genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  193  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64375834--64376177	172	2.0	172	84	3	442	35	20	18	25	1.95
64383187--64383322	46	3.0	45	84	3	182	23	4	22	50	1.67
64386176--64386216	16	2.5	17	92	4	66	56	0	7	36	1.27
64394136--64394258	47	2.7	44	81	12	140	28	18	30	22	1.98
64394367--64394488	49	2.5	49	78	6	133	25	18	30	26	1.98
64413374--64413445	36	2.0	36	100	0	144	38	19	22	19	1.93
64421531--64421776	49	4.9	50	84	2	316	26	19	26	28	1.98
64426708--64427122	47	8.7	47	92	3	663	32	8	30	28	1.87
64426708--64427122	97	4.4	94	92	3	663	32	8	30	28	1.87
64426708--64427122	144	2.9	142	92	3	653	32	8	30	28	1.87
64427241--64427319	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
64429175--64429709	79	6.7	80	88	3	389	24	21	28	25	1.99
64429175--64429726	119	4.6	120	87	3	629	24	21	28	25	1.99
64429254--64429726	159	3.0	159	88	2	648	24	21	28	25	1.99
64429175--64429713	40	13.6	40	88	3	621	24	21	28	25	1.99
64432202--64432567	47	7.7	47	94	1	599	32	8	30	28	1.87
64432686--64432764	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
64435960--64436219	40	6.6	40	82	6	298	24	27	23	25	2.00
64435960--64436219	80	3.3	80	85	4	330	24	27	23	25	2.00
64436815--64436901	38	2.3	38	95	0	156	29	25	16	28	1.96
64445109--64445348	50	4.8	50	79	1	257	29	23	19	27	1.98
64445700--64446013	157	2.0	157	91	2	515	35	17	9	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64452852--64453074	50	4.5	50	80	2	234	30	26	17	26	1.97
64462059--64462282	46	4.7	47	74	10	145	26	19	29	25	1.99
64462059--64462228	46	3.6	46	79	8	148	27	18	29	25	1.98
64468212--64468376	40	4.2	40	91	0	251	28	26	21	23	1.99
64476156--64476320	40	4.2	40	90	2	253	27	26	22	23	1.99
64476156--64476327	79	2.2	80	88	6	262	27	26	22	23	1.99
64480319--64480397	32	2.4	33	79	10	99	30	27	18	22	1.98
64490942--64491125	40	4.6	40	82	6	221	25	23	26	24	2.00
64490942--64491125	80	2.3	80	86	3	246	25	23	26	24	2.00
64493499--64493662	46	3.5	44	79	12	152	27	18	29	23	1.98
64493631--64493810	48	3.8	46	73	14	150	26	20	27	26	1.99
64494752--64494832	42	2.0	41	83	13	105	24	23	37	14	1.93
64501646--64501690	21	2.2	20	84	4	54	46	2	2	48	1.26
64505228--64505393	48	3.5	47	77	3	163	28	16	27	27	1.97
64508346--64508658	46	6.7	47	73	15	258	23	19	27	29	1.98
64508346--64508665	93	3.4	93	93	0	541	23	19	27	29	1.98
64510524--64510575	17	3.0	17	73	21	54	75	0	15	9	1.05
64510590--64510675	18	4.7	17	68	22	50	55	3	29	11	1.52
64515553--64515616	31	2.1	31	93	0	110	53	10	18	17	1.72
64517093--64517137	23	2.0	23	91	4	74	62	2	0	35	1.08
64521270--64521325	2	28.0	2	92	0	94	50	3	46	0	1.19
64523722--64523835	60	1.9	60	89	3	176	35	19	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64525601--64525650	25	2.0	25	100	0	100	16	24	16	44	1.86
64527508--64527565	29	2.0	29	93	0	98	34	5	5	55	1.45
64527640--64527695	29	1.9	29	82	7	69	53	5	16	25	1.63
64528538--64528811	46	6.0	46	91	0	406	21	24	15	38	1.92
64531179--64531246	29	2.3	30	87	5	93	29	17	5	47	1.71
64532670--64532714	22	2.0	23	87	12	67	24	24	6	44	1.77
64532913--64532947	17	2.1	17	100	0	70	31	11	11	45	1.76
64533614--64533887	46	6.0	46	91	0	415	22	25	14	38	1.91
64536878--64536935	24	2.4	25	79	5	64	44	0	1	53	1.10
64536925--64536960	18	1.9	19	88	5	56	36	0	8	55	1.30
64539179--64539203	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
64540137--64540177	19	2.2	18	86	4	55	51	4	0	43	1.23
64544590--64544638	20	2.5	20	86	0	62	38	8	24	28	1.84
64549482--64549671	95	2.0	95	97	0	362	32	15	23	28	1.95
64551024--64551250	70	3.2	70	76	6	172	33	20	17	28	1.95
64553927--64554005	25	3.3	25	64	10	74	32	3	29	34	1.75
64553880--64554486	47	12.7	47	94	1	991	32	8	29	29	1.87
64553901--64554486	145	4.1	143	94	2	1000	32	8	29	29	1.87
64554605--64554683	37	2.1	37	88	4	115	22	18	32	25	1.97
64557496--64557539	23	1.9	23	95	0	79	31	31	13	22	1.93
64561478--64561549	37	1.9	37	83	13	94	37	2	1	58	1.21
64561576--64561609	9	4.0	9	85	14	54	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64561569--64561636	21	3.4	21	72	25	74	55	0	1	42	1.08
64561695--64561780	28	3.0	28	98	1	163	40	0	3	55	1.17
64566313--64566404	40	2.3	40	83	7	107	25	26	19	29	1.99
64567059--64567087	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
64567751--64567855	53	2.1	52	83	7	135	45	5	2	45	1.41
64573773--64574039	43	6.3	43	79	6	240	30	15	20	33	1.94
64574175--64574373	50	4.0	50	82	5	213	24	18	27	29	1.98
64583992--64584235	48	5.0	48	92	1	371	36	6	27	29	1.83
64584376--64584478	37	2.8	37	95	0	188	24	20	31	24	1.98
64585118--64585150	14	2.4	14	100	0	66	18	9	12	60	1.57
64586595--64586772	40	4.5	40	90	3	263	24	28	23	23	1.99
64594976--64595238	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
64599435--64599542	44	2.5	42	81	10	128	25	15	23	35	1.94
64599435--64599604	43	4.0	43	78	14	138	25	16	24	33	1.96
64609041--64609095	27	2.0	27	96	0	101	32	30	7	29	1.84
64626723--64626957	40	5.9	40	91	1	366	23	20	27	28	1.99
64626773--64626879	23	5.2	22	60	25	54	25	21	27	26	1.99
64626997--64627182	29	6.5	28	73	9	135	22	15	29	32	1.94
64626967--64627189	57	3.9	57	88	0	302	23	16	28	31	1.96
64627026--64627179	28	5.4	27	77	9	155	22	14	29	34	1.93
64626967--64627179	114	1.9	114	91	0	354	22	16	29	31	1.96
64638066--64638165	51	2.0	51	84	7	132	23	17	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64651492--64651523	14	2.3	14	100	0	64	34	31	6	28	1.82
64651617--64651729	39	2.9	39	80	5	138	46	16	3	32	1.64
64653609--64653763	42	3.7	42	85	5	197	25	18	27	29	1.98
64657728--64658014	94	3.1	92	76	14	264	33	11	26	27	1.92
64657764--64658051	47	6.1	47	95	0	504	34	11	28	26	1.91
64657764--64658091	141	2.3	141	89	2	462	33	11	28	25	1.92
64658075--64658251	96	1.8	96	93	0	309	34	10	32	22	1.88
64658075--64658251	46	3.8	46	90	5	273	34	10	32	22	1.88
64660339--64660381	19	2.2	20	91	4	70	46	4	2	46	1.36
64673304--64673374	35	2.0	35	100	0	142	30	18	25	25	1.98
64682714--64683744	47	21.6	47	92	3	1573	33	8	29	28	1.87
64682714--64683744	143	7.2	143	93	2	1707	33	8	29	28	1.87
64683042--64683124	27	3.3	27	61	22	70	34	4	27	32	1.78
64683453--64683528	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
64686000--64686317	79	4.0	80	92	2	491	24	21	28	25	1.99
64686000--64686317	40	8.1	40	92	1	482	24	21	28	25	1.99
64686004--64686317	119	2.6	119	91	1	488	24	21	28	25	1.99
64689719--64690217	47	10.6	49	89	6	725	33	8	28	29	1.86
64689719--64690217	142	3.5	143	92	3	807	33	8	28	29	1.86
64695066--64695169	53	2.0	53	94	0	181	39	15	14	30	1.87
64696202--64696379	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
64696202--64696379	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64704099--64704276	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
64704099--64704276	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
64706736--64706775	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
64710801--64710840	20	2.0	20	100	0	80	10	30	10	50	1.69
64714904--64714935	16	2.0	16	100	0	64	6	25	31	37	1.81
64715770--64715984	46	4.6	45	74	10	155	24	28	19	27	1.98
64720180--64720356	39	4.5	39	81	0	183	42	20	7	28	1.79
64723587--64723689	27	3.8	26	74	3	71	27	18	18	35	1.94
64723917--64723951	17	2.0	18	88	5	54	20	40	28	11	1.87
64730660--64730835	46	3.8	46	76	12	189	21	21	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332