genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  57  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16949104--16949425	46	6.8	49	76	10	242	24	30	18	26	1.98
16950804--16950966	39	4.2	39	91	0	254	26	28	22	22	1.99
16950786--16950964	78	2.3	78	86	0	214	26	29	22	22	1.99
16956246--16956312	35	1.9	35	96	0	125	19	10	25	44	1.82
16956988--16957033	24	2.0	23	86	4	65	10	2	41	45	1.51
16959694--16959776	33	2.5	34	88	3	116	43	6	4	45	1.49
16960437--16960482	24	2.0	24	86	4	67	34	8	8	47	1.65
16960443--16960494	24	2.2	24	89	3	79	32	9	9	48	1.69
16970031--16970093	17	3.6	17	82	4	72	30	30	23	15	1.96
16971554--16971637	40	2.1	40	84	4	107	35	25	15	23	1.94
16972832--16972888	17	3.4	16	78	9	60	29	31	19	19	1.96
16993630--16993690	17	3.6	17	80	12	72	29	36	22	11	1.90
17010602--17010695	43	2.2	42	79	7	100	29	27	14	27	1.96
17012719--17012890	93	1.8	93	93	0	299	28	28	21	21	1.99
17012712--17012887	46	3.8	46	79	10	205	29	28	21	21	1.98
17014954--17015036	43	1.9	43	97	0	157	32	10	16	39	1.84
17030688--17030738	19	2.7	19	84	6	68	49	17	23	9	1.77
17033420--17033458	6	6.5	6	84	0	51	12	7	0	79	0.93
17033419--17033478	24	2.5	23	79	15	59	16	6	0	76	0.99
17038829--17038867	20	1.9	20	84	5	51	35	7	10	46	1.67
17057682--17057741	27	2.2	27	82	5	68	26	15	25	33	1.95
17061797--17061868	32	2.2	32	92	0	117	26	13	26	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17063566--17063758	6	31.3	6	70	16	119	49	13	17	19	1.80
17063595--17063758	62	2.6	62	90	0	256	48	14	17	19	1.80
17063654--17063736	37	2.2	37	84	0	112	46	15	18	19	1.83
17063595--17063758	25	6.6	25	80	8	110	48	14	17	19	1.80
17064173--17064477	27	11.3	27	80	6	287	24	18	19	37	1.93
17064177--17064475	81	3.7	80	88	2	397	25	18	18	37	1.94
17064459--17064667	27	7.7	26	80	8	118	32	6	21	39	1.79
17064162--17064504	108	3.2	107	76	7	268	26	16	19	36	1.93
17064498--17064656	54	2.9	54	77	5	153	31	8	20	40	1.81
17064507--17064685	81	2.2	81	81	5	193	31	8	21	39	1.83
17064568--17064686	27	4.4	27	93	2	186	30	7	21	40	1.81
17067763--17067804	20	2.0	21	95	4	77	21	26	4	47	1.70
17068944--17069013	31	2.2	32	92	2	115	22	14	31	31	1.94
17071586--17071711	46	2.7	46	95	0	216	20	20	26	31	1.98
17073926--17074037	24	4.6	24	78	4	109	25	31	16	25	1.97
17073926--17074037	49	2.3	48	83	4	127	25	31	16	25	1.97
17076580--17076750	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98
17076572--17076747	46	3.8	46	79	12	207	29	28	19	21	1.98
17079180--17079221	14	3.0	14	80	19	52	16	19	0	64	1.30
17083084--17083123	20	2.0	20	85	0	53	37	20	0	42	1.52
17083373--17083505	55	2.5	53	81	4	160	22	24	19	33	1.97
17083373--17083569	55	3.6	52	76	10	157	22	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17085686--17085887	40	5.1	40	89	3	275	27	28	21	22	1.99
17093808--17094011	40	5.1	40	91	4	297	26	27	23	22	2.00
17121414--17121564	40	3.8	40	86	2	189	23	28	24	23	2.00
17127838--17127949	29	3.9	29	75	5	102	25	31	15	28	1.95
17132250--17132368	29	4.2	30	81	8	133	24	29	13	32	1.93
17132252--17132364	58	2.0	57	85	5	156	23	30	14	32	1.94
17132571--17132621	8	6.4	8	77	6	50	7	19	19	52	1.70
17132571--17132621	24	2.1	24	85	0	66	7	19	19	52	1.70
17133844--17133876	16	2.1	16	100	0	66	12	6	33	48	1.65
17145195--17145235	18	2.2	19	87	12	59	68	7	19	4	1.32
17148086--17148159	16	4.7	15	74	12	53	63	5	5	25	1.37
17148107--17148146	22	2.0	21	85	14	57	62	5	10	22	1.46
17150032--17150290	27	9.6	27	85	0	340	40	20	8	30	1.82
17150022--17150361	54	6.3	54	84	3	400	39	21	8	30	1.84
17150032--17150360	81	4.1	80	81	6	326	39	20	8	30	1.83
17150032--17150361	27	12.3	27	77	11	268	39	21	8	30	1.83
17150339--17150667	27	12.2	27	86	1	381	31	21	6	41	1.77
17150339--17150667	54	6.1	54	88	1	435	31	21	6	41	1.77
17150904--17150954	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
17151078--17151167	6	14.7	6	72	17	69	18	16	15	48	1.81
17151086--17151153	31	2.2	31	89	0	100	19	19	14	47	1.83
17156666--17156692	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17165251--17165660	49	8.6	49	93	2	644	32	8	29	29	1.86
17167792--17167866	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
17167920--17168061	40	3.6	40	93	0	232	23	21	29	26	1.99
17168046--17168077	16	2.0	16	100	0	64	25	31	25	18	1.98
17167966--17168157	96	2.0	96	91	0	312	25	22	26	25	2.00
17167926--17168197	136	2.0	136	89	4	424	25	22	26	26	2.00
17168062--17168243	40	4.6	40	86	0	247	25	21	26	25	2.00
17171839--17172243	49	8.6	47	92	3	611	32	8	29	29	1.87
17174820--17174861	17	2.5	17	96	0	75	45	14	28	11	1.80
17187743--17187796	23	2.4	24	78	12	60	24	27	7	40	1.81
17189144--17189210	6	11.3	6	93	3	109	17	1	0	80	0.79
17194888--17195111	50	4.5	50	89	0	340	39	25	16	18	1.91
17194888--17195178	25	11.6	25	76	1	260	39	25	16	19	1.91
17194888--17195178	100	2.9	99	84	3	325	39	25	16	19	1.91
17195325--17195435	41	2.7	41	81	0	150	26	27	23	22	1.99
17195705--17195943	27	8.9	27	81	6	191	31	9	17	40	1.82
17195703--17195935	54	4.3	54	78	4	220	31	9	18	40	1.82
17195684--17195935	81	3.1	80	77	6	249	30	9	19	40	1.83
17195925--17196007	27	3.1	27	84	3	114	34	20	13	31	1.91
17200136--17200186	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
17200239--17200290	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
17200057--17200322	103	2.6	104	93	1	446	18	20	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17207378--17207645	105	2.6	104	91	3	448	18	20	30	29	1.96
17211231--17211332	20	4.9	20	76	9	96	45	23	16	14	1.85
17211231--17211341	42	2.6	42	85	0	150	45	23	17	14	1.85
17219708--17219832	23	5.3	23	77	17	80	27	20	16	36	1.94
17219723--17219833	23	4.8	24	81	15	112	26	20	16	36	1.93
17219723--17219832	45	2.4	46	84	6	134	26	20	16	36	1.94
17222525--17222577	26	2.0	26	100	0	106	50	3	7	37	1.49
17223108--17223151	11	3.6	12	82	11	54	27	2	13	56	1.49
17227105--17227230	27	4.7	28	79	4	136	40	22	7	30	1.80
17227186--17227435	27	9.3	27	86	3	263	37	20	18	24	1.94
17227105--17227436	54	6.2	55	78	9	258	37	20	15	26	1.92
17227546--17227610	11	6.1	11	75	7	62	35	13	15	35	1.87
17227548--17227596	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
17228653--17228686	9	3.7	9	88	7	50	0	0	14	85	0.60
17230893--17231196	27	11.3	27	89	0	383	26	20	17	35	1.95
17230893--17231196	81	3.8	81	88	1	430	26	20	17	35	1.95
17231178--17231441	27	9.7	27	78	3	190	32	8	20	38	1.83
17231235--17231441	82	2.5	81	80	5	213	29	9	21	39	1.84
17233040--17233109	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
17233314--17233528	27	8.0	27	86	2	261	25	20	18	35	1.95
17233315--17233528	81	2.6	81	89	1	313	25	20	18	35	1.95
17233521--17233740	54	4.1	54	82	2	228	31	9	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17233533--17233929	27	14.7	27	84	6	173	36	9	20	33	1.85
17233519--17233740	81	2.8	81	80	6	245	31	9	19	39	1.83
17233584--17233767	81	2.3	81	81	5	194	32	8	21	37	1.84
17233719--17233942	27	8.3	27	94	0	358	40	9	21	28	1.84
17239363--17239413	21	2.4	21	86	0	66	39	11	19	29	1.87
17239459--17239543	25	3.4	25	88	1	118	28	22	22	27	1.99
17239459--17239557	25	4.0	24	86	2	108	27	23	22	27	1.99
17239749--17239831	31	2.7	31	88	3	125	28	18	25	27	1.98
17251171--17251233	26	2.4	25	82	10	72	19	25	23	31	1.98
17255689--17255788	50	2.0	50	96	0	182	28	20	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332