313	46	5.7	45	75	17	154	23	28	18	29	1.98
19271096--19271315	46	4.7	47	79	10	204	24	29	18	28	1.98
19271044--19271318	94	2.9	94	74	13	273	24	28	18	29	1.98
19278837--19278912	27	2.9	27	90	2	109	23	19	23	32	1.97
19283694--19283735	22	2.0	22	85	4	59	14	35	26	23	1.93
19284026--19284286	48	5.5	48	75	14	190	23	30	18	27	1.97
19284026--19284331	46	6.5	47	75	13	190	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284026--19284294	46	5.7	48	74	13	229	23	30	18	27	1.97
19284026--19284334	94	3.3	93	73	16	248	23	29	18	28	1.98
19292018--19292077	29	2.1	29	81	3	68	46	1	23	28	1.62
19294707--19294780	37	2.0	37	94	0	130	33	12	22	31	1.91
19296908--19296968	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
19297295--19297337	19	2.3	18	81	14	52	18	6	13	60	1.55
19308530--19308557	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
19315313--19315499	40	4.7	40	88	5	265	25	27	22	24	2.00
19315313--19315495	79	2.3	80	90	3	282	25	27	23	23	2.00
19323320--19323572	40	6.5	40	90	5	342	24	27	22	25	2.00
19323353--19323576	40	5.7	40	90	5	352	25	27	22	25	2.00
19333557--19333584	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
19335757--19335911	76	2.0	76	96	0	283	44	16	7	31	1.76
19349855--19350052	48	4.1	48	90	2	281	31	24	17	25	1.97
19349824--19350052	96	2.4	96	85	0	305	32	25	16	25	1.96
19350032--19350116	37	2.3	37	87	4	118	27	24	18	29	1.98
19363682--19363854	46	3.7	46	77	14	194	23	21	26	28	1.99
19363679--19363849	93	1.8	93	92	2	290	22	21	27	28	1.99
19366060--19366119	29	2.1	29	81	6	68	43	1	20	35	1.62
19368062--19368101	20	2.0	20	85	0	53	32	10	12	45	1.75
19370323--19370384	24	2.7	24	92	7	103	46	6	24	22	1.75
19375506--19375536	13	2.4	13	94	0	53	6	9	41	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19377790--19377991	41	5.0	41	93	0	316	30	28	16	24	1.96
19389520--19389648	46	2.8	46	93	0	222	35	14	23	26	1.93
19397821--19397859	19	2.2	18	90	9	62	46	5	15	33	1.68
19401584--19401646	25	2.6	25	97	2	119	34	26	11	26	1.90
19402002--19402148	41	3.6	41	83	6	165	31	28	17	23	1.96
19403581--19403700	24	4.8	26	72	11	108	33	20	27	18	1.96
19405542--19405652	29	3.8	29	86	1	132	21	26	15	36	1.93
19405542--19405652	58	1.9	59	84	1	152	21	26	15	36	1.93
19406425--19406452	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
19409097--19409319	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
19409177--19409354	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
19423030--19423157	46	2.8	46	92	0	202	29	28	21	20	1.98
19428053--19428096	23	1.9	23	85	0	61	29	22	11	36	1.89
19430060--19430231	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
19430053--19430228	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
19434325--19434405	27	3.0	27	83	8	76	39	16	9	34	1.81
19434334--19434423	27	3.3	28	84	9	107	40	16	10	33	1.82
19434402--19434625	54	4.2	53	79	10	213	28	24	9	37	1.87
19434435--19434638	80	2.5	80	81	7	234	28	23	9	38	1.85
19434429--19434637	107	1.9	108	84	4	280	28	23	9	38	1.86
19434279--19435019	380	2.0	380	93	0	1277	31	21	10	36	1.87
19434809--19435045	80	2.9	80	85	3	280	29	25	7	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19434429--19435045	27	22.8	27	74	9	281	30	22	9	37	1.86
19435038--19435107	36	1.9	36	91	0	113	45	12	10	31	1.75
19435067--19435152	27	3.2	27	83	3	111	43	18	6	31	1.77
19435067--19435227	54	2.9	54	78	3	135	42	18	8	31	1.79
19435184--19435235	27	1.9	27	92	7	88	42	11	11	34	1.77
19435289--19435348	27	2.2	27	91	5	95	31	20	26	21	1.98
19436096--19436165	25	2.8	25	88	0	104	28	24	22	24	1.99
19436095--19436190	25	3.9	24	78	9	86	29	22	22	25	1.99
19436315--19436404	42	2.1	42	85	0	117	28	15	20	35	1.93
19436428--19436502	31	2.4	31	88	0	105	33	16	22	28	1.95
19444962--19445045	27	3.2	26	88	5	114	21	23	17	36	1.94
19452755--19452808	27	2.0	27	92	3	92	18	25	20	35	1.95
19467437--19467532	24	4.0	24	90	2	147	32	1	37	29	1.64
19467437--19467532	49	2.0	48	89	2	147	32	1	37	29	1.64
19468916--19468967	27	1.9	27	84	0	68	19	23	21	36	1.95
19468934--19468999	27	2.5	26	78	4	69	18	22	18	40	1.91
19485161--19485333	27	6.4	27	81	5	170	28	23	8	39	1.83
19485161--19485333	54	3.2	54	81	4	206	28	23	8	39	1.83
19485332--19485542	27	7.8	27	80	8	198	40	20	9	29	1.84
19485365--19485541	81	2.2	81	83	6	225	42	20	7	29	1.79
19485385--19485599	54	3.9	54	81	4	200	41	19	7	31	1.80
19485472--19485605	27	4.9	27	76	10	101	41	18	7	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19485659--19485719	27	2.3	27	79	0	68	37	16	22	22	1.93
19486530--19486595	25	2.6	25	90	4	98	25	25	24	24	2.00
19486819--19486963	31	4.7	31	87	1	204	30	15	23	30	1.96
19489231--19489427	27	7.3	27	85	3	245	28	25	8	37	1.85
19489231--19489427	80	2.5	80	90	2	297	28	25	8	37	1.85
19489459--19489690	27	8.6	27	88	3	290	40	20	9	29	1.83
19489668--19489753	27	3.1	27	76	17	86	39	15	9	36	1.79
19489807--19489867	27	2.3	27	82	0	77	39	16	21	22	1.92
19490945--19491058	31	3.7	31	92	2	187	28	17	25	28	1.98
19492689--19492750	30	2.1	30	87	6	90	27	19	17	35	1.94
19499051--19499221	43	4.0	42	78	7	173	30	25	18	25	1.98
19515732--19515761	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
19527574--19527607	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
19531158--19531205	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
19535893--19536068	96	1.8	96	81	2	219	23	28	19	28	1.98
19535891--19536128	48	5.0	48	79	1	181	24	27	19	28	1.99
19543528--19543704	48	3.7	48	81	6	171	23	28	19	28	1.98
19543528--19543758	48	4.8	48	79	5	139	25	28	19	27	1.99
19546132--19546254	46	2.6	47	81	11	137	31	19	26	22	1.98
19546136--19546345	47	4.5	47	75	12	130	30	19	27	23	1.98
19551469--19551649	98	1.9	97	82	3	229	22	29	20	27	1.98
19551662--19551883	94	2.3	96	86	2	304	24	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19551662--19551883	48	4.6	48	85	2	304	24	26	18	31	1.97
19552529--19552568	20	2.0	21	85	5	55	37	20	0	42	1.52
19555890--19555983	47	2.0	47	97	0	179	39	4	8	47	1.53
19556403--19556456	16	3.4	16	78	0	54	33	11	0	55	1.35
19556414--19556474	16	3.9	16	76	8	54	32	8	0	59	1.27
19558083--19558124	22	1.9	22	90	9	68	42	4	16	35	1.69
19561359--19561390	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
19562410--19562492	32	2.7	32	85	7	100	43	2	1	53	1.21
19564795--19564913	46	2.6	44	84	7	141	29	18	29	22	1.97
19569192--19569278	43	2.0	43	85	12	117	22	18	29	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332