genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39072040--39072351	38	8.2	38	89	1	421	21	21	25	31	1.98
39072344--39072469	45	2.8	45	92	2	209	19	23	29	26	1.99
39073900--39074075	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
39073897--39074068	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
39080463--39080597	43	3.1	44	80	6	166	25	17	29	27	1.98
39080480--39080597	45	2.7	43	80	6	148	27	17	28	26	1.98
39080867--39081178	38	8.2	38	91	1	457	21	22	25	30	1.98
39081171--39081300	45	2.9	44	86	6	181	22	21	27	28	1.99
39083429--39083662	48	4.9	48	80	0	252	28	16	26	28	1.97
39083444--39083662	96	2.3	96	91	0	348	28	16	26	27	1.97
39085075--39085162	42	2.1	42	89	4	133	27	23	17	31	1.97
39093911--39094002	43	2.1	43	86	4	123	34	26	15	23	1.94
39097676--39097855	67	2.7	64	79	8	166	32	17	29	20	1.96
39113508--39113632	43	2.9	43	81	7	137	36	25	15	23	1.94
39114022--39114062	17	2.3	19	80	16	52	34	14	0	51	1.43
39114014--39114062	16	2.9	18	77	20	52	32	12	0	55	1.37
39121376--39121436	27	2.3	27	88	0	86	27	14	22	34	1.94
39125961--39126022	27	2.3	27	85	0	79	27	16	22	33	1.95
39129445--39129561	48	2.5	48	81	2	130	28	22	13	35	1.92
39130946--39130998	18	2.9	18	82	2	70	15	35	22	26	1.93
39132247--39132514	48	5.6	48	81	5	285	25	29	18	26	1.98
39132243--39132514	96	2.8	95	84	4	325	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39132247--39132511	144	1.8	144	83	4	347	25	29	18	26	1.98
39134101--39134127	12	2.2	12	100	0	54	37	14	33	14	1.88
39139713--39139932	48	4.6	49	87	6	290	27	30	15	25	1.96
39141277--39141322	17	2.8	17	84	15	69	26	30	19	23	1.98
39144713--39144755	18	2.4	18	100	0	86	44	11	18	25	1.84
39144713--39144755	9	4.8	9	76	0	50	44	11	18	25	1.84
39145046--39145149	43	2.4	43	80	4	122	25	30	16	27	1.96
39150256--39150308	22	2.4	22	96	0	97	30	15	33	20	1.93
39151698--39151732	14	2.5	14	95	0	61	25	14	22	37	1.92
39151749--39151931	101	1.8	100	89	1	285	27	16	24	30	1.97
39151754--39151943	50	3.8	49	75	6	186	28	17	24	30	1.97
39160479--39160655	96	1.8	96	89	2	275	33	28	17	19	1.95
39160479--39160658	48	3.8	48	80	2	218	33	28	17	20	1.96
39163185--39163221	16	2.4	16	90	4	58	40	0	13	45	1.43
39163542--39163695	43	3.7	43	81	11	210	23	18	28	29	1.98
39163850--39163880	16	1.9	16	93	0	53	41	6	16	35	1.74
39167812--39167849	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
39183788--39183960	46	3.8	45	75	13	154	23	19	26	30	1.98
39183785--39183955	93	1.8	93	88	0	261	23	19	27	29	1.98
39184184--39184221	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
39200007--39200035	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
39200554--39200583	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39201177--39201324	43	3.5	41	76	9	147	27	20	25	27	1.99
39201484--39201516	16	2.1	16	94	0	57	39	6	15	39	1.72
39210317--39210365	24	2.0	25	96	4	91	61	0	22	16	1.34
39221368--39221527	44	3.5	44	82	12	214	31	15	23	30	1.95
39229135--39229294	51	3.2	50	90	1	248	32	14	23	29	1.94
39231527--39231645	55	2.2	55	79	0	130	27	29	27	15	1.96
39240857--39240941	44	1.9	44	95	0	152	36	17	23	22	1.95
39247880--39247940	30	2.0	30	87	0	86	29	22	6	40	1.79
39257926--39257995	29	2.4	30	72	13	72	30	22	2	44	1.67
39260394--39260537	40	3.5	40	82	1	162	32	25	15	25	1.96
39260533--39260576	21	2.1	21	95	0	79	38	15	9	36	1.80
39264360--39264418	30	2.0	30	100	0	118	30	10	13	45	1.76
39268341--39268369	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
39269513--39269647	56	2.4	56	92	0	225	31	14	22	32	1.93
39269513--39269677	56	2.9	56	85	0	159	29	13	23	33	1.93
39272286--39272455	47	3.7	47	79	15	194	21	21	29	27	1.99
39272286--39272456	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	27	1.98
39275373--39275450	15	5.4	15	77	13	83	10	17	12	58	1.61
39275364--39275446	28	2.9	28	82	10	96	10	16	15	56	1.66
39277818--39277992	46	3.8	46	78	14	207	20	21	29	29	1.98
39277815--39277985	92	1.8	93	94	1	308	20	21	29	28	1.98
39280660--39280839	39	4.6	40	80	7	199	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39280662--39280839	79	2.3	79	81	6	200	25	28	21	25	1.99
39286038--39286065	5	5.6	5	100	0	56	64	35	0	0	0.94
39292929--39292956	5	5.6	5	100	0	56	64	35	0	0	0.94
39295928--39295975	15	3.2	15	82	11	53	58	12	2	27	1.46
39295926--39295975	16	3.2	16	83	8	50	58	12	2	28	1.45
39309590--39309929	27	12.7	27	80	7	338	38	19	9	32	1.85
39309590--39309929	53	6.3	54	81	7	338	38	19	9	32	1.85
39309590--39309890	80	3.7	80	84	6	342	38	18	9	33	1.83
39309590--39309969	27	14.1	27	76	10	171	37	19	11	31	1.87
39314786--39314821	18	2.0	18	88	0	54	52	2	0	44	1.15
39317106--39317255	41	3.7	41	82	1	203	22	22	27	28	1.99
39325336--39325485	41	3.7	41	79	3	169	21	21	29	28	1.98
39329778--39329945	43	4.0	42	75	7	135	32	26	14	27	1.95
39338992--39339050	31	1.9	31	100	0	118	16	5	37	40	1.71
39360016--39360101	43	2.0	43	84	4	111	30	30	17	22	1.96
39360980--39361018	18	2.2	18	100	0	78	43	28	0	28	1.55
39371266--39371387	43	2.9	42	78	7	129	28	23	15	31	1.95
39376478--39376599	43	2.9	42	78	7	147	27	23	17	31	1.97
39385095--39385162	22	3.1	22	82	0	91	11	26	29	32	1.92
39385276--39385328	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
39390553--39390591	19	2.1	19	85	0	51	30	0	7	61	1.24
39390697--39390721	11	2.3	11	100	0	50	36	16	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39395590--39395673	27	3.1	27	70	0	87	33	8	19	39	1.81
39395590--39395710	54	2.3	54	85	1	154	33	7	18	41	1.78
39395668--39395737	27	2.6	27	84	10	92	32	5	17	44	1.72
39396031--39396121	29	3.2	29	77	11	100	27	28	16	27	1.97
39400680--39400741	30	2.1	30	93	0	106	30	14	25	29	1.95
39400718--39400857	43	3.3	43	79	4	149	27	13	25	32	1.94
39404511--39404559	25	2.0	25	83	0	62	38	22	12	26	1.89
39404682--39404754	25	2.9	25	83	0	83	28	24	20	26	1.99
39404972--39405054	31	2.7	31	87	3	116	30	19	22	27	1.98
39411382--39411438	22	2.6	22	97	0	105	12	35	0	52	1.39
39412477--39412513	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
39412483--39412533	21	2.4	21	86	0	66	35	11	21	31	1.90
39412579--39412650	25	2.9	25	91	0	117	26	27	22	23	1.99
39412581--39412677	25	4.0	23	85	8	104	27	24	22	24	2.00
39412579--39412675	50	1.9	50	83	8	126	27	25	22	23	2.00
39412869--39412951	31	2.7	31	83	3	98	28	15	24	31	1.96
39417108--39417314	45	4.6	45	90	2	285	27	28	21	22	1.99
39424135--39424162	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
39424140--39424185	20	2.2	20	88	3	65	15	4	0	80	0.86
39428020--39428101	31	2.6	32	86	1	112	30	20	24	24	1.99
39432841--39432929	32	2.8	32	84	0	106	26	16	28	28	1.97
39432851--39432931	32	2.5	32	87	0	108	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39438937--39439091	42	3.7	42	83	5	188	29	25	15	29	1.96
39442989--39443199	6	34.8	6	72	18	136	46	14	17	21	1.83
39442995--39443195	79	2.5	82	84	9	275	46	14	17	21	1.84
39443317--39443382	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
39443317--39443390	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
39443341--39443398	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
39443556--39443613	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
39443701--39443783	27	3.1	26	84	5	94	38	20	20	20	1.94
39443982--39444177	27	7.3	27	86	0	239	26	19	18	35	1.95
39443982--39444177	54	3.6	54	86	2	268	26	19	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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