genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20933585--20933645	30	2.1	30	84	3	79	27	11	22	37	1.89
20933595--20933652	30	1.9	30	89	0	89	32	10	24	32	1.89
20934045--20934161	46	2.5	46	87	5	164	27	20	30	21	1.98
20937474--20937502	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
20942743--20942800	30	1.9	30	85	0	80	31	10	27	31	1.90
20943142--20943309	46	3.6	48	76	15	133	26	17	28	27	1.98
20945543--20945572	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
20953660--20953709	26	1.9	26	95	0	91	30	18	28	24	1.97
20956929--20956955	14	1.9	14	100	0	54	33	22	7	37	1.82
20960644--20960673	14	2.1	14	100	0	60	30	20	20	30	1.97
20961240--20961440	108	1.8	110	85	4	282	34	17	23	23	1.96
20961232--20961488	55	4.8	53	79	7	220	36	16	23	22	1.94
20961680--20961710	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
20968248--20968498	108	2.4	110	78	11	281	36	16	23	23	1.94
20968241--20968496	55	4.8	53	74	10	202	37	16	23	23	1.94
20968688--20968718	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
20978194--20978606	46	8.7	50	70	15	195	23	28	19	28	1.98
20978194--20978467	95	2.9	97	82	8	328	24	28	18	28	1.98
20985988--20986243	138	1.8	142	80	9	319	23	28	18	28	1.98
20987577--20987863	42	6.8	42	82	5	328	30	13	23	32	1.93
20987590--20987862	126	2.2	127	90	0	431	31	13	23	31	1.93
20987577--20987863	85	3.4	81	80	6	297	30	13	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20993614--20993761	40	3.7	40	82	3	145	34	25	16	24	1.95
20995728--20995857	66	1.9	67	83	13	167	34	16	29	19	1.94
21002387--21002489	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
21002630--21002978	48	7.3	48	97	0	635	31	28	6	34	1.81
21025390--21025497	40	2.7	39	88	1	162	33	27	15	23	1.95
21027687--21027931	52	4.9	51	73	5	194	26	18	24	30	1.98
21027738--21027925	101	1.9	99	88	2	286	26	20	23	29	1.99
21027746--21027963	99	2.2	101	84	1	260	27	18	25	28	1.98
21032520--21032576	29	2.0	29	100	0	114	35	17	17	29	1.93
21032892--21033003	42	2.6	42	80	5	127	30	21	16	31	1.96
21035615--21035652	19	2.0	19	94	0	67	7	36	28	26	1.84
21038787--21038994	67	3.2	64	74	10	179	31	17	27	22	1.97
21044263--21044288	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
21045651--21045856	40	5.2	40	93	0	333	23	22	26	27	2.00
21048387--21048524	46	2.9	47	81	6	156	23	28	18	29	1.97
21052811--21052850	21	1.9	21	89	0	62	45	10	15	30	1.78
21070241--21070286	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
21070361--21070407	23	2.0	23	87	0	67	23	29	8	38	1.84
21078505--21078548	20	2.2	20	84	8	54	18	18	2	61	1.45
21079886--21080000	29	4.0	28	85	2	140	28	15	27	27	1.96
21079901--21080009	57	1.9	58	88	1	166	27	16	29	26	1.97
21082558--21082603	19	2.4	18	82	10	56	19	2	2	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21088943--21088995	26	2.0	26	100	0	106	20	15	30	33	1.93
21091940--21091964	8	3.1	8	100	0	50	36	28	0	36	1.58
21108259--21108320	20	3.2	20	75	13	67	50	0	0	50	1.00
21108909--21108960	14	3.7	14	80	10	61	42	9	1	46	1.47
21108909--21108962	28	1.9	28	96	0	99	42	11	1	44	1.50
21109633--21109694	13	4.8	13	74	7	63	41	9	1	46	1.46
21109633--21109694	26	2.4	26	83	5	72	41	9	1	46	1.46
21110897--21110930	8	4.4	8	96	3	61	91	8	0	0	0.43
21112081--21112110	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21116425--21116480	22	2.4	24	88	5	80	17	0	26	55	1.43
21116425--21116481	23	2.5	21	83	13	69	19	0	26	54	1.44
21116584--21116641	24	2.5	23	78	10	64	20	1	25	51	1.57
21116623--21116664	16	2.8	16	85	7	52	16	0	30	52	1.44
21116317--21116692	159	2.4	159	88	5	557	33	2	21	41	1.67
21116707--21117162	125	3.7	126	89	2	681	35	16	18	30	1.92
21120739--21120777	18	2.2	18	90	0	60	43	10	25	20	1.83
21121393--21121431	7	5.6	7	100	0	78	58	12	0	28	1.34
21122583--21122629	22	2.2	21	85	14	62	46	8	17	27	1.76
21132910--21132941	15	2.1	15	94	0	55	87	0	12	0	0.54
21132910--21132941	7	4.2	8	84	15	50	87	0	12	0	0.54
21133659--21133702	20	2.2	20	100	0	88	29	15	18	36	1.92
21134100--21134161	28	2.3	27	85	2	79	32	22	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21134372--21134437	22	3.0	22	71	8	62	45	21	21	12	1.84
21158599--21158870	138	2.0	139	95	1	492	36	17	13	32	1.88
21168103--21168157	24	2.3	24	80	0	65	29	29	18	23	1.98
21172674--21172899	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
21172674--21172932	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	25	1.99
21187118--21187373	55	4.8	53	78	9	247	35	17	24	22	1.95
21187126--21187326	108	1.8	110	87	4	300	33	16	25	23	1.96
21189077--21189108	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
21192249--21192515	47	5.7	46	73	13	158	24	27	17	29	1.98
21192252--21192515	46	5.6	45	74	9	158	24	28	17	29	1.98
21194342--21194519	41	4.4	41	94	0	304	36	24	21	17	1.94
21194320--21194519	82	2.5	81	90	2	312	35	24	22	18	1.95
21194524--21194655	54	2.6	48	74	14	122	51	28	1	18	1.55
21194535--21194646	54	2.1	53	80	5	125	51	30	1	16	1.54
21194574--21194606	15	2.1	16	88	5	50	48	33	3	15	1.60
21195684--21195713	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
21195779--21195806	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
21196208--21196233	6	4.3	6	100	0	52	0	15	15	69	1.20
21200079--21200163	43	2.0	43	92	0	143	23	18	34	23	1.97
21205865--21205925	29	2.1	30	81	9	72	40	1	0	57	1.08
21207979--21208060	26	3.0	26	78	5	74	35	1	2	60	1.17
21208174--21208239	32	2.1	32	86	5	91	39	1	1	57	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21210635--21210807	46	3.7	46	76	13	174	20	17	30	31	1.96
21210629--21210800	93	1.8	93	91	0	281	20	19	29	30	1.97
21216203--21216289	46	1.9	45	81	4	104	41	19	6	32	1.78
21217256--21217301	23	2.0	24	86	4	67	17	6	2	73	1.14
21220904--21221084	40	4.6	40	89	2	267	24	22	25	26	2.00
21226255--21226280	11	2.4	11	100	0	52	50	7	7	34	1.60
21234397--21234436	5	7.6	5	89	10	62	20	0	2	77	0.88
21234397--21234436	11	3.8	10	90	9	62	20	0	2	77	0.88
21234397--21234436	16	2.5	16	95	0	71	20	0	2	77	0.88
21247137--21247214	37	2.1	37	88	2	113	25	29	19	25	1.98
21247333--21247868	47	11.4	47	95	0	919	29	29	8	32	1.87
21258152--21258236	41	2.1	40	82	2	98	29	11	9	49	1.71
21261405--21261442	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
21261419--21261443	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
21261521--21261606	9	9.6	9	78	5	93	29	8	15	47	1.73
21261521--21261606	27	3.2	27	80	9	104	29	8	15	47	1.73
21261925--21261963	18	2.2	18	95	0	69	41	2	0	56	1.13
21268774--21269134	46	8.2	46	83	8	405	19	22	15	42	1.89
21268891--21268947	16	3.4	16	70	25	55	19	24	19	36	1.94
21268842--21268997	79	2.0	80	97	1	296	17	24	17	41	1.90
21271187--21271238	11	4.5	11	81	9	59	63	1	0	34	1.06
21276312--21276357	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21278500--21278561	29	2.1	30	88	8	92	25	3	11	59	1.46
21279604--21279661	8	7.1	8	75	11	55	55	1	1	41	1.20
21280102--21280142	18	2.2	19	86	4	57	41	2	0	56	1.13
21282905--21283018	20	5.4	20	83	8	111	9	19	27	43	1.82
21284420--21284503	44	1.9	44	82	4	107	38	10	25	26	1.88
21284633--21284742	47	2.3	47	95	0	193	34	13	23	28	1.93
21284715--21284917	54	3.8	54	82	4	239	35	16	24	23	1.95
21284729--21284939	108	2.0	109	83	1	273	36	16	24	22	1.94
21288271--21288374	3	35.0	3	68	25	62	64	0	1	32	1.11
21288275--21288376	14	8.1	12	75	16	82	63	0	1	33	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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