genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22599751--22599946	81	2.4	81	83	4	236	33	20	20	24	1.97
22603300--22603487	40	4.7	40	86	3	263	24	21	27	26	1.99
22603300--22603519	80	2.8	80	82	6	270	25	21	26	25	2.00
22608955--22609129	49	3.6	48	75	5	147	24	25	20	29	1.99
22608955--22609131	98	1.8	97	83	3	239	24	25	19	29	1.99
22609149--22609317	92	1.8	92	83	5	223	24	26	17	31	1.97
22618681--22618782	44	2.3	44	93	3	170	27	19	23	29	1.98
22623140--22623311	93	1.8	93	96	0	317	28	29	20	20	1.98
22623133--22623308	46	3.8	46	79	12	216	29	29	20	20	1.98
22623726--22623786	30	2.0	30	83	0	77	29	18	8	44	1.78
22629275--22629497	39	5.7	40	82	5	231	25	28	21	25	1.99
22629275--22629497	79	2.8	78	79	5	243	25	28	21	25	1.99
22629429--22629506	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22633815--22633989	46	3.8	46	78	13	196	29	28	20	21	1.98
22633822--22633993	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
22640887--22640924	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
22641083--22641274	50	3.9	50	86	1	244	26	19	26	27	1.99
22642454--22642493	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
22645391--22645424	16	2.1	16	100	0	68	47	11	23	17	1.81
22651431--22651520	41	2.2	41	91	0	144	30	21	3	45	1.68
22654776--22654828	28	2.0	26	81	7	61	58	7	3	30	1.43
22655103--22655141	19	2.1	19	100	0	78	25	10	15	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657187--22657363	40	4.5	40	88	4	227	23	27	23	25	2.00
22657220--22657367	40	3.7	40	90	5	237	24	27	22	25	2.00
22657220--22657367	79	1.9	80	90	4	237	24	27	22	25	2.00
22664950--22665098	40	3.7	40	97	0	280	24	26	22	25	2.00
22664917--22665094	80	2.2	80	92	3	297	24	26	23	25	2.00
22684291--22684562	40	6.8	40	93	1	454	23	29	21	26	1.99
22684291--22684570	122	2.3	122	93	1	467	23	28	21	26	1.99
22692766--22693037	40	6.8	40	93	1	454	23	29	21	26	1.99
22692766--22693045	122	2.3	122	93	1	467	23	28	21	26	1.99
22695442--22695477	14	2.4	16	90	9	58	27	2	0	69	1.02
22695429--22695477	16	3.1	15	88	5	62	26	2	0	71	0.97
22701734--22701803	24	3.2	24	66	29	75	40	7	10	42	1.66
22701726--22701806	40	2.0	40	100	0	162	40	7	9	41	1.66
22702314--22702353	19	2.1	19	90	0	62	30	12	5	52	1.60
22706379--22706430	26	2.0	26	85	7	70	19	32	9	38	1.84
22713007--22713047	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
22722743--22722961	46	4.7	46	78	12	184	22	29	20	28	1.98
22722792--22722961	46	3.7	45	82	8	191	22	29	20	28	1.98
22733871--22733999	55	2.3	56	82	6	156	29	25	29	15	1.96
22740193--22740259	28	2.4	28	87	0	98	19	40	17	22	1.92
22741273--22741494	46	4.8	46	77	12	197	23	28	20	27	1.99
22741228--22741499	94	2.9	94	77	11	274	23	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22741228--22741496	46	5.8	45	74	13	174	23	28	19	28	1.98
22752062--22752101	11	3.6	11	79	0	53	20	12	10	57	1.63
22752326--22752359	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22758272--22758312	7	5.9	7	91	0	64	53	12	4	29	1.58
22758268--22758316	7	7.0	7	81	9	55	51	12	8	28	1.68
22770815--22770841	8	3.4	8	100	0	54	37	22	11	29	1.89
22773588--22773625	18	2.1	18	95	0	67	50	13	5	31	1.63
22773822--22773863	19	2.1	21	86	8	61	23	30	0	45	1.53
22775059--22775099	19	2.2	19	95	0	73	36	29	4	29	1.78
22778869--22779135	43	6.2	43	79	6	238	32	24	16	26	1.96
22778850--22779097	129	1.9	129	83	4	320	33	24	16	25	1.96
22778881--22779132	129	2.0	129	78	7	271	32	25	16	25	1.96
22781192--22781248	21	2.7	22	79	17	68	68	1	0	29	1.00
22784357--22784404	18	2.5	18	83	10	51	27	8	2	62	1.35
22784779--22784920	70	2.0	70	100	0	284	45	20	4	30	1.70
22784779--22784954	70	2.5	69	87	7	178	47	18	4	30	1.68
22789962--22790105	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
22791942--22792176	27	8.7	27	76	10	169	39	22	10	27	1.86
22791944--22792177	81	2.9	80	80	3	254	39	23	9	27	1.86
22791944--22792177	54	4.3	54	81	6	262	39	23	9	27	1.86
22792157--22792401	27	9.3	27	77	10	168	35	19	20	25	1.95
22792219--22792401	27	7.0	27	82	7	171	34	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22792539--22792625	27	3.3	27	81	1	104	21	19	19	39	1.93
22800103--22800182	42	1.9	42	97	0	151	36	26	13	23	1.92
22800264--22800359	43	2.2	43	88	0	147	31	15	21	31	1.95
22800445--22800596	38	4.0	37	81	4	135	30	19	17	32	1.95
22808157--22808319	42	3.9	42	84	1	209	30	24	15	29	1.96
22815003--22815187	43	4.7	38	80	11	167	26	28	21	23	1.99
22814973--22815193	40	5.6	40	80	7	245	26	28	21	24	1.99
22823354--22823538	40	4.6	40	80	5	194	25	28	21	23	1.99
22831489--22831535	24	2.0	24	86	0	67	31	40	10	17	1.83
22840861--22840899	3	13.0	3	94	0	69	35	0	30	33	1.58
22858710--22858755	24	1.9	24	86	0	65	26	21	15	36	1.93
22858953--22859019	20	3.5	19	74	6	64	32	5	20	40	1.77
22863420--22863498	20	4.1	20	74	23	71	54	0	6	39	1.26
22863459--22863495	18	2.1	18	89	0	56	56	0	8	35	1.29
22863420--22863536	10	11.8	10	69	23	54	54	0	5	38	1.31
22863903--22863958	29	1.9	29	85	7	78	69	0	3	26	1.04
22863979--22864026	19	2.6	18	81	15	53	31	2	0	66	1.03
22878366--22878408	20	2.1	22	87	12	65	30	0	2	67	1.03
22880646--22880710	14	4.6	14	82	0	58	21	13	6	58	1.57
22882748--22882923	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
22882745--22882916	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
22890786--22890936	27	5.6	27	82	4	178	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22890787--22890936	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	30	1.96
22897116--22897264	27	5.5	26	78	8	131	26	15	28	29	1.96
22897115--22897264	54	2.8	54	79	9	153	26	15	28	29	1.96
22901157--22901347	40	4.8	41	90	3	257	21	21	30	25	1.98
22909483--22909714	40	5.8	40	92	2	324	21	21	30	26	1.98
22909484--22909742	80	3.2	80	84	4	319	22	21	29	26	1.99
22913654--22913813	45	3.6	45	73	18	149	20	19	31	28	1.97
22913650--22913814	86	1.9	90	86	10	241	20	19	32	27	1.96
22916708--22916746	15	2.7	14	84	7	51	15	20	7	56	1.63
22919166--22919336	93	1.9	91	87	4	254	21	19	30	28	1.97
22919167--22919343	46	3.9	46	76	15	163	21	19	30	28	1.97
22924851--22924959	55	2.0	55	96	0	200	25	27	22	24	2.00
22927488--22927680	40	4.8	40	90	1	280	24	20	30	24	1.98
22927488--22927706	40	5.5	40	87	3	176	25	21	29	23	1.99
22933296--22933360	31	2.1	30	83	11	78	55	1	1	41	1.18
22937030--22937125	48	2.0	48	100	0	192	45	6	25	22	1.75
22942211--22942256	19	2.5	19	92	3	76	39	6	13	41	1.70
22943237--22943275	20	2.0	20	85	10	53	58	5	12	23	1.54
22954183--22954293	43	2.6	42	78	12	111	26	28	19	25	1.99
22959564--22959810	49	5.0	49	83	4	325	29	26	17	25	1.98
22959578--22959808	100	2.3	98	89	4	347	30	25	17	25	1.97
22960457--22960516	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22963262--22963420	39	4.1	39	91	0	237	25	29	22	22	1.99
22966721--22966759	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
22969506--22969732	49	4.6	49	80	4	240	30	25	17	25	1.97
22969506--22969732	100	2.3	98	81	5	251	30	25	17	25	1.97
22972346--22972417	33	2.1	34	82	2	83	27	26	22	23	1.99
22972379--22972440	28	2.3	27	75	5	70	29	27	24	19	1.98
22972559--22972613	23	2.4	23	96	0	92	40	21	20	18	1.92
22982078--22982172	47	2.0	47	100	0	190	31	12	12	43	1.80
22985640--22985688	23	2.1	23	88	0	71	22	30	18	28	1.97
22987159--22987248	22	4.0	22	73	12	67	45	17	8	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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