genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60093822--60094140	47	6.7	47	93	2	505	28	30	8	32	1.87
60093822--60094140	143	2.3	143	91	3	513	28	30	8	32	1.87
60100155--60100189	15	2.3	15	85	0	52	14	11	31	42	1.81
60106035--60106207	46	3.8	43	74	14	150	22	19	27	30	1.98
60106029--60106200	93	1.8	93	87	2	256	22	19	28	29	1.98
60120643--60120716	30	2.5	30	82	8	89	29	14	25	29	1.95
60120635--60120723	29	3.1	29	79	7	101	30	14	25	29	1.95
60120635--60120754	59	2.1	58	83	7	147	30	13	26	30	1.94
60131265--60131326	30	2.1	30	100	0	124	25	16	22	35	1.94
60136299--60136347	26	1.9	26	87	4	73	53	0	0	46	1.00
60136294--60136333	19	2.2	19	86	4	55	45	0	0	55	0.99
60136339--60136398	20	3.2	19	77	9	61	40	3	3	53	1.34
60136704--60136795	46	2.0	46	100	0	184	43	10	17	28	1.82
60140757--60140850	27	3.5	27	83	0	98	23	22	25	28	1.99
60140757--60140875	27	4.4	27	78	4	96	23	21	28	26	1.99
60144185--60144361	49	3.6	49	76	5	153	23	26	22	27	1.99
60147107--60147222	42	2.8	42	82	5	128	28	27	18	25	1.98
60151397--60151747	49	7.5	48	74	12	228	25	27	18	28	1.98
60151529--60151747	46	4.7	46	80	5	224	24	27	18	29	1.98
60151537--60151750	93	2.3	94	85	2	279	24	27	18	28	1.98
60154114--60154261	46	3.2	46	76	15	142	27	18	31	22	1.97
60166219--60166480	43	6.1	43	90	0	411	31	32	23	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60166452--60166575	38	3.2	38	86	2	149	29	27	21	21	1.99
60170603--60170635	16	2.1	16	100	0	66	24	12	36	27	1.91
60171370--60171468	33	3.0	33	75	0	108	27	14	43	15	1.85
60171376--60171526	66	2.3	66	80	6	155	28	11	41	17	1.85
60183830--60183863	16	2.2	16	94	5	61	67	5	0	26	1.13
60184277--60184395	60	2.0	60	93	0	202	53	12	0	32	1.44
60184291--60184417	60	2.1	60	85	2	175	57	11	0	30	1.39
60184599--60184626	13	2.2	13	100	0	56	0	35	0	64	0.94
60185566--60185627	30	2.1	30	90	0	97	24	4	12	58	1.54
60186766--60188937	600	3.6	601	83	7	2624	39	11	14	33	1.83
60189063--60189106	23	1.9	23	85	0	61	54	27	6	11	1.61
60192239--60192480	50	4.9	49	80	11	242	30	25	17	26	1.97
60192242--60192480	101	2.4	99	84	5	286	30	25	17	25	1.98
60199989--60200187	6	32.3	6	74	16	167	48	14	18	18	1.81
60199989--60200187	19	10.8	18	73	16	104	48	14	18	18	1.81
60199989--60200184	25	7.9	25	79	10	160	48	14	18	18	1.81
60200012--60200187	37	4.6	37	76	17	137	48	14	18	18	1.81
60200015--60200187	62	2.8	62	92	0	292	47	15	18	18	1.82
60200022--60200187	19	8.6	19	74	20	132	48	15	18	18	1.82
60200306--60200365	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
60200404--60200455	27	2.0	26	84	3	68	38	17	23	21	1.93
60200700--60201004	27	11.3	27	88	1	414	25	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60200905--60201084	27	6.7	27	85	1	132	28	14	21	36	1.92
60203882--60204002	46	2.6	47	90	1	190	34	11	28	25	1.91
60203933--60204262	48	6.8	48	87	5	434	36	7	26	30	1.83
60203933--60204259	98	3.4	98	91	2	502	36	7	26	29	1.84
60204409--60204553	37	3.9	37	92	0	245	24	17	31	26	1.97
60206206--60206381	46	3.8	46	78	12	198	20	18	30	30	1.97
60206203--60206373	93	1.8	93	92	2	290	20	19	30	29	1.97
60209979--60210003	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
60211116--60211280	43	3.8	44	72	15	155	23	16	28	30	1.97
60211415--60211477	31	2.0	31	96	0	117	44	3	20	31	1.67
60218396--60218560	39	4.3	39	85	8	216	26	27	21	24	2.00
60229027--60229199	40	4.3	40	92	3	269	27	27	21	23	1.99
60229027--60229250	80	2.8	80	85	6	285	26	27	21	24	1.99
60234760--60234784	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
60242385--60242504	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
60243962--60244560	47	12.6	47	94	2	873	34	9	29	27	1.88
60253151--60253306	27	5.8	27	90	1	206	28	24	7	39	1.83
60253142--60253334	81	2.4	81	80	1	217	31	23	7	37	1.83
60253299--60253387	28	3.2	28	90	4	128	42	17	7	31	1.78
60253396--60253487	27	3.4	27	87	0	121	26	20	9	43	1.83
60253519--60253615	27	3.6	27	78	8	108	42	21	8	27	1.81
60253519--60253631	27	4.2	27	76	6	104	42	21	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60253539--60253661	54	2.3	54	81	0	129	39	18	8	33	1.82
60253690--60253763	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
60254474--60254560	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
60254610--60254746	26	5.3	26	88	4	192	29	19	22	27	1.98
60254879--60254970	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
60257289--60257589	27	11.1	27	79	7	171	32	21	7	38	1.82
60257281--60257409	53	2.4	54	85	3	181	29	25	6	37	1.82
60257396--60257521	28	4.6	27	82	3	135	38	19	8	32	1.83
60257396--60257521	55	2.3	55	80	5	139	38	19	8	32	1.83
60257396--60257774	27	14.0	27	76	5	201	36	20	9	33	1.85
60257402--60257754	81	4.3	80	72	8	223	37	20	9	33	1.85
60258534--60258620	20	4.3	20	91	2	131	41	10	17	31	1.83
60258670--60258805	26	5.3	26	85	3	181	27	22	23	26	1.99
60258670--60258800	52	2.6	51	91	4	214	28	22	22	26	1.99
60258938--60259029	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
60276510--60276602	38	2.4	39	85	1	125	41	9	9	38	1.71
60283500--60283530	15	2.1	15	94	5	55	12	22	0	64	1.27
60283575--60283614	21	1.9	21	94	0	71	2	20	2	75	1.04
60283574--60283621	21	2.2	21	85	3	69	2	22	2	72	1.05
60285627--60286679	527	2.0	527	98	0	2029	32	16	16	35	1.91
60296470--60296567	40	2.5	40	79	3	108	30	12	24	32	1.92
60299171--60299293	47	2.6	46	78	15	128	23	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60304363--60304487	46	2.7	46	85	2	153	29	19	28	22	1.98
60304554--60304677	49	2.5	49	79	7	135	29	21	25	23	1.99
60305022--60305089	34	2.0	34	97	0	127	16	30	5	47	1.70
60311340--60311421	29	2.7	30	81	12	87	23	29	19	28	1.98
60311656--60311738	25	3.4	24	85	8	96	24	22	22	30	1.99
60311669--60311738	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
60311941--60312157	27	8.0	27	88	2	319	25	20	18	35	1.96
60312148--60312367	27	8.2	27	76	11	166	31	7	21	39	1.82
60312160--60312367	54	3.9	54	76	6	188	32	7	21	38	1.82
60312176--60312367	81	2.4	81	81	3	217	31	7	21	39	1.81
60312345--60312475	27	4.9	27	83	0	172	38	6	22	32	1.79
60312318--60312470	54	2.8	54	86	2	182	38	5	21	34	1.76
60312434--60312517	42	2.0	42	88	0	123	39	5	23	30	1.79
60312476--60312555	27	3.0	27	88	0	124	41	7	22	28	1.81
60312476--60312569	27	3.5	27	83	0	116	40	7	23	28	1.81
60321890--60322113	47	4.8	47	84	11	218	21	20	29	29	1.98
60321888--60322059	47	3.7	47	89	8	246	22	20	29	28	1.98
60324512--60324652	44	3.3	43	80	7	144	31	24	19	24	1.98
60330094--60330147	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
60330394--60330639	49	5.0	49	77	3	240	25	18	26	29	1.98
60336576--60336629	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
60336882--60337120	49	4.8	50	81	2	275	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60336882--60337120	100	2.4	100	82	2	293	26	19	25	28	1.99
60342811--60342837	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
60347344--60347492	40	3.7	40	89	3	228	24	26	22	25	2.00
60354052--60354093	18	2.3	18	87	0	57	28	16	14	40	1.88
60354249--60354278	6	5.0	6	91	0	51	50	13	16	20	1.78
60354241--60354278	12	3.2	12	88	0	58	47	13	18	21	1.82
60355142--60355178	19	1.9	19	94	0	65	0	29	0	70	0.88
60355169--60355249	33	2.4	33	89	6	119	1	35	8	54	1.39
60361897--60362049	43	3.6	43	77	8	123	33	26	16	24	1.96
60367230--60367280	24	2.1	24	88	0	75	58	9	15	15	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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