genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66732164--66732220	25	2.2	25	90	3	87	28	19	17	35	1.94
66742927--66743025	50	2.0	50	95	0	180	29	24	13	33	1.93
66746231--66746274	20	2.2	20	88	8	63	0	25	0	75	0.81
66746233--66746285	23	2.4	22	85	14	74	0	24	0	75	0.80
66746231--66746280	11	4.6	11	75	20	52	0	24	0	76	0.80
66755214--66755240	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
66755914--66755960	5	9.6	5	86	9	62	0	19	2	78	0.85
66756036--66756069	15	2.3	15	90	5	52	8	17	0	73	1.08
66761660--66761705	23	2.0	23	86	0	65	45	10	17	26	1.81
66770226--66770341	47	2.5	47	86	0	160	27	31	8	31	1.87
66777305--66777345	15	2.8	15	88	3	57	39	9	19	31	1.84
66783952--66783985	16	2.1	16	94	0	59	29	2	26	41	1.70
66784609--66784735	46	2.8	46	91	0	200	24	32	9	33	1.87
66784719--66784905	47	4.0	46	88	4	250	25	29	11	33	1.91
66784809--66784884	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
66790259--66790386	27	4.7	27	89	0	193	32	19	23	25	1.98
66790243--66790386	54	2.7	54	86	0	198	34	18	21	26	1.96
66790243--66790400	81	2.0	81	88	2	237	33	17	20	27	1.96
66793290--66793889	47	12.6	47	91	2	939	33	8	29	29	1.87
66793290--66793889	143	4.2	141	92	2	939	33	8	29	29	1.87
66793290--66793889	190	3.1	190	93	1	988	33	8	29	29	1.87
66803386--66803489	43	2.4	43	83	0	118	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66814400--66814607	53	3.9	53	75	3	182	38	16	22	22	1.93
66820864--66820912	24	2.0	24	96	0	89	59	18	16	6	1.57
66825425--66825688	40	6.6	40	95	0	474	29	20	28	21	1.98
66828916--66829706	47	16.6	47	91	2	1168	29	29	7	32	1.86
66828966--66829044	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
66828916--66829706	96	8.3	94	90	3	1204	29	29	7	32	1.86
66828916--66829706	143	5.5	142	93	0	1244	29	29	7	32	1.86
66829444--66829522	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
66833740--66834290	40	13.8	40	93	0	915	25	28	21	24	1.99
66835747--66836106	47	7.6	47	91	1	549	28	29	8	33	1.86
66835822--66835897	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
66835747--66836106	143	2.5	143	92	0	589	28	29	8	33	1.86
66848335--66848416	41	2.0	41	100	0	164	29	14	19	36	1.92
66849909--66849942	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
66862274--66862322	22	2.2	22	78	7	55	40	2	38	18	1.62
66879456--66879838	191	2.0	191	94	0	667	38	9	23	27	1.86
66883135--66883190	29	1.9	29	82	7	69	19	19	21	39	1.93
66885106--66885218	23	4.8	23	77	9	86	30	18	24	25	1.98
66885126--66885218	45	2.1	45	82	8	109	33	17	24	24	1.96
66896760--66896802	21	2.0	21	100	0	86	25	13	27	32	1.94
66907608--66907686	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66907805--66908258	47	9.7	47	89	6	633	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66907985--66908258	49	5.7	49	95	1	459	30	28	8	32	1.86
66910961--66911005	20	2.2	21	88	4	65	42	17	2	37	1.62
66913988--66914105	45	2.6	44	84	6	139	27	17	28	25	1.98
66919039--66919194	42	3.7	42	86	1	213	30	12	24	32	1.93
66919029--66919194	85	2.0	84	85	3	226	30	12	24	32	1.92
66926806--66927027	40	5.6	40	85	3	261	27	22	25	23	2.00
66942097--66942125	12	2.4	12	100	0	58	0	44	27	27	1.54
66985459--66985523	32	2.0	32	96	0	121	18	1	21	58	1.47
66985476--66985532	16	3.5	16	68	2	51	22	0	19	57	1.40
66988447--66988574	29	4.5	28	88	2	175	33	25	12	28	1.92
66988446--66988571	57	2.2	57	85	2	173	34	25	11	28	1.91
66996501--66996628	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
66996500--66996628	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
66999534--66999571	18	2.1	18	90	0	58	47	7	13	31	1.71
67033691--67033842	40	3.8	40	93	0	259	26	28	23	21	1.99
67035950--67036121	46	3.7	45	76	7	166	30	30	18	21	1.97
67037653--67037684	16	1.9	17	93	6	57	34	18	12	34	1.89
67038946--67038978	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
67040032--67040151	28	4.3	28	85	0	150	20	21	19	38	1.94
67047850--67047993	28	5.2	28	85	5	195	17	23	21	37	1.94
67050711--67050759	22	2.2	22	96	0	89	42	28	4	24	1.73
67062058--67062096	17	2.3	17	91	8	62	48	7	17	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67064754--67064786	16	2.0	17	88	5	50	24	12	0	63	1.28
67065528--67065579	18	3.1	17	73	18	54	23	15	0	61	1.33
67067116--67067221	53	2.0	53	88	0	158	31	29	17	21	1.97
67068270--67068431	85	1.9	84	83	6	211	29	25	19	25	1.99
67070368--67070402	17	2.1	17	88	0	52	22	28	25	22	1.99
67072162--67072370	55	3.9	53	79	8	217	34	16	24	23	1.95
67079733--67079988	55	4.8	54	78	10	246	35	17	25	21	1.95
67079741--67079941	108	1.8	110	87	6	302	33	16	25	23	1.96
67090602--67090647	20	2.3	20	92	0	74	54	2	8	34	1.43
67091970--67092018	22	2.2	20	77	19	53	51	22	4	22	1.65
67103632--67103757	47	2.7	47	84	0	153	31	28	15	23	1.96
67111595--67111636	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
67114282--67114324	21	2.0	21	100	0	86	41	4	9	44	1.57
67116669--67116846	27	6.6	27	77	10	91	29	28	16	25	1.97
67116669--67116846	54	3.3	55	79	11	197	29	28	16	25	1.97
67122807--67122832	8	3.2	8	100	0	52	65	11	0	23	1.25
67132419--67132460	17	2.4	18	76	11	52	42	4	4	47	1.45
67132506--67132558	26	2.0	27	82	10	65	52	0	1	45	1.11
67155726--67155767	21	2.0	21	95	0	75	23	21	23	30	1.99
67158187--67158232	18	2.4	18	82	7	56	30	4	2	63	1.26
67160866--67160917	19	2.7	19	87	0	77	26	28	11	32	1.91
67170468--67170516	18	2.7	18	75	12	64	32	8	34	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67173900--67173987	34	2.5	35	82	10	110	46	14	6	31	1.71
67174756--67174820	29	2.2	29	81	13	71	23	15	6	55	1.62
67175377--67175401	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
67186598--67186676	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
67186795--67187495	47	14.7	47	93	2	1143	29	29	8	32	1.87
67199838--67199871	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
67200597--67200623	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
67201212--67201345	24	5.6	24	86	5	173	21	14	32	31	1.94
67210462--67210504	21	2.2	20	87	8	61	25	0	25	48	1.51
67210971--67211107	40	3.4	40	89	0	202	23	16	26	33	1.96
67213363--67213400	18	2.1	19	85	5	51	36	15	0	47	1.46
67215049--67215087	21	1.9	20	84	5	51	20	43	7	28	1.79
67223224--67223287	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
67223495--67223575	24	3.4	24	91	5	128	28	22	20	28	1.99
67223495--67223574	23	3.3	23	91	6	124	28	22	21	27	1.99
67223631--67223671	20	2.0	20	85	0	55	31	19	12	36	1.89
67225538--67225695	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
67225538--67225721	68	2.7	67	91	5	264	23	28	14	33	1.94
67234051--67234088	18	2.1	19	90	5	60	34	15	0	50	1.45
67234258--67234427	45	3.9	44	77	10	145	34	25	15	25	1.95
67234271--67234416	45	3.4	44	78	7	156	32	24	16	26	1.96
67241943--67242005	31	2.0	32	87	9	94	19	26	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67241960--67242019	31	1.9	31	83	6	77	20	30	0	50	1.49
67242055--67242096	21	2.0	21	90	0	66	23	28	19	28	1.98
67243787--67243836	25	2.0	25	100	0	100	32	12	8	48	1.69
67258697--67258772	24	3.2	24	85	7	75	11	39	9	39	1.74
67258718--67258772	24	2.3	24	93	0	92	10	38	9	41	1.72
67261486--67261523	20	2.0	19	90	10	60	28	0	2	68	1.03
67261492--67261541	23	2.3	21	83	10	57	36	0	2	62	1.07
67270914--67270996	39	2.1	39	82	4	96	46	12	12	28	1.77
67271781--67271957	74	2.4	72	88	7	266	28	23	15	32	1.95
67274393--67274458	13	5.1	13	83	7	89	31	7	24	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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