genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  232  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76905114--76905333	40	5.4	40	85	6	284	25	25	25	24	2.00
76905114--76905333	83	2.7	79	86	5	282	25	25	25	24	2.00
76912434--76912506	24	3.0	23	84	11	76	23	20	20	35	1.96
76914009--76914128	59	2.0	59	82	3	143	47	5	16	30	1.70
76918320--76918358	14	2.8	14	92	0	60	41	7	17	33	1.79
76918804--76918857	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
76918890--76918925	16	2.2	17	90	9	58	36	0	2	61	1.11
76918885--76918931	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
76921856--76922040	40	4.6	40	77	6	203	23	27	23	25	2.00
76922636--76922760	38	3.3	38	97	0	232	30	25	16	28	1.96
76929428--76929687	40	6.6	40	78	7	255	25	27	23	23	2.00
76930327--76930368	20	2.1	20	95	0	75	38	26	7	28	1.82
76932287--76932448	43	3.8	42	76	9	148	32	21	17	28	1.96
76941010--76941067	27	2.1	28	90	3	91	37	13	18	29	1.90
76949734--76949789	27	2.1	27	100	0	112	32	10	7	50	1.64
76950091--76950271	48	3.8	47	78	10	197	25	20	30	23	1.99
76956331--76956669	50	6.9	50	82	4	393	29	17	30	23	1.97
76960838--76960901	27	2.4	27	89	5	94	37	12	17	32	1.87
76961313--76961381	27	2.6	27	85	0	84	21	20	17	40	1.91
76963664--76963720	25	2.3	24	90	6	87	36	3	36	22	1.72
76965120--76965231	27	4.2	27	88	1	154	15	23	22	39	1.91
76967733--76967889	48	3.3	48	84	4	228	24	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76967733--76967941	94	2.2	93	88	5	296	24	25	18	31	1.98
76975821--76975912	27	3.5	26	72	12	89	32	17	19	30	1.95
76975771--76975928	53	3.0	53	90	5	223	31	16	18	34	1.93
76975790--76975917	26	4.8	26	67	17	77	31	15	18	34	1.93
76975844--76975923	27	3.0	27	65	15	67	28	20	16	35	1.94
76976245--76976288	18	2.4	18	88	7	63	20	18	15	45	1.85
76981334--76981378	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
76983555--76983606	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
76984176--76984243	27	2.6	27	76	6	68	32	26	17	23	1.97
76984811--76984854	22	2.0	22	90	0	70	29	6	20	43	1.78
76984833--76985052	27	8.1	27	83	3	237	32	8	19	39	1.82
76985369--76985515	28	5.3	28	86	1	188	26	35	15	22	1.94
76985367--76985515	55	2.7	55	85	2	190	26	34	15	23	1.94
76988324--76988383	27	2.2	27	82	5	68	26	15	20	38	1.91
76988364--76988545	27	6.7	27	85	3	215	33	9	18	38	1.83
76988366--76988545	81	2.2	81	87	3	245	33	9	18	38	1.83
76988861--76989064	28	7.3	28	88	0	255	25	33	16	24	1.95
76993614--76993652	20	1.9	21	89	5	62	17	2	10	69	1.28
76994967--76995059	40	2.3	40	84	0	114	33	23	18	24	1.97
77000604--77000799	50	3.9	50	79	5	191	25	18	27	28	1.98
77003663--77003791	29	4.6	28	84	4	154	24	31	15	27	1.96
77003691--77003808	57	2.1	58	86	1	166	28	31	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77007958--77008035	29	2.7	29	89	0	111	28	33	14	24	1.94
77008268--77008302	8	4.4	8	88	0	52	5	22	20	51	1.68
77009524--77009553	8	3.8	8	90	0	51	13	0	30	56	1.37
77009526--77009557	9	3.8	9	84	16	50	9	0	34	56	1.32
77009524--77009556	16	2.1	16	100	0	66	12	0	33	54	1.37
77011757--77011977	40	5.5	39	80	3	212	25	25	22	26	2.00
77019814--77020034	40	5.6	40	83	2	259	24	26	23	25	2.00
77031202--77031244	20	2.2	20	95	0	77	30	4	16	48	1.66
77033088--77033183	42	2.3	42	92	0	156	28	22	16	32	1.96
77041609--77041653	20	2.3	19	80	3	54	28	28	15	26	1.96
77048613--77048730	42	2.8	43	77	5	132	28	25	19	26	1.99
77050417--77050486	34	2.1	34	100	0	140	34	14	18	32	1.91
77054947--77055025	40	2.0	40	94	0	140	39	16	5	39	1.71
77064745--77064866	43	2.9	42	84	4	156	31	18	24	26	1.97
77077637--77077690	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
77091302--77091340	18	2.1	19	85	4	53	23	38	28	10	1.87
77093696--77093791	42	2.3	43	83	5	124	31	21	17	29	1.96
77093696--77093799	43	2.4	43	79	9	115	33	21	16	28	1.95
77098580--77098675	29	3.3	29	86	0	147	30	26	14	29	1.95
77098887--77098923	16	2.3	16	95	0	65	5	21	24	48	1.71
77100678--77100772	28	3.4	28	89	2	129	27	12	27	32	1.93
77100706--77100788	27	3.0	27	85	5	78	30	13	24	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77104931--77104998	24	2.7	25	81	4	75	25	23	19	32	1.97
77105202--77105256	19	2.8	19	73	10	58	34	5	20	40	1.75
77115401--77115541	27	5.2	27	81	6	162	36	22	22	18	1.95
77115401--77115538	54	2.6	54	90	2	224	36	22	22	18	1.95
77115647--77115720	28	2.8	26	85	4	85	31	8	22	37	1.84
77117156--77117263	26	4.2	26	92	0	180	35	24	7	33	1.83
77123180--77123204	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
77128444--77128621	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
77128450--77128621	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
77128477--77128654	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
77135925--77136147	39	5.7	40	82	8	242	25	21	27	25	1.99
77135925--77136180	118	2.2	119	79	6	263	26	21	27	24	1.99
77136005--77136180	79	2.3	79	82	5	198	25	21	28	24	1.99
77143051--77143129	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
77143248--77143470	47	4.7	47	88	1	304	27	30	9	32	1.88
77149196--77149346	27	5.6	27	78	5	92	41	19	8	29	1.81
77149221--77149506	27	10.7	26	82	4	286	40	20	9	29	1.83
77149304--77149560	80	3.2	80	80	8	290	39	18	10	30	1.85
77149486--77149570	27	3.1	27	91	0	143	36	14	16	32	1.89
77149830--77149950	41	3.0	41	81	4	154	22	19	29	28	1.98
77150098--77150156	22	2.7	22	78	5	57	22	27	18	32	1.97
77151155--77151193	16	2.4	16	95	0	69	48	17	10	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77152140--77152319	98	1.8	98	84	2	245	25	11	32	31	1.90
77162399--77162506	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
77164102--77164213	27	4.1	27	82	3	118	16	25	23	34	1.95
77164102--77164213	54	2.1	54	86	3	154	16	25	23	34	1.95
77169414--77169521	26	4.2	26	93	0	189	31	6	25	37	1.81
77171116--77171227	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
77171116--77171227	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
77173861--77174044	40	4.6	40	80	10	207	25	28	22	23	1.99
77173861--77174045	79	2.3	81	81	8	218	25	28	22	23	1.99
77181924--77182106	40	4.6	40	79	6	185	26	27	21	24	1.99
77181926--77182106	79	2.3	81	80	7	201	26	27	21	24	1.99
77186788--77186845	27	2.2	26	82	14	66	22	43	0	34	1.54
77193993--77194040	25	1.9	25	86	0	69	39	16	20	22	1.92
77200001--77200025	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
77200943--77201098	81	1.9	81	90	3	253	28	7	15	48	1.73
77201215--77201298	44	1.9	44	90	2	134	21	19	28	30	1.97
77202965--77203010	22	2.1	22	100	0	92	39	8	19	32	1.82
77206127--77206199	24	3.2	24	64	25	66	20	16	27	35	1.94
77208952--77208994	15	2.9	15	79	10	52	11	16	13	58	1.64
77220810--77220978	40	4.3	39	89	5	254	27	28	20	24	1.99
77220810--77221022	40	5.7	38	85	9	253	26	28	21	23	1.99
77227513--77227724	40	5.3	40	93	1	338	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77238314--77238602	40	7.3	39	80	7	334	27	28	19	24	1.99
77238314--77238598	78	3.6	78	93	2	464	27	28	20	23	1.99
77246043--77246237	40	4.9	40	79	3	214	26	27	21	24	1.99
77246043--77246234	80	2.4	80	94	0	339	26	28	21	24	1.99
77263488--77263613	44	2.9	43	81	10	125	23	16	26	34	1.95
77268289--77268318	15	2.1	14	93	6	51	23	0	3	73	0.98
77282067--77282220	49	3.3	47	78	8	161	26	20	28	24	1.99
77286727--77286770	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
77295071--77295101	16	1.9	16	93	0	53	45	6	6	41	1.55
77309651--77309684	15	2.3	15	94	0	59	32	14	14	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332